# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9651 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.012 0.074 0.037 0.073 0.091 0.007 0.637 2 T 0.050 0.018 0.059 0.072 0.092 0.141 0.008 0.559 3 S 0.027 0.008 0.024 0.017 0.043 0.052 0.005 0.823 4 S 0.077 0.022 0.040 0.025 0.055 0.154 0.016 0.611 5 E 0.165 0.015 0.033 0.027 0.036 0.264 0.015 0.446 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 7 A 0.025 0.011 0.023 0.023 0.070 0.192 0.005 0.651 8 H 0.164 0.014 0.017 0.013 0.017 0.097 0.014 0.663 9 G 0.246 0.023 0.016 0.018 0.038 0.069 0.012 0.579 10 A 0.240 0.026 0.044 0.028 0.060 0.102 0.012 0.488 11 T 0.090 0.024 0.031 0.059 0.069 0.142 0.008 0.577 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 13 K 0.025 0.006 0.019 0.029 0.085 0.380 0.006 0.449 14 R 0.576 0.007 0.017 0.007 0.014 0.102 0.017 0.260 15 S 0.140 0.054 0.043 0.043 0.043 0.114 0.005 0.558 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 S 0.015 0.002 0.007 0.004 0.017 0.687 0.002 0.265 18 E 0.428 0.005 0.004 0.002 0.005 0.221 0.009 0.327 19 G 0.147 0.037 0.008 0.002 0.005 0.268 0.004 0.529 20 S 0.107 0.033 0.005 0.002 0.005 0.392 0.005 0.450 21 A 0.116 0.115 0.008 0.003 0.009 0.132 0.004 0.612 22 D 0.067 0.172 0.004 0.004 0.015 0.288 0.007 0.443 23 N 0.124 0.358 0.009 0.004 0.014 0.151 0.010 0.330 24 A 0.036 0.758 0.003 0.002 0.005 0.031 0.003 0.162 25 A 0.015 0.834 0.002 0.001 0.003 0.024 0.003 0.117 26 L 0.040 0.817 0.002 0.001 0.003 0.020 0.006 0.111 27 C 0.018 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 28 D 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.043 29 A 0.011 0.948 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 30 L 0.011 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.029 31 A 0.011 0.945 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.030 32 V 0.011 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.031 33 E 0.007 0.952 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.027 34 H 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 35 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 T 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 37 I 0.006 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 38 Y 0.003 0.980 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 39 G 0.010 0.946 0.006 0.005 0.003 0.002 0.008 0.019 40 Y 0.022 0.832 0.035 0.014 0.012 0.009 0.012 0.064 41 G 0.050 0.682 0.040 0.029 0.027 0.031 0.023 0.118 42 I 0.041 0.715 0.082 0.026 0.028 0.015 0.013 0.079 43 V 0.030 0.679 0.082 0.056 0.060 0.017 0.016 0.061 44 S 0.102 0.493 0.063 0.046 0.081 0.037 0.017 0.160 45 A 0.170 0.352 0.075 0.085 0.086 0.027 0.050 0.155 46 L 0.211 0.192 0.111 0.054 0.058 0.049 0.066 0.260 47 S 0.144 0.085 0.079 0.046 0.077 0.084 0.065 0.420 48 P 0.012 0.009 0.009 0.006 0.010 0.021 0.002 0.931 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 50 G 0.026 0.025 0.007 0.006 0.011 0.288 0.006 0.631 51 V 0.278 0.195 0.017 0.005 0.008 0.084 0.008 0.403 52 N 0.042 0.606 0.014 0.007 0.010 0.054 0.004 0.262 53 F 0.054 0.670 0.008 0.005 0.007 0.036 0.004 0.217 54 L 0.020 0.859 0.004 0.002 0.003 0.020 0.003 0.090 55 V 0.023 0.880 0.003 0.002 0.006 0.020 0.005 0.061 56 A 0.004 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 57 D 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 58 A 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 59 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 60 K 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.031 61 Q 0.055 0.877 0.003 0.001 0.001 0.004 0.015 0.045 62 H 0.092 0.829 0.005 0.001 0.001 0.002 0.017 0.053 63 R 0.016 0.869 0.015 0.001 0.002 0.007 0.007 0.082 64 H 0.026 0.726 0.009 0.002 0.002 0.047 0.010 0.178 65 R 0.090 0.709 0.008 0.001 0.001 0.028 0.013 0.150 66 R 0.031 0.854 0.007 0.001 0.001 0.008 0.005 0.093 67 D 0.010 0.789 0.007 0.001 0.001 0.013 0.005 0.174 68 D 0.022 0.762 0.005 0.001 0.001 0.019 0.007 0.182 69 V 0.016 0.905 0.003 0.001 0.002 0.010 0.004 0.060 70 I 0.003 0.957 0.004 0.001 0.002 0.005 0.001 0.026 71 V 0.001 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 72 M 0.003 0.981 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 73 L 0.006 0.977 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 74 S 0.010 0.960 0.004 0.003 0.004 0.002 0.005 0.013 75 A 0.059 0.845 0.008 0.005 0.004 0.004 0.027 0.048 76 R 0.258 0.522 0.017 0.008 0.005 0.011 0.099 0.079 77 G 0.515 0.077 0.028 0.009 0.005 0.018 0.129 0.218 78 V 0.102 0.054 0.419 0.022 0.022 0.043 0.024 0.314 79 T 0.018 0.027 0.077 0.023 0.036 0.111 0.012 0.695 80 A 0.028 0.012 0.076 0.019 0.026 0.044 0.004 0.791 81 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 82 I 0.022 0.011 0.068 0.030 0.077 0.125 0.004 0.664 83 A 0.056 0.049 0.033 0.025 0.058 0.083 0.006 0.689 84 A 0.075 0.111 0.018 0.022 0.075 0.128 0.008 0.563 85 A 0.228 0.147 0.012 0.013 0.019 0.119 0.021 0.442 86 G 0.599 0.103 0.008 0.010 0.008 0.031 0.045 0.196 87 Y 0.622 0.093 0.067 0.026 0.033 0.036 0.043 0.081 88 Q 0.195 0.112 0.078 0.068 0.111 0.054 0.057 0.326 89 L 0.088 0.030 0.194 0.156 0.166 0.030 0.012 0.324 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 91 M 0.013 0.006 0.198 0.094 0.196 0.076 0.004 0.413 92 Q 0.132 0.010 0.065 0.030 0.042 0.109 0.007 0.604 93 V 0.071 0.012 0.079 0.030 0.050 0.048 0.005 0.705 94 S 0.058 0.014 0.056 0.021 0.026 0.282 0.004 0.537 95 S 0.106 0.011 0.017 0.005 0.012 0.278 0.006 0.565 96 A 0.014 0.010 0.004 0.001 0.006 0.041 0.001 0.921 97 A 0.011 0.016 0.002 0.001 0.003 0.244 0.002 0.722 98 D 0.012 0.038 0.001 0.001 0.001 0.722 0.001 0.225 99 A 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054 100 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 101 R 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 102 L 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 103 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 V 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 105 R 0.007 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 106 M 0.025 0.923 0.004 0.001 0.002 0.003 0.008 0.033 107 E 0.029 0.896 0.009 0.002 0.003 0.007 0.007 0.047 108 N 0.030 0.821 0.006 0.002 0.002 0.008 0.013 0.119 109 D 0.137 0.553 0.009 0.002 0.001 0.017 0.034 0.247 110 G 0.042 0.791 0.017 0.002 0.002 0.019 0.013 0.114 111 A 0.013 0.778 0.017 0.003 0.006 0.046 0.006 0.131 112 T 0.012 0.818 0.005 0.003 0.003 0.047 0.002 0.110 113 A 0.006 0.960 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 114 W 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 115 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 116 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 117 V 0.014 0.954 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.020 118 V 0.007 0.975 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 119 E 0.006 0.972 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 120 H 0.053 0.851 0.007 0.003 0.003 0.003 0.029 0.050 121 A 0.084 0.786 0.017 0.009 0.007 0.005 0.023 0.070 122 E 0.117 0.376 0.058 0.021 0.020 0.074 0.043 0.291 123 T 0.157 0.272 0.044 0.021 0.021 0.064 0.031 0.391 124 A 0.076 0.114 0.034 0.006 0.013 0.052 0.012 0.694 125 D 0.021 0.068 0.011 0.004 0.006 0.277 0.008 0.606 126 D 0.080 0.103 0.011 0.003 0.005 0.226 0.012 0.560 127 R 0.053 0.575 0.011 0.005 0.007 0.167 0.004 0.178 128 V 0.015 0.738 0.008 0.005 0.009 0.051 0.003 0.172 129 F 0.008 0.914 0.003 0.004 0.006 0.013 0.001 0.051 130 A 0.009 0.952 0.002 0.002 0.005 0.004 0.002 0.022 131 S 0.008 0.967 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.015 132 T 0.015 0.955 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.019 133 A 0.036 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.025 134 L 0.066 0.820 0.006 0.002 0.004 0.010 0.018 0.074 135 T 0.087 0.666 0.009 0.003 0.004 0.014 0.021 0.197 136 E 0.044 0.648 0.012 0.001 0.002 0.018 0.012 0.262 137 S 0.013 0.779 0.005 0.001 0.001 0.024 0.005 0.171 138 A 0.013 0.794 0.003 0.001 0.002 0.017 0.004 0.167 139 V 0.005 0.912 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.071 140 M 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 141 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 142 T 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 143 R 0.010 0.968 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 144 W 0.026 0.922 0.009 0.004 0.006 0.004 0.007 0.023 145 N 0.038 0.881 0.010 0.008 0.005 0.005 0.017 0.036 146 R 0.087 0.721 0.026 0.009 0.008 0.011 0.040 0.099 147 V 0.125 0.579 0.065 0.019 0.020 0.036 0.035 0.123 148 L 0.096 0.380 0.062 0.046 0.042 0.052 0.042 0.280 149 G 0.220 0.153 0.064 0.036 0.048 0.052 0.082 0.345 150 A 0.073 0.063 0.182 0.023 0.026 0.055 0.042 0.536 151 W 0.066 0.024 0.130 0.093 0.077 0.081 0.015 0.513 152 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 153 I 0.016 0.005 0.209 0.126 0.234 0.115 0.005 0.290 154 T 0.065 0.017 0.155 0.127 0.086 0.061 0.006 0.483 155 A 0.038 0.015 0.161 0.144 0.268 0.036 0.007 0.331 156 A 0.057 0.015 0.144 0.081 0.175 0.071 0.008 0.449 157 F 0.075 0.014 0.126 0.139 0.181 0.100 0.012 0.354 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 159 G 0.019 0.007 0.029 0.042 0.089 0.126 0.011 0.678 160 G 0.433 0.005 0.022 0.014 0.016 0.053 0.020 0.437 161 D 0.090 0.008 0.034 0.024 0.036 0.159 0.008 0.641 162 E 0.037 0.006 0.016 0.017 0.039 0.101 0.003 0.781