# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.894 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.077 0.004 0.004 0.004 2 P 0.001 0.012 0.908 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.002 0.009 3 K 0.001 0.020 0.461 0.002 0.104 0.195 0.001 0.001 0.001 0.083 0.115 0.007 0.011 4 A 0.002 0.009 0.328 0.003 0.159 0.236 0.001 0.001 0.001 0.105 0.128 0.009 0.017 5 K 0.001 0.010 0.336 0.006 0.143 0.260 0.001 0.001 0.002 0.095 0.118 0.013 0.016 6 A 0.002 0.010 0.325 0.004 0.077 0.281 0.001 0.001 0.003 0.097 0.166 0.016 0.019 7 K 0.004 0.017 0.347 0.010 0.065 0.188 0.001 0.001 0.004 0.135 0.188 0.017 0.024 8 T 0.008 0.020 0.475 0.007 0.040 0.154 0.002 0.001 0.012 0.109 0.073 0.029 0.068 9 K 0.006 0.025 0.238 0.021 0.033 0.119 0.002 0.001 0.011 0.254 0.195 0.062 0.032 10 N 0.011 0.018 0.366 0.028 0.021 0.045 0.004 0.002 0.024 0.124 0.245 0.035 0.078 11 T 0.022 0.020 0.493 0.017 0.026 0.039 0.007 0.006 0.056 0.100 0.050 0.058 0.106 12 E 0.067 0.026 0.253 0.008 0.018 0.045 0.027 0.015 0.134 0.062 0.033 0.199 0.112 13 I 0.069 0.049 0.222 0.010 0.016 0.029 0.032 0.033 0.099 0.048 0.028 0.085 0.280 14 I 0.055 0.072 0.291 0.048 0.009 0.033 0.029 0.020 0.067 0.071 0.025 0.093 0.188 15 S 0.005 0.011 0.526 0.021 0.011 0.018 0.002 0.002 0.022 0.197 0.043 0.108 0.034 16 P 0.003 0.012 0.180 0.006 0.068 0.053 0.001 0.001 0.006 0.153 0.468 0.004 0.045 17 H 0.013 0.032 0.197 0.010 0.106 0.038 0.001 0.001 0.006 0.180 0.328 0.066 0.022 18 H 0.013 0.024 0.327 0.023 0.118 0.032 0.002 0.001 0.009 0.177 0.171 0.012 0.089 19 Y 0.033 0.030 0.302 0.005 0.065 0.037 0.006 0.009 0.022 0.173 0.168 0.098 0.052 20 V 0.068 0.113 0.218 0.013 0.038 0.044 0.016 0.009 0.014 0.137 0.112 0.035 0.184 21 Y 0.007 0.026 0.602 0.003 0.016 0.028 0.001 0.001 0.005 0.160 0.044 0.090 0.018 22 P 0.001 0.005 0.058 0.004 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.057 0.829 0.002 0.007 23 N 0.001 0.002 0.056 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.071 0.849 0.003 0.003 24 T 0.009 0.020 0.617 0.005 0.024 0.026 0.002 0.001 0.005 0.137 0.078 0.019 0.057 25 T 0.035 0.030 0.433 0.005 0.020 0.065 0.013 0.003 0.030 0.103 0.041 0.163 0.059 26 T 0.066 0.049 0.147 0.011 0.031 0.156 0.039 0.024 0.050 0.041 0.028 0.030 0.330 27 L 0.083 0.030 0.150 0.073 0.039 0.256 0.052 0.039 0.037 0.021 0.035 0.116 0.068 28 K 0.057 0.022 0.119 0.013 0.040 0.380 0.027 0.037 0.067 0.043 0.044 0.067 0.083 29 N 0.027 0.008 0.213 0.012 0.039 0.417 0.008 0.009 0.029 0.066 0.051 0.023 0.097 30 K 0.009 0.009 0.083 0.006 0.042 0.584 0.003 0.002 0.009 0.065 0.145 0.032 0.013 31 Y 0.005 0.011 0.110 0.005 0.035 0.324 0.002 0.002 0.008 0.098 0.372 0.006 0.022 32 G 0.007 0.016 0.208 0.004 0.037 0.310 0.002 0.001 0.007 0.125 0.244 0.020 0.019 33 I 0.004 0.020 0.263 0.002 0.049 0.381 0.001 0.001 0.006 0.103 0.144 0.006 0.020 34 K 0.002 0.047 0.229 0.001 0.033 0.303 0.001 0.001 0.012 0.235 0.100 0.024 0.012 35 N 0.001 0.016 0.545 0.001 0.017 0.207 0.001 0.001 0.004 0.149 0.041 0.002 0.018 36 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.024 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 37 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 42 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.903 0.001 0.001 0.001 0.006 0.074 0.001 0.001 43 C 0.001 0.006 0.087 0.001 0.015 0.682 0.001 0.001 0.001 0.079 0.129 0.001 0.001 44 S 0.001 0.012 0.213 0.001 0.022 0.458 0.001 0.001 0.002 0.092 0.199 0.001 0.002 45 H 0.001 0.006 0.215 0.001 0.021 0.451 0.001 0.001 0.001 0.152 0.152 0.001 0.001 46 D 0.001 0.003 0.082 0.001 0.039 0.625 0.001 0.001 0.001 0.075 0.173 0.001 0.001 47 T 0.001 0.004 0.058 0.001 0.032 0.752 0.001 0.001 0.001 0.038 0.112 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.028 0.001 0.020 0.909 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 50 A 0.003 0.001 0.032 0.001 0.017 0.883 0.002 0.001 0.006 0.021 0.025 0.003 0.004 51 M 0.017 0.003 0.036 0.001 0.017 0.820 0.009 0.005 0.019 0.014 0.038 0.005 0.014 52 I 0.016 0.005 0.034 0.003 0.007 0.791 0.012 0.016 0.030 0.020 0.040 0.017 0.009 53 N 0.016 0.006 0.055 0.005 0.008 0.699 0.009 0.017 0.029 0.053 0.071 0.015 0.018 54 L 0.011 0.005 0.114 0.001 0.018 0.670 0.007 0.010 0.021 0.024 0.097 0.008 0.013 55 R 0.008 0.013 0.159 0.001 0.039 0.562 0.004 0.010 0.015 0.046 0.119 0.009 0.014 56 E 0.005 0.010 0.264 0.005 0.088 0.354 0.003 0.005 0.016 0.094 0.125 0.007 0.024 57 E 0.002 0.008 0.342 0.005 0.083 0.145 0.001 0.001 0.007 0.200 0.178 0.016 0.011 58 S 0.001 0.019 0.339 0.002 0.090 0.137 0.001 0.001 0.003 0.170 0.228 0.002 0.010 59 L 0.001 0.014 0.633 0.001 0.030 0.061 0.001 0.001 0.002 0.201 0.051 0.003 0.003 60 P 0.001 0.006 0.290 0.001 0.183 0.188 0.001 0.001 0.001 0.082 0.243 0.001 0.004 61 E 0.001 0.007 0.099 0.001 0.133 0.263 0.001 0.001 0.003 0.150 0.336 0.004 0.003 62 Y 0.003 0.016 0.110 0.001 0.137 0.368 0.001 0.001 0.006 0.092 0.249 0.005 0.012 63 F 0.005 0.031 0.271 0.003 0.033 0.415 0.002 0.002 0.013 0.120 0.062 0.016 0.027 64 D 0.005 0.007 0.181 0.006 0.037 0.549 0.001 0.001 0.007 0.092 0.089 0.011 0.014 65 T 0.005 0.002 0.039 0.001 0.028 0.825 0.001 0.003 0.009 0.020 0.056 0.003 0.010 66 A 0.004 0.004 0.016 0.001 0.010 0.918 0.002 0.002 0.005 0.007 0.024 0.005 0.003 67 Y 0.004 0.003 0.016 0.001 0.009 0.921 0.002 0.002 0.005 0.007 0.024 0.003 0.005 68 L 0.007 0.001 0.017 0.001 0.006 0.933 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.004 0.007 69 C 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.002 70 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.003 71 I 0.002 0.001 0.019 0.001 0.015 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.002 0.003 72 H 0.003 0.002 0.022 0.001 0.036 0.860 0.001 0.001 0.001 0.011 0.060 0.002 0.004 73 Q 0.002 0.002 0.017 0.001 0.039 0.793 0.001 0.001 0.001 0.014 0.123 0.005 0.003 74 Q 0.001 0.003 0.066 0.001 0.041 0.648 0.001 0.001 0.001 0.019 0.214 0.001 0.005 75 L 0.001 0.007 0.657 0.001 0.017 0.152 0.001 0.001 0.001 0.130 0.030 0.002 0.003