# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.65111 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.220 0.429 0.009 0.028 0.023 0.017 0.001 0.164 0.003 0.001 2 P 0.394 0.005 0.501 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 3 K 0.750 0.037 0.146 0.017 0.014 0.005 0.006 0.009 0.007 0.009 0.001 4 A 0.837 0.009 0.105 0.025 0.004 0.007 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 5 K 0.893 0.016 0.030 0.042 0.005 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 6 A 0.806 0.027 0.060 0.073 0.011 0.009 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 7 K 0.681 0.060 0.077 0.136 0.010 0.014 0.010 0.002 0.009 0.001 0.001 8 T 0.352 0.160 0.187 0.203 0.027 0.024 0.015 0.004 0.027 0.002 0.001 9 K 0.371 0.162 0.220 0.130 0.032 0.024 0.032 0.004 0.018 0.006 0.001 10 N 0.094 0.060 0.132 0.216 0.037 0.144 0.237 0.022 0.052 0.005 0.001 11 T 0.239 0.303 0.215 0.142 0.048 0.022 0.008 0.003 0.019 0.001 0.001 12 E 0.132 0.435 0.274 0.042 0.049 0.037 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 13 I 0.114 0.477 0.291 0.040 0.017 0.040 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 14 I 0.107 0.424 0.247 0.084 0.042 0.038 0.007 0.001 0.048 0.001 0.001 15 S 0.024 0.180 0.526 0.001 0.114 0.010 0.010 0.001 0.116 0.018 0.001 16 P 0.337 0.002 0.319 0.026 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 17 H 0.118 0.203 0.251 0.123 0.127 0.034 0.075 0.023 0.038 0.007 0.001 18 H 0.216 0.171 0.234 0.185 0.051 0.051 0.047 0.014 0.025 0.004 0.002 19 Y 0.097 0.474 0.204 0.076 0.092 0.020 0.010 0.005 0.019 0.002 0.001 20 V 0.082 0.315 0.451 0.049 0.016 0.066 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 21 Y 0.011 0.298 0.328 0.001 0.019 0.028 0.003 0.001 0.310 0.001 0.001 22 P 0.487 0.001 0.455 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 23 N 0.100 0.009 0.026 0.474 0.009 0.043 0.158 0.157 0.022 0.002 0.001 24 T 0.085 0.215 0.545 0.057 0.020 0.051 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 25 T 0.585 0.080 0.147 0.097 0.018 0.028 0.028 0.005 0.009 0.002 0.001 26 T 0.606 0.198 0.095 0.051 0.020 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 27 L 0.543 0.180 0.083 0.128 0.016 0.025 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 28 K 0.621 0.115 0.168 0.037 0.017 0.022 0.006 0.001 0.011 0.003 0.001 29 N 0.554 0.039 0.117 0.150 0.017 0.054 0.043 0.008 0.015 0.002 0.001 30 K 0.694 0.049 0.079 0.121 0.008 0.018 0.018 0.005 0.006 0.002 0.001 31 Y 0.350 0.058 0.085 0.408 0.022 0.005 0.053 0.007 0.009 0.002 0.001 32 G 0.118 0.008 0.032 0.038 0.043 0.005 0.130 0.422 0.002 0.203 0.001 33 I 0.382 0.293 0.161 0.076 0.036 0.031 0.004 0.001 0.012 0.003 0.001 34 K 0.410 0.163 0.198 0.104 0.059 0.038 0.009 0.003 0.012 0.005 0.001 35 N 0.040 0.042 0.151 0.022 0.030 0.359 0.007 0.001 0.347 0.002 0.002 36 L 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.965 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.964 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.974 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.964 0.005 0.011 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 K 0.798 0.006 0.011 0.176 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 43 C 0.368 0.088 0.240 0.162 0.017 0.030 0.049 0.009 0.034 0.002 0.001 44 S 0.518 0.074 0.148 0.165 0.015 0.032 0.026 0.006 0.008 0.008 0.001 45 H 0.263 0.098 0.194 0.218 0.062 0.041 0.055 0.022 0.030 0.016 0.001 46 D 0.367 0.049 0.210 0.153 0.031 0.088 0.068 0.012 0.017 0.003 0.001 47 T 0.618 0.126 0.105 0.075 0.043 0.013 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 48 A 0.953 0.008 0.010 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.962 0.008 0.009 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.934 0.016 0.013 0.026 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 M 0.906 0.025 0.017 0.038 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 I 0.814 0.100 0.034 0.027 0.010 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 53 N 0.650 0.025 0.035 0.090 0.007 0.048 0.115 0.002 0.026 0.001 0.001 54 L 0.697 0.072 0.050 0.162 0.007 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 R 0.486 0.169 0.145 0.096 0.025 0.032 0.020 0.004 0.020 0.003 0.001 56 E 0.515 0.116 0.176 0.113 0.020 0.027 0.014 0.004 0.011 0.003 0.001 57 E 0.394 0.176 0.228 0.071 0.048 0.020 0.019 0.003 0.037 0.003 0.001 58 S 0.347 0.049 0.441 0.078 0.010 0.038 0.009 0.002 0.015 0.003 0.008 59 L 0.130 0.102 0.600 0.011 0.013 0.037 0.011 0.001 0.089 0.004 0.004 60 P 0.428 0.005 0.483 0.021 0.001 0.019 0.002 0.002 0.001 0.003 0.035 61 E 0.671 0.034 0.074 0.115 0.025 0.009 0.028 0.033 0.004 0.006 0.001 62 Y 0.445 0.097 0.071 0.307 0.027 0.017 0.014 0.006 0.012 0.003 0.001 63 F 0.188 0.212 0.256 0.122 0.096 0.048 0.032 0.007 0.033 0.007 0.001 64 D 0.233 0.072 0.192 0.069 0.028 0.281 0.038 0.003 0.079 0.005 0.002 65 T 0.895 0.013 0.012 0.065 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 66 A 0.926 0.006 0.012 0.045 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.894 0.012 0.009 0.060 0.004 0.006 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 68 L 0.926 0.012 0.021 0.029 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 C 0.959 0.008 0.009 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 H 0.951 0.012 0.007 0.020 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.946 0.010 0.008 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 H 0.863 0.020 0.018 0.081 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 73 Q 0.919 0.011 0.026 0.027 0.003 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.771 0.015 0.026 0.167 0.002 0.007 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 75 L 0.508 0.067 0.202 0.158 0.006 0.034 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001