# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.409 0.359 0.023 0.095 0.006 0.014 0.051 0.011 0.005 0.006 2 P 0.037 0.389 0.121 0.012 0.134 0.015 0.031 0.175 0.054 0.021 0.014 3 K 0.054 0.111 0.067 0.015 0.090 0.016 0.026 0.313 0.161 0.111 0.037 4 A 0.040 0.101 0.055 0.010 0.085 0.008 0.018 0.467 0.146 0.052 0.017 5 K 0.037 0.083 0.041 0.017 0.065 0.022 0.047 0.432 0.158 0.078 0.020 6 A 0.051 0.089 0.031 0.012 0.084 0.013 0.053 0.438 0.136 0.070 0.023 7 K 0.087 0.074 0.032 0.013 0.112 0.028 0.084 0.283 0.110 0.121 0.056 8 T 0.127 0.234 0.084 0.017 0.262 0.010 0.018 0.102 0.035 0.064 0.048 9 K 0.053 0.108 0.059 0.040 0.089 0.077 0.103 0.245 0.101 0.090 0.034 10 N 0.251 0.102 0.032 0.007 0.279 0.004 0.012 0.054 0.031 0.105 0.122 11 T 0.105 0.096 0.018 0.005 0.183 0.006 0.014 0.182 0.206 0.137 0.048 12 E 0.122 0.141 0.030 0.007 0.267 0.016 0.058 0.176 0.105 0.048 0.030 13 I 0.169 0.139 0.024 0.005 0.332 0.006 0.034 0.139 0.068 0.051 0.032 14 I 0.135 0.155 0.083 0.037 0.225 0.029 0.045 0.085 0.058 0.090 0.058 15 S 0.045 0.349 0.290 0.033 0.149 0.009 0.022 0.069 0.018 0.006 0.010 16 P 0.082 0.134 0.048 0.015 0.113 0.025 0.066 0.181 0.163 0.120 0.054 17 H 0.101 0.232 0.072 0.017 0.256 0.016 0.027 0.061 0.078 0.100 0.039 18 H 0.123 0.077 0.028 0.022 0.165 0.050 0.069 0.109 0.140 0.140 0.077 19 Y 0.168 0.156 0.065 0.010 0.353 0.006 0.020 0.049 0.038 0.074 0.061 20 V 0.158 0.224 0.059 0.007 0.322 0.007 0.022 0.043 0.037 0.062 0.058 21 Y 0.080 0.316 0.246 0.011 0.297 0.002 0.004 0.016 0.006 0.005 0.017 22 P 0.016 0.086 0.047 0.021 0.036 0.050 0.118 0.387 0.198 0.030 0.009 23 N 0.059 0.084 0.054 0.022 0.086 0.033 0.092 0.091 0.084 0.310 0.086 24 T 0.148 0.184 0.043 0.013 0.266 0.007 0.015 0.070 0.043 0.111 0.100 25 T 0.047 0.040 0.011 0.006 0.079 0.012 0.023 0.384 0.221 0.137 0.039 26 T 0.070 0.110 0.026 0.005 0.131 0.008 0.026 0.502 0.082 0.026 0.014 27 L 0.087 0.055 0.013 0.005 0.155 0.005 0.013 0.496 0.084 0.058 0.029 28 K 0.074 0.100 0.020 0.015 0.164 0.022 0.041 0.427 0.069 0.041 0.027 29 N 0.106 0.087 0.063 0.017 0.106 0.013 0.045 0.383 0.073 0.052 0.053 30 K 0.028 0.028 0.025 0.027 0.036 0.083 0.244 0.401 0.077 0.036 0.013 31 Y 0.021 0.403 0.216 0.061 0.073 0.011 0.024 0.068 0.031 0.076 0.017 32 G 0.047 0.068 0.089 0.136 0.035 0.077 0.029 0.187 0.067 0.176 0.089 33 I 0.094 0.095 0.020 0.008 0.187 0.023 0.034 0.363 0.080 0.057 0.040 34 K 0.030 0.072 0.046 0.048 0.059 0.103 0.096 0.370 0.071 0.072 0.034 35 N 0.343 0.074 0.043 0.003 0.266 0.001 0.003 0.084 0.014 0.054 0.117 36 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.773 0.197 0.015 0.001 37 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.900 0.083 0.004 0.001 38 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.934 0.044 0.008 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.061 0.015 0.001 40 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.848 0.124 0.013 0.002 41 E 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.024 0.845 0.096 0.013 0.001 42 K 0.004 0.010 0.007 0.005 0.007 0.017 0.136 0.697 0.081 0.034 0.003 43 C 0.063 0.043 0.017 0.007 0.065 0.007 0.036 0.469 0.101 0.147 0.045 44 S 0.031 0.063 0.020 0.013 0.040 0.035 0.082 0.434 0.143 0.116 0.024 45 H 0.041 0.122 0.060 0.030 0.085 0.025 0.033 0.289 0.093 0.174 0.048 46 D 0.083 0.073 0.031 0.007 0.139 0.012 0.035 0.364 0.120 0.091 0.044 47 T 0.015 0.060 0.030 0.006 0.032 0.003 0.011 0.579 0.153 0.101 0.010 48 A 0.011 0.011 0.003 0.002 0.016 0.003 0.012 0.773 0.137 0.027 0.005 49 K 0.011 0.018 0.004 0.003 0.024 0.006 0.022 0.799 0.091 0.016 0.005 50 A 0.039 0.021 0.005 0.003 0.060 0.004 0.025 0.739 0.065 0.030 0.009 51 M 0.044 0.021 0.004 0.003 0.070 0.006 0.020 0.736 0.058 0.029 0.008 52 I 0.049 0.076 0.010 0.005 0.132 0.012 0.027 0.586 0.055 0.031 0.014 53 N 0.183 0.050 0.008 0.002 0.220 0.003 0.016 0.273 0.043 0.123 0.079 54 L 0.060 0.093 0.026 0.004 0.102 0.005 0.023 0.369 0.176 0.113 0.028 55 R 0.044 0.172 0.074 0.016 0.115 0.013 0.045 0.345 0.116 0.047 0.014 56 E 0.051 0.084 0.035 0.016 0.077 0.031 0.095 0.265 0.188 0.129 0.028 57 E 0.035 0.218 0.187 0.040 0.115 0.024 0.103 0.158 0.064 0.038 0.019 58 S 0.053 0.288 0.275 0.023 0.128 0.012 0.042 0.072 0.038 0.046 0.024 59 L 0.039 0.364 0.244 0.025 0.118 0.011 0.028 0.092 0.045 0.017 0.017 60 P 0.040 0.299 0.091 0.019 0.115 0.017 0.027 0.198 0.148 0.027 0.018 61 E 0.027 0.053 0.030 0.017 0.053 0.051 0.116 0.375 0.208 0.053 0.016 62 Y 0.054 0.054 0.020 0.012 0.066 0.019 0.062 0.310 0.129 0.236 0.039 63 F 0.134 0.172 0.043 0.015 0.199 0.017 0.022 0.156 0.059 0.091 0.092 64 D 0.066 0.047 0.025 0.023 0.079 0.033 0.048 0.363 0.089 0.155 0.072 65 T 0.032 0.057 0.019 0.005 0.070 0.003 0.008 0.539 0.174 0.070 0.021 66 A 0.012 0.018 0.008 0.004 0.025 0.008 0.025 0.742 0.121 0.028 0.008 67 Y 0.008 0.012 0.004 0.001 0.014 0.001 0.007 0.831 0.095 0.021 0.005 68 L 0.010 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.853 0.095 0.016 0.005 69 C 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.013 0.916 0.051 0.002 0.001 70 H 0.005 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.011 0.921 0.042 0.004 0.001 71 I 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.017 0.910 0.049 0.007 0.001 72 H 0.006 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.008 0.818 0.122 0.023 0.003 73 Q 0.005 0.012 0.004 0.002 0.007 0.006 0.047 0.732 0.162 0.020 0.003 74 Q 0.011 0.019 0.010 0.004 0.017 0.007 0.085 0.662 0.113 0.066 0.007 75 L 0.037 0.084 0.030 0.011 0.062 0.012 0.036 0.447 0.177 0.077 0.026