# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.4986 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.110 0.065 0.119 0.089 0.080 0.090 0.064 0.068 0.054 0.041 2 T 0.182 0.146 0.054 0.141 0.113 0.088 0.092 0.057 0.053 0.041 0.032 3 S 0.120 0.064 0.026 0.053 0.051 0.062 0.097 0.103 0.140 0.140 0.144 4 S 0.154 0.141 0.060 0.137 0.115 0.095 0.098 0.060 0.058 0.043 0.038 5 E 0.184 0.146 0.086 0.146 0.107 0.080 0.079 0.052 0.049 0.040 0.030 6 P 0.209 0.101 0.057 0.120 0.094 0.089 0.095 0.063 0.068 0.056 0.048 7 A 0.142 0.060 0.035 0.064 0.054 0.058 0.091 0.088 0.124 0.133 0.151 8 H 0.120 0.101 0.047 0.108 0.086 0.092 0.132 0.093 0.097 0.074 0.050 9 G 0.169 0.108 0.057 0.108 0.087 0.083 0.109 0.074 0.082 0.065 0.057 10 A 0.029 0.021 0.014 0.030 0.033 0.044 0.086 0.095 0.160 0.203 0.286 11 T 0.066 0.140 0.069 0.146 0.122 0.099 0.113 0.076 0.072 0.053 0.045 12 P 0.112 0.069 0.055 0.099 0.108 0.116 0.140 0.094 0.091 0.068 0.049 13 K 0.281 0.153 0.100 0.160 0.101 0.065 0.059 0.029 0.022 0.016 0.013 14 R 0.086 0.078 0.057 0.140 0.141 0.130 0.136 0.075 0.069 0.051 0.037 15 S 0.061 0.050 0.030 0.064 0.055 0.064 0.115 0.109 0.143 0.145 0.163 16 P 0.233 0.150 0.078 0.134 0.103 0.084 0.083 0.045 0.038 0.029 0.022 17 S 0.277 0.172 0.065 0.124 0.084 0.065 0.069 0.042 0.041 0.033 0.029 18 E 0.293 0.149 0.045 0.136 0.103 0.078 0.072 0.040 0.036 0.026 0.021 19 G 0.386 0.172 0.062 0.117 0.081 0.060 0.047 0.025 0.022 0.016 0.013 20 S 0.177 0.169 0.068 0.170 0.122 0.088 0.078 0.045 0.041 0.026 0.016 21 A 0.062 0.076 0.037 0.086 0.098 0.108 0.147 0.119 0.123 0.087 0.057 22 D 0.019 0.040 0.020 0.078 0.128 0.163 0.207 0.131 0.113 0.064 0.037 23 N 0.027 0.024 0.017 0.074 0.137 0.175 0.222 0.133 0.100 0.059 0.032 24 A 0.019 0.024 0.023 0.121 0.170 0.197 0.215 0.099 0.071 0.040 0.022 25 A 0.001 0.003 0.011 0.017 0.019 0.030 0.102 0.133 0.228 0.221 0.235 26 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.016 0.073 0.120 0.247 0.281 0.245 27 C 0.001 0.005 0.078 0.093 0.095 0.125 0.244 0.128 0.120 0.074 0.038 28 D 0.001 0.001 0.023 0.027 0.057 0.107 0.240 0.167 0.154 0.126 0.098 29 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.043 0.080 0.199 0.307 0.361 30 L 0.001 0.001 0.020 0.013 0.010 0.023 0.156 0.170 0.252 0.221 0.135 31 A 0.001 0.003 0.057 0.058 0.082 0.148 0.259 0.138 0.121 0.083 0.050 32 V 0.001 0.002 0.014 0.008 0.009 0.019 0.108 0.122 0.207 0.252 0.259 33 E 0.001 0.001 0.008 0.008 0.007 0.013 0.083 0.144 0.268 0.282 0.188 34 H 0.001 0.004 0.053 0.040 0.049 0.094 0.221 0.155 0.164 0.129 0.090 35 A 0.002 0.008 0.107 0.058 0.058 0.091 0.216 0.140 0.143 0.106 0.071 36 T 0.001 0.003 0.016 0.025 0.031 0.065 0.196 0.174 0.207 0.173 0.109 37 I 0.003 0.006 0.034 0.017 0.011 0.017 0.072 0.109 0.214 0.268 0.250 38 Y 0.002 0.008 0.037 0.062 0.079 0.115 0.223 0.162 0.150 0.101 0.061 39 G 0.007 0.016 0.055 0.045 0.047 0.070 0.146 0.139 0.184 0.162 0.130 40 Y 0.010 0.017 0.029 0.064 0.070 0.106 0.228 0.160 0.152 0.106 0.057 41 G 0.045 0.042 0.052 0.067 0.061 0.088 0.155 0.138 0.152 0.120 0.080 42 I 0.031 0.042 0.044 0.065 0.058 0.083 0.166 0.128 0.150 0.127 0.106 43 V 0.032 0.039 0.046 0.070 0.061 0.073 0.137 0.122 0.160 0.139 0.121 44 S 0.091 0.084 0.061 0.094 0.084 0.094 0.141 0.102 0.107 0.082 0.060 45 A 0.206 0.149 0.092 0.134 0.096 0.083 0.089 0.050 0.047 0.031 0.022 46 L 0.047 0.037 0.027 0.056 0.059 0.074 0.132 0.118 0.156 0.151 0.143 47 S 0.135 0.175 0.067 0.135 0.112 0.097 0.100 0.054 0.052 0.039 0.034 48 P 0.283 0.173 0.065 0.122 0.089 0.072 0.072 0.043 0.037 0.025 0.017 49 P 0.535 0.110 0.045 0.089 0.064 0.049 0.049 0.023 0.018 0.011 0.007 50 G 0.292 0.219 0.066 0.143 0.096 0.061 0.050 0.028 0.022 0.013 0.010 51 V 0.010 0.025 0.012 0.037 0.048 0.077 0.149 0.149 0.200 0.164 0.129 52 N 0.034 0.039 0.045 0.115 0.186 0.214 0.190 0.083 0.055 0.025 0.012 53 F 0.162 0.124 0.271 0.164 0.092 0.065 0.067 0.026 0.017 0.008 0.004 54 L 0.004 0.016 0.032 0.123 0.142 0.176 0.234 0.119 0.084 0.047 0.023 55 V 0.001 0.001 0.007 0.005 0.005 0.008 0.045 0.095 0.230 0.299 0.305 56 A 0.005 0.008 0.144 0.190 0.210 0.210 0.168 0.039 0.018 0.006 0.001 57 D 0.014 0.045 0.655 0.160 0.076 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.010 0.010 0.020 0.083 0.339 0.222 0.177 0.097 0.040 59 L 0.001 0.001 0.019 0.010 0.019 0.050 0.253 0.225 0.223 0.138 0.061 60 K 0.011 0.019 0.840 0.090 0.026 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.018 0.296 0.322 0.220 0.102 0.033 0.005 0.002 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.019 0.138 0.172 0.277 0.240 0.139 63 R 0.004 0.009 0.131 0.220 0.259 0.197 0.145 0.026 0.008 0.002 0.001 64 H 0.010 0.037 0.862 0.052 0.022 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.001 0.008 0.058 0.068 0.107 0.219 0.318 0.104 0.073 0.033 0.013 66 R 0.001 0.001 0.009 0.005 0.009 0.031 0.218 0.208 0.245 0.183 0.089 67 D 0.016 0.039 0.597 0.218 0.086 0.030 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 68 D 0.002 0.023 0.175 0.205 0.230 0.191 0.123 0.031 0.013 0.005 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.071 0.249 0.328 0.323 70 I 0.001 0.001 0.006 0.024 0.087 0.232 0.363 0.143 0.087 0.042 0.015 71 V 0.003 0.023 0.666 0.170 0.070 0.035 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 72 M 0.001 0.001 0.006 0.020 0.049 0.129 0.375 0.191 0.121 0.069 0.039 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.131 0.320 0.513 74 S 0.001 0.004 0.037 0.157 0.326 0.255 0.151 0.042 0.017 0.006 0.004 75 A 0.014 0.055 0.589 0.177 0.082 0.049 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 76 R 0.003 0.003 0.002 0.017 0.049 0.164 0.451 0.189 0.076 0.035 0.011 77 G 0.608 0.216 0.046 0.082 0.025 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.037 0.071 0.171 0.259 0.442 79 T 0.155 0.373 0.124 0.200 0.081 0.040 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 80 A 0.009 0.010 0.004 0.012 0.015 0.032 0.106 0.144 0.236 0.216 0.217 81 P 0.077 0.082 0.037 0.134 0.135 0.124 0.135 0.071 0.068 0.059 0.079 82 I 0.037 0.042 0.019 0.068 0.084 0.102 0.164 0.132 0.147 0.113 0.092 83 A 0.180 0.085 0.047 0.132 0.117 0.106 0.123 0.069 0.057 0.042 0.041 84 A 0.176 0.141 0.089 0.200 0.138 0.096 0.074 0.035 0.025 0.016 0.011 85 A 0.036 0.038 0.023 0.068 0.074 0.101 0.176 0.138 0.146 0.112 0.088 86 G 0.183 0.183 0.094 0.205 0.135 0.082 0.057 0.025 0.018 0.011 0.008 87 Y 0.005 0.006 0.006 0.017 0.026 0.047 0.137 0.155 0.228 0.204 0.168 88 Q 0.064 0.144 0.091 0.276 0.179 0.098 0.070 0.030 0.022 0.014 0.013 89 L 0.007 0.007 0.004 0.014 0.020 0.031 0.095 0.136 0.213 0.237 0.237 90 P 0.096 0.119 0.067 0.182 0.154 0.123 0.113 0.058 0.045 0.025 0.018 91 M 0.059 0.038 0.017 0.059 0.074 0.088 0.148 0.129 0.154 0.128 0.105 92 Q 0.223 0.164 0.059 0.178 0.125 0.094 0.077 0.032 0.024 0.014 0.009 93 V 0.047 0.023 0.012 0.042 0.047 0.065 0.138 0.155 0.170 0.152 0.146 94 S 0.215 0.214 0.065 0.169 0.107 0.069 0.066 0.036 0.029 0.018 0.013 95 S 0.022 0.255 0.050 0.125 0.105 0.096 0.098 0.074 0.078 0.054 0.044 96 A 0.045 0.029 0.020 0.106 0.184 0.203 0.177 0.095 0.073 0.044 0.024 97 A 0.265 0.125 0.049 0.126 0.139 0.116 0.103 0.039 0.026 0.008 0.004 98 D 0.001 0.022 0.035 0.206 0.190 0.188 0.193 0.091 0.045 0.020 0.009 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.075 0.219 0.296 0.372 100 A 0.001 0.001 0.032 0.020 0.035 0.093 0.247 0.177 0.178 0.132 0.082 101 R 0.001 0.003 0.111 0.343 0.257 0.146 0.091 0.025 0.015 0.006 0.002 102 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.013 0.077 0.106 0.215 0.243 0.334 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.087 0.217 0.327 0.333 104 V 0.001 0.002 0.091 0.083 0.125 0.231 0.309 0.089 0.047 0.017 0.005 105 R 0.001 0.002 0.044 0.089 0.201 0.313 0.245 0.064 0.024 0.011 0.006 106 M 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.032 0.057 0.210 0.326 0.364 107 E 0.001 0.002 0.004 0.009 0.010 0.025 0.166 0.200 0.232 0.213 0.140 108 N 0.038 0.079 0.433 0.237 0.130 0.054 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 109 D 0.010 0.025 0.036 0.056 0.110 0.207 0.364 0.109 0.047 0.023 0.013 110 G 0.007 0.005 0.008 0.014 0.012 0.019 0.078 0.125 0.266 0.279 0.188 111 A 0.013 0.018 0.030 0.033 0.032 0.089 0.247 0.137 0.155 0.138 0.109 112 T 0.016 0.042 0.262 0.205 0.164 0.120 0.089 0.042 0.029 0.017 0.013 113 A 0.001 0.003 0.010 0.008 0.011 0.022 0.090 0.112 0.199 0.248 0.296 114 W 0.001 0.003 0.015 0.019 0.014 0.019 0.080 0.114 0.222 0.269 0.245 115 R 0.012 0.026 0.202 0.150 0.141 0.163 0.163 0.059 0.044 0.027 0.012 116 A 0.004 0.018 0.082 0.125 0.155 0.182 0.224 0.093 0.059 0.036 0.023 117 V 0.001 0.002 0.014 0.007 0.005 0.005 0.031 0.068 0.206 0.305 0.357 118 V 0.001 0.002 0.011 0.016 0.026 0.075 0.223 0.179 0.191 0.161 0.114 119 E 0.020 0.058 0.447 0.204 0.116 0.071 0.044 0.017 0.012 0.006 0.004 120 H 0.005 0.012 0.023 0.040 0.071 0.144 0.328 0.162 0.112 0.067 0.037 121 A 0.009 0.005 0.006 0.007 0.005 0.009 0.035 0.073 0.186 0.283 0.383 122 E 0.121 0.145 0.083 0.136 0.133 0.127 0.115 0.049 0.041 0.029 0.022 123 T 0.068 0.213 0.117 0.159 0.096 0.091 0.093 0.060 0.054 0.031 0.018 124 A 0.389 0.113 0.065 0.113 0.099 0.078 0.066 0.029 0.022 0.015 0.010 125 D 0.421 0.185 0.059 0.130 0.074 0.043 0.039 0.017 0.014 0.009 0.008 126 D 0.028 0.046 0.027 0.070 0.087 0.112 0.149 0.131 0.159 0.117 0.077 127 R 0.019 0.019 0.021 0.058 0.086 0.145 0.214 0.147 0.138 0.092 0.060 128 V 0.043 0.058 0.163 0.180 0.180 0.156 0.128 0.045 0.027 0.013 0.006 129 F 0.006 0.019 0.070 0.092 0.096 0.121 0.197 0.122 0.120 0.086 0.070 130 A 0.004 0.003 0.010 0.013 0.012 0.018 0.067 0.100 0.211 0.266 0.296 131 S 0.009 0.008 0.048 0.044 0.056 0.100 0.221 0.149 0.161 0.129 0.074 132 T 0.006 0.022 0.227 0.187 0.181 0.153 0.118 0.045 0.031 0.018 0.011 133 A 0.002 0.006 0.022 0.016 0.017 0.033 0.128 0.134 0.198 0.223 0.222 134 L 0.002 0.007 0.023 0.027 0.016 0.024 0.103 0.129 0.242 0.259 0.168 135 T 0.017 0.058 0.182 0.121 0.132 0.155 0.180 0.074 0.048 0.022 0.010 136 E 0.110 0.092 0.232 0.194 0.127 0.100 0.090 0.029 0.015 0.007 0.003 137 S 0.007 0.012 0.057 0.048 0.047 0.069 0.208 0.168 0.183 0.132 0.070 138 A 0.007 0.009 0.074 0.034 0.025 0.047 0.162 0.135 0.176 0.182 0.149 139 V 0.005 0.018 0.229 0.260 0.231 0.136 0.070 0.025 0.016 0.007 0.003 140 M 0.001 0.010 0.071 0.040 0.058 0.114 0.255 0.160 0.158 0.089 0.043 141 A 0.001 0.002 0.014 0.031 0.046 0.076 0.206 0.163 0.198 0.166 0.096 142 T 0.011 0.016 0.167 0.038 0.029 0.048 0.151 0.125 0.156 0.146 0.112 143 R 0.002 0.011 0.116 0.194 0.193 0.173 0.164 0.066 0.045 0.024 0.011 144 W 0.001 0.005 0.066 0.018 0.012 0.016 0.067 0.100 0.228 0.260 0.226 145 N 0.001 0.003 0.017 0.045 0.096 0.179 0.282 0.167 0.120 0.065 0.025 146 R 0.009 0.030 0.192 0.129 0.121 0.141 0.174 0.092 0.063 0.032 0.016 147 V 0.002 0.008 0.027 0.036 0.040 0.072 0.205 0.164 0.188 0.152 0.105 148 L 0.013 0.015 0.023 0.030 0.031 0.048 0.133 0.146 0.212 0.201 0.149 149 G 0.173 0.184 0.133 0.169 0.105 0.077 0.068 0.033 0.027 0.018 0.012 150 A 0.181 0.129 0.102 0.175 0.118 0.094 0.092 0.047 0.033 0.019 0.010 151 W 0.051 0.057 0.023 0.083 0.097 0.122 0.191 0.133 0.117 0.078 0.047 152 P 0.076 0.058 0.024 0.055 0.058 0.072 0.119 0.116 0.158 0.137 0.128 153 I 0.044 0.035 0.024 0.056 0.065 0.088 0.153 0.131 0.158 0.133 0.113 154 T 0.098 0.087 0.048 0.099 0.090 0.090 0.128 0.108 0.112 0.082 0.060 155 A 0.174 0.100 0.053 0.126 0.111 0.106 0.119 0.071 0.065 0.045 0.030 156 A 0.097 0.064 0.039 0.093 0.087 0.094 0.133 0.105 0.114 0.096 0.078 157 F 0.019 0.024 0.015 0.043 0.053 0.070 0.144 0.147 0.188 0.166 0.131 158 P 0.111 0.124 0.049 0.119 0.104 0.096 0.120 0.083 0.081 0.062 0.050 159 G 0.185 0.103 0.040 0.095 0.087 0.085 0.115 0.084 0.086 0.069 0.051 160 G 0.350 0.144 0.049 0.115 0.090 0.070 0.068 0.038 0.035 0.024 0.017 161 D 0.387 0.242 0.066 0.141 0.074 0.039 0.024 0.011 0.009 0.005 0.003 162 E 0.446 0.168 0.053 0.105 0.070 0.053 0.043 0.023 0.020 0.012 0.008