# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.046 0.537 0.009 0.022 0.050 0.007 0.004 0.031 0.091 0.034 0.065 0.085 2 T 0.017 0.055 0.530 0.011 0.036 0.056 0.009 0.006 0.029 0.060 0.067 0.033 0.091 3 S 0.015 0.033 0.487 0.012 0.043 0.049 0.009 0.010 0.022 0.087 0.134 0.036 0.062 4 S 0.010 0.037 0.415 0.009 0.050 0.060 0.005 0.005 0.019 0.219 0.082 0.038 0.050 5 E 0.001 0.013 0.463 0.005 0.035 0.036 0.001 0.001 0.007 0.358 0.055 0.018 0.008 6 P 0.001 0.017 0.370 0.002 0.114 0.062 0.001 0.001 0.006 0.095 0.304 0.004 0.024 7 A 0.003 0.048 0.267 0.003 0.148 0.062 0.001 0.001 0.004 0.149 0.291 0.007 0.015 8 H 0.001 0.030 0.328 0.003 0.121 0.050 0.001 0.001 0.005 0.195 0.241 0.016 0.008 9 G 0.001 0.020 0.439 0.003 0.051 0.024 0.001 0.001 0.002 0.180 0.259 0.003 0.016 10 A 0.001 0.049 0.561 0.001 0.023 0.014 0.001 0.001 0.002 0.259 0.065 0.012 0.011 11 T 0.001 0.040 0.739 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 0.002 0.131 0.037 0.007 0.008 12 P 0.001 0.025 0.476 0.002 0.177 0.033 0.001 0.001 0.002 0.080 0.190 0.002 0.013 13 K 0.001 0.022 0.359 0.002 0.176 0.042 0.001 0.001 0.002 0.146 0.235 0.006 0.008 14 R 0.001 0.037 0.483 0.001 0.078 0.039 0.001 0.001 0.003 0.257 0.090 0.004 0.007 15 S 0.001 0.012 0.781 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.186 0.010 0.001 0.001 16 P 0.001 0.011 0.620 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.149 0.186 0.001 0.002 17 S 0.001 0.021 0.443 0.001 0.028 0.017 0.001 0.001 0.001 0.313 0.173 0.001 0.001 18 E 0.001 0.020 0.372 0.001 0.050 0.037 0.001 0.001 0.001 0.313 0.204 0.001 0.002 19 G 0.001 0.024 0.424 0.001 0.023 0.081 0.001 0.001 0.002 0.239 0.202 0.001 0.002 20 S 0.001 0.016 0.445 0.001 0.029 0.258 0.001 0.001 0.001 0.177 0.071 0.001 0.002 21 A 0.001 0.022 0.169 0.001 0.033 0.635 0.001 0.001 0.001 0.064 0.072 0.001 0.002 22 D 0.001 0.002 0.068 0.001 0.020 0.856 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.001 0.001 23 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 35 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 36 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 37 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 38 Y 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.887 0.001 0.001 0.002 0.011 0.072 0.001 0.001 39 G 0.002 0.001 0.026 0.001 0.022 0.824 0.001 0.001 0.003 0.019 0.092 0.002 0.007 40 Y 0.002 0.002 0.041 0.001 0.023 0.738 0.001 0.001 0.005 0.033 0.138 0.006 0.008 41 G 0.012 0.009 0.072 0.001 0.037 0.638 0.004 0.002 0.016 0.027 0.133 0.025 0.025 42 I 0.020 0.016 0.144 0.002 0.045 0.570 0.005 0.003 0.011 0.026 0.069 0.013 0.075 43 V 0.033 0.012 0.082 0.012 0.085 0.577 0.005 0.003 0.008 0.037 0.085 0.034 0.027 44 S 0.017 0.006 0.059 0.008 0.134 0.402 0.003 0.004 0.006 0.056 0.259 0.015 0.031 45 A 0.005 0.009 0.107 0.002 0.092 0.242 0.002 0.002 0.006 0.083 0.426 0.009 0.014 46 L 0.002 0.033 0.414 0.002 0.021 0.060 0.001 0.002 0.011 0.328 0.103 0.006 0.016 47 S 0.001 0.020 0.602 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 0.005 0.271 0.060 0.007 0.004 48 P 0.001 0.004 0.738 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 0.002 0.172 0.043 0.001 0.002 49 P 0.001 0.003 0.076 0.001 0.061 0.177 0.001 0.001 0.001 0.080 0.600 0.001 0.001 50 G 0.001 0.010 0.072 0.001 0.065 0.172 0.001 0.001 0.001 0.049 0.630 0.001 0.001 51 V 0.001 0.020 0.245 0.001 0.067 0.503 0.001 0.001 0.005 0.070 0.084 0.002 0.005 52 N 0.001 0.003 0.069 0.001 0.015 0.856 0.001 0.001 0.002 0.030 0.020 0.001 0.002 53 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.015 0.001 0.009 0.926 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.020 0.806 0.001 0.001 0.001 0.017 0.140 0.001 0.001 64 H 0.001 0.002 0.045 0.001 0.016 0.680 0.001 0.001 0.001 0.048 0.208 0.001 0.001 65 R 0.001 0.002 0.118 0.001 0.016 0.713 0.001 0.001 0.001 0.056 0.092 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 67 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.895 0.001 0.001 0.001 0.002 0.099 0.001 0.001 76 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.218 0.001 0.001 0.001 0.011 0.760 0.001 0.001 77 G 0.001 0.002 0.090 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.002 0.081 0.805 0.001 0.001 78 V 0.001 0.017 0.851 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.016 0.074 0.018 0.002 0.008 79 T 0.002 0.054 0.497 0.002 0.008 0.022 0.003 0.006 0.133 0.185 0.019 0.047 0.022 80 A 0.001 0.016 0.733 0.004 0.010 0.038 0.003 0.004 0.046 0.083 0.023 0.007 0.032 81 P 0.001 0.015 0.698 0.006 0.027 0.058 0.003 0.012 0.044 0.049 0.063 0.009 0.015 82 I 0.003 0.015 0.396 0.010 0.145 0.143 0.003 0.010 0.024 0.129 0.086 0.015 0.022 83 A 0.004 0.009 0.364 0.007 0.156 0.174 0.001 0.003 0.011 0.157 0.083 0.012 0.019 84 A 0.002 0.011 0.302 0.003 0.211 0.189 0.001 0.001 0.006 0.093 0.154 0.010 0.018 85 A 0.001 0.010 0.092 0.005 0.075 0.101 0.001 0.001 0.003 0.084 0.614 0.006 0.007 86 G 0.001 0.005 0.100 0.012 0.034 0.020 0.001 0.001 0.002 0.073 0.743 0.004 0.005 87 Y 0.010 0.016 0.476 0.002 0.014 0.016 0.004 0.002 0.028 0.175 0.116 0.100 0.043 88 Q 0.010 0.038 0.519 0.007 0.007 0.008 0.008 0.003 0.093 0.131 0.049 0.012 0.117 89 L 0.001 0.016 0.440 0.003 0.003 0.005 0.003 0.002 0.183 0.203 0.013 0.115 0.012 90 P 0.001 0.015 0.669 0.009 0.005 0.005 0.005 0.003 0.135 0.037 0.023 0.002 0.091 91 M 0.002 0.029 0.441 0.005 0.014 0.008 0.007 0.006 0.237 0.122 0.026 0.093 0.011 92 Q 0.002 0.020 0.508 0.005 0.018 0.014 0.004 0.005 0.177 0.090 0.054 0.007 0.096 93 V 0.001 0.049 0.498 0.003 0.051 0.030 0.002 0.003 0.076 0.125 0.136 0.014 0.013 94 S 0.001 0.038 0.303 0.001 0.016 0.023 0.001 0.001 0.023 0.502 0.078 0.010 0.006 95 S 0.001 0.014 0.633 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.007 0.293 0.011 0.001 0.008 96 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.001 0.001 106 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.825 0.001 0.001 0.001 0.006 0.152 0.001 0.001 107 E 0.001 0.002 0.066 0.001 0.010 0.770 0.001 0.001 0.001 0.057 0.094 0.001 0.001 108 N 0.001 0.001 0.044 0.001 0.012 0.853 0.001 0.001 0.001 0.041 0.048 0.001 0.001 109 D 0.001 0.001 0.032 0.001 0.013 0.887 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.001 0.001 110 G 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 112 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 114 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 118 V 0.001 0.002 0.020 0.001 0.051 0.867 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.107 0.733 0.001 0.001 0.001 0.018 0.114 0.002 0.002 120 H 0.001 0.001 0.018 0.001 0.106 0.689 0.001 0.001 0.001 0.022 0.160 0.001 0.002 121 A 0.001 0.011 0.135 0.001 0.047 0.527 0.001 0.001 0.004 0.080 0.186 0.002 0.006 122 E 0.001 0.029 0.221 0.001 0.024 0.228 0.001 0.001 0.002 0.115 0.371 0.003 0.004 123 T 0.001 0.005 0.558 0.001 0.005 0.097 0.001 0.001 0.002 0.278 0.053 0.001 0.002 124 A 0.001 0.002 0.113 0.001 0.028 0.612 0.001 0.001 0.001 0.100 0.145 0.001 0.001 125 D 0.001 0.003 0.043 0.001 0.023 0.786 0.001 0.001 0.001 0.031 0.112 0.001 0.001 126 D 0.001 0.001 0.027 0.001 0.019 0.918 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.001 0.001 127 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.002 129 F 0.003 0.002 0.008 0.001 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.002 130 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 131 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.034 0.907 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.001 0.002 132 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.036 0.866 0.001 0.001 0.001 0.009 0.074 0.002 0.001 133 A 0.001 0.002 0.017 0.001 0.032 0.815 0.001 0.001 0.001 0.011 0.118 0.001 0.003 134 L 0.001 0.007 0.097 0.001 0.013 0.679 0.001 0.001 0.003 0.088 0.108 0.002 0.002 135 T 0.001 0.003 0.131 0.001 0.020 0.699 0.001 0.001 0.002 0.075 0.066 0.001 0.002 136 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.001 0.001 137 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 144 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 146 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 148 L 0.001 0.002 0.005 0.001 0.009 0.860 0.001 0.001 0.001 0.004 0.119 0.001 0.001 149 G 0.001 0.002 0.022 0.001 0.020 0.333 0.001 0.001 0.001 0.026 0.595 0.001 0.001 150 A 0.001 0.005 0.226 0.001 0.030 0.230 0.001 0.001 0.002 0.147 0.353 0.001 0.005 151 W 0.001 0.009 0.498 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.004 0.447 0.017 0.004 0.001 152 P 0.001 0.017 0.770 0.002 0.009 0.010 0.001 0.001 0.008 0.109 0.063 0.001 0.012 153 I 0.001 0.072 0.558 0.005 0.028 0.018 0.001 0.001 0.027 0.193 0.058 0.025 0.013 154 T 0.003 0.029 0.539 0.016 0.091 0.027 0.002 0.002 0.028 0.139 0.077 0.008 0.042 155 A 0.012 0.038 0.359 0.009 0.098 0.047 0.007 0.005 0.048 0.110 0.162 0.057 0.049 156 A 0.030 0.082 0.292 0.009 0.058 0.051 0.013 0.007 0.041 0.134 0.124 0.033 0.126 157 F 0.006 0.041 0.525 0.005 0.011 0.013 0.003 0.001 0.021 0.204 0.025 0.118 0.027 158 P 0.002 0.019 0.553 0.004 0.024 0.015 0.001 0.001 0.006 0.134 0.171 0.008 0.062 159 G 0.002 0.023 0.355 0.005 0.044 0.014 0.001 0.001 0.002 0.225 0.298 0.015 0.016 160 G 0.001 0.018 0.434 0.003 0.047 0.014 0.001 0.001 0.001 0.240 0.222 0.010 0.010 161 D 0.001 0.008 0.676 0.001 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.158 0.104 0.002 0.011 162 E 0.001 0.011 0.787 0.001 0.023 0.019 0.001 0.001 0.001 0.096 0.047 0.009 0.006