# TARGET T0385 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.677 0.223 0.075 0.022 0.004 0.001 0.001 2 T 0.620 0.219 0.093 0.051 0.015 0.002 0.001 3 S 0.589 0.234 0.094 0.051 0.023 0.008 0.001 4 S 0.432 0.215 0.158 0.116 0.059 0.017 0.002 5 E 0.499 0.264 0.138 0.069 0.023 0.006 0.001 6 P 0.454 0.227 0.135 0.115 0.053 0.014 0.001 7 A 0.525 0.248 0.129 0.070 0.024 0.005 0.001 8 H 0.526 0.256 0.128 0.067 0.019 0.003 0.001 9 G 0.571 0.244 0.112 0.054 0.016 0.003 0.001 10 A 0.420 0.205 0.164 0.140 0.060 0.011 0.001 11 T 0.568 0.234 0.114 0.060 0.021 0.003 0.001 12 P 0.492 0.228 0.148 0.093 0.033 0.005 0.001 13 K 0.707 0.201 0.063 0.023 0.005 0.001 0.001 14 R 0.540 0.228 0.131 0.076 0.021 0.003 0.001 15 S 0.673 0.209 0.077 0.032 0.008 0.001 0.001 16 P 0.685 0.198 0.072 0.033 0.010 0.002 0.001 17 S 0.726 0.170 0.061 0.031 0.010 0.002 0.001 18 E 0.620 0.225 0.094 0.046 0.013 0.002 0.001 19 G 0.511 0.283 0.125 0.061 0.016 0.003 0.001 20 S 0.463 0.310 0.131 0.064 0.025 0.007 0.001 21 A 0.161 0.241 0.240 0.206 0.118 0.030 0.004 22 D 0.057 0.193 0.236 0.267 0.175 0.066 0.006 23 N 0.015 0.119 0.289 0.329 0.204 0.043 0.002 24 A 0.113 0.367 0.312 0.160 0.041 0.007 0.001 25 A 0.007 0.035 0.090 0.223 0.374 0.237 0.034 26 L 0.001 0.004 0.009 0.053 0.261 0.534 0.138 27 C 0.002 0.045 0.208 0.424 0.258 0.060 0.003 28 D 0.005 0.056 0.202 0.396 0.253 0.082 0.007 29 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.092 0.539 0.357 30 L 0.001 0.001 0.005 0.044 0.231 0.571 0.148 31 A 0.004 0.077 0.242 0.352 0.214 0.090 0.020 32 V 0.015 0.044 0.072 0.191 0.303 0.273 0.103 33 E 0.001 0.004 0.008 0.024 0.105 0.516 0.340 34 H 0.006 0.019 0.053 0.151 0.291 0.379 0.101 35 A 0.008 0.037 0.068 0.200 0.314 0.267 0.105 36 T 0.004 0.015 0.024 0.072 0.162 0.370 0.352 37 I 0.010 0.012 0.021 0.054 0.149 0.358 0.398 38 Y 0.010 0.024 0.043 0.091 0.175 0.337 0.321 39 G 0.007 0.016 0.041 0.090 0.149 0.271 0.427 40 Y 0.002 0.006 0.019 0.051 0.102 0.267 0.553 41 G 0.003 0.007 0.020 0.047 0.120 0.332 0.472 42 I 0.002 0.004 0.013 0.039 0.116 0.272 0.553 43 V 0.005 0.010 0.022 0.031 0.071 0.344 0.517 44 S 0.023 0.021 0.042 0.131 0.190 0.378 0.215 45 A 0.027 0.033 0.046 0.089 0.226 0.425 0.154 46 L 0.028 0.072 0.113 0.242 0.266 0.225 0.055 47 S 0.043 0.075 0.102 0.214 0.341 0.199 0.027 48 P 0.097 0.318 0.278 0.212 0.077 0.016 0.002 49 P 0.407 0.277 0.180 0.095 0.032 0.008 0.001 50 G 0.429 0.352 0.137 0.052 0.023 0.007 0.001 51 V 0.040 0.095 0.187 0.310 0.262 0.098 0.008 52 N 0.064 0.188 0.280 0.244 0.159 0.061 0.004 53 F 0.332 0.415 0.173 0.059 0.017 0.004 0.001 54 L 0.054 0.146 0.282 0.323 0.157 0.035 0.003 55 V 0.046 0.065 0.081 0.165 0.327 0.289 0.027 56 A 0.073 0.242 0.333 0.258 0.080 0.013 0.001 57 D 0.155 0.454 0.286 0.087 0.016 0.003 0.001 58 A 0.045 0.056 0.106 0.250 0.361 0.170 0.012 59 L 0.032 0.070 0.138 0.283 0.311 0.154 0.013 60 K 0.266 0.450 0.208 0.061 0.013 0.002 0.001 61 Q 0.193 0.284 0.257 0.194 0.062 0.010 0.001 62 H 0.042 0.085 0.126 0.205 0.285 0.236 0.020 63 R 0.207 0.303 0.270 0.163 0.049 0.008 0.001 64 H 0.267 0.434 0.201 0.072 0.021 0.004 0.001 65 R 0.017 0.055 0.119 0.285 0.364 0.153 0.008 66 R 0.013 0.061 0.148 0.311 0.321 0.136 0.009 67 D 0.180 0.469 0.258 0.075 0.016 0.003 0.001 68 D 0.050 0.208 0.350 0.291 0.089 0.012 0.001 69 V 0.016 0.014 0.018 0.091 0.373 0.458 0.029 70 I 0.021 0.112 0.293 0.395 0.155 0.023 0.001 71 V 0.189 0.532 0.203 0.059 0.015 0.002 0.001 72 M 0.031 0.110 0.275 0.384 0.168 0.031 0.001 73 L 0.039 0.059 0.105 0.302 0.369 0.122 0.004 74 S 0.331 0.422 0.173 0.059 0.012 0.002 0.001 75 A 0.608 0.298 0.071 0.018 0.003 0.001 0.001 76 R 0.199 0.287 0.280 0.170 0.053 0.010 0.001 77 G 0.391 0.329 0.164 0.079 0.030 0.007 0.001 78 V 0.189 0.160 0.189 0.250 0.160 0.048 0.005 79 T 0.259 0.332 0.216 0.127 0.051 0.014 0.001 80 A 0.113 0.134 0.173 0.251 0.218 0.098 0.013 81 P 0.209 0.221 0.186 0.186 0.128 0.061 0.010 82 I 0.183 0.226 0.208 0.196 0.121 0.055 0.010 83 A 0.190 0.184 0.178 0.217 0.155 0.065 0.010 84 A 0.267 0.251 0.189 0.144 0.092 0.049 0.009 85 A 0.256 0.241 0.197 0.167 0.094 0.039 0.006 86 G 0.208 0.267 0.217 0.168 0.091 0.041 0.008 87 Y 0.070 0.094 0.147 0.245 0.262 0.157 0.025 88 Q 0.145 0.249 0.261 0.193 0.105 0.042 0.006 89 L 0.044 0.051 0.090 0.217 0.312 0.253 0.035 90 P 0.109 0.191 0.223 0.235 0.163 0.072 0.007 91 M 0.077 0.113 0.168 0.253 0.264 0.116 0.009 92 Q 0.229 0.355 0.237 0.127 0.041 0.010 0.001 93 V 0.153 0.202 0.219 0.245 0.140 0.038 0.003 94 S 0.561 0.290 0.096 0.036 0.012 0.004 0.001 95 S 0.226 0.343 0.236 0.137 0.047 0.010 0.001 96 A 0.100 0.212 0.263 0.248 0.139 0.035 0.003 97 A 0.246 0.445 0.204 0.079 0.022 0.004 0.001 98 D 0.056 0.222 0.343 0.267 0.092 0.018 0.002 99 A 0.005 0.016 0.037 0.115 0.354 0.421 0.053 100 A 0.004 0.049 0.168 0.350 0.304 0.112 0.012 101 R 0.018 0.208 0.335 0.303 0.108 0.027 0.002 102 L 0.001 0.005 0.024 0.136 0.397 0.395 0.041 103 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.089 0.554 0.342 104 V 0.003 0.057 0.199 0.390 0.263 0.078 0.009 105 R 0.003 0.049 0.205 0.407 0.260 0.071 0.005 106 M 0.001 0.001 0.003 0.019 0.140 0.596 0.241 107 E 0.001 0.005 0.021 0.097 0.291 0.455 0.130 108 N 0.006 0.113 0.280 0.361 0.192 0.045 0.003 109 D 0.001 0.007 0.054 0.292 0.444 0.184 0.019 110 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.512 0.423 111 A 0.001 0.004 0.022 0.128 0.351 0.407 0.089 112 T 0.001 0.029 0.136 0.354 0.317 0.148 0.014 113 A 0.001 0.001 0.003 0.024 0.145 0.539 0.287 114 W 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.385 0.573 115 R 0.001 0.014 0.078 0.276 0.347 0.255 0.029 116 A 0.001 0.015 0.073 0.286 0.417 0.186 0.022 117 V 0.001 0.001 0.003 0.014 0.097 0.536 0.349 118 V 0.001 0.007 0.030 0.139 0.326 0.423 0.074 119 E 0.021 0.179 0.256 0.278 0.180 0.074 0.011 120 H 0.018 0.080 0.178 0.334 0.275 0.102 0.013 121 A 0.012 0.048 0.107 0.238 0.361 0.214 0.021 122 E 0.125 0.292 0.271 0.204 0.085 0.021 0.002 123 T 0.261 0.388 0.209 0.103 0.032 0.006 0.001 124 A 0.232 0.325 0.230 0.145 0.054 0.012 0.001 125 D 0.217 0.332 0.239 0.139 0.056 0.014 0.002 126 D 0.007 0.027 0.079 0.219 0.365 0.253 0.051 127 R 0.003 0.015 0.037 0.118 0.338 0.393 0.096 128 V 0.008 0.045 0.100 0.222 0.328 0.237 0.061 129 F 0.003 0.012 0.030 0.087 0.191 0.419 0.258 130 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.284 0.675 131 S 0.001 0.001 0.006 0.034 0.126 0.402 0.430 132 T 0.001 0.007 0.029 0.119 0.301 0.393 0.150 133 A 0.001 0.002 0.007 0.036 0.160 0.419 0.375 134 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.283 0.678 135 T 0.001 0.007 0.028 0.117 0.268 0.418 0.161 136 E 0.001 0.016 0.055 0.218 0.377 0.278 0.055 137 S 0.001 0.003 0.014 0.061 0.219 0.465 0.238 138 A 0.001 0.004 0.007 0.024 0.111 0.479 0.374 139 V 0.006 0.034 0.092 0.260 0.328 0.231 0.049 140 M 0.019 0.074 0.144 0.288 0.239 0.190 0.046 141 A 0.010 0.020 0.034 0.089 0.223 0.437 0.188 142 T 0.009 0.020 0.049 0.125 0.278 0.409 0.112 143 R 0.021 0.084 0.158 0.263 0.277 0.164 0.032 144 W 0.022 0.038 0.069 0.171 0.300 0.302 0.098 145 N 0.046 0.108 0.152 0.222 0.225 0.185 0.062 146 R 0.126 0.193 0.205 0.208 0.152 0.090 0.027 147 V 0.163 0.190 0.178 0.187 0.159 0.093 0.029 148 L 0.219 0.176 0.168 0.186 0.148 0.084 0.020 149 G 0.355 0.229 0.151 0.129 0.082 0.042 0.013 150 A 0.432 0.254 0.143 0.088 0.050 0.026 0.008 151 W 0.342 0.202 0.153 0.146 0.095 0.049 0.013 152 P 0.430 0.201 0.136 0.112 0.073 0.038 0.011 153 I 0.529 0.184 0.109 0.089 0.056 0.026 0.008 154 T 0.498 0.219 0.135 0.088 0.042 0.014 0.003 155 A 0.511 0.217 0.127 0.081 0.045 0.016 0.004 156 A 0.590 0.220 0.104 0.052 0.023 0.008 0.002 157 F 0.584 0.197 0.110 0.071 0.029 0.008 0.001 158 P 0.672 0.206 0.077 0.031 0.010 0.003 0.001 159 G 0.706 0.194 0.060 0.028 0.009 0.002 0.001 160 G 0.733 0.168 0.057 0.031 0.009 0.002 0.001 161 D 0.767 0.161 0.049 0.018 0.005 0.001 0.001 162 E 0.782 0.152 0.044 0.016 0.004 0.001 0.001