# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.072 0.049 0.091 0.082 0.091 0.125 0.107 0.107 0.084 0.062 2 T 0.162 0.189 0.081 0.147 0.115 0.086 0.087 0.054 0.040 0.025 0.013 3 S 0.348 0.158 0.081 0.124 0.091 0.064 0.056 0.033 0.025 0.014 0.007 4 S 0.184 0.083 0.027 0.076 0.086 0.087 0.130 0.111 0.097 0.074 0.044 5 E 0.171 0.161 0.066 0.125 0.111 0.084 0.092 0.068 0.058 0.041 0.024 6 P 0.262 0.126 0.060 0.133 0.106 0.081 0.089 0.056 0.043 0.028 0.016 7 A 0.169 0.092 0.052 0.104 0.107 0.103 0.132 0.092 0.071 0.051 0.026 8 H 0.226 0.174 0.085 0.156 0.112 0.074 0.071 0.041 0.031 0.020 0.010 9 G 0.250 0.100 0.058 0.115 0.091 0.081 0.107 0.071 0.061 0.041 0.025 10 A 0.082 0.045 0.031 0.053 0.068 0.097 0.175 0.138 0.127 0.108 0.076 11 T 0.139 0.254 0.088 0.176 0.121 0.069 0.067 0.036 0.025 0.016 0.009 12 P 0.225 0.103 0.048 0.103 0.114 0.105 0.118 0.070 0.054 0.039 0.021 13 K 0.489 0.170 0.081 0.127 0.064 0.029 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 14 R 0.075 0.073 0.044 0.128 0.142 0.133 0.176 0.095 0.070 0.044 0.019 15 S 0.178 0.222 0.076 0.161 0.111 0.078 0.073 0.041 0.030 0.019 0.012 16 P 0.361 0.138 0.075 0.113 0.098 0.080 0.068 0.030 0.018 0.012 0.006 17 S 0.386 0.212 0.076 0.109 0.070 0.046 0.045 0.022 0.017 0.011 0.006 18 E 0.300 0.229 0.080 0.178 0.103 0.049 0.034 0.013 0.008 0.004 0.002 19 G 0.496 0.185 0.056 0.112 0.063 0.040 0.026 0.010 0.007 0.004 0.002 20 S 0.256 0.184 0.089 0.152 0.110 0.076 0.063 0.030 0.022 0.012 0.006 21 A 0.099 0.057 0.037 0.086 0.100 0.123 0.171 0.121 0.105 0.067 0.035 22 D 0.048 0.164 0.105 0.161 0.127 0.123 0.130 0.064 0.042 0.022 0.012 23 N 0.039 0.050 0.103 0.163 0.166 0.164 0.152 0.072 0.051 0.027 0.013 24 A 0.237 0.106 0.139 0.183 0.126 0.084 0.063 0.027 0.019 0.010 0.006 25 A 0.003 0.014 0.048 0.088 0.094 0.127 0.229 0.150 0.123 0.075 0.048 26 L 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.025 0.120 0.175 0.251 0.225 0.174 27 C 0.005 0.007 0.100 0.124 0.167 0.237 0.221 0.070 0.042 0.020 0.009 28 D 0.003 0.016 0.233 0.216 0.203 0.149 0.116 0.036 0.016 0.008 0.004 29 A 0.001 0.001 0.008 0.004 0.006 0.013 0.075 0.113 0.222 0.266 0.294 30 L 0.002 0.001 0.009 0.008 0.011 0.022 0.124 0.163 0.243 0.246 0.171 31 A 0.005 0.012 0.222 0.155 0.184 0.170 0.156 0.049 0.027 0.014 0.007 32 V 0.002 0.006 0.054 0.044 0.084 0.170 0.357 0.124 0.085 0.049 0.024 33 E 0.004 0.002 0.008 0.006 0.006 0.011 0.079 0.128 0.252 0.300 0.203 34 H 0.006 0.004 0.022 0.021 0.028 0.074 0.262 0.168 0.169 0.156 0.091 35 A 0.007 0.011 0.337 0.053 0.050 0.063 0.164 0.099 0.094 0.076 0.046 36 T 0.004 0.005 0.059 0.019 0.017 0.032 0.159 0.153 0.190 0.215 0.147 37 I 0.007 0.006 0.078 0.014 0.010 0.013 0.070 0.111 0.216 0.279 0.196 38 Y 0.004 0.007 0.158 0.030 0.025 0.030 0.117 0.132 0.174 0.183 0.140 39 G 0.003 0.004 0.103 0.016 0.016 0.025 0.118 0.132 0.220 0.208 0.156 40 Y 0.003 0.005 0.113 0.019 0.015 0.022 0.118 0.148 0.234 0.209 0.116 41 G 0.004 0.004 0.074 0.017 0.016 0.030 0.133 0.156 0.215 0.196 0.154 42 I 0.003 0.003 0.051 0.008 0.006 0.014 0.073 0.113 0.212 0.257 0.260 43 V 0.002 0.002 0.028 0.011 0.010 0.016 0.079 0.149 0.269 0.249 0.184 44 S 0.004 0.007 0.031 0.016 0.016 0.029 0.112 0.143 0.234 0.210 0.199 45 A 0.009 0.007 0.021 0.021 0.023 0.041 0.132 0.143 0.230 0.208 0.164 46 L 0.010 0.022 0.024 0.076 0.114 0.145 0.229 0.160 0.124 0.064 0.032 47 S 0.018 0.029 0.017 0.039 0.052 0.064 0.121 0.145 0.193 0.174 0.147 48 P 0.168 0.142 0.063 0.139 0.133 0.112 0.104 0.058 0.044 0.023 0.014 49 P 0.317 0.114 0.041 0.113 0.099 0.088 0.101 0.052 0.039 0.023 0.012 50 G 0.477 0.204 0.048 0.093 0.060 0.038 0.032 0.018 0.014 0.009 0.008 51 V 0.019 0.040 0.023 0.058 0.056 0.090 0.154 0.144 0.158 0.145 0.112 52 N 0.051 0.080 0.073 0.143 0.168 0.188 0.168 0.063 0.038 0.018 0.010 53 F 0.311 0.150 0.197 0.137 0.069 0.049 0.047 0.020 0.011 0.005 0.003 54 L 0.006 0.020 0.033 0.112 0.146 0.177 0.227 0.122 0.078 0.050 0.030 55 V 0.001 0.002 0.017 0.007 0.007 0.013 0.071 0.114 0.226 0.265 0.276 56 A 0.009 0.013 0.246 0.274 0.184 0.157 0.088 0.019 0.007 0.002 0.001 57 D 0.008 0.039 0.625 0.213 0.078 0.024 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.002 0.042 0.012 0.011 0.048 0.275 0.218 0.194 0.128 0.071 59 L 0.001 0.001 0.065 0.022 0.038 0.092 0.407 0.185 0.109 0.061 0.021 60 K 0.003 0.007 0.916 0.052 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.005 0.154 0.242 0.301 0.221 0.065 0.009 0.002 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.066 0.003 0.003 0.010 0.111 0.159 0.289 0.236 0.122 63 R 0.001 0.004 0.276 0.230 0.209 0.150 0.105 0.018 0.005 0.001 0.001 64 H 0.004 0.013 0.930 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.001 0.010 0.149 0.069 0.090 0.204 0.319 0.095 0.041 0.017 0.005 66 R 0.002 0.003 0.120 0.011 0.018 0.041 0.302 0.196 0.181 0.091 0.034 67 D 0.017 0.031 0.708 0.154 0.060 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 68 D 0.005 0.029 0.425 0.221 0.184 0.090 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 69 V 0.001 0.002 0.040 0.005 0.005 0.010 0.068 0.113 0.252 0.268 0.236 70 I 0.001 0.002 0.045 0.061 0.128 0.221 0.336 0.113 0.057 0.026 0.010 71 V 0.003 0.017 0.780 0.107 0.053 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 72 M 0.002 0.009 0.046 0.064 0.108 0.191 0.309 0.130 0.074 0.042 0.024 73 L 0.003 0.002 0.014 0.005 0.004 0.007 0.039 0.086 0.223 0.301 0.315 74 S 0.007 0.024 0.114 0.164 0.218 0.191 0.156 0.062 0.031 0.018 0.013 75 A 0.047 0.074 0.567 0.142 0.080 0.044 0.026 0.009 0.006 0.003 0.002 76 R 0.024 0.032 0.031 0.077 0.121 0.189 0.290 0.119 0.062 0.036 0.019 77 G 0.490 0.209 0.065 0.095 0.046 0.030 0.027 0.013 0.011 0.007 0.006 78 V 0.008 0.009 0.008 0.016 0.024 0.040 0.095 0.126 0.189 0.223 0.261 79 T 0.269 0.335 0.098 0.159 0.072 0.034 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 80 A 0.032 0.026 0.012 0.037 0.050 0.074 0.145 0.148 0.187 0.156 0.134 81 P 0.090 0.054 0.024 0.081 0.078 0.088 0.131 0.101 0.119 0.108 0.126 82 I 0.057 0.055 0.035 0.071 0.077 0.092 0.132 0.109 0.143 0.114 0.114 83 A 0.043 0.029 0.026 0.069 0.063 0.096 0.144 0.130 0.138 0.134 0.127 84 A 0.117 0.092 0.087 0.122 0.116 0.108 0.124 0.084 0.068 0.047 0.035 85 A 0.097 0.072 0.089 0.118 0.095 0.096 0.137 0.099 0.088 0.063 0.047 86 G 0.232 0.121 0.102 0.162 0.121 0.086 0.072 0.038 0.030 0.021 0.015 87 Y 0.008 0.011 0.017 0.035 0.047 0.072 0.168 0.167 0.185 0.157 0.131 88 Q 0.075 0.127 0.105 0.222 0.177 0.118 0.091 0.039 0.024 0.013 0.009 89 L 0.006 0.006 0.006 0.015 0.023 0.039 0.112 0.157 0.221 0.220 0.195 90 P 0.123 0.102 0.049 0.146 0.131 0.115 0.142 0.077 0.058 0.034 0.023 91 M 0.021 0.011 0.005 0.020 0.036 0.051 0.128 0.148 0.211 0.199 0.169 92 Q 0.152 0.242 0.085 0.221 0.124 0.073 0.056 0.021 0.013 0.008 0.005 93 V 0.034 0.019 0.012 0.039 0.057 0.082 0.176 0.163 0.178 0.140 0.100 94 S 0.439 0.241 0.064 0.115 0.064 0.031 0.021 0.011 0.007 0.004 0.003 95 S 0.044 0.347 0.061 0.145 0.104 0.092 0.086 0.047 0.035 0.025 0.014 96 A 0.089 0.046 0.029 0.109 0.160 0.198 0.173 0.086 0.063 0.030 0.017 97 A 0.600 0.175 0.064 0.080 0.043 0.020 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 98 D 0.005 0.042 0.090 0.312 0.192 0.148 0.125 0.050 0.024 0.008 0.004 99 A 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.017 0.078 0.135 0.226 0.274 0.254 100 A 0.004 0.004 0.081 0.077 0.120 0.255 0.300 0.093 0.043 0.017 0.007 101 R 0.001 0.010 0.289 0.408 0.181 0.071 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.029 0.141 0.157 0.209 0.224 0.224 103 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.008 0.072 0.146 0.267 0.271 0.225 104 V 0.002 0.007 0.269 0.175 0.223 0.179 0.105 0.025 0.010 0.004 0.002 105 R 0.001 0.012 0.116 0.165 0.226 0.253 0.171 0.039 0.011 0.004 0.002 106 M 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.037 0.083 0.230 0.315 0.321 107 E 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.054 0.252 0.224 0.190 0.142 0.108 108 N 0.023 0.036 0.492 0.233 0.140 0.052 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 109 D 0.003 0.016 0.028 0.056 0.115 0.251 0.352 0.104 0.043 0.021 0.010 110 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.027 0.079 0.232 0.303 0.345 111 A 0.008 0.004 0.014 0.017 0.028 0.084 0.267 0.169 0.154 0.139 0.116 112 T 0.009 0.032 0.316 0.253 0.176 0.103 0.063 0.025 0.014 0.006 0.003 113 A 0.001 0.001 0.011 0.008 0.010 0.023 0.125 0.154 0.204 0.225 0.238 114 W 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.038 0.088 0.203 0.297 0.361 115 R 0.002 0.005 0.135 0.098 0.125 0.188 0.247 0.090 0.058 0.034 0.018 116 A 0.001 0.003 0.047 0.123 0.193 0.235 0.229 0.093 0.043 0.023 0.012 117 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.062 0.199 0.335 0.378 118 V 0.001 0.001 0.005 0.009 0.015 0.036 0.168 0.195 0.255 0.186 0.130 119 E 0.004 0.015 0.322 0.182 0.158 0.135 0.098 0.044 0.023 0.013 0.007 120 H 0.001 0.004 0.010 0.024 0.056 0.150 0.391 0.183 0.101 0.056 0.024 121 A 0.004 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.046 0.103 0.239 0.310 0.280 122 E 0.109 0.104 0.056 0.132 0.155 0.155 0.144 0.065 0.039 0.025 0.017 123 T 0.042 0.295 0.083 0.194 0.119 0.095 0.084 0.045 0.025 0.013 0.004 124 A 0.375 0.111 0.050 0.107 0.137 0.101 0.067 0.026 0.016 0.007 0.003 125 D 0.678 0.106 0.046 0.076 0.036 0.021 0.020 0.007 0.004 0.002 0.003 126 D 0.002 0.018 0.016 0.056 0.086 0.141 0.216 0.169 0.153 0.092 0.051 127 R 0.004 0.004 0.008 0.015 0.024 0.054 0.174 0.218 0.232 0.163 0.105 128 V 0.025 0.034 0.162 0.198 0.215 0.192 0.102 0.038 0.020 0.009 0.005 129 F 0.001 0.010 0.073 0.095 0.107 0.127 0.199 0.141 0.119 0.079 0.050 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.069 0.176 0.271 0.451 131 S 0.002 0.001 0.016 0.017 0.030 0.086 0.305 0.193 0.178 0.112 0.060 132 T 0.001 0.007 0.177 0.237 0.245 0.169 0.099 0.035 0.018 0.008 0.003 133 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.016 0.103 0.139 0.193 0.235 0.304 134 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.091 0.225 0.319 0.326 135 T 0.002 0.007 0.150 0.068 0.085 0.142 0.272 0.120 0.083 0.046 0.025 136 E 0.001 0.008 0.071 0.153 0.201 0.243 0.216 0.067 0.023 0.011 0.005 137 S 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.006 0.047 0.091 0.238 0.298 0.309 138 A 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.008 0.059 0.117 0.213 0.281 0.308 139 V 0.001 0.002 0.139 0.092 0.159 0.234 0.231 0.073 0.040 0.020 0.009 140 M 0.001 0.004 0.073 0.044 0.070 0.156 0.331 0.140 0.091 0.060 0.031 141 A 0.001 0.001 0.006 0.006 0.007 0.016 0.082 0.129 0.238 0.272 0.243 142 T 0.005 0.003 0.032 0.012 0.010 0.019 0.089 0.124 0.200 0.260 0.247 143 R 0.003 0.011 0.192 0.151 0.161 0.145 0.147 0.082 0.053 0.033 0.021 144 W 0.003 0.010 0.130 0.030 0.027 0.041 0.114 0.110 0.180 0.186 0.169 145 N 0.012 0.013 0.045 0.068 0.093 0.137 0.237 0.148 0.127 0.078 0.042 146 R 0.041 0.049 0.159 0.102 0.091 0.116 0.161 0.098 0.087 0.056 0.038 147 V 0.034 0.041 0.072 0.090 0.091 0.119 0.180 0.119 0.103 0.083 0.067 148 L 0.054 0.048 0.041 0.063 0.064 0.086 0.170 0.135 0.140 0.117 0.082 149 G 0.224 0.144 0.078 0.104 0.081 0.069 0.083 0.059 0.061 0.050 0.046 150 A 0.187 0.119 0.063 0.132 0.108 0.091 0.091 0.064 0.058 0.047 0.039 151 W 0.039 0.049 0.022 0.077 0.103 0.120 0.174 0.131 0.127 0.093 0.065 152 P 0.066 0.066 0.036 0.103 0.097 0.105 0.135 0.105 0.115 0.092 0.081 153 I 0.017 0.011 0.008 0.021 0.027 0.044 0.104 0.136 0.197 0.212 0.221 154 T 0.037 0.054 0.039 0.115 0.118 0.123 0.162 0.121 0.107 0.069 0.054 155 A 0.061 0.047 0.037 0.074 0.071 0.090 0.138 0.128 0.135 0.122 0.099 156 A 0.057 0.055 0.031 0.107 0.116 0.111 0.165 0.124 0.107 0.074 0.053 157 F 0.018 0.018 0.012 0.036 0.048 0.065 0.134 0.163 0.202 0.179 0.125 158 P 0.126 0.154 0.071 0.152 0.117 0.091 0.101 0.064 0.055 0.041 0.028 159 G 0.212 0.104 0.054 0.131 0.104 0.095 0.110 0.070 0.055 0.039 0.026 160 G 0.158 0.092 0.031 0.090 0.096 0.102 0.128 0.101 0.084 0.069 0.049 161 D 0.268 0.283 0.086 0.149 0.080 0.046 0.035 0.020 0.016 0.010 0.007 162 E 0.306 0.097 0.030 0.073 0.070 0.073 0.098 0.076 0.074 0.060 0.043