# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 538 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.296 0.295 0.216 0.137 0.046 0.010 0.001 2 P 0.674 0.231 0.063 0.022 0.007 0.002 0.001 3 K 0.257 0.351 0.241 0.116 0.029 0.006 0.001 4 A 0.048 0.049 0.092 0.290 0.378 0.137 0.006 5 K 0.068 0.229 0.326 0.258 0.094 0.022 0.002 6 A 0.192 0.449 0.239 0.087 0.026 0.006 0.001 7 K 0.027 0.113 0.256 0.331 0.207 0.060 0.005 8 T 0.030 0.030 0.057 0.184 0.358 0.298 0.043 9 K 0.050 0.182 0.268 0.259 0.165 0.068 0.008 10 N 0.060 0.170 0.236 0.247 0.164 0.099 0.023 11 T 0.020 0.028 0.046 0.133 0.268 0.369 0.136 12 E 0.035 0.072 0.120 0.186 0.216 0.246 0.125 13 I 0.066 0.101 0.143 0.193 0.193 0.188 0.116 14 I 0.021 0.025 0.031 0.062 0.140 0.357 0.364 15 S 0.020 0.048 0.081 0.158 0.222 0.283 0.187 16 P 0.079 0.133 0.128 0.138 0.165 0.223 0.134 17 H 0.048 0.109 0.179 0.251 0.228 0.146 0.039 18 H 0.064 0.154 0.225 0.237 0.186 0.108 0.025 19 Y 0.029 0.064 0.106 0.200 0.295 0.252 0.054 20 V 0.062 0.160 0.212 0.239 0.196 0.115 0.016 21 Y 0.092 0.182 0.263 0.251 0.151 0.054 0.007 22 P 0.444 0.322 0.129 0.064 0.028 0.010 0.003 23 N 0.186 0.252 0.245 0.189 0.094 0.031 0.004 24 T 0.111 0.184 0.253 0.280 0.134 0.034 0.002 25 T 0.272 0.394 0.221 0.085 0.023 0.005 0.001 26 T 0.103 0.245 0.320 0.231 0.084 0.017 0.001 27 L 0.017 0.022 0.059 0.243 0.427 0.221 0.010 28 K 0.098 0.289 0.326 0.211 0.064 0.011 0.001 29 N 0.279 0.368 0.220 0.100 0.027 0.006 0.001 30 K 0.246 0.304 0.241 0.142 0.054 0.012 0.001 31 Y 0.226 0.252 0.254 0.178 0.074 0.015 0.001 32 G 0.268 0.280 0.209 0.148 0.073 0.021 0.001 33 I 0.113 0.152 0.224 0.276 0.181 0.052 0.002 34 K 0.352 0.297 0.185 0.111 0.043 0.010 0.001 35 N 0.495 0.271 0.130 0.069 0.027 0.007 0.001 36 L 0.271 0.199 0.203 0.199 0.101 0.026 0.001 37 N 0.493 0.292 0.133 0.060 0.018 0.004 0.001 38 A 0.530 0.299 0.110 0.044 0.013 0.003 0.001 39 F 0.110 0.158 0.226 0.275 0.178 0.050 0.003 40 L 0.242 0.335 0.230 0.128 0.051 0.014 0.001 41 E 0.283 0.309 0.212 0.127 0.051 0.016 0.002 42 K 0.245 0.253 0.217 0.163 0.086 0.033 0.004 43 C 0.156 0.256 0.232 0.189 0.108 0.050 0.008 44 S 0.089 0.118 0.168 0.252 0.234 0.120 0.019 45 H 0.084 0.179 0.222 0.232 0.164 0.102 0.017 46 D 0.224 0.327 0.218 0.130 0.070 0.027 0.004 47 T 0.048 0.111 0.209 0.279 0.225 0.113 0.015 48 A 0.019 0.020 0.029 0.098 0.281 0.469 0.084 49 K 0.024 0.118 0.285 0.337 0.177 0.056 0.003 50 A 0.055 0.136 0.271 0.325 0.173 0.038 0.002 51 M 0.022 0.024 0.031 0.061 0.202 0.522 0.138 52 I 0.011 0.017 0.045 0.178 0.380 0.336 0.033 53 N 0.046 0.263 0.358 0.224 0.085 0.021 0.003 54 L 0.024 0.082 0.190 0.352 0.274 0.073 0.006 55 R 0.016 0.034 0.065 0.173 0.351 0.330 0.031 56 E 0.108 0.281 0.303 0.212 0.081 0.015 0.001 57 E 0.424 0.372 0.144 0.047 0.011 0.001 0.001 58 S 0.319 0.313 0.194 0.120 0.043 0.010 0.001 59 L 0.093 0.172 0.268 0.296 0.142 0.029 0.001 60 P 0.617 0.270 0.081 0.024 0.006 0.001 0.001 61 E 0.420 0.327 0.162 0.070 0.018 0.003 0.001 62 Y 0.192 0.261 0.225 0.191 0.097 0.032 0.002 63 F 0.032 0.070 0.158 0.312 0.311 0.109 0.007 64 D 0.128 0.369 0.290 0.143 0.054 0.014 0.001 65 T 0.054 0.204 0.301 0.292 0.124 0.024 0.001 66 A 0.224 0.426 0.224 0.085 0.031 0.009 0.001 67 Y 0.003 0.049 0.223 0.380 0.265 0.076 0.004 68 L 0.001 0.002 0.005 0.047 0.274 0.579 0.093 69 C 0.002 0.046 0.199 0.410 0.265 0.074 0.005 70 H 0.011 0.124 0.302 0.327 0.167 0.063 0.006 71 I 0.001 0.003 0.011 0.037 0.178 0.616 0.155 72 H 0.001 0.001 0.005 0.042 0.248 0.555 0.148 73 Q 0.006 0.117 0.329 0.345 0.154 0.045 0.005 74 Q 0.005 0.063 0.217 0.404 0.251 0.057 0.003 75 L 0.001 0.003 0.011 0.066 0.296 0.553 0.071 76 F 0.004 0.028 0.121 0.343 0.379 0.119 0.006 77 K 0.203 0.497 0.213 0.066 0.017 0.003 0.001 78 N 0.105 0.253 0.281 0.248 0.091 0.020 0.002 79 T 0.060 0.116 0.173 0.268 0.245 0.126 0.012 80 F 0.113 0.199 0.239 0.239 0.152 0.052 0.006 81 E 0.360 0.315 0.165 0.093 0.044 0.018 0.004 82 W 0.171 0.226 0.217 0.191 0.119 0.061 0.015 83 A 0.191 0.195 0.184 0.195 0.138 0.077 0.019 84 G 0.156 0.184 0.191 0.183 0.147 0.103 0.035 85 Y 0.109 0.182 0.216 0.213 0.157 0.096 0.027 86 L 0.038 0.040 0.057 0.138 0.272 0.343 0.112 87 R 0.069 0.116 0.182 0.250 0.220 0.131 0.032 88 H 0.194 0.270 0.218 0.157 0.092 0.053 0.016 89 I 0.130 0.154 0.188 0.224 0.173 0.103 0.026 90 P 0.233 0.218 0.185 0.158 0.115 0.071 0.019 91 F 0.100 0.112 0.154 0.209 0.212 0.167 0.045 92 T 0.143 0.180 0.190 0.202 0.162 0.100 0.022 93 F 0.074 0.111 0.158 0.217 0.226 0.171 0.043 94 A 0.170 0.194 0.187 0.185 0.148 0.093 0.023 95 D 0.191 0.278 0.227 0.152 0.089 0.050 0.013 96 G 0.134 0.193 0.197 0.208 0.169 0.083 0.017 97 T 0.064 0.176 0.224 0.228 0.176 0.108 0.023 98 T 0.054 0.076 0.133 0.275 0.295 0.149 0.019 99 A 0.104 0.342 0.311 0.164 0.055 0.020 0.003 100 A 0.032 0.096 0.205 0.332 0.237 0.088 0.011 101 M 0.039 0.079 0.153 0.284 0.298 0.134 0.013 102 P 0.346 0.341 0.182 0.094 0.029 0.007 0.001 103 E 0.565 0.257 0.097 0.053 0.021 0.007 0.001 104 M 0.265 0.252 0.223 0.167 0.071 0.020 0.001 105 K 0.497 0.302 0.130 0.054 0.014 0.003 0.001 106 R 0.548 0.266 0.109 0.054 0.018 0.004 0.001 107 T 0.437 0.276 0.172 0.081 0.029 0.006 0.001 108 G 0.347 0.292 0.171 0.113 0.053 0.022 0.003 109 W 0.088 0.111 0.181 0.261 0.229 0.113 0.018 110 K 0.073 0.134 0.205 0.257 0.203 0.109 0.019 111 N 0.036 0.039 0.067 0.143 0.241 0.348 0.126 112 A 0.025 0.046 0.078 0.155 0.245 0.316 0.136 113 F 0.025 0.044 0.091 0.153 0.226 0.318 0.143 114 A 0.015 0.030 0.051 0.123 0.265 0.367 0.149 115 I 0.023 0.077 0.114 0.160 0.239 0.298 0.089 116 G 0.014 0.068 0.145 0.293 0.309 0.154 0.017 117 D 0.208 0.419 0.234 0.094 0.033 0.010 0.002 118 E 0.016 0.191 0.359 0.297 0.105 0.029 0.004 119 I 0.001 0.003 0.014 0.125 0.462 0.377 0.018 120 Q 0.028 0.235 0.432 0.244 0.056 0.005 0.001 121 E 0.255 0.590 0.135 0.017 0.002 0.001 0.001 122 G 0.002 0.026 0.138 0.370 0.352 0.110 0.002 123 L 0.001 0.004 0.024 0.185 0.511 0.268 0.007 124 Q 0.045 0.391 0.403 0.139 0.021 0.002 0.001 125 R 0.015 0.148 0.393 0.343 0.089 0.011 0.001 126 L 0.001 0.002 0.007 0.043 0.286 0.624 0.037 127 D 0.002 0.021 0.143 0.425 0.337 0.070 0.002 128 Q 0.070 0.495 0.310 0.099 0.023 0.004 0.001 129 T 0.009 0.064 0.232 0.427 0.225 0.042 0.001 130 L 0.007 0.018 0.050 0.222 0.445 0.247 0.011 131 A 0.137 0.355 0.304 0.154 0.044 0.006 0.001 132 E 0.426 0.375 0.142 0.045 0.010 0.001 0.001 133 K 0.259 0.288 0.247 0.150 0.047 0.009 0.001 134 N 0.393 0.319 0.177 0.085 0.023 0.004 0.001 135 N 0.293 0.299 0.219 0.132 0.049 0.008 0.001 136 L 0.087 0.122 0.225 0.329 0.199 0.037 0.001 137 Q 0.513 0.337 0.109 0.033 0.006 0.001 0.001 138 G 0.607 0.259 0.094 0.032 0.007 0.001 0.001 139 L 0.225 0.209 0.211 0.206 0.115 0.031 0.001 140 T 0.370 0.360 0.159 0.075 0.027 0.008 0.001 141 R 0.090 0.214 0.309 0.269 0.099 0.018 0.001 142 E 0.199 0.347 0.241 0.135 0.057 0.019 0.002 143 E 0.302 0.386 0.178 0.079 0.039 0.015 0.002 144 F 0.016 0.056 0.142 0.287 0.338 0.147 0.013 145 N 0.015 0.045 0.086 0.233 0.315 0.259 0.047 146 S 0.016 0.098 0.220 0.322 0.241 0.097 0.006 147 E 0.010 0.033 0.144 0.342 0.339 0.120 0.012 148 A 0.010 0.009 0.008 0.015 0.070 0.508 0.379 149 I 0.006 0.008 0.018 0.067 0.201 0.425 0.275 150 E 0.004 0.034 0.145 0.307 0.280 0.175 0.056 151 L 0.005 0.008 0.017 0.065 0.226 0.449 0.230 152 F 0.002 0.005 0.007 0.018 0.076 0.378 0.514 153 N 0.012 0.044 0.087 0.158 0.235 0.273 0.191 154 S 0.018 0.050 0.126 0.259 0.292 0.156 0.099 155 L 0.005 0.010 0.016 0.041 0.110 0.345 0.473 156 N 0.015 0.041 0.084 0.195 0.258 0.272 0.134 157 Q 0.016 0.043 0.079 0.133 0.217 0.317 0.195 158 L 0.021 0.033 0.049 0.102 0.197 0.330 0.267 159 H 0.023 0.041 0.059 0.124 0.203 0.372 0.178 160 P 0.033 0.074 0.096 0.156 0.214 0.259 0.168 161 F 0.036 0.048 0.080 0.160 0.245 0.284 0.147 162 R 0.075 0.165 0.193 0.194 0.167 0.138 0.067 163 E 0.131 0.197 0.171 0.166 0.137 0.116 0.082 164 G 0.080 0.123 0.152 0.211 0.216 0.152 0.066 165 N 0.081 0.125 0.158 0.199 0.203 0.166 0.069 166 G 0.040 0.108 0.177 0.220 0.204 0.180 0.071 167 R 0.011 0.025 0.064 0.167 0.301 0.311 0.122 168 T 0.006 0.012 0.021 0.049 0.123 0.370 0.419 169 Q 0.004 0.008 0.013 0.037 0.111 0.357 0.470 170 R 0.002 0.008 0.024 0.062 0.141 0.287 0.476 171 L 0.001 0.005 0.011 0.029 0.084 0.294 0.575 172 F 0.001 0.002 0.005 0.020 0.063 0.268 0.641 173 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.242 0.716 174 E 0.001 0.004 0.020 0.101 0.255 0.397 0.222 175 N 0.002 0.023 0.080 0.189 0.266 0.334 0.105 176 L 0.001 0.008 0.024 0.085 0.235 0.472 0.174 177 A 0.002 0.006 0.013 0.060 0.259 0.551 0.108 178 K 0.023 0.136 0.278 0.336 0.187 0.037 0.003 179 A 0.158 0.379 0.275 0.136 0.042 0.008 0.001 180 A 0.112 0.262 0.323 0.217 0.072 0.013 0.001 181 G 0.375 0.360 0.171 0.069 0.020 0.004 0.001 182 H 0.075 0.138 0.235 0.298 0.203 0.049 0.003 183 Q 0.102 0.236 0.290 0.226 0.108 0.034 0.004 184 L 0.012 0.022 0.047 0.131 0.295 0.419 0.075 185 N 0.022 0.106 0.199 0.263 0.229 0.148 0.035 186 F 0.010 0.020 0.047 0.144 0.334 0.372 0.073 187 S 0.040 0.143 0.228 0.299 0.203 0.077 0.009 188 L 0.038 0.166 0.267 0.279 0.168 0.074 0.008 189 I 0.097 0.217 0.240 0.220 0.145 0.069 0.012 190 T 0.165 0.366 0.245 0.141 0.061 0.020 0.003 191 K 0.099 0.204 0.255 0.258 0.137 0.043 0.004 192 E 0.358 0.396 0.156 0.058 0.023 0.009 0.001 193 R 0.040 0.266 0.373 0.222 0.078 0.019 0.002 194 M 0.004 0.011 0.029 0.135 0.374 0.398 0.050 195 M 0.005 0.043 0.162 0.357 0.309 0.114 0.010 196 V 0.037 0.249 0.327 0.250 0.105 0.029 0.003 197 A 0.003 0.009 0.042 0.163 0.363 0.376 0.045 198 S 0.002 0.003 0.006 0.026 0.161 0.556 0.246 199 V 0.017 0.127 0.262 0.312 0.194 0.078 0.010 200 A 0.018 0.162 0.306 0.329 0.150 0.032 0.003 201 V 0.003 0.010 0.033 0.133 0.373 0.406 0.042 202 A 0.012 0.078 0.221 0.384 0.249 0.053 0.002 203 E 0.271 0.418 0.208 0.076 0.022 0.004 0.001 204 N 0.390 0.325 0.183 0.078 0.020 0.003 0.001 205 G 0.231 0.257 0.227 0.175 0.085 0.024 0.002 206 D 0.257 0.341 0.204 0.120 0.057 0.018 0.002 207 L 0.016 0.063 0.175 0.318 0.285 0.133 0.011 208 E 0.162 0.322 0.238 0.153 0.086 0.033 0.005 209 P 0.023 0.143 0.288 0.292 0.180 0.064 0.009 210 M 0.002 0.003 0.009 0.058 0.290 0.546 0.093 211 Q 0.005 0.053 0.171 0.336 0.281 0.142 0.013 212 H 0.017 0.186 0.378 0.289 0.104 0.024 0.001 213 L 0.002 0.009 0.043 0.176 0.421 0.326 0.023 214 F 0.003 0.004 0.007 0.031 0.188 0.622 0.145 215 E 0.017 0.097 0.247 0.361 0.212 0.063 0.003 216 D 0.076 0.334 0.337 0.188 0.055 0.010 0.001 217 I 0.008 0.033 0.098 0.277 0.358 0.211 0.014 218 S 0.022 0.045 0.098 0.265 0.375 0.186 0.009 219 N 0.285 0.434 0.201 0.063 0.015 0.002 0.001 220 P 0.461 0.364 0.126 0.039 0.008 0.001 0.001 221 E 0.150 0.275 0.243 0.205 0.095 0.031 0.002 222 K 0.063 0.138 0.225 0.298 0.205 0.067 0.004 223 I 0.276 0.328 0.228 0.115 0.044 0.009 0.001 224 R 0.185 0.382 0.272 0.120 0.034 0.007 0.001 225 L 0.022 0.044 0.100 0.275 0.354 0.193 0.011 226 L 0.018 0.062 0.163 0.303 0.297 0.146 0.010 227 K 0.293 0.405 0.204 0.073 0.020 0.004 0.001 228 E 0.080 0.233 0.318 0.255 0.092 0.021 0.001 229 F 0.014 0.020 0.051 0.178 0.386 0.328 0.023 230 M 0.133 0.287 0.296 0.192 0.073 0.018 0.001 231 H 0.348 0.369 0.182 0.076 0.022 0.004 0.001 232 T 0.126 0.169 0.211 0.258 0.173 0.058 0.004 233 M 0.119 0.135 0.196 0.277 0.194 0.075 0.004 234 K 0.403 0.347 0.159 0.067 0.020 0.004 0.001 235 N 0.320 0.291 0.214 0.126 0.040 0.008 0.001 236 T 0.251 0.197 0.184 0.190 0.129 0.046 0.003 237 G 0.398 0.285 0.177 0.098 0.034 0.008 0.001 238 R 0.492 0.270 0.136 0.072 0.025 0.005 0.001 239 N 0.345 0.270 0.193 0.126 0.052 0.013 0.001 240 V 0.303 0.271 0.207 0.144 0.059 0.015 0.001 241 N 0.538 0.256 0.116 0.060 0.023 0.005 0.001 242 D 0.385 0.284 0.181 0.102 0.039 0.009 0.001 243 R 0.234 0.232 0.213 0.193 0.098 0.028 0.002 244 P 0.304 0.294 0.205 0.127 0.054 0.015 0.001 245 V 0.322 0.277 0.200 0.123 0.059 0.018 0.002 246 M 0.188 0.251 0.232 0.196 0.097 0.033 0.003 247 V 0.084 0.101 0.162 0.289 0.255 0.101 0.007 248 A 0.247 0.306 0.247 0.138 0.049 0.012 0.001 249 K 0.439 0.341 0.137 0.055 0.020 0.006 0.001 250 E 0.251 0.253 0.215 0.169 0.083 0.026 0.002 251 G 0.119 0.134 0.192 0.272 0.203 0.074 0.005 252 E 0.380 0.325 0.187 0.079 0.023 0.005 0.001 253 T 0.318 0.405 0.191 0.067 0.015 0.003 0.001 254 Y 0.058 0.068 0.126 0.281 0.324 0.137 0.007 255 T 0.085 0.175 0.271 0.272 0.152 0.042 0.003 256 G 0.359 0.339 0.174 0.085 0.032 0.010 0.001 257 T 0.110 0.222 0.286 0.244 0.107 0.029 0.002 258 Y 0.039 0.045 0.092 0.248 0.359 0.204 0.013 259 R 0.218 0.306 0.248 0.151 0.059 0.017 0.002 260 G 0.421 0.331 0.153 0.068 0.022 0.005 0.001 261 A 0.429 0.251 0.159 0.101 0.045 0.013 0.002 262 G 0.454 0.287 0.139 0.076 0.032 0.011 0.001 263 L 0.157 0.170 0.212 0.232 0.158 0.065 0.007 264 E 0.263 0.271 0.212 0.154 0.074 0.023 0.003 265 G 0.188 0.249 0.227 0.179 0.104 0.046 0.008 266 F 0.057 0.078 0.134 0.244 0.274 0.186 0.027 267 A 0.104 0.175 0.219 0.219 0.164 0.101 0.018 268 L 0.132 0.179 0.199 0.223 0.168 0.084 0.014 269 N 0.237 0.302 0.211 0.141 0.072 0.032 0.005 270 V 0.076 0.081 0.144 0.274 0.284 0.129 0.012 271 K 0.372 0.365 0.173 0.065 0.019 0.006 0.001 272 G 0.261 0.284 0.218 0.149 0.067 0.019 0.002 273 A 0.200 0.255 0.240 0.179 0.093 0.030 0.003 274 Y 0.102 0.252 0.287 0.222 0.102 0.032 0.003 275 I 0.039 0.039 0.082 0.224 0.352 0.239 0.024 276 I 0.100 0.253 0.289 0.221 0.102 0.032 0.003 277 G 0.131 0.230 0.252 0.217 0.122 0.044 0.005 278 N 0.139 0.191 0.216 0.231 0.159 0.059 0.005 279 I 0.160 0.198 0.254 0.229 0.123 0.033 0.003 280 D 0.449 0.302 0.143 0.071 0.027 0.008 0.001 281 H 0.460 0.305 0.144 0.064 0.021 0.005 0.001 282 L 0.416 0.263 0.152 0.105 0.048 0.015 0.001 283 P 0.434 0.280 0.151 0.092 0.035 0.008 0.001 284 P 0.493 0.227 0.148 0.088 0.036 0.006 0.001 285 E 0.668 0.256 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 286 Q 0.274 0.315 0.239 0.132 0.034 0.005 0.001 287 L 0.095 0.119 0.205 0.317 0.221 0.042 0.001 288 K 0.286 0.372 0.227 0.089 0.023 0.003 0.001 289 I 0.292 0.254 0.211 0.168 0.061 0.013 0.001 290 L 0.165 0.191 0.235 0.240 0.133 0.035 0.001 291 K 0.605 0.244 0.094 0.041 0.013 0.003 0.001 292 P 0.582 0.255 0.102 0.044 0.013 0.003 0.001 293 G 0.378 0.223 0.177 0.139 0.068 0.015 0.001 294 D 0.488 0.296 0.136 0.061 0.016 0.003 0.001 295 K 0.440 0.317 0.149 0.066 0.022 0.006 0.001 296 I 0.260 0.165 0.183 0.222 0.142 0.027 0.001 297 T 0.408 0.327 0.169 0.074 0.019 0.004 0.001 298 F 0.313 0.221 0.202 0.169 0.076 0.017 0.001 299 T 0.590 0.229 0.113 0.047 0.016 0.004 0.001