# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.029 0.039 0.048 0.091 0.164 0.064 0.522 2 T 0.080 0.037 0.042 0.039 0.078 0.147 0.078 0.499 3 S 0.030 0.045 0.042 0.033 0.055 0.152 0.071 0.573 4 S 0.075 0.086 0.046 0.023 0.041 0.140 0.089 0.500 5 E 0.172 0.066 0.056 0.035 0.033 0.132 0.153 0.352 6 P 0.219 0.050 0.031 0.014 0.024 0.119 0.065 0.479 7 A 0.180 0.021 0.029 0.010 0.020 0.097 0.087 0.554 8 H 0.039 0.015 0.027 0.014 0.024 0.157 0.042 0.682 9 G 0.019 0.014 0.030 0.015 0.032 0.127 0.034 0.731 10 A 0.034 0.014 0.035 0.022 0.026 0.133 0.031 0.705 11 T 0.296 0.036 0.039 0.031 0.039 0.096 0.116 0.348 12 P 0.154 0.023 0.019 0.014 0.019 0.104 0.057 0.611 13 K 0.021 0.009 0.035 0.021 0.042 0.135 0.047 0.691 14 R 0.028 0.008 0.023 0.017 0.030 0.128 0.050 0.716 15 S 0.119 0.020 0.029 0.034 0.039 0.154 0.068 0.538 16 P 0.082 0.014 0.020 0.014 0.022 0.117 0.043 0.689 17 S 0.099 0.031 0.014 0.010 0.017 0.128 0.067 0.634 18 E 0.046 0.039 0.014 0.007 0.009 0.142 0.037 0.706 19 G 0.070 0.114 0.009 0.006 0.008 0.097 0.101 0.595 20 S 0.111 0.489 0.007 0.005 0.005 0.062 0.066 0.256 21 A 0.031 0.648 0.005 0.004 0.006 0.040 0.082 0.184 22 D 0.009 0.892 0.002 0.001 0.002 0.008 0.048 0.038 23 N 0.005 0.892 0.002 0.001 0.002 0.006 0.075 0.017 24 A 0.003 0.891 0.004 0.003 0.003 0.005 0.079 0.012 25 A 0.006 0.956 0.003 0.001 0.001 0.003 0.026 0.004 26 L 0.006 0.939 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.005 27 C 0.002 0.933 0.003 0.001 0.001 0.002 0.050 0.008 28 D 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 29 A 0.001 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 30 L 0.002 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 31 A 0.010 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.007 32 V 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.002 0.951 0.002 33 E 0.004 0.599 0.005 0.001 0.001 0.006 0.370 0.015 34 H 0.027 0.872 0.003 0.001 0.001 0.011 0.034 0.053 35 A 0.014 0.724 0.022 0.009 0.007 0.027 0.099 0.099 36 T 0.053 0.657 0.023 0.006 0.013 0.039 0.084 0.125 37 I 0.123 0.363 0.039 0.009 0.009 0.086 0.101 0.270 38 Y 0.116 0.311 0.088 0.023 0.022 0.110 0.099 0.232 39 G 0.071 0.200 0.045 0.006 0.015 0.098 0.083 0.483 40 Y 0.028 0.111 0.134 0.017 0.030 0.116 0.193 0.370 41 G 0.032 0.118 0.273 0.045 0.056 0.068 0.209 0.199 42 I 0.185 0.072 0.102 0.036 0.048 0.096 0.103 0.358 43 V 0.163 0.024 0.082 0.038 0.041 0.079 0.110 0.463 44 S 0.047 0.013 0.024 0.013 0.023 0.090 0.069 0.720 45 A 0.035 0.013 0.017 0.009 0.017 0.153 0.033 0.724 46 L 0.012 0.008 0.020 0.014 0.014 0.156 0.032 0.743 47 S 0.213 0.073 0.010 0.006 0.007 0.100 0.046 0.544 48 P 0.308 0.186 0.008 0.003 0.004 0.056 0.158 0.277 49 P 0.034 0.305 0.012 0.004 0.006 0.095 0.033 0.511 50 G 0.035 0.604 0.011 0.003 0.006 0.038 0.069 0.234 51 V 0.015 0.934 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 0.028 52 N 0.013 0.909 0.003 0.001 0.002 0.004 0.052 0.018 53 F 0.004 0.909 0.004 0.002 0.002 0.004 0.059 0.017 54 L 0.004 0.955 0.005 0.001 0.001 0.003 0.022 0.008 55 V 0.007 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 56 A 0.014 0.950 0.006 0.001 0.001 0.002 0.019 0.008 57 D 0.026 0.812 0.013 0.001 0.001 0.006 0.090 0.051 58 A 0.052 0.640 0.014 0.001 0.001 0.012 0.227 0.054 59 L 0.088 0.733 0.007 0.001 0.001 0.011 0.097 0.064 60 K 0.044 0.644 0.004 0.001 0.001 0.017 0.034 0.257 61 Q 0.019 0.564 0.006 0.001 0.001 0.023 0.122 0.265 62 H 0.032 0.755 0.003 0.001 0.001 0.012 0.148 0.049 63 R 0.035 0.816 0.004 0.001 0.001 0.014 0.066 0.064 64 H 0.007 0.808 0.005 0.001 0.001 0.019 0.054 0.106 65 R 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.008 66 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 67 D 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 68 D 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 69 V 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 70 I 0.004 0.238 0.008 0.001 0.001 0.002 0.742 0.005 71 V 0.005 0.859 0.007 0.001 0.001 0.005 0.101 0.022 72 M 0.129 0.616 0.054 0.003 0.003 0.025 0.093 0.077 73 L 0.105 0.068 0.227 0.022 0.007 0.059 0.313 0.199 74 S 0.566 0.015 0.007 0.001 0.002 0.028 0.022 0.359 75 A 0.137 0.002 0.005 0.001 0.001 0.048 0.024 0.783 76 R 0.007 0.002 0.028 0.004 0.007 0.224 0.016 0.712 77 G 0.011 0.001 0.011 0.003 0.008 0.085 0.012 0.870 78 V 0.014 0.005 0.031 0.017 0.010 0.107 0.013 0.803 79 T 0.074 0.039 0.141 0.021 0.024 0.099 0.053 0.549 80 A 0.072 0.048 0.049 0.033 0.026 0.099 0.041 0.632 81 P 0.047 0.037 0.090 0.021 0.020 0.086 0.055 0.644 82 I 0.243 0.060 0.102 0.025 0.016 0.075 0.134 0.344 83 A 0.415 0.048 0.021 0.009 0.013 0.068 0.059 0.366 84 A 0.189 0.010 0.019 0.005 0.009 0.059 0.036 0.673 85 A 0.054 0.008 0.027 0.018 0.052 0.136 0.036 0.668 86 G 0.009 0.002 0.022 0.013 0.039 0.079 0.030 0.807 87 Y 0.008 0.003 0.113 0.121 0.144 0.148 0.034 0.429 88 Q 0.008 0.003 0.110 0.051 0.082 0.086 0.042 0.618 89 L 0.068 0.007 0.093 0.115 0.084 0.102 0.082 0.448 90 P 0.069 0.008 0.109 0.031 0.043 0.086 0.087 0.566 91 M 0.042 0.010 0.065 0.037 0.052 0.122 0.074 0.597 92 Q 0.044 0.031 0.053 0.015 0.024 0.107 0.077 0.649 93 V 0.051 0.099 0.020 0.014 0.015 0.125 0.058 0.619 94 S 0.029 0.209 0.018 0.007 0.007 0.083 0.108 0.539 95 S 0.017 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.022 96 A 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 97 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.006 98 D 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.003 99 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 100 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 101 R 0.004 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.028 0.009 102 L 0.010 0.906 0.004 0.001 0.001 0.004 0.064 0.010 103 A 0.035 0.839 0.010 0.001 0.001 0.007 0.089 0.019 104 V 0.030 0.473 0.032 0.009 0.006 0.030 0.233 0.186 105 R 0.034 0.443 0.036 0.004 0.005 0.065 0.132 0.283 106 M 0.142 0.488 0.039 0.005 0.004 0.042 0.134 0.146 107 E 0.161 0.425 0.011 0.002 0.004 0.046 0.041 0.310 108 N 0.017 0.135 0.010 0.002 0.004 0.072 0.249 0.511 109 D 0.004 0.642 0.014 0.006 0.009 0.049 0.153 0.123 110 G 0.007 0.910 0.008 0.002 0.005 0.009 0.030 0.028 111 A 0.009 0.837 0.027 0.015 0.009 0.011 0.053 0.038 112 T 0.013 0.610 0.075 0.016 0.023 0.012 0.219 0.032 113 A 0.032 0.811 0.028 0.007 0.009 0.009 0.078 0.026 114 W 0.061 0.706 0.040 0.010 0.012 0.017 0.088 0.066 115 R 0.031 0.480 0.036 0.018 0.016 0.038 0.110 0.271 116 A 0.021 0.584 0.041 0.012 0.016 0.046 0.055 0.224 117 V 0.144 0.410 0.076 0.019 0.021 0.051 0.107 0.172 118 V 0.448 0.118 0.031 0.019 0.015 0.054 0.066 0.249 119 E 0.068 0.029 0.020 0.010 0.019 0.062 0.160 0.633 120 H 0.046 0.043 0.026 0.007 0.013 0.120 0.092 0.652 121 A 0.030 0.035 0.035 0.023 0.024 0.170 0.048 0.635 122 E 0.020 0.033 0.011 0.004 0.004 0.086 0.021 0.819 123 T 0.190 0.500 0.008 0.003 0.003 0.042 0.080 0.175 124 A 0.069 0.630 0.006 0.002 0.001 0.048 0.036 0.208 125 D 0.022 0.854 0.003 0.001 0.001 0.012 0.042 0.065 126 D 0.009 0.938 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 0.017 127 R 0.017 0.680 0.005 0.002 0.003 0.013 0.241 0.038 128 V 0.002 0.043 0.003 0.001 0.001 0.005 0.939 0.007 129 F 0.008 0.787 0.006 0.002 0.003 0.011 0.159 0.023 130 A 0.051 0.853 0.008 0.002 0.006 0.015 0.027 0.039 131 S 0.009 0.107 0.012 0.004 0.005 0.016 0.786 0.062 132 T 0.024 0.582 0.010 0.002 0.005 0.032 0.269 0.076 133 A 0.043 0.549 0.018 0.004 0.004 0.061 0.182 0.138 134 L 0.008 0.763 0.015 0.003 0.003 0.033 0.091 0.083 135 T 0.006 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.014 136 E 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 137 S 0.003 0.972 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 138 A 0.002 0.119 0.002 0.001 0.001 0.002 0.873 0.002 139 V 0.001 0.767 0.003 0.001 0.001 0.002 0.224 0.003 140 M 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 141 A 0.003 0.773 0.006 0.002 0.002 0.005 0.195 0.014 142 T 0.008 0.809 0.006 0.002 0.003 0.008 0.153 0.012 143 R 0.019 0.918 0.004 0.001 0.001 0.005 0.034 0.018 144 W 0.042 0.768 0.025 0.004 0.005 0.020 0.074 0.062 145 N 0.059 0.254 0.084 0.012 0.012 0.062 0.317 0.200 146 R 0.316 0.115 0.073 0.008 0.008 0.074 0.083 0.323 147 V 0.484 0.018 0.090 0.006 0.006 0.062 0.058 0.277 148 L 0.022 0.003 0.019 0.002 0.004 0.099 0.022 0.829 149 G 0.014 0.003 0.019 0.003 0.007 0.088 0.014 0.853 150 A 0.017 0.003 0.027 0.010 0.010 0.142 0.035 0.756 151 W 0.039 0.007 0.061 0.028 0.028 0.217 0.070 0.551 152 P 0.045 0.007 0.041 0.015 0.025 0.130 0.046 0.691 153 I 0.069 0.008 0.045 0.019 0.024 0.123 0.048 0.663 154 T 0.145 0.015 0.064 0.025 0.034 0.117 0.091 0.510 155 A 0.035 0.007 0.059 0.032 0.060 0.161 0.064 0.582 156 A 0.023 0.003 0.062 0.021 0.041 0.131 0.035 0.685 157 F 0.071 0.005 0.065 0.054 0.059 0.159 0.055 0.531 158 P 0.083 0.006 0.027 0.015 0.025 0.130 0.035 0.680 159 G 0.093 0.010 0.022 0.017 0.032 0.140 0.048 0.638 160 G 0.053 0.006 0.011 0.009 0.018 0.114 0.031 0.756 161 D 0.110 0.022 0.014 0.026 0.036 0.118 0.078 0.596 162 E 0.043 0.017 0.018 0.028 0.052 0.123 0.044 0.676