# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.65111 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.113 0.044 0.091 0.069 0.076 0.105 0.104 0.097 0.072 0.038 2 P 0.402 0.183 0.056 0.079 0.060 0.052 0.057 0.040 0.035 0.025 0.012 3 K 0.386 0.196 0.096 0.140 0.081 0.044 0.029 0.014 0.009 0.004 0.001 4 A 0.373 0.106 0.049 0.066 0.054 0.058 0.082 0.071 0.068 0.049 0.023 5 K 0.153 0.117 0.211 0.229 0.128 0.068 0.050 0.021 0.013 0.006 0.003 6 A 0.264 0.117 0.211 0.130 0.074 0.063 0.067 0.036 0.022 0.011 0.005 7 K 0.069 0.090 0.250 0.199 0.135 0.103 0.083 0.038 0.020 0.009 0.004 8 T 0.189 0.117 0.188 0.114 0.086 0.077 0.092 0.055 0.043 0.025 0.013 9 K 0.120 0.157 0.257 0.193 0.123 0.066 0.044 0.018 0.012 0.006 0.003 10 N 0.197 0.172 0.127 0.131 0.098 0.075 0.083 0.044 0.038 0.024 0.012 11 T 0.191 0.106 0.085 0.123 0.116 0.095 0.106 0.065 0.058 0.036 0.020 12 E 0.279 0.211 0.128 0.149 0.092 0.055 0.045 0.019 0.012 0.006 0.003 13 I 0.128 0.097 0.077 0.130 0.109 0.107 0.116 0.081 0.072 0.050 0.033 14 I 0.153 0.115 0.075 0.116 0.114 0.109 0.115 0.074 0.065 0.041 0.023 15 S 0.231 0.169 0.058 0.122 0.098 0.074 0.093 0.059 0.047 0.029 0.019 16 P 0.198 0.137 0.056 0.134 0.110 0.093 0.095 0.063 0.055 0.037 0.023 17 H 0.054 0.056 0.026 0.096 0.127 0.140 0.184 0.121 0.091 0.063 0.042 18 H 0.118 0.137 0.072 0.227 0.158 0.105 0.083 0.043 0.028 0.017 0.011 19 Y 0.031 0.022 0.019 0.049 0.068 0.090 0.172 0.171 0.177 0.132 0.068 20 V 0.045 0.080 0.052 0.181 0.138 0.115 0.145 0.102 0.079 0.041 0.022 21 Y 0.013 0.022 0.014 0.049 0.070 0.101 0.182 0.178 0.173 0.121 0.077 22 P 0.376 0.226 0.091 0.162 0.073 0.034 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 23 N 0.216 0.108 0.038 0.170 0.139 0.119 0.115 0.048 0.028 0.014 0.005 24 T 0.038 0.035 0.013 0.043 0.045 0.056 0.115 0.143 0.204 0.181 0.127 25 T 0.043 0.135 0.084 0.284 0.183 0.131 0.086 0.029 0.015 0.007 0.003 26 T 0.019 0.031 0.035 0.070 0.080 0.106 0.185 0.173 0.141 0.104 0.056 27 L 0.016 0.011 0.016 0.040 0.045 0.063 0.161 0.184 0.200 0.166 0.097 28 K 0.007 0.035 0.041 0.184 0.200 0.149 0.153 0.098 0.074 0.039 0.019 29 N 0.004 0.012 0.016 0.031 0.033 0.037 0.088 0.143 0.237 0.223 0.177 30 K 0.065 0.072 0.078 0.180 0.178 0.143 0.141 0.074 0.043 0.018 0.007 31 Y 0.023 0.045 0.032 0.090 0.106 0.124 0.231 0.144 0.110 0.071 0.025 32 G 0.090 0.141 0.083 0.191 0.131 0.098 0.103 0.062 0.050 0.032 0.017 33 I 0.055 0.057 0.052 0.106 0.101 0.107 0.178 0.119 0.116 0.071 0.038 34 K 0.336 0.200 0.140 0.146 0.078 0.043 0.032 0.013 0.007 0.003 0.002 35 N 0.019 0.128 0.046 0.124 0.099 0.130 0.184 0.120 0.081 0.047 0.022 36 L 0.007 0.010 0.013 0.039 0.088 0.150 0.245 0.161 0.141 0.089 0.058 37 N 0.400 0.165 0.201 0.150 0.050 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.012 0.039 0.131 0.308 0.238 0.156 0.084 0.021 0.007 0.002 0.001 39 F 0.001 0.002 0.010 0.006 0.006 0.011 0.055 0.115 0.229 0.290 0.276 40 L 0.002 0.005 0.041 0.121 0.201 0.239 0.246 0.085 0.040 0.014 0.005 41 E 0.010 0.029 0.777 0.117 0.043 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 42 K 0.016 0.026 0.052 0.094 0.146 0.246 0.300 0.078 0.027 0.011 0.004 43 C 0.006 0.007 0.009 0.011 0.014 0.029 0.125 0.189 0.248 0.233 0.128 44 S 0.066 0.209 0.188 0.199 0.143 0.093 0.059 0.021 0.012 0.006 0.003 45 H 0.236 0.142 0.341 0.146 0.069 0.036 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 46 D 0.360 0.170 0.128 0.119 0.078 0.056 0.051 0.018 0.011 0.005 0.003 47 T 0.029 0.061 0.086 0.089 0.070 0.104 0.190 0.123 0.116 0.080 0.052 48 A 0.050 0.020 0.094 0.082 0.101 0.173 0.239 0.115 0.074 0.036 0.016 49 K 0.047 0.061 0.574 0.189 0.073 0.033 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 50 A 0.007 0.024 0.166 0.143 0.147 0.183 0.182 0.075 0.043 0.021 0.010 51 M 0.005 0.006 0.048 0.026 0.026 0.036 0.099 0.117 0.197 0.229 0.210 52 I 0.007 0.017 0.228 0.101 0.132 0.164 0.215 0.075 0.040 0.016 0.006 53 N 0.012 0.050 0.526 0.226 0.116 0.044 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 54 L 0.002 0.004 0.012 0.009 0.018 0.039 0.152 0.149 0.210 0.220 0.186 55 R 0.039 0.070 0.121 0.137 0.136 0.123 0.179 0.086 0.064 0.030 0.016 56 E 0.114 0.122 0.273 0.185 0.135 0.083 0.058 0.017 0.008 0.003 0.002 57 E 0.360 0.220 0.145 0.146 0.065 0.033 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 58 S 0.353 0.173 0.059 0.095 0.077 0.065 0.079 0.040 0.030 0.018 0.012 59 L 0.029 0.035 0.012 0.041 0.061 0.101 0.188 0.150 0.141 0.121 0.120 60 P 0.232 0.213 0.088 0.142 0.116 0.080 0.064 0.028 0.020 0.011 0.006 61 E 0.544 0.142 0.072 0.118 0.059 0.032 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 62 Y 0.116 0.097 0.061 0.180 0.145 0.133 0.136 0.062 0.040 0.020 0.010 63 F 0.017 0.016 0.019 0.040 0.049 0.086 0.165 0.166 0.197 0.145 0.101 64 D 0.010 0.050 0.070 0.144 0.143 0.169 0.199 0.103 0.064 0.033 0.015 65 T 0.018 0.024 0.053 0.094 0.114 0.153 0.210 0.132 0.105 0.063 0.034 66 A 0.101 0.056 0.096 0.137 0.126 0.138 0.168 0.080 0.056 0.028 0.014 67 Y 0.004 0.011 0.032 0.065 0.062 0.081 0.213 0.186 0.167 0.120 0.059 68 L 0.002 0.004 0.034 0.015 0.012 0.017 0.060 0.108 0.208 0.279 0.263 69 C 0.004 0.012 0.152 0.153 0.150 0.152 0.167 0.089 0.065 0.040 0.017 70 H 0.004 0.020 0.187 0.137 0.152 0.154 0.182 0.084 0.049 0.023 0.008 71 I 0.002 0.006 0.023 0.020 0.019 0.031 0.132 0.159 0.233 0.231 0.143 72 H 0.006 0.009 0.035 0.054 0.064 0.097 0.250 0.186 0.160 0.096 0.043 73 Q 0.039 0.064 0.319 0.218 0.143 0.095 0.070 0.027 0.015 0.006 0.003 74 Q 0.029 0.059 0.109 0.139 0.165 0.173 0.182 0.076 0.043 0.019 0.007 75 L 0.042 0.037 0.034 0.061 0.057 0.065 0.126 0.141 0.188 0.160 0.091