# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.034 0.049 0.059 0.114 0.162 0.076 0.461 2 T 0.075 0.041 0.053 0.054 0.108 0.142 0.083 0.445 3 S 0.025 0.055 0.051 0.036 0.069 0.141 0.068 0.555 4 S 0.077 0.115 0.056 0.027 0.051 0.140 0.088 0.445 5 E 0.136 0.069 0.082 0.046 0.041 0.128 0.171 0.328 6 P 0.222 0.064 0.039 0.016 0.027 0.113 0.067 0.451 7 A 0.255 0.025 0.038 0.010 0.019 0.086 0.100 0.468 8 H 0.039 0.017 0.027 0.013 0.021 0.154 0.039 0.690 9 G 0.017 0.016 0.023 0.010 0.022 0.102 0.028 0.781 10 A 0.043 0.022 0.029 0.019 0.021 0.133 0.029 0.704 11 T 0.317 0.052 0.035 0.030 0.036 0.089 0.116 0.325 12 P 0.182 0.031 0.016 0.012 0.018 0.093 0.055 0.593 13 K 0.025 0.011 0.033 0.022 0.040 0.130 0.048 0.691 14 R 0.028 0.009 0.019 0.015 0.027 0.127 0.043 0.732 15 S 0.149 0.022 0.022 0.026 0.031 0.147 0.063 0.542 16 P 0.100 0.016 0.015 0.011 0.017 0.113 0.043 0.685 17 S 0.098 0.035 0.010 0.007 0.012 0.119 0.063 0.655 18 E 0.048 0.050 0.011 0.006 0.008 0.137 0.035 0.704 19 G 0.062 0.131 0.008 0.005 0.007 0.091 0.098 0.597 20 S 0.099 0.578 0.006 0.004 0.004 0.048 0.057 0.205 21 A 0.026 0.699 0.004 0.003 0.005 0.033 0.080 0.151 22 D 0.007 0.905 0.001 0.001 0.002 0.007 0.046 0.031 23 N 0.005 0.892 0.002 0.001 0.001 0.005 0.079 0.014 24 A 0.004 0.879 0.004 0.003 0.003 0.005 0.091 0.012 25 A 0.007 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.005 26 L 0.007 0.927 0.003 0.001 0.001 0.002 0.052 0.007 27 C 0.004 0.932 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 0.012 28 D 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 29 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 30 L 0.001 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 31 A 0.006 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.006 32 V 0.004 0.133 0.006 0.001 0.001 0.003 0.848 0.005 33 E 0.004 0.594 0.005 0.001 0.001 0.006 0.377 0.011 34 H 0.016 0.873 0.003 0.001 0.001 0.009 0.049 0.048 35 A 0.009 0.794 0.017 0.007 0.007 0.021 0.067 0.078 36 T 0.040 0.649 0.032 0.008 0.017 0.039 0.124 0.091 37 I 0.090 0.403 0.056 0.017 0.014 0.070 0.139 0.209 38 Y 0.131 0.325 0.094 0.026 0.028 0.091 0.092 0.213 39 G 0.065 0.180 0.059 0.010 0.018 0.107 0.090 0.470 40 Y 0.027 0.097 0.160 0.022 0.039 0.127 0.165 0.363 41 G 0.050 0.107 0.220 0.042 0.066 0.077 0.205 0.234 42 I 0.221 0.051 0.095 0.036 0.047 0.104 0.105 0.342 43 V 0.105 0.016 0.077 0.046 0.058 0.085 0.112 0.501 44 S 0.028 0.009 0.028 0.015 0.032 0.094 0.057 0.736 45 A 0.032 0.011 0.029 0.019 0.032 0.181 0.041 0.655 46 L 0.012 0.006 0.029 0.019 0.019 0.149 0.038 0.728 47 S 0.271 0.070 0.011 0.007 0.008 0.092 0.056 0.486 48 P 0.322 0.142 0.008 0.003 0.004 0.058 0.179 0.283 49 P 0.033 0.239 0.013 0.005 0.007 0.110 0.033 0.561 50 G 0.036 0.546 0.010 0.004 0.007 0.044 0.066 0.288 51 V 0.017 0.918 0.002 0.002 0.002 0.009 0.015 0.037 52 N 0.011 0.908 0.003 0.001 0.002 0.005 0.047 0.021 53 F 0.003 0.907 0.005 0.003 0.003 0.005 0.056 0.019 54 L 0.004 0.951 0.007 0.002 0.003 0.003 0.023 0.008 55 V 0.008 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 56 A 0.017 0.924 0.012 0.001 0.001 0.003 0.029 0.013 57 D 0.029 0.787 0.017 0.002 0.001 0.008 0.092 0.064 58 A 0.060 0.616 0.017 0.001 0.001 0.018 0.208 0.078 59 L 0.077 0.701 0.009 0.001 0.001 0.016 0.099 0.096 60 K 0.046 0.634 0.003 0.001 0.001 0.019 0.029 0.267 61 Q 0.022 0.610 0.005 0.001 0.001 0.023 0.108 0.231 62 H 0.027 0.796 0.003 0.001 0.001 0.012 0.110 0.051 63 R 0.035 0.781 0.004 0.001 0.001 0.015 0.092 0.072 64 H 0.006 0.834 0.004 0.001 0.001 0.017 0.055 0.083 65 R 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.008 66 R 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 67 D 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 68 D 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 69 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 70 I 0.002 0.352 0.004 0.001 0.001 0.001 0.636 0.003 71 V 0.002 0.906 0.004 0.001 0.001 0.002 0.074 0.009 72 M 0.077 0.727 0.047 0.003 0.004 0.015 0.086 0.042 73 L 0.112 0.052 0.301 0.021 0.007 0.043 0.346 0.117 74 S 0.724 0.008 0.006 0.001 0.002 0.017 0.015 0.228 75 A 0.104 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.011 0.851 76 R 0.003 0.001 0.022 0.003 0.007 0.243 0.009 0.713 77 G 0.006 0.001 0.011 0.003 0.012 0.087 0.009 0.872 78 V 0.009 0.002 0.025 0.027 0.012 0.094 0.011 0.819 79 T 0.066 0.030 0.163 0.032 0.034 0.097 0.053 0.526 80 A 0.087 0.046 0.048 0.045 0.036 0.092 0.040 0.607 81 P 0.052 0.035 0.096 0.025 0.022 0.074 0.048 0.648 82 I 0.194 0.062 0.121 0.034 0.022 0.073 0.140 0.355 83 A 0.412 0.049 0.022 0.012 0.017 0.067 0.059 0.363 84 A 0.299 0.010 0.018 0.006 0.009 0.051 0.036 0.571 85 A 0.060 0.007 0.019 0.017 0.047 0.127 0.028 0.695 86 G 0.008 0.002 0.014 0.010 0.033 0.068 0.022 0.842 87 Y 0.008 0.003 0.084 0.135 0.162 0.154 0.032 0.423 88 Q 0.008 0.002 0.079 0.047 0.075 0.078 0.036 0.674 89 L 0.096 0.007 0.074 0.137 0.092 0.094 0.080 0.419 90 P 0.056 0.006 0.089 0.028 0.043 0.078 0.072 0.627 91 M 0.032 0.008 0.065 0.045 0.063 0.121 0.070 0.595 92 Q 0.035 0.031 0.053 0.016 0.026 0.103 0.070 0.665 93 V 0.053 0.114 0.021 0.015 0.014 0.116 0.065 0.602 94 S 0.037 0.253 0.021 0.008 0.007 0.073 0.125 0.476 95 S 0.018 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.022 96 A 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 97 A 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.007 98 D 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 99 A 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 100 A 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 101 R 0.006 0.931 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 0.012 102 L 0.013 0.884 0.006 0.001 0.001 0.004 0.078 0.013 103 A 0.044 0.832 0.012 0.001 0.001 0.007 0.078 0.024 104 V 0.038 0.413 0.031 0.006 0.004 0.033 0.228 0.247 105 R 0.033 0.423 0.028 0.003 0.003 0.064 0.119 0.326 106 M 0.141 0.530 0.024 0.003 0.003 0.037 0.105 0.157 107 E 0.127 0.503 0.008 0.002 0.003 0.044 0.040 0.275 108 N 0.015 0.156 0.010 0.002 0.004 0.063 0.336 0.413 109 D 0.003 0.676 0.010 0.004 0.006 0.033 0.183 0.083 110 G 0.004 0.935 0.005 0.002 0.003 0.006 0.025 0.020 111 A 0.005 0.891 0.018 0.011 0.008 0.007 0.037 0.023 112 T 0.010 0.703 0.049 0.013 0.020 0.009 0.171 0.024 113 A 0.021 0.829 0.026 0.008 0.008 0.007 0.082 0.020 114 W 0.042 0.785 0.028 0.009 0.011 0.012 0.072 0.042 115 R 0.035 0.552 0.032 0.016 0.015 0.031 0.105 0.214 116 A 0.019 0.631 0.038 0.015 0.017 0.038 0.052 0.190 117 V 0.121 0.435 0.073 0.018 0.023 0.047 0.105 0.177 118 V 0.439 0.122 0.033 0.022 0.015 0.055 0.072 0.242 119 E 0.078 0.030 0.019 0.012 0.019 0.060 0.151 0.631 120 H 0.053 0.038 0.019 0.006 0.010 0.110 0.077 0.689 121 A 0.030 0.031 0.028 0.019 0.019 0.168 0.042 0.663 122 E 0.022 0.028 0.008 0.003 0.003 0.079 0.016 0.842 123 T 0.221 0.447 0.007 0.002 0.003 0.044 0.077 0.199 124 A 0.071 0.619 0.005 0.001 0.001 0.049 0.031 0.222 125 D 0.027 0.816 0.003 0.001 0.001 0.014 0.053 0.084 126 D 0.009 0.933 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 0.018 127 R 0.024 0.667 0.006 0.002 0.004 0.017 0.236 0.044 128 V 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.004 0.966 0.005 129 F 0.009 0.697 0.008 0.002 0.004 0.013 0.243 0.026 130 A 0.070 0.814 0.009 0.002 0.005 0.021 0.031 0.047 131 S 0.006 0.062 0.012 0.003 0.003 0.014 0.852 0.049 132 T 0.037 0.496 0.011 0.002 0.004 0.038 0.329 0.084 133 A 0.075 0.420 0.019 0.003 0.003 0.084 0.228 0.168 134 L 0.011 0.698 0.017 0.002 0.002 0.045 0.101 0.124 135 T 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.023 136 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 137 S 0.004 0.966 0.005 0.001 0.001 0.002 0.017 0.005 138 A 0.003 0.109 0.003 0.001 0.001 0.003 0.878 0.004 139 V 0.001 0.730 0.006 0.001 0.001 0.003 0.255 0.005 140 M 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 141 A 0.004 0.724 0.011 0.003 0.003 0.007 0.225 0.023 142 T 0.010 0.809 0.009 0.002 0.003 0.010 0.137 0.019 143 R 0.027 0.899 0.006 0.001 0.001 0.007 0.035 0.024 144 W 0.056 0.716 0.031 0.005 0.005 0.025 0.081 0.082 145 N 0.076 0.216 0.082 0.009 0.010 0.065 0.305 0.236 146 R 0.307 0.096 0.078 0.007 0.007 0.075 0.085 0.345 147 V 0.463 0.015 0.086 0.005 0.005 0.064 0.048 0.313 148 L 0.025 0.002 0.018 0.002 0.003 0.096 0.019 0.835 149 G 0.014 0.003 0.019 0.002 0.007 0.090 0.013 0.853 150 A 0.016 0.003 0.028 0.007 0.008 0.136 0.033 0.769 151 W 0.030 0.006 0.081 0.028 0.025 0.225 0.071 0.533 152 P 0.051 0.009 0.051 0.012 0.020 0.123 0.048 0.685 153 I 0.097 0.013 0.069 0.021 0.025 0.136 0.062 0.578 154 T 0.083 0.013 0.092 0.025 0.038 0.116 0.093 0.540 155 A 0.021 0.006 0.122 0.041 0.086 0.147 0.092 0.485 156 A 0.020 0.003 0.108 0.030 0.058 0.127 0.042 0.613 157 F 0.132 0.005 0.103 0.076 0.071 0.145 0.063 0.405 158 P 0.052 0.004 0.030 0.014 0.028 0.135 0.035 0.701 159 G 0.046 0.006 0.023 0.012 0.029 0.151 0.033 0.700 160 G 0.087 0.008 0.013 0.012 0.020 0.121 0.046 0.693 161 D 0.106 0.021 0.014 0.027 0.032 0.122 0.073 0.604 162 E 0.039 0.016 0.019 0.026 0.058 0.116 0.042 0.683