# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.008 0.160 0.001 0.011 0.758 0.001 0.001 0.004 0.021 0.027 0.002 0.009 2 L 0.001 0.002 0.033 0.001 0.006 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 3 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 6 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 7 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.020 0.001 0.007 0.896 0.001 0.001 0.001 0.012 0.063 0.001 0.001 9 M 0.001 0.011 0.062 0.001 0.017 0.803 0.001 0.001 0.002 0.038 0.058 0.001 0.007 10 K 0.001 0.005 0.095 0.001 0.036 0.680 0.001 0.001 0.002 0.042 0.125 0.007 0.005 11 N 0.001 0.002 0.071 0.001 0.047 0.526 0.001 0.001 0.001 0.068 0.278 0.002 0.004 12 T 0.001 0.004 0.121 0.001 0.040 0.250 0.001 0.001 0.002 0.148 0.427 0.002 0.004 13 G 0.001 0.008 0.342 0.003 0.047 0.065 0.001 0.001 0.003 0.223 0.297 0.004 0.007 14 R 0.001 0.016 0.512 0.005 0.046 0.030 0.001 0.001 0.007 0.262 0.081 0.020 0.020 15 N 0.003 0.037 0.494 0.010 0.058 0.025 0.001 0.001 0.015 0.145 0.110 0.021 0.080 16 V 0.012 0.043 0.355 0.014 0.050 0.038 0.002 0.003 0.012 0.196 0.130 0.068 0.077 17 N 0.012 0.033 0.394 0.022 0.034 0.019 0.005 0.003 0.018 0.167 0.140 0.052 0.102 18 D 0.022 0.014 0.349 0.024 0.025 0.028 0.005 0.003 0.016 0.212 0.142 0.044 0.115 19 R 0.081 0.020 0.273 0.030 0.011 0.031 0.016 0.005 0.032 0.184 0.081 0.128 0.107 20 P 0.323 0.014 0.128 0.004 0.002 0.020 0.036 0.011 0.105 0.030 0.008 0.076 0.243 21 V 0.635 0.003 0.039 0.028 0.001 0.014 0.042 0.026 0.037 0.008 0.002 0.059 0.107 22 M 0.769 0.001 0.013 0.002 0.001 0.007 0.041 0.021 0.014 0.001 0.001 0.072 0.058 23 V 0.831 0.001 0.006 0.003 0.001 0.005 0.035 0.006 0.003 0.001 0.001 0.017 0.092 24 A 0.705 0.002 0.023 0.005 0.006 0.015 0.046 0.007 0.013 0.003 0.004 0.106 0.065 25 K 0.445 0.003 0.044 0.009 0.008 0.016 0.034 0.002 0.042 0.022 0.034 0.088 0.253 26 E 0.041 0.004 0.052 0.031 0.021 0.013 0.004 0.001 0.008 0.052 0.694 0.030 0.049 27 G 0.012 0.004 0.084 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.093 0.733 0.025 0.021 28 E 0.015 0.033 0.504 0.003 0.010 0.004 0.002 0.001 0.003 0.170 0.029 0.080 0.148 29 T 0.009 0.080 0.290 0.002 0.006 0.006 0.003 0.001 0.007 0.055 0.013 0.034 0.495 30 Y 0.005 0.035 0.196 0.030 0.032 0.034 0.002 0.001 0.002 0.237 0.288 0.102 0.037 31 T 0.001 0.006 0.159 0.051 0.025 0.014 0.001 0.001 0.001 0.188 0.524 0.005 0.026 32 G 0.012 0.007 0.349 0.033 0.035 0.014 0.004 0.001 0.004 0.232 0.165 0.064 0.080 33 T 0.089 0.067 0.339 0.004 0.038 0.017 0.024 0.009 0.022 0.051 0.078 0.082 0.180 34 Y 0.156 0.117 0.162 0.009 0.027 0.013 0.039 0.010 0.028 0.071 0.056 0.089 0.222 35 R 0.059 0.013 0.296 0.041 0.031 0.019 0.005 0.005 0.009 0.120 0.183 0.133 0.086 36 G 0.019 0.017 0.285 0.023 0.021 0.015 0.001 0.001 0.004 0.230 0.243 0.035 0.105 37 A 0.025 0.032 0.371 0.019 0.037 0.019 0.001 0.001 0.002 0.211 0.117 0.040 0.125 38 G 0.043 0.053 0.240 0.020 0.037 0.023 0.002 0.001 0.004 0.274 0.092 0.100 0.110 39 L 0.050 0.012 0.252 0.045 0.067 0.029 0.003 0.001 0.005 0.172 0.115 0.066 0.182 40 E 0.167 0.010 0.174 0.089 0.032 0.021 0.007 0.001 0.004 0.127 0.069 0.151 0.148 41 G 0.440 0.007 0.089 0.017 0.006 0.014 0.013 0.001 0.007 0.028 0.013 0.123 0.244 42 F 0.704 0.002 0.028 0.006 0.001 0.004 0.013 0.001 0.004 0.007 0.002 0.106 0.121 43 A 0.800 0.001 0.009 0.010 0.001 0.003 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 0.123 44 L 0.819 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.101 0.043 45 N 0.761 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.019 0.004 0.006 0.001 0.001 0.027 0.166 46 V 0.463 0.006 0.046 0.006 0.004 0.002 0.022 0.004 0.014 0.008 0.007 0.179 0.240 47 K 0.113 0.009 0.100 0.165 0.011 0.003 0.004 0.002 0.005 0.142 0.277 0.098 0.069 48 G 0.033 0.003 0.097 0.091 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.303 0.383 0.037 0.040 49 A 0.248 0.007 0.176 0.003 0.003 0.002 0.027 0.005 0.020 0.065 0.024 0.173 0.247 50 Y 0.456 0.019 0.055 0.003 0.001 0.001 0.092 0.024 0.037 0.010 0.003 0.130 0.169 51 I 0.410 0.018 0.054 0.004 0.002 0.002 0.115 0.074 0.043 0.011 0.005 0.104 0.159 52 I 0.263 0.036 0.171 0.042 0.003 0.004 0.086 0.016 0.046 0.038 0.031 0.077 0.186 53 G 0.031 0.015 0.330 0.033 0.008 0.006 0.008 0.002 0.007 0.276 0.106 0.141 0.037 54 N 0.004 0.043 0.411 0.007 0.021 0.007 0.001 0.001 0.008 0.326 0.107 0.004 0.061 55 I 0.002 0.019 0.163 0.002 0.381 0.010 0.001 0.001 0.004 0.109 0.282 0.010 0.017 56 D 0.002 0.008 0.054 0.005 0.446 0.011 0.001 0.001 0.002 0.109 0.348 0.004 0.010 57 H 0.003 0.028 0.154 0.004 0.317 0.012 0.001 0.001 0.002 0.153 0.289 0.014 0.023 58 L 0.002 0.094 0.556 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.003 0.240 0.025 0.012 0.046 59 P 0.001 0.022 0.763 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.152 0.009 0.004 0.024 60 P 0.001 0.001 0.015 0.001 0.074 0.794 0.001 0.001 0.001 0.022 0.091 0.001 0.002 61 E 0.001 0.001 0.010 0.004 0.082 0.834 0.001 0.001 0.001 0.015 0.052 0.001 0.001 62 Q 0.001 0.002 0.020 0.001 0.141 0.783 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.002 0.005 63 L 0.001 0.016 0.053 0.004 0.143 0.699 0.001 0.001 0.002 0.019 0.026 0.001 0.036 64 K 0.008 0.012 0.063 0.010 0.201 0.487 0.002 0.001 0.005 0.036 0.108 0.055 0.012 65 I 0.013 0.026 0.113 0.010 0.200 0.265 0.002 0.001 0.007 0.072 0.198 0.005 0.089 66 L 0.005 0.086 0.403 0.003 0.039 0.032 0.001 0.001 0.007 0.197 0.135 0.057 0.037 67 K 0.001 0.014 0.615 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.002 0.248 0.074 0.003 0.022 68 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.063 0.886 0.001 0.001 69 G 0.001 0.002 0.042 0.002 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.152 0.764 0.001 0.005 70 D 0.011 0.013 0.697 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.009 0.162 0.023 0.035 0.026 71 K 0.078 0.030 0.273 0.013 0.005 0.022 0.053 0.015 0.086 0.064 0.014 0.008 0.340 72 I 0.153 0.022 0.124 0.004 0.003 0.010 0.074 0.025 0.131 0.017 0.006 0.385 0.046 73 T 0.203 0.021 0.125 0.002 0.002 0.007 0.124 0.026 0.125 0.018 0.006 0.056 0.284 74 F 0.036 0.022 0.511 0.001 0.003 0.005 0.031 0.004 0.081 0.015 0.009 0.173 0.109 75 T 0.001 0.003 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.067