# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 538 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.003 0.007 0.069 0.122 0.795 2 P 0.007 0.005 0.026 0.338 0.188 0.436 3 K 0.005 0.005 0.071 0.647 0.145 0.126 4 A 0.012 0.007 0.113 0.669 0.146 0.053 5 K 0.028 0.005 0.110 0.654 0.149 0.054 6 A 0.050 0.005 0.092 0.614 0.145 0.094 7 K 0.050 0.006 0.054 0.664 0.109 0.117 8 T 0.072 0.014 0.041 0.588 0.162 0.122 9 K 0.099 0.018 0.050 0.379 0.237 0.217 10 N 0.077 0.019 0.081 0.236 0.316 0.270 11 T 0.087 0.025 0.137 0.119 0.397 0.234 12 E 0.103 0.011 0.212 0.080 0.369 0.225 13 I 0.138 0.034 0.172 0.062 0.398 0.196 14 I 0.151 0.058 0.046 0.045 0.521 0.178 15 S 0.105 0.030 0.017 0.020 0.601 0.227 16 P 0.042 0.007 0.025 0.015 0.686 0.226 17 H 0.104 0.019 0.030 0.011 0.580 0.256 18 H 0.326 0.049 0.028 0.016 0.293 0.288 19 Y 0.311 0.070 0.015 0.017 0.198 0.389 20 V 0.169 0.046 0.010 0.025 0.244 0.505 21 Y 0.041 0.021 0.027 0.080 0.505 0.326 22 P 0.019 0.006 0.111 0.156 0.553 0.155 23 N 0.020 0.006 0.151 0.250 0.488 0.086 24 T 0.036 0.018 0.076 0.433 0.292 0.147 25 T 0.034 0.009 0.046 0.659 0.111 0.141 26 T 0.042 0.012 0.065 0.711 0.094 0.076 27 L 0.027 0.009 0.068 0.767 0.096 0.033 28 K 0.022 0.005 0.044 0.819 0.076 0.035 29 N 0.011 0.002 0.045 0.819 0.064 0.060 30 K 0.008 0.004 0.037 0.694 0.106 0.150 31 Y 0.012 0.005 0.035 0.374 0.179 0.395 32 G 0.019 0.008 0.012 0.017 0.204 0.740 33 I 0.077 0.027 0.053 0.046 0.238 0.559 34 K 0.113 0.028 0.111 0.050 0.254 0.444 35 N 0.083 0.014 0.124 0.062 0.372 0.344 36 L 0.025 0.005 0.359 0.254 0.210 0.147 37 N 0.040 0.007 0.254 0.313 0.221 0.165 38 A 0.020 0.006 0.217 0.394 0.261 0.103 39 F 0.007 0.005 0.168 0.572 0.151 0.097 40 L 0.011 0.006 0.071 0.701 0.117 0.093 41 E 0.012 0.002 0.068 0.771 0.085 0.063 42 K 0.017 0.002 0.028 0.823 0.054 0.076 43 C 0.038 0.007 0.025 0.814 0.046 0.070 44 S 0.033 0.005 0.018 0.826 0.038 0.080 45 H 0.022 0.002 0.018 0.827 0.040 0.091 46 D 0.013 0.001 0.015 0.878 0.036 0.057 47 T 0.010 0.002 0.007 0.898 0.021 0.062 48 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 49 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 51 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 53 N 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 54 L 0.001 0.001 0.006 0.976 0.008 0.009 55 R 0.002 0.001 0.010 0.955 0.012 0.020 56 E 0.002 0.001 0.036 0.931 0.018 0.013 57 E 0.002 0.001 0.022 0.939 0.018 0.018 58 S 0.002 0.002 0.031 0.739 0.056 0.170 59 L 0.002 0.004 0.006 0.043 0.139 0.805 60 P 0.008 0.006 0.025 0.026 0.257 0.678 61 E 0.020 0.007 0.041 0.012 0.346 0.574 62 Y 0.049 0.033 0.075 0.017 0.326 0.500 63 F 0.044 0.053 0.009 0.008 0.205 0.680 64 D 0.018 0.009 0.001 0.007 0.060 0.904 65 T 0.001 0.001 0.010 0.971 0.007 0.012 66 A 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 72 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 75 L 0.001 0.001 0.006 0.965 0.012 0.016 76 F 0.001 0.002 0.018 0.878 0.083 0.018 77 K 0.001 0.001 0.027 0.787 0.149 0.036 78 N 0.002 0.002 0.038 0.393 0.393 0.172 79 T 0.013 0.014 0.050 0.133 0.600 0.191 80 F 0.048 0.017 0.076 0.077 0.391 0.391 81 E 0.108 0.027 0.153 0.130 0.368 0.214 82 W 0.109 0.012 0.122 0.111 0.445 0.201 83 A 0.124 0.012 0.054 0.098 0.447 0.265 84 G 0.191 0.018 0.043 0.037 0.381 0.329 85 Y 0.470 0.025 0.033 0.026 0.213 0.233 86 L 0.688 0.042 0.019 0.015 0.102 0.134 87 R 0.658 0.016 0.012 0.009 0.117 0.188 88 H 0.525 0.014 0.008 0.009 0.154 0.290 89 I 0.374 0.010 0.006 0.009 0.209 0.392 90 P 0.366 0.010 0.007 0.014 0.209 0.394 91 F 0.527 0.021 0.010 0.012 0.171 0.260 92 T 0.608 0.027 0.009 0.013 0.136 0.208 93 F 0.618 0.024 0.011 0.014 0.146 0.187 94 A 0.461 0.015 0.009 0.021 0.224 0.270 95 D 0.295 0.014 0.011 0.020 0.327 0.333 96 G 0.301 0.020 0.011 0.017 0.347 0.305 97 T 0.330 0.022 0.025 0.023 0.259 0.340 98 T 0.470 0.025 0.065 0.035 0.199 0.206 99 A 0.583 0.014 0.075 0.038 0.141 0.150 100 A 0.622 0.029 0.062 0.058 0.100 0.128 101 M 0.535 0.042 0.039 0.054 0.176 0.154 102 P 0.377 0.019 0.059 0.068 0.307 0.170 103 E 0.152 0.014 0.112 0.095 0.446 0.181 104 M 0.109 0.042 0.105 0.092 0.497 0.154 105 K 0.112 0.034 0.098 0.081 0.489 0.187 106 R 0.082 0.017 0.079 0.101 0.479 0.242 107 T 0.045 0.013 0.049 0.089 0.469 0.336 108 G 0.078 0.008 0.012 0.012 0.275 0.615 109 W 0.278 0.026 0.014 0.027 0.153 0.502 110 K 0.520 0.046 0.017 0.029 0.117 0.271 111 N 0.641 0.040 0.032 0.029 0.109 0.149 112 A 0.563 0.022 0.050 0.026 0.179 0.161 113 F 0.378 0.015 0.089 0.020 0.251 0.247 114 A 0.213 0.032 0.071 0.036 0.275 0.373 115 I 0.065 0.017 0.055 0.083 0.322 0.460 116 G 0.005 0.004 0.176 0.420 0.217 0.178 117 D 0.001 0.001 0.312 0.551 0.110 0.025 118 E 0.001 0.001 0.373 0.556 0.061 0.009 119 I 0.001 0.001 0.089 0.844 0.044 0.021 120 Q 0.001 0.001 0.036 0.919 0.027 0.017 121 E 0.001 0.001 0.021 0.950 0.017 0.011 122 G 0.001 0.001 0.011 0.950 0.018 0.018 123 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.005 124 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.006 0.005 125 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 126 L 0.001 0.001 0.006 0.968 0.013 0.012 127 D 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.005 128 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 129 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 130 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.008 131 A 0.001 0.001 0.005 0.967 0.013 0.015 132 E 0.001 0.001 0.008 0.921 0.032 0.038 133 K 0.001 0.001 0.023 0.767 0.102 0.105 134 N 0.006 0.004 0.081 0.304 0.343 0.263 135 N 0.015 0.007 0.121 0.174 0.406 0.278 136 L 0.022 0.011 0.228 0.222 0.377 0.140 137 Q 0.023 0.009 0.178 0.284 0.336 0.170 138 G 0.017 0.006 0.126 0.255 0.341 0.256 139 L 0.021 0.018 0.055 0.252 0.311 0.343 140 T 0.018 0.017 0.022 0.201 0.203 0.539 141 R 0.006 0.006 0.119 0.601 0.124 0.143 142 E 0.009 0.004 0.134 0.482 0.239 0.132 143 E 0.004 0.003 0.253 0.516 0.159 0.065 144 F 0.005 0.007 0.084 0.606 0.114 0.183 145 N 0.004 0.005 0.020 0.726 0.073 0.173 146 S 0.001 0.001 0.006 0.983 0.005 0.006 147 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 151 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 152 F 0.002 0.001 0.008 0.974 0.009 0.007 153 N 0.004 0.001 0.012 0.933 0.025 0.025 154 S 0.011 0.003 0.029 0.866 0.042 0.049 155 L 0.014 0.002 0.041 0.873 0.032 0.038 156 N 0.034 0.001 0.084 0.789 0.049 0.043 157 Q 0.041 0.002 0.040 0.865 0.028 0.024 158 L 0.047 0.005 0.019 0.867 0.024 0.038 159 H 0.070 0.007 0.025 0.444 0.136 0.319 160 P 0.053 0.010 0.049 0.177 0.302 0.408 161 F 0.084 0.049 0.081 0.145 0.408 0.233 162 R 0.043 0.023 0.104 0.147 0.523 0.159 163 E 0.013 0.008 0.144 0.223 0.472 0.140 164 G 0.009 0.006 0.123 0.427 0.284 0.151 165 N 0.020 0.010 0.059 0.589 0.167 0.156 166 G 0.014 0.006 0.015 0.814 0.047 0.104 167 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.005 168 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 170 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 175 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 177 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 178 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 179 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 180 A 0.001 0.001 0.004 0.958 0.007 0.030 181 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980 182 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.973 183 Q 0.209 0.013 0.001 0.001 0.058 0.718 184 L 0.450 0.029 0.003 0.001 0.048 0.470 185 N 0.368 0.020 0.007 0.001 0.080 0.524 186 F 0.258 0.005 0.229 0.009 0.190 0.310 187 S 0.202 0.003 0.213 0.012 0.264 0.306 188 L 0.236 0.009 0.258 0.009 0.247 0.240 189 I 0.173 0.045 0.019 0.019 0.190 0.555 190 T 0.073 0.016 0.004 0.024 0.057 0.826 191 K 0.001 0.001 0.011 0.984 0.002 0.002 192 E 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 193 R 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 194 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 195 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 196 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 198 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 199 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 200 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 201 V 0.001 0.001 0.006 0.964 0.011 0.017 202 A 0.005 0.005 0.017 0.844 0.088 0.041 203 E 0.006 0.006 0.023 0.673 0.213 0.079 204 N 0.003 0.004 0.017 0.371 0.411 0.193 205 G 0.004 0.008 0.007 0.072 0.410 0.499 206 D 0.004 0.009 0.002 0.033 0.117 0.835 207 L 0.022 0.019 0.006 0.530 0.087 0.337 208 E 0.009 0.004 0.003 0.850 0.044 0.089 209 P 0.003 0.001 0.005 0.959 0.015 0.017 210 M 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.003 211 Q 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.002 212 H 0.002 0.001 0.009 0.975 0.009 0.005 213 L 0.003 0.001 0.010 0.960 0.015 0.012 214 F 0.001 0.001 0.012 0.966 0.012 0.008 215 E 0.003 0.001 0.057 0.892 0.034 0.013 216 D 0.001 0.001 0.046 0.890 0.044 0.018 217 I 0.002 0.002 0.036 0.794 0.071 0.093 218 S 0.002 0.006 0.006 0.572 0.091 0.323 219 N 0.001 0.001 0.002 0.222 0.111 0.662 220 P 0.001 0.001 0.008 0.965 0.014 0.012 221 E 0.001 0.001 0.015 0.962 0.015 0.007 222 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.002 223 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 224 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 225 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 226 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 227 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 229 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 230 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 231 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 232 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 233 M 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 234 K 0.001 0.001 0.006 0.977 0.010 0.006 235 N 0.001 0.001 0.010 0.931 0.031 0.027 236 T 0.002 0.002 0.016 0.667 0.115 0.198 237 G 0.005 0.003 0.019 0.092 0.271 0.610 238 R 0.021 0.014 0.048 0.072 0.347 0.498 239 N 0.043 0.023 0.056 0.068 0.448 0.362 240 V 0.028 0.010 0.249 0.162 0.436 0.114 241 N 0.038 0.008 0.137 0.144 0.481 0.191 242 D 0.061 0.008 0.101 0.111 0.506 0.212 243 R 0.174 0.022 0.022 0.149 0.285 0.348 244 P 0.312 0.018 0.021 0.157 0.159 0.333 245 V 0.312 0.014 0.034 0.251 0.170 0.218 246 M 0.490 0.019 0.036 0.165 0.114 0.175 247 V 0.432 0.029 0.029 0.187 0.101 0.221 248 A 0.349 0.009 0.026 0.182 0.147 0.286 249 K 0.245 0.006 0.031 0.306 0.202 0.209 250 E 0.295 0.010 0.026 0.273 0.217 0.180 251 G 0.320 0.009 0.024 0.173 0.263 0.210 252 E 0.424 0.006 0.043 0.254 0.130 0.143 253 T 0.421 0.009 0.037 0.378 0.077 0.077 254 Y 0.362 0.011 0.028 0.445 0.069 0.085 255 T 0.214 0.010 0.017 0.556 0.078 0.125 256 G 0.182 0.005 0.042 0.442 0.148 0.180 257 T 0.135 0.010 0.064 0.434 0.189 0.168 258 Y 0.135 0.037 0.089 0.343 0.254 0.143 259 R 0.087 0.022 0.109 0.323 0.289 0.169 260 G 0.037 0.009 0.091 0.322 0.358 0.183 261 A 0.028 0.008 0.094 0.186 0.446 0.238 262 G 0.045 0.011 0.082 0.101 0.407 0.355 263 L 0.075 0.020 0.159 0.197 0.333 0.216 264 E 0.104 0.017 0.172 0.219 0.313 0.175 265 G 0.193 0.015 0.189 0.192 0.248 0.164 266 F 0.300 0.027 0.143 0.164 0.156 0.210 267 A 0.304 0.034 0.128 0.171 0.267 0.096 268 L 0.228 0.016 0.098 0.183 0.330 0.145 269 N 0.092 0.010 0.039 0.071 0.473 0.314 270 V 0.175 0.050 0.012 0.035 0.401 0.327 271 K 0.218 0.024 0.010 0.040 0.164 0.544 272 G 0.188 0.009 0.073 0.350 0.197 0.182 273 A 0.251 0.005 0.110 0.326 0.176 0.131 274 Y 0.393 0.007 0.081 0.369 0.084 0.066 275 I 0.529 0.009 0.026 0.349 0.039 0.048 276 I 0.450 0.008 0.020 0.389 0.060 0.072 277 G 0.496 0.010 0.037 0.257 0.081 0.118 278 N 0.287 0.019 0.084 0.279 0.131 0.200 279 I 0.100 0.015 0.264 0.251 0.302 0.067 280 D 0.079 0.007 0.233 0.181 0.396 0.104 281 H 0.036 0.008 0.114 0.112 0.475 0.256 282 L 0.047 0.046 0.014 0.036 0.382 0.474 283 P 0.034 0.014 0.009 0.011 0.188 0.743 284 P 0.005 0.002 0.672 0.165 0.126 0.031 285 E 0.012 0.001 0.681 0.108 0.168 0.030 286 Q 0.028 0.004 0.705 0.103 0.134 0.026 287 L 0.224 0.032 0.150 0.205 0.203 0.187 288 K 0.412 0.025 0.082 0.176 0.140 0.165 289 I 0.495 0.028 0.050 0.123 0.169 0.136 290 L 0.395 0.058 0.018 0.058 0.214 0.257 291 K 0.160 0.021 0.018 0.020 0.641 0.140 292 P 0.075 0.005 0.030 0.018 0.761 0.111 293 G 0.042 0.007 0.054 0.016 0.796 0.085 294 D 0.283 0.049 0.034 0.011 0.520 0.103 295 K 0.460 0.018 0.015 0.013 0.190 0.305 296 I 0.730 0.016 0.007 0.006 0.095 0.146 297 T 0.763 0.010 0.004 0.005 0.055 0.163 298 F 0.667 0.024 0.003 0.005 0.052 0.248 299 T 0.305 0.011 0.003 0.005 0.118 0.558