# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 538 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 2 P 0.021 0.011 0.013 0.497 0.006 0.029 0.423 3 K 0.024 0.005 0.028 0.755 0.030 0.044 0.114 4 A 0.020 0.003 0.031 0.802 0.013 0.028 0.102 5 K 0.014 0.001 0.022 0.886 0.010 0.021 0.047 6 A 0.029 0.002 0.034 0.800 0.039 0.056 0.041 7 K 0.030 0.003 0.035 0.737 0.028 0.110 0.057 8 T 0.059 0.025 0.036 0.516 0.090 0.088 0.186 9 K 0.085 0.013 0.042 0.396 0.119 0.164 0.181 10 N 0.085 0.021 0.035 0.221 0.132 0.236 0.270 11 T 0.030 0.006 0.159 0.341 0.078 0.113 0.273 12 E 0.031 0.003 0.227 0.253 0.176 0.162 0.148 13 I 0.079 0.011 0.274 0.239 0.087 0.165 0.145 14 I 0.181 0.048 0.093 0.196 0.100 0.075 0.307 15 S 0.146 0.023 0.032 0.062 0.074 0.064 0.599 16 P 0.082 0.008 0.066 0.059 0.180 0.246 0.359 17 H 0.133 0.010 0.070 0.051 0.203 0.222 0.311 18 H 0.228 0.023 0.052 0.041 0.165 0.138 0.352 19 Y 0.292 0.059 0.015 0.033 0.148 0.057 0.395 20 V 0.230 0.037 0.008 0.035 0.131 0.029 0.530 21 Y 0.061 0.014 0.046 0.430 0.157 0.083 0.210 22 P 0.019 0.003 0.064 0.596 0.044 0.180 0.094 23 N 0.030 0.009 0.084 0.576 0.028 0.135 0.137 24 T 0.027 0.005 0.044 0.782 0.012 0.033 0.096 25 T 0.031 0.001 0.038 0.816 0.027 0.038 0.048 26 T 0.033 0.003 0.020 0.892 0.011 0.021 0.020 27 L 0.035 0.005 0.017 0.895 0.008 0.023 0.017 28 K 0.032 0.005 0.026 0.840 0.016 0.053 0.028 29 N 0.012 0.001 0.028 0.736 0.018 0.179 0.025 30 K 0.006 0.002 0.040 0.558 0.044 0.308 0.043 31 Y 0.008 0.004 0.033 0.265 0.098 0.497 0.096 32 G 0.023 0.010 0.030 0.135 0.181 0.309 0.312 33 I 0.065 0.023 0.040 0.115 0.155 0.061 0.541 34 K 0.087 0.033 0.053 0.196 0.134 0.074 0.425 35 N 0.078 0.023 0.061 0.240 0.130 0.091 0.377 36 L 0.027 0.006 0.075 0.606 0.046 0.065 0.175 37 N 0.011 0.002 0.049 0.776 0.041 0.039 0.081 38 A 0.011 0.002 0.026 0.849 0.029 0.030 0.053 39 F 0.009 0.003 0.024 0.883 0.015 0.028 0.038 40 L 0.009 0.003 0.024 0.872 0.014 0.036 0.042 41 E 0.009 0.002 0.025 0.879 0.016 0.038 0.033 42 K 0.006 0.002 0.011 0.898 0.016 0.039 0.028 43 C 0.004 0.002 0.006 0.870 0.015 0.066 0.037 44 S 0.004 0.002 0.004 0.840 0.022 0.074 0.053 45 H 0.004 0.001 0.003 0.872 0.024 0.048 0.047 46 D 0.004 0.001 0.004 0.865 0.040 0.042 0.045 47 T 0.004 0.003 0.004 0.884 0.024 0.023 0.059 48 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.004 0.010 49 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 0.002 50 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 51 M 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 52 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.002 53 N 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.021 0.001 54 L 0.001 0.001 0.005 0.942 0.002 0.042 0.008 55 R 0.002 0.001 0.010 0.913 0.007 0.051 0.017 56 E 0.002 0.001 0.024 0.891 0.009 0.057 0.015 57 E 0.003 0.001 0.039 0.765 0.022 0.143 0.027 58 S 0.002 0.001 0.040 0.600 0.040 0.265 0.052 59 L 0.007 0.010 0.023 0.230 0.269 0.119 0.343 60 P 0.009 0.007 0.108 0.072 0.086 0.118 0.601 61 E 0.019 0.005 0.137 0.070 0.208 0.196 0.366 62 Y 0.025 0.016 0.081 0.056 0.127 0.197 0.496 63 F 0.018 0.036 0.002 0.011 0.165 0.006 0.761 64 D 0.004 0.011 0.001 0.009 0.017 0.002 0.957 65 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.001 66 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 72 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.030 0.001 75 L 0.001 0.001 0.004 0.930 0.001 0.059 0.005 76 F 0.001 0.001 0.012 0.882 0.011 0.072 0.022 77 K 0.001 0.001 0.040 0.728 0.018 0.197 0.016 78 N 0.003 0.002 0.052 0.563 0.047 0.286 0.048 79 T 0.017 0.012 0.075 0.471 0.093 0.164 0.168 80 F 0.050 0.030 0.114 0.294 0.151 0.166 0.196 81 E 0.052 0.009 0.183 0.202 0.128 0.250 0.176 82 W 0.083 0.012 0.153 0.145 0.179 0.240 0.189 83 A 0.120 0.020 0.123 0.086 0.095 0.299 0.258 84 G 0.219 0.015 0.066 0.025 0.175 0.301 0.199 85 Y 0.561 0.039 0.032 0.017 0.095 0.059 0.199 86 L 0.677 0.041 0.012 0.006 0.051 0.030 0.182 87 R 0.593 0.025 0.009 0.004 0.079 0.067 0.224 88 H 0.392 0.011 0.008 0.005 0.266 0.051 0.268 89 I 0.366 0.007 0.008 0.007 0.320 0.028 0.264 90 P 0.490 0.013 0.008 0.013 0.088 0.051 0.336 91 F 0.587 0.037 0.009 0.010 0.060 0.023 0.273 92 T 0.679 0.021 0.009 0.013 0.038 0.031 0.208 93 F 0.499 0.016 0.033 0.018 0.082 0.115 0.236 94 A 0.335 0.019 0.034 0.017 0.132 0.295 0.168 95 D 0.166 0.010 0.028 0.013 0.317 0.249 0.218 96 G 0.220 0.012 0.026 0.017 0.285 0.179 0.261 97 T 0.341 0.024 0.037 0.038 0.098 0.119 0.342 98 T 0.586 0.029 0.032 0.027 0.058 0.038 0.230 99 A 0.715 0.026 0.025 0.029 0.040 0.024 0.140 100 A 0.691 0.038 0.024 0.032 0.043 0.031 0.141 101 M 0.291 0.013 0.029 0.026 0.086 0.030 0.525 102 P 0.087 0.005 0.142 0.075 0.085 0.450 0.156 103 E 0.094 0.015 0.151 0.061 0.112 0.466 0.101 104 M 0.151 0.032 0.164 0.072 0.123 0.166 0.292 105 K 0.143 0.027 0.112 0.071 0.093 0.199 0.355 106 R 0.148 0.020 0.123 0.065 0.163 0.231 0.250 107 T 0.084 0.006 0.077 0.029 0.245 0.397 0.163 108 G 0.179 0.009 0.042 0.020 0.262 0.285 0.203 109 W 0.524 0.029 0.015 0.021 0.071 0.036 0.305 110 K 0.702 0.023 0.009 0.019 0.043 0.018 0.186 111 N 0.725 0.016 0.014 0.020 0.047 0.025 0.154 112 A 0.630 0.013 0.015 0.022 0.066 0.042 0.212 113 F 0.367 0.022 0.014 0.018 0.118 0.054 0.406 114 A 0.149 0.048 0.016 0.019 0.126 0.045 0.598 115 I 0.050 0.020 0.021 0.027 0.084 0.047 0.751 116 G 0.004 0.002 0.335 0.411 0.021 0.106 0.123 117 D 0.001 0.001 0.292 0.529 0.020 0.134 0.023 118 E 0.001 0.001 0.306 0.577 0.014 0.086 0.015 119 I 0.002 0.003 0.025 0.855 0.049 0.021 0.045 120 Q 0.001 0.001 0.020 0.929 0.004 0.024 0.022 121 E 0.001 0.001 0.020 0.923 0.004 0.046 0.006 122 G 0.001 0.001 0.033 0.895 0.005 0.051 0.014 123 L 0.001 0.001 0.015 0.954 0.006 0.013 0.012 124 Q 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.018 0.001 125 R 0.001 0.001 0.003 0.970 0.001 0.026 0.001 126 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.015 0.006 127 D 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 128 Q 0.001 0.001 0.005 0.973 0.002 0.018 0.002 129 T 0.001 0.001 0.010 0.951 0.002 0.032 0.005 130 L 0.001 0.002 0.016 0.896 0.007 0.067 0.010 131 A 0.002 0.003 0.025 0.728 0.017 0.193 0.032 132 E 0.003 0.001 0.036 0.581 0.072 0.212 0.095 133 K 0.003 0.003 0.066 0.480 0.073 0.237 0.138 134 N 0.005 0.004 0.102 0.230 0.121 0.377 0.161 135 N 0.015 0.015 0.134 0.176 0.161 0.261 0.237 136 L 0.022 0.023 0.230 0.135 0.124 0.147 0.320 137 Q 0.012 0.008 0.198 0.108 0.082 0.407 0.184 138 G 0.012 0.007 0.139 0.069 0.136 0.463 0.174 139 L 0.021 0.023 0.040 0.058 0.298 0.087 0.474 140 T 0.025 0.037 0.022 0.060 0.115 0.062 0.679 141 R 0.008 0.006 0.078 0.561 0.051 0.081 0.215 142 E 0.002 0.001 0.061 0.814 0.028 0.040 0.054 143 E 0.002 0.001 0.047 0.876 0.014 0.025 0.035 144 F 0.001 0.001 0.015 0.951 0.002 0.012 0.018 145 N 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.004 0.005 146 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 147 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 149 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 151 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 152 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 153 N 0.002 0.001 0.002 0.972 0.002 0.018 0.003 154 S 0.002 0.001 0.004 0.951 0.002 0.036 0.004 155 L 0.007 0.001 0.010 0.920 0.005 0.047 0.011 156 N 0.016 0.001 0.019 0.903 0.014 0.038 0.010 157 Q 0.043 0.002 0.023 0.824 0.012 0.073 0.024 158 L 0.040 0.007 0.016 0.794 0.032 0.052 0.059 159 H 0.064 0.015 0.007 0.199 0.180 0.038 0.497 160 P 0.037 0.016 0.021 0.055 0.162 0.225 0.483 161 F 0.042 0.018 0.035 0.041 0.266 0.229 0.369 162 R 0.039 0.024 0.053 0.046 0.275 0.369 0.193 163 E 0.017 0.013 0.041 0.034 0.189 0.404 0.303 164 G 0.011 0.007 0.018 0.040 0.306 0.428 0.190 165 N 0.009 0.011 0.006 0.082 0.375 0.193 0.325 166 G 0.007 0.007 0.003 0.418 0.372 0.097 0.096 167 R 0.003 0.002 0.001 0.950 0.020 0.008 0.016 168 T 0.002 0.002 0.001 0.987 0.002 0.002 0.005 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.003 170 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 175 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.002 177 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 178 K 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 179 A 0.001 0.001 0.004 0.916 0.005 0.071 0.003 180 A 0.001 0.001 0.003 0.268 0.009 0.715 0.005 181 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.046 0.876 0.067 182 H 0.012 0.003 0.002 0.003 0.171 0.008 0.801 183 Q 0.187 0.035 0.006 0.005 0.053 0.011 0.703 184 L 0.383 0.022 0.006 0.007 0.057 0.006 0.519 185 N 0.468 0.021 0.006 0.009 0.025 0.008 0.463 186 F 0.536 0.013 0.033 0.028 0.054 0.021 0.315 187 S 0.531 0.011 0.044 0.038 0.058 0.044 0.274 188 L 0.490 0.020 0.064 0.058 0.087 0.057 0.224 189 I 0.277 0.026 0.016 0.053 0.219 0.033 0.376 190 T 0.119 0.036 0.005 0.039 0.073 0.013 0.716 191 K 0.001 0.001 0.017 0.955 0.002 0.015 0.010 192 E 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.006 0.002 193 R 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.004 0.002 194 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 195 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 196 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 198 S 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.014 0.006 199 V 0.001 0.001 0.004 0.954 0.004 0.031 0.006 200 A 0.002 0.001 0.007 0.932 0.005 0.040 0.013 201 V 0.006 0.004 0.010 0.887 0.011 0.048 0.033 202 A 0.007 0.005 0.020 0.689 0.047 0.099 0.133 203 E 0.008 0.005 0.029 0.457 0.117 0.297 0.087 204 N 0.003 0.002 0.020 0.144 0.119 0.611 0.101 205 G 0.003 0.002 0.013 0.046 0.312 0.342 0.282 206 D 0.010 0.020 0.007 0.046 0.173 0.046 0.699 207 L 0.010 0.017 0.016 0.631 0.063 0.041 0.222 208 E 0.002 0.001 0.011 0.948 0.011 0.009 0.019 209 P 0.002 0.001 0.009 0.970 0.003 0.006 0.009 210 M 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.004 0.004 211 Q 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.004 0.003 212 H 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.010 0.002 213 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.013 0.004 214 F 0.001 0.001 0.006 0.976 0.002 0.012 0.003 215 E 0.001 0.001 0.014 0.948 0.004 0.031 0.003 216 D 0.001 0.001 0.021 0.867 0.004 0.102 0.006 217 I 0.001 0.002 0.018 0.723 0.013 0.220 0.024 218 S 0.001 0.002 0.008 0.585 0.074 0.200 0.131 219 N 0.001 0.001 0.008 0.378 0.175 0.062 0.374 220 P 0.001 0.001 0.022 0.870 0.022 0.058 0.028 221 E 0.001 0.001 0.020 0.920 0.008 0.031 0.019 222 K 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.007 0.008 223 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 224 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 225 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.003 226 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 227 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 228 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 229 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 230 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 231 H 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 232 T 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.017 0.003 233 M 0.001 0.001 0.005 0.966 0.004 0.018 0.006 234 K 0.003 0.001 0.015 0.873 0.008 0.090 0.011 235 N 0.003 0.001 0.027 0.746 0.016 0.189 0.017 236 T 0.006 0.002 0.031 0.484 0.034 0.391 0.052 237 G 0.013 0.004 0.039 0.148 0.100 0.558 0.139 238 R 0.042 0.012 0.074 0.107 0.234 0.176 0.355 239 N 0.096 0.027 0.079 0.151 0.115 0.136 0.396 240 V 0.069 0.022 0.120 0.195 0.107 0.284 0.203 241 N 0.039 0.006 0.058 0.116 0.149 0.430 0.201 242 D 0.040 0.006 0.042 0.131 0.321 0.241 0.219 243 R 0.083 0.010 0.009 0.260 0.265 0.030 0.343 244 P 0.122 0.009 0.016 0.400 0.044 0.037 0.371 245 V 0.247 0.016 0.016 0.444 0.072 0.027 0.178 246 M 0.290 0.013 0.017 0.512 0.039 0.020 0.109 247 V 0.387 0.015 0.018 0.405 0.033 0.019 0.124 248 A 0.229 0.005 0.024 0.484 0.026 0.034 0.199 249 K 0.057 0.001 0.057 0.702 0.037 0.103 0.044 250 E 0.058 0.005 0.047 0.695 0.024 0.129 0.044 251 G 0.075 0.006 0.039 0.644 0.030 0.098 0.108 252 E 0.092 0.004 0.028 0.651 0.046 0.089 0.089 253 T 0.133 0.006 0.024 0.687 0.026 0.055 0.068 254 Y 0.080 0.008 0.022 0.768 0.018 0.049 0.056 255 T 0.060 0.005 0.017 0.722 0.032 0.092 0.072 256 G 0.062 0.002 0.034 0.568 0.078 0.168 0.087 257 T 0.094 0.005 0.045 0.583 0.056 0.097 0.120 258 Y 0.099 0.023 0.052 0.557 0.050 0.113 0.106 259 R 0.061 0.012 0.055 0.407 0.083 0.258 0.125 260 G 0.051 0.008 0.061 0.302 0.115 0.341 0.122 261 A 0.035 0.006 0.054 0.123 0.154 0.469 0.159 262 G 0.055 0.007 0.051 0.050 0.139 0.430 0.269 263 L 0.223 0.029 0.077 0.068 0.136 0.090 0.376 264 E 0.352 0.028 0.088 0.084 0.119 0.135 0.194 265 G 0.385 0.011 0.065 0.052 0.128 0.200 0.159 266 F 0.529 0.022 0.023 0.039 0.059 0.036 0.292 267 A 0.551 0.015 0.016 0.045 0.050 0.029 0.294 268 L 0.519 0.010 0.027 0.072 0.082 0.054 0.237 269 N 0.433 0.014 0.022 0.138 0.070 0.070 0.253 270 V 0.359 0.016 0.023 0.179 0.078 0.058 0.286 271 K 0.221 0.017 0.016 0.232 0.068 0.093 0.353 272 G 0.107 0.004 0.025 0.481 0.095 0.131 0.157 273 A 0.139 0.003 0.026 0.535 0.091 0.091 0.115 274 Y 0.312 0.011 0.020 0.521 0.023 0.033 0.080 275 I 0.358 0.015 0.017 0.513 0.014 0.029 0.053 276 I 0.439 0.009 0.019 0.375 0.029 0.068 0.061 277 G 0.202 0.006 0.038 0.319 0.087 0.262 0.087 278 N 0.127 0.026 0.056 0.279 0.087 0.190 0.235 279 I 0.070 0.027 0.219 0.199 0.109 0.122 0.253 280 D 0.021 0.003 0.238 0.076 0.090 0.453 0.118 281 H 0.009 0.004 0.180 0.046 0.160 0.504 0.097 282 L 0.008 0.009 0.003 0.003 0.796 0.006 0.176 283 P 0.011 0.017 0.003 0.001 0.060 0.007 0.901 284 P 0.003 0.002 0.628 0.141 0.011 0.197 0.018 285 E 0.006 0.001 0.674 0.174 0.021 0.112 0.013 286 Q 0.009 0.002 0.738 0.178 0.007 0.047 0.020 287 L 0.119 0.020 0.168 0.430 0.030 0.072 0.161 288 K 0.306 0.025 0.104 0.344 0.029 0.071 0.121 289 I 0.465 0.017 0.059 0.273 0.026 0.073 0.088 290 L 0.299 0.020 0.048 0.200 0.118 0.085 0.230 291 K 0.193 0.008 0.012 0.019 0.309 0.036 0.423 292 P 0.082 0.011 0.045 0.016 0.181 0.417 0.248 293 G 0.058 0.008 0.058 0.006 0.215 0.441 0.215 294 D 0.113 0.003 0.049 0.008 0.346 0.169 0.311 295 K 0.473 0.026 0.036 0.015 0.073 0.082 0.295 296 I 0.633 0.017 0.007 0.007 0.025 0.008 0.304 297 T 0.744 0.018 0.003 0.008 0.014 0.008 0.205 298 F 0.531 0.017 0.005 0.006 0.011 0.012 0.419 299 T 0.032 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.963