# TARGET T0385 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.082 0.050 0.005 0.037 0.003 0.023 0.801 3 S 0.103 0.024 0.014 0.039 0.182 0.072 0.566 4 S 0.100 0.017 0.019 0.050 0.189 0.070 0.554 5 E 0.074 0.020 0.015 0.046 0.226 0.048 0.571 6 P 0.045 0.014 0.020 0.058 0.159 0.059 0.644 7 A 0.033 0.014 0.039 0.062 0.129 0.106 0.616 8 H 0.037 0.023 0.061 0.083 0.195 0.152 0.449 9 G 0.039 0.020 0.088 0.087 0.146 0.145 0.476 10 A 0.047 0.041 0.077 0.084 0.131 0.134 0.487 11 T 0.034 0.040 0.052 0.069 0.173 0.100 0.533 12 P 0.028 0.025 0.039 0.075 0.254 0.121 0.457 13 K 0.024 0.022 0.032 0.072 0.170 0.156 0.525 14 R 0.015 0.027 0.028 0.061 0.190 0.074 0.605 15 S 0.011 0.024 0.036 0.060 0.134 0.089 0.647 16 P 0.006 0.010 0.091 0.097 0.179 0.250 0.367 17 S 0.004 0.009 0.091 0.105 0.188 0.214 0.390 18 E 0.001 0.006 0.096 0.121 0.183 0.135 0.456 19 G 0.002 0.005 0.062 0.275 0.197 0.121 0.339 20 S 0.001 0.003 0.076 0.615 0.091 0.104 0.111 21 A 0.001 0.003 0.059 0.723 0.047 0.077 0.091 22 D 0.001 0.002 0.027 0.821 0.019 0.054 0.077 23 N 0.001 0.001 0.006 0.923 0.017 0.025 0.027 24 A 0.001 0.001 0.002 0.940 0.011 0.023 0.023 25 A 0.001 0.001 0.001 0.959 0.006 0.015 0.018 26 L 0.001 0.001 0.001 0.975 0.006 0.008 0.010 27 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.005 0.003 28 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 29 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 30 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.002 0.018 0.004 31 A 0.001 0.001 0.001 0.956 0.004 0.036 0.004 32 V 0.001 0.001 0.001 0.956 0.004 0.030 0.008 33 E 0.001 0.001 0.001 0.973 0.005 0.011 0.009 34 H 0.002 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.002 35 A 0.002 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.001 36 T 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 37 I 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.007 0.002 38 Y 0.003 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.001 39 G 0.007 0.001 0.002 0.964 0.003 0.022 0.003 40 Y 0.010 0.001 0.003 0.941 0.007 0.032 0.006 41 G 0.030 0.001 0.007 0.908 0.014 0.032 0.008 42 I 0.047 0.001 0.012 0.889 0.010 0.029 0.011 43 V 0.061 0.001 0.023 0.858 0.009 0.034 0.015 44 S 0.096 0.004 0.039 0.715 0.029 0.089 0.028 45 A 0.180 0.007 0.052 0.446 0.066 0.152 0.097 46 L 0.204 0.015 0.065 0.147 0.175 0.183 0.212 47 S 0.102 0.035 0.014 0.037 0.374 0.052 0.386 48 P 0.025 0.005 0.007 0.019 0.151 0.024 0.769 49 P 0.001 0.001 0.330 0.476 0.031 0.148 0.014 50 G 0.001 0.002 0.287 0.524 0.039 0.129 0.019 51 V 0.001 0.001 0.186 0.732 0.014 0.042 0.024 52 N 0.001 0.001 0.017 0.920 0.014 0.025 0.024 53 F 0.001 0.001 0.009 0.942 0.007 0.031 0.010 54 L 0.001 0.001 0.005 0.966 0.006 0.016 0.007 55 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.002 56 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 59 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.964 0.003 0.030 0.002 61 Q 0.001 0.001 0.002 0.927 0.005 0.059 0.007 62 H 0.001 0.001 0.003 0.927 0.008 0.044 0.017 63 R 0.001 0.001 0.006 0.927 0.010 0.050 0.006 64 H 0.001 0.001 0.007 0.927 0.010 0.045 0.010 65 R 0.001 0.001 0.005 0.934 0.009 0.034 0.018 66 R 0.001 0.001 0.002 0.973 0.005 0.011 0.008 67 D 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.011 0.005 68 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.003 69 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 70 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.001 71 V 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.012 0.002 72 M 0.001 0.001 0.003 0.968 0.002 0.022 0.003 73 L 0.003 0.001 0.005 0.951 0.009 0.021 0.009 74 S 0.004 0.001 0.019 0.901 0.010 0.052 0.013 75 A 0.004 0.001 0.016 0.789 0.031 0.138 0.022 76 R 0.007 0.004 0.018 0.437 0.113 0.317 0.105 77 G 0.008 0.006 0.010 0.075 0.233 0.289 0.380 78 V 0.014 0.015 0.006 0.017 0.176 0.057 0.715 79 T 0.034 0.040 0.010 0.021 0.240 0.037 0.618 80 A 0.027 0.017 0.015 0.022 0.154 0.044 0.721 81 P 0.021 0.026 0.020 0.029 0.105 0.043 0.757 82 I 0.028 0.030 0.053 0.055 0.102 0.066 0.666 83 A 0.018 0.016 0.115 0.077 0.111 0.108 0.555 84 A 0.010 0.009 0.311 0.100 0.103 0.137 0.331 85 A 0.011 0.008 0.374 0.069 0.128 0.233 0.177 86 G 0.022 0.010 0.345 0.067 0.120 0.242 0.193 87 Y 0.047 0.027 0.208 0.066 0.156 0.143 0.354 88 Q 0.067 0.055 0.068 0.069 0.149 0.156 0.436 89 L 0.062 0.028 0.011 0.019 0.220 0.037 0.623 90 P 0.084 0.037 0.007 0.006 0.077 0.028 0.762 91 M 0.073 0.079 0.007 0.006 0.076 0.018 0.741 92 Q 0.070 0.061 0.011 0.005 0.077 0.033 0.743 93 V 0.027 0.020 0.009 0.005 0.152 0.096 0.692 94 S 0.005 0.021 0.004 0.002 0.483 0.068 0.418 95 S 0.001 0.019 0.001 0.007 0.565 0.007 0.400 96 A 0.001 0.001 0.055 0.803 0.037 0.059 0.045 97 A 0.001 0.001 0.070 0.818 0.018 0.076 0.017 98 D 0.001 0.003 0.071 0.866 0.011 0.036 0.013 99 A 0.001 0.001 0.006 0.969 0.005 0.009 0.009 100 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.008 0.003 101 R 0.001 0.001 0.002 0.968 0.003 0.022 0.003 102 L 0.001 0.001 0.003 0.966 0.003 0.023 0.005 103 A 0.001 0.001 0.005 0.959 0.005 0.022 0.007 104 V 0.001 0.001 0.007 0.929 0.005 0.054 0.005 105 R 0.001 0.001 0.014 0.855 0.010 0.107 0.014 106 M 0.001 0.002 0.018 0.862 0.030 0.059 0.030 107 E 0.001 0.001 0.014 0.896 0.017 0.039 0.033 108 N 0.001 0.001 0.008 0.898 0.015 0.065 0.014 109 D 0.001 0.001 0.005 0.871 0.010 0.098 0.016 110 G 0.001 0.001 0.002 0.934 0.013 0.030 0.019 111 A 0.001 0.001 0.001 0.964 0.012 0.010 0.013 112 T 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.006 0.005 113 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 114 W 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.001 117 V 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.018 0.003 118 V 0.001 0.002 0.013 0.927 0.006 0.044 0.007 119 E 0.003 0.001 0.041 0.672 0.017 0.252 0.013 120 H 0.005 0.003 0.053 0.402 0.043 0.448 0.045 121 A 0.009 0.024 0.054 0.174 0.191 0.315 0.233 122 E 0.007 0.017 0.015 0.056 0.452 0.094 0.359 123 T 0.003 0.004 0.004 0.044 0.286 0.020 0.639 124 A 0.001 0.001 0.028 0.888 0.021 0.049 0.014 125 D 0.001 0.001 0.019 0.930 0.007 0.038 0.005 126 D 0.001 0.001 0.013 0.967 0.004 0.011 0.005 127 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 128 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.003 129 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.002 130 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 131 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.014 0.003 134 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.004 0.016 0.006 135 T 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.019 0.003 136 E 0.001 0.001 0.001 0.971 0.007 0.015 0.007 137 S 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.006 138 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.008 0.008 139 V 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.007 0.004 140 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 141 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.010 0.004 142 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.010 0.006 143 R 0.002 0.001 0.003 0.954 0.004 0.030 0.006 144 W 0.003 0.001 0.007 0.884 0.009 0.085 0.011 145 N 0.004 0.001 0.015 0.809 0.026 0.119 0.027 146 R 0.007 0.003 0.034 0.722 0.052 0.132 0.050 147 V 0.015 0.009 0.062 0.497 0.120 0.184 0.114 148 L 0.017 0.006 0.045 0.230 0.133 0.448 0.121 149 G 0.018 0.008 0.036 0.081 0.204 0.353 0.301 150 A 0.037 0.026 0.031 0.054 0.271 0.132 0.448 151 W 0.084 0.015 0.013 0.031 0.338 0.032 0.487 152 P 0.115 0.014 0.023 0.037 0.140 0.054 0.618 153 I 0.270 0.031 0.039 0.059 0.065 0.053 0.484 154 T 0.411 0.034 0.070 0.066 0.060 0.051 0.308 155 A 0.408 0.021 0.089 0.057 0.067 0.078 0.280 156 A 0.239 0.031 0.093 0.048 0.139 0.070 0.381 157 F 0.087 0.033 0.026 0.014 0.205 0.021 0.615 158 P 0.046 0.010 0.054 0.020 0.164 0.258 0.447 159 G 0.022 0.012 0.044 0.015 0.206 0.345 0.356 160 G 0.017 0.015 0.042 0.022 0.236 0.185 0.482 161 D 0.016 0.016 0.022 0.028 0.028 0.168 0.722 162 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.994