# TARGET T0385 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.141 0.073 0.028 0.213 0.020 0.032 0.084 0.078 0.100 0.070 2 T 0.080 0.266 0.123 0.030 0.235 0.015 0.021 0.073 0.061 0.062 0.034 3 S 0.141 0.140 0.070 0.020 0.212 0.017 0.041 0.105 0.098 0.101 0.056 4 S 0.086 0.232 0.158 0.036 0.198 0.015 0.024 0.068 0.055 0.087 0.040 5 E 0.055 0.294 0.210 0.045 0.151 0.022 0.046 0.085 0.038 0.032 0.022 6 P 0.058 0.295 0.226 0.036 0.143 0.014 0.018 0.068 0.051 0.060 0.029 7 A 0.081 0.229 0.106 0.027 0.201 0.020 0.038 0.132 0.087 0.048 0.031 8 H 0.069 0.137 0.071 0.021 0.129 0.018 0.041 0.165 0.147 0.157 0.044 9 G 0.089 0.213 0.117 0.021 0.196 0.010 0.022 0.099 0.073 0.116 0.045 10 A 0.094 0.220 0.074 0.020 0.226 0.022 0.044 0.138 0.070 0.059 0.034 11 T 0.101 0.235 0.152 0.021 0.236 0.007 0.013 0.054 0.045 0.091 0.045 12 P 0.045 0.326 0.229 0.039 0.143 0.019 0.029 0.089 0.041 0.025 0.015 13 K 0.074 0.268 0.170 0.019 0.170 0.011 0.028 0.083 0.056 0.075 0.046 14 R 0.052 0.361 0.191 0.027 0.148 0.017 0.029 0.061 0.046 0.042 0.028 15 S 0.069 0.328 0.137 0.014 0.237 0.008 0.017 0.070 0.045 0.048 0.028 16 P 0.039 0.082 0.047 0.027 0.071 0.053 0.114 0.216 0.182 0.133 0.034 17 S 0.045 0.248 0.204 0.054 0.108 0.024 0.034 0.083 0.048 0.110 0.042 18 E 0.051 0.246 0.082 0.029 0.125 0.022 0.027 0.129 0.095 0.150 0.045 19 G 0.040 0.225 0.178 0.029 0.102 0.016 0.020 0.191 0.088 0.084 0.027 20 S 0.020 0.040 0.017 0.007 0.035 0.008 0.014 0.558 0.181 0.092 0.028 21 A 0.007 0.049 0.014 0.004 0.018 0.006 0.013 0.731 0.115 0.035 0.008 22 D 0.007 0.029 0.011 0.001 0.012 0.002 0.006 0.805 0.080 0.042 0.006 23 N 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.887 0.074 0.017 0.003 24 A 0.002 0.009 0.002 0.002 0.005 0.002 0.006 0.906 0.058 0.007 0.002 25 A 0.001 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.008 0.912 0.050 0.012 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.910 0.067 0.016 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.909 0.079 0.004 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.921 0.066 0.003 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.906 0.068 0.009 0.001 30 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.828 0.137 0.022 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.877 0.100 0.007 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.912 0.068 0.005 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.890 0.098 0.003 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.871 0.123 0.003 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.073 0.001 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.920 0.066 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.905 0.075 0.001 0.001 38 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.864 0.100 0.007 0.001 39 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 0.840 0.100 0.009 0.001 40 Y 0.007 0.019 0.006 0.003 0.011 0.007 0.054 0.699 0.162 0.027 0.004 41 G 0.003 0.026 0.017 0.014 0.015 0.034 0.130 0.625 0.098 0.036 0.002 42 I 0.097 0.010 0.002 0.001 0.068 0.011 0.077 0.583 0.106 0.025 0.020 43 V 0.037 0.031 0.009 0.023 0.079 0.068 0.124 0.462 0.129 0.026 0.012 44 S 0.068 0.061 0.016 0.016 0.128 0.027 0.049 0.318 0.175 0.102 0.039 45 A 0.032 0.100 0.033 0.018 0.114 0.031 0.078 0.277 0.209 0.085 0.022 46 L 0.071 0.036 0.011 0.009 0.059 0.012 0.076 0.078 0.102 0.464 0.082 47 S 0.017 0.359 0.429 0.040 0.091 0.008 0.009 0.008 0.007 0.024 0.008 48 P 0.018 0.552 0.301 0.023 0.075 0.003 0.002 0.007 0.005 0.008 0.007 49 P 0.005 0.013 0.006 0.006 0.014 0.024 0.078 0.473 0.355 0.021 0.005 50 G 0.005 0.013 0.011 0.004 0.009 0.006 0.027 0.516 0.227 0.167 0.016 51 V 0.012 0.036 0.008 0.001 0.021 0.003 0.018 0.549 0.171 0.172 0.011 52 N 0.006 0.015 0.006 0.002 0.008 0.004 0.008 0.807 0.119 0.022 0.004 53 F 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.907 0.073 0.004 0.001 54 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.043 0.006 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.054 0.004 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.040 0.003 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.062 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.939 0.041 0.002 0.001 61 Q 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.037 0.848 0.060 0.040 0.001 62 H 0.013 0.018 0.009 0.002 0.011 0.002 0.007 0.769 0.103 0.048 0.018 63 R 0.001 0.010 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.830 0.122 0.013 0.002 64 H 0.001 0.009 0.003 0.002 0.004 0.005 0.033 0.864 0.063 0.016 0.002 65 R 0.004 0.010 0.004 0.001 0.005 0.002 0.012 0.786 0.105 0.066 0.005 66 R 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.869 0.092 0.015 0.003 67 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.917 0.057 0.005 0.002 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.047 0.007 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.062 0.006 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.067 0.002 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.943 0.043 0.002 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.924 0.055 0.005 0.001 73 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.818 0.120 0.034 0.002 74 S 0.003 0.010 0.006 0.003 0.005 0.005 0.038 0.715 0.188 0.025 0.002 75 A 0.004 0.016 0.007 0.004 0.010 0.009 0.118 0.702 0.097 0.030 0.002 76 R 0.009 0.438 0.242 0.028 0.069 0.022 0.050 0.071 0.030 0.037 0.005 77 G 0.110 0.071 0.042 0.032 0.071 0.011 0.014 0.037 0.033 0.351 0.228 78 V 0.104 0.282 0.114 0.025 0.208 0.015 0.018 0.060 0.048 0.078 0.048 79 T 0.038 0.382 0.259 0.037 0.157 0.008 0.014 0.033 0.021 0.031 0.018 80 A 0.053 0.363 0.337 0.023 0.118 0.010 0.016 0.035 0.018 0.011 0.016 81 P 0.047 0.341 0.235 0.025 0.147 0.025 0.035 0.072 0.031 0.022 0.019 82 I 0.092 0.310 0.224 0.020 0.177 0.010 0.019 0.062 0.025 0.024 0.036 83 A 0.068 0.313 0.151 0.023 0.137 0.016 0.019 0.109 0.062 0.075 0.028 84 A 0.076 0.223 0.108 0.034 0.130 0.019 0.024 0.159 0.136 0.055 0.035 85 A 0.027 0.069 0.051 0.046 0.046 0.033 0.068 0.343 0.246 0.057 0.015 86 G 0.045 0.071 0.041 0.032 0.077 0.021 0.049 0.167 0.144 0.295 0.057 87 Y 0.144 0.154 0.028 0.009 0.266 0.007 0.010 0.074 0.068 0.153 0.087 88 Q 0.121 0.121 0.068 0.028 0.222 0.019 0.029 0.099 0.086 0.151 0.056 89 L 0.035 0.389 0.305 0.032 0.150 0.006 0.008 0.027 0.017 0.019 0.012 90 P 0.066 0.404 0.190 0.005 0.240 0.002 0.008 0.025 0.020 0.021 0.018 91 M 0.095 0.395 0.098 0.004 0.320 0.003 0.007 0.020 0.019 0.017 0.023 92 Q 0.062 0.329 0.175 0.013 0.306 0.011 0.023 0.023 0.015 0.023 0.020 93 V 0.101 0.323 0.123 0.014 0.207 0.012 0.026 0.071 0.043 0.042 0.039 94 S 0.026 0.122 0.065 0.029 0.075 0.101 0.167 0.128 0.071 0.178 0.037 95 S 0.024 0.462 0.398 0.013 0.075 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.009 96 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.698 0.267 0.015 0.002 97 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.881 0.095 0.005 0.001 98 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.866 0.093 0.031 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.062 0.005 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.076 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.045 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.904 0.082 0.010 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.882 0.110 0.004 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.922 0.067 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.905 0.060 0.024 0.001 106 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.871 0.098 0.014 0.001 107 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.016 0.868 0.092 0.008 0.001 108 N 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.012 0.061 0.866 0.049 0.005 0.001 109 D 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.011 0.777 0.091 0.090 0.011 110 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.853 0.129 0.011 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.058 0.001 0.001 112 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.962 0.030 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.037 0.002 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.056 0.002 0.001 115 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.052 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.951 0.034 0.003 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.887 0.092 0.009 0.001 118 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.790 0.174 0.012 0.002 119 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.040 0.767 0.166 0.014 0.001 120 H 0.007 0.012 0.005 0.003 0.019 0.014 0.095 0.533 0.194 0.109 0.008 121 A 0.086 0.068 0.009 0.002 0.095 0.005 0.063 0.260 0.161 0.200 0.050 122 E 0.029 0.097 0.059 0.020 0.065 0.037 0.081 0.104 0.110 0.360 0.038 123 T 0.010 0.561 0.318 0.012 0.086 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 124 A 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.008 0.017 0.565 0.364 0.030 0.003 125 D 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.010 0.796 0.158 0.022 0.001 126 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.827 0.127 0.040 0.001 127 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.052 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.041 0.001 0.001 129 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.043 0.002 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.059 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.046 0.001 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.965 0.026 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.943 0.044 0.004 0.001 134 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.067 0.004 0.001 135 T 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.921 0.048 0.007 0.001 136 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 0.895 0.056 0.017 0.001 137 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.918 0.056 0.008 0.002 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.912 0.071 0.008 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.056 0.006 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.932 0.054 0.004 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.925 0.057 0.006 0.001 142 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.880 0.086 0.010 0.001 143 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 0.853 0.084 0.015 0.001 144 W 0.005 0.019 0.007 0.002 0.016 0.008 0.059 0.741 0.110 0.029 0.003 145 N 0.022 0.040 0.018 0.009 0.036 0.010 0.056 0.549 0.175 0.069 0.016 146 R 0.027 0.036 0.022 0.009 0.034 0.018 0.092 0.453 0.184 0.100 0.023 147 V 0.031 0.074 0.038 0.025 0.063 0.037 0.140 0.406 0.103 0.067 0.016 148 L 0.034 0.224 0.082 0.054 0.087 0.070 0.114 0.137 0.091 0.088 0.018 149 G 0.050 0.090 0.116 0.135 0.069 0.033 0.031 0.078 0.092 0.243 0.064 150 A 0.093 0.170 0.125 0.045 0.130 0.026 0.048 0.096 0.106 0.118 0.043 151 W 0.060 0.344 0.212 0.031 0.191 0.013 0.024 0.049 0.029 0.024 0.023 152 P 0.128 0.194 0.071 0.015 0.236 0.021 0.046 0.082 0.074 0.064 0.068 153 I 0.095 0.215 0.130 0.050 0.241 0.023 0.018 0.067 0.070 0.059 0.031 154 T 0.225 0.101 0.027 0.012 0.303 0.010 0.025 0.086 0.072 0.063 0.078 155 A 0.122 0.120 0.029 0.012 0.255 0.013 0.043 0.135 0.124 0.102 0.045 156 A 0.113 0.189 0.066 0.023 0.281 0.016 0.045 0.076 0.059 0.090 0.042 157 F 0.147 0.206 0.195 0.045 0.246 0.017 0.019 0.028 0.016 0.026 0.056 158 P 0.034 0.100 0.067 0.069 0.065 0.107 0.180 0.184 0.110 0.059 0.024 159 G 0.052 0.117 0.152 0.114 0.088 0.055 0.063 0.064 0.057 0.178 0.059 160 G 0.053 0.116 0.119 0.144 0.096 0.084 0.052 0.070 0.071 0.133 0.062 161 D 0.086 0.127 0.090 0.031 0.158 0.021 0.030 0.107 0.109 0.164 0.076 162 E 0.057 0.082 0.058 0.023 0.094 0.018 0.033 0.195 0.199 0.198 0.044