# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.005 0.001 0.046 0.033 0.052 0.140 0.005 0.001 0.069 0.608 2 T 0.055 0.004 0.001 0.025 0.026 0.033 0.136 0.002 0.001 0.056 0.663 3 S 0.007 0.001 0.001 0.024 0.026 0.060 0.172 0.003 0.001 0.039 0.666 4 S 0.047 0.011 0.001 0.026 0.016 0.024 0.143 0.002 0.001 0.039 0.691 5 E 0.079 0.010 0.003 0.022 0.029 0.040 0.165 0.013 0.002 0.096 0.541 6 P 0.123 0.013 0.002 0.015 0.006 0.011 0.118 0.006 0.001 0.066 0.639 7 A 0.191 0.016 0.002 0.022 0.009 0.020 0.106 0.008 0.001 0.078 0.547 8 H 0.060 0.005 0.001 0.018 0.014 0.028 0.116 0.002 0.001 0.064 0.692 9 G 0.015 0.004 0.001 0.021 0.024 0.052 0.144 0.001 0.001 0.036 0.703 10 A 0.018 0.003 0.001 0.024 0.034 0.040 0.140 0.005 0.001 0.042 0.693 11 T 0.216 0.008 0.001 0.017 0.019 0.021 0.136 0.010 0.001 0.075 0.495 12 P 0.063 0.002 0.001 0.016 0.009 0.016 0.153 0.004 0.001 0.060 0.675 13 K 0.012 0.002 0.001 0.025 0.007 0.018 0.155 0.001 0.001 0.027 0.753 14 R 0.010 0.002 0.001 0.035 0.016 0.028 0.177 0.003 0.001 0.040 0.688 15 S 0.165 0.012 0.001 0.030 0.016 0.013 0.165 0.005 0.001 0.089 0.503 16 P 0.056 0.009 0.001 0.020 0.005 0.008 0.171 0.005 0.001 0.066 0.659 17 S 0.077 0.055 0.001 0.013 0.003 0.007 0.172 0.003 0.001 0.045 0.625 18 E 0.081 0.114 0.002 0.013 0.003 0.007 0.153 0.006 0.001 0.117 0.504 19 G 0.021 0.137 0.001 0.006 0.002 0.003 0.078 0.003 0.001 0.451 0.296 20 S 0.019 0.756 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.003 0.001 0.117 0.079 21 A 0.022 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.029 0.040 22 D 0.006 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.077 0.039 23 N 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.012 24 A 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.010 25 A 0.003 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.008 26 L 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 27 C 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 28 D 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 29 A 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.007 30 L 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 31 A 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 32 V 0.003 0.247 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.728 0.012 33 E 0.002 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.154 0.013 34 H 0.008 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.059 0.017 35 A 0.006 0.855 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.106 0.020 36 T 0.013 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.036 37 I 0.016 0.807 0.014 0.004 0.002 0.002 0.014 0.005 0.004 0.069 0.063 38 Y 0.033 0.816 0.004 0.004 0.002 0.003 0.020 0.003 0.001 0.054 0.059 39 G 0.034 0.702 0.004 0.007 0.003 0.005 0.037 0.003 0.001 0.065 0.139 40 Y 0.047 0.277 0.007 0.028 0.011 0.012 0.082 0.005 0.001 0.378 0.152 41 G 0.032 0.334 0.014 0.081 0.013 0.028 0.083 0.012 0.004 0.257 0.143 42 I 0.122 0.126 0.018 0.073 0.026 0.035 0.120 0.015 0.006 0.153 0.306 43 V 0.080 0.093 0.007 0.122 0.042 0.076 0.116 0.014 0.004 0.125 0.322 44 S 0.084 0.037 0.001 0.077 0.021 0.080 0.151 0.005 0.001 0.103 0.439 45 A 0.043 0.008 0.003 0.087 0.027 0.056 0.151 0.001 0.002 0.081 0.541 46 L 0.004 0.006 0.002 0.063 0.029 0.058 0.204 0.001 0.001 0.046 0.584 47 S 0.076 0.133 0.003 0.018 0.010 0.014 0.114 0.007 0.002 0.058 0.565 48 P 0.306 0.325 0.004 0.004 0.002 0.002 0.039 0.010 0.002 0.156 0.152 49 P 0.026 0.452 0.003 0.004 0.001 0.002 0.048 0.004 0.001 0.108 0.352 50 G 0.018 0.881 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.019 0.064 51 V 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.017 0.023 52 N 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.013 53 F 0.005 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.081 0.016 54 L 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 55 V 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 56 A 0.003 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.064 0.018 57 D 0.006 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.035 0.019 58 A 0.020 0.816 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.003 0.109 0.026 59 L 0.022 0.811 0.012 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.006 0.089 0.048 60 K 0.029 0.780 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.053 0.114 61 Q 0.005 0.857 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.045 0.069 62 H 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.020 63 R 0.009 0.768 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.169 0.043 64 H 0.006 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.044 0.028 65 R 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.029 0.016 66 R 0.005 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.013 67 D 0.006 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.021 68 D 0.002 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 69 V 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.008 70 I 0.014 0.438 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.482 0.048 71 V 0.015 0.694 0.009 0.002 0.001 0.002 0.025 0.003 0.002 0.162 0.085 72 M 0.101 0.449 0.076 0.009 0.002 0.004 0.037 0.026 0.021 0.161 0.114 73 L 0.117 0.086 0.204 0.011 0.003 0.006 0.051 0.017 0.147 0.115 0.242 74 S 0.421 0.014 0.002 0.003 0.002 0.004 0.048 0.006 0.002 0.030 0.470 75 A 0.079 0.009 0.002 0.010 0.001 0.005 0.067 0.005 0.001 0.047 0.773 76 R 0.027 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 0.113 0.001 0.001 0.021 0.817 77 G 0.007 0.001 0.001 0.010 0.008 0.013 0.086 0.001 0.001 0.016 0.857 78 V 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 0.014 0.137 0.002 0.001 0.012 0.811 79 T 0.230 0.066 0.001 0.026 0.014 0.014 0.100 0.008 0.001 0.052 0.489 80 A 0.124 0.079 0.002 0.013 0.009 0.012 0.110 0.015 0.001 0.063 0.573 81 P 0.029 0.124 0.003 0.009 0.005 0.013 0.096 0.004 0.002 0.024 0.690 82 I 0.213 0.174 0.046 0.013 0.009 0.017 0.059 0.010 0.015 0.070 0.374 83 A 0.402 0.087 0.005 0.005 0.010 0.012 0.043 0.018 0.003 0.075 0.340 84 A 0.237 0.034 0.004 0.008 0.007 0.020 0.066 0.006 0.002 0.051 0.566 85 A 0.037 0.022 0.003 0.026 0.021 0.051 0.085 0.003 0.001 0.036 0.715 86 G 0.022 0.005 0.001 0.020 0.032 0.054 0.104 0.001 0.001 0.041 0.719 87 Y 0.009 0.001 0.001 0.027 0.167 0.107 0.098 0.002 0.001 0.037 0.549 88 Q 0.013 0.003 0.001 0.040 0.025 0.041 0.114 0.001 0.001 0.031 0.732 89 L 0.047 0.002 0.001 0.040 0.090 0.076 0.137 0.016 0.001 0.089 0.501 90 P 0.056 0.003 0.001 0.074 0.013 0.022 0.142 0.003 0.001 0.052 0.635 91 M 0.019 0.001 0.001 0.053 0.026 0.060 0.141 0.005 0.001 0.033 0.661 92 Q 0.049 0.004 0.001 0.052 0.015 0.021 0.127 0.001 0.001 0.030 0.699 93 V 0.009 0.003 0.001 0.028 0.013 0.018 0.173 0.001 0.001 0.033 0.721 94 S 0.008 0.035 0.001 0.020 0.008 0.009 0.136 0.003 0.001 0.050 0.730 95 S 0.044 0.845 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.010 0.075 96 A 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.010 0.037 97 A 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.023 0.039 98 D 0.018 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.083 0.024 99 A 0.007 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 0.014 100 A 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.014 101 R 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.015 102 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 103 A 0.007 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.029 0.011 104 V 0.027 0.471 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.451 0.035 105 R 0.016 0.599 0.029 0.003 0.001 0.001 0.019 0.004 0.011 0.250 0.068 106 M 0.125 0.564 0.030 0.003 0.001 0.001 0.029 0.016 0.007 0.112 0.113 107 E 0.058 0.722 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 0.004 0.002 0.043 0.149 108 N 0.025 0.193 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.425 0.301 109 D 0.004 0.731 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.160 0.080 110 G 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.021 111 A 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.012 112 T 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 113 A 0.002 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.006 114 W 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 115 R 0.005 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.032 0.020 116 A 0.020 0.891 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.034 0.029 117 V 0.057 0.626 0.030 0.015 0.002 0.004 0.029 0.023 0.011 0.133 0.070 118 V 0.168 0.206 0.025 0.023 0.007 0.011 0.082 0.014 0.014 0.205 0.246 119 E 0.122 0.119 0.006 0.023 0.006 0.015 0.112 0.010 0.004 0.119 0.462 120 H 0.086 0.030 0.004 0.021 0.005 0.012 0.144 0.003 0.003 0.067 0.626 121 A 0.045 0.024 0.006 0.041 0.011 0.026 0.160 0.002 0.004 0.055 0.626 122 E 0.016 0.041 0.002 0.010 0.004 0.011 0.107 0.003 0.001 0.032 0.773 123 T 0.243 0.479 0.002 0.002 0.002 0.003 0.033 0.008 0.001 0.035 0.192 124 A 0.089 0.591 0.002 0.004 0.001 0.002 0.030 0.004 0.001 0.039 0.239 125 D 0.011 0.760 0.001 0.004 0.002 0.004 0.027 0.002 0.001 0.026 0.163 126 D 0.009 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.007 0.024 127 R 0.025 0.587 0.001 0.004 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.329 0.037 128 V 0.002 0.229 0.001 0.003 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.730 0.023 129 F 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 130 A 0.011 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.014 131 S 0.008 0.302 0.001 0.003 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.625 0.045 132 T 0.006 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.038 0.048 133 A 0.014 0.220 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.714 0.029 134 L 0.003 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.041 0.027 135 T 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 136 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 137 S 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 138 A 0.003 0.309 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.666 0.014 139 V 0.003 0.862 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.113 0.012 140 M 0.020 0.816 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.116 0.029 141 A 0.017 0.643 0.012 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.253 0.050 142 T 0.033 0.811 0.003 0.002 0.001 0.001 0.020 0.007 0.001 0.040 0.081 143 R 0.071 0.732 0.012 0.004 0.001 0.003 0.015 0.027 0.005 0.033 0.096 144 W 0.088 0.550 0.019 0.006 0.002 0.003 0.047 0.012 0.013 0.049 0.212 145 N 0.133 0.127 0.029 0.007 0.003 0.005 0.121 0.008 0.022 0.081 0.465 146 R 0.322 0.055 0.012 0.014 0.003 0.005 0.116 0.020 0.005 0.090 0.357 147 V 0.133 0.024 0.005 0.029 0.003 0.010 0.152 0.012 0.004 0.078 0.552 148 L 0.069 0.009 0.003 0.041 0.006 0.017 0.140 0.002 0.002 0.043 0.669 149 G 0.016 0.006 0.002 0.035 0.019 0.042 0.145 0.003 0.001 0.046 0.684 150 A 0.034 0.004 0.001 0.026 0.018 0.022 0.136 0.002 0.001 0.062 0.693 151 W 0.044 0.013 0.002 0.085 0.040 0.052 0.158 0.012 0.001 0.121 0.472 152 P 0.084 0.017 0.002 0.063 0.016 0.032 0.155 0.005 0.001 0.067 0.557 153 I 0.029 0.010 0.002 0.131 0.057 0.121 0.120 0.011 0.001 0.068 0.449 154 T 0.080 0.007 0.001 0.094 0.037 0.070 0.114 0.002 0.001 0.096 0.497 155 A 0.015 0.003 0.002 0.158 0.050 0.105 0.140 0.003 0.001 0.068 0.455 156 A 0.032 0.005 0.001 0.096 0.021 0.041 0.138 0.002 0.001 0.048 0.616 157 F 0.091 0.004 0.001 0.053 0.055 0.059 0.150 0.005 0.001 0.088 0.492 158 P 0.019 0.005 0.001 0.025 0.017 0.027 0.167 0.002 0.001 0.038 0.699 159 G 0.066 0.008 0.002 0.016 0.018 0.029 0.146 0.007 0.001 0.036 0.672 160 G 0.133 0.021 0.001 0.013 0.013 0.020 0.141 0.014 0.001 0.071 0.571 161 D 0.176 0.044 0.002 0.011 0.007 0.015 0.121 0.005 0.001 0.046 0.570 162 E 0.082 0.037 0.004 0.020 0.016 0.036 0.124 0.007 0.001 0.043 0.629