# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.068 0.042 0.076 0.063 0.076 0.097 0.101 0.128 0.127 0.121 2 T 0.092 0.107 0.048 0.122 0.119 0.103 0.123 0.089 0.083 0.063 0.051 3 S 0.131 0.054 0.030 0.046 0.044 0.051 0.092 0.112 0.149 0.148 0.143 4 S 0.128 0.098 0.040 0.111 0.124 0.116 0.127 0.085 0.076 0.055 0.041 5 E 0.146 0.107 0.071 0.134 0.106 0.087 0.084 0.069 0.074 0.067 0.055 6 P 0.144 0.074 0.044 0.094 0.084 0.086 0.121 0.095 0.100 0.088 0.069 7 A 0.101 0.038 0.036 0.051 0.049 0.067 0.124 0.119 0.145 0.140 0.130 8 H 0.075 0.063 0.041 0.087 0.083 0.107 0.159 0.121 0.115 0.091 0.057 9 G 0.137 0.098 0.090 0.125 0.091 0.084 0.101 0.075 0.079 0.065 0.055 10 A 0.026 0.016 0.015 0.022 0.027 0.040 0.092 0.109 0.169 0.228 0.256 11 T 0.077 0.133 0.062 0.141 0.124 0.102 0.116 0.082 0.074 0.054 0.037 12 P 0.095 0.056 0.055 0.100 0.119 0.132 0.148 0.101 0.089 0.064 0.042 13 K 0.275 0.149 0.121 0.165 0.095 0.059 0.059 0.028 0.020 0.015 0.012 14 R 0.100 0.082 0.062 0.138 0.139 0.123 0.141 0.080 0.068 0.044 0.023 15 S 0.079 0.064 0.029 0.072 0.068 0.083 0.143 0.126 0.125 0.116 0.095 16 P 0.220 0.130 0.096 0.115 0.096 0.080 0.096 0.053 0.045 0.039 0.029 17 S 0.355 0.181 0.069 0.117 0.078 0.054 0.058 0.032 0.027 0.018 0.011 18 E 0.328 0.153 0.047 0.134 0.104 0.075 0.069 0.035 0.027 0.018 0.010 19 G 0.392 0.166 0.067 0.119 0.076 0.062 0.049 0.024 0.020 0.014 0.011 20 S 0.212 0.159 0.069 0.171 0.131 0.088 0.075 0.040 0.031 0.018 0.008 21 A 0.056 0.066 0.032 0.093 0.112 0.128 0.164 0.129 0.112 0.069 0.039 22 D 0.014 0.055 0.022 0.077 0.119 0.151 0.216 0.139 0.105 0.062 0.040 23 N 0.027 0.022 0.021 0.082 0.138 0.179 0.221 0.126 0.098 0.056 0.030 24 A 0.044 0.048 0.043 0.181 0.200 0.176 0.156 0.071 0.047 0.022 0.012 25 A 0.002 0.005 0.015 0.031 0.033 0.043 0.142 0.173 0.211 0.180 0.165 26 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.015 0.076 0.138 0.234 0.270 0.250 27 C 0.002 0.003 0.056 0.079 0.123 0.185 0.256 0.120 0.099 0.054 0.023 28 D 0.001 0.002 0.041 0.052 0.085 0.145 0.302 0.169 0.103 0.066 0.035 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.083 0.200 0.313 0.357 30 L 0.001 0.001 0.009 0.008 0.009 0.018 0.127 0.169 0.237 0.251 0.170 31 A 0.001 0.005 0.115 0.077 0.095 0.120 0.222 0.135 0.107 0.074 0.048 32 V 0.001 0.001 0.018 0.007 0.011 0.025 0.137 0.140 0.225 0.235 0.200 33 E 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.008 0.063 0.130 0.257 0.304 0.223 34 H 0.001 0.001 0.039 0.018 0.025 0.066 0.242 0.163 0.180 0.161 0.104 35 A 0.001 0.003 0.145 0.030 0.035 0.064 0.223 0.147 0.154 0.120 0.078 36 T 0.001 0.002 0.015 0.009 0.009 0.020 0.108 0.146 0.218 0.254 0.218 37 I 0.002 0.002 0.025 0.006 0.005 0.007 0.038 0.099 0.219 0.318 0.279 38 Y 0.001 0.004 0.060 0.036 0.042 0.056 0.158 0.171 0.193 0.154 0.126 39 G 0.003 0.007 0.105 0.032 0.033 0.052 0.138 0.130 0.197 0.165 0.138 40 Y 0.007 0.008 0.035 0.036 0.047 0.087 0.259 0.184 0.182 0.105 0.049 41 G 0.043 0.037 0.076 0.063 0.056 0.075 0.155 0.136 0.152 0.118 0.089 42 I 0.012 0.012 0.026 0.020 0.017 0.027 0.074 0.107 0.183 0.240 0.281 43 V 0.016 0.031 0.045 0.083 0.105 0.118 0.191 0.144 0.133 0.077 0.057 44 S 0.048 0.044 0.042 0.046 0.043 0.059 0.132 0.135 0.168 0.151 0.131 45 A 0.146 0.069 0.043 0.105 0.107 0.110 0.149 0.086 0.081 0.060 0.046 46 L 0.023 0.024 0.015 0.039 0.048 0.063 0.120 0.131 0.173 0.184 0.181 47 S 0.077 0.122 0.036 0.098 0.111 0.108 0.128 0.094 0.090 0.074 0.062 48 P 0.350 0.150 0.063 0.110 0.085 0.071 0.068 0.039 0.030 0.020 0.015 49 P 0.436 0.114 0.039 0.103 0.084 0.067 0.074 0.034 0.024 0.016 0.009 50 G 0.405 0.214 0.076 0.125 0.071 0.039 0.028 0.014 0.012 0.008 0.007 51 V 0.007 0.019 0.010 0.033 0.043 0.073 0.153 0.161 0.186 0.178 0.138 52 N 0.030 0.054 0.056 0.127 0.170 0.204 0.187 0.079 0.050 0.026 0.016 53 F 0.161 0.114 0.200 0.165 0.105 0.079 0.084 0.042 0.028 0.015 0.008 54 L 0.006 0.020 0.026 0.111 0.144 0.167 0.210 0.124 0.092 0.061 0.038 55 V 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.009 0.048 0.093 0.219 0.286 0.326 56 A 0.011 0.011 0.133 0.199 0.184 0.213 0.167 0.045 0.024 0.009 0.003 57 D 0.015 0.048 0.619 0.190 0.078 0.030 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.002 0.013 0.010 0.012 0.055 0.269 0.229 0.198 0.136 0.076 59 L 0.001 0.001 0.020 0.024 0.048 0.105 0.314 0.198 0.156 0.096 0.038 60 K 0.037 0.032 0.841 0.063 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.001 0.013 0.106 0.274 0.286 0.220 0.081 0.014 0.004 0.001 0.001 62 H 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.012 0.104 0.168 0.289 0.259 0.154 63 R 0.007 0.011 0.174 0.285 0.241 0.176 0.086 0.015 0.005 0.001 0.001 64 H 0.008 0.022 0.842 0.076 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.001 0.003 0.029 0.026 0.039 0.119 0.316 0.195 0.141 0.092 0.040 66 R 0.001 0.001 0.013 0.004 0.010 0.028 0.238 0.240 0.240 0.152 0.074 67 D 0.006 0.024 0.605 0.216 0.103 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 68 D 0.002 0.017 0.149 0.149 0.227 0.227 0.166 0.042 0.015 0.005 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.062 0.218 0.316 0.379 70 I 0.001 0.001 0.004 0.014 0.054 0.186 0.412 0.161 0.089 0.051 0.029 71 V 0.002 0.016 0.682 0.172 0.076 0.030 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.004 0.012 0.034 0.111 0.367 0.211 0.126 0.082 0.052 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.130 0.317 0.520 74 S 0.001 0.003 0.038 0.118 0.276 0.276 0.197 0.057 0.022 0.008 0.005 75 A 0.020 0.044 0.692 0.152 0.056 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 76 R 0.001 0.002 0.001 0.013 0.043 0.160 0.462 0.197 0.074 0.035 0.011 77 G 0.565 0.259 0.038 0.081 0.026 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.041 0.079 0.182 0.259 0.417 79 T 0.254 0.400 0.110 0.169 0.047 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.007 0.007 0.003 0.011 0.019 0.034 0.112 0.156 0.243 0.212 0.196 81 P 0.065 0.084 0.027 0.114 0.113 0.133 0.146 0.085 0.078 0.065 0.088 82 I 0.056 0.068 0.031 0.085 0.109 0.119 0.152 0.112 0.122 0.083 0.063 83 A 0.173 0.070 0.053 0.142 0.111 0.116 0.126 0.072 0.055 0.043 0.039 84 A 0.228 0.150 0.098 0.166 0.118 0.081 0.069 0.037 0.025 0.016 0.012 85 A 0.050 0.042 0.028 0.074 0.080 0.099 0.167 0.146 0.134 0.105 0.076 86 G 0.217 0.187 0.106 0.199 0.131 0.073 0.048 0.018 0.011 0.006 0.004 87 Y 0.006 0.008 0.012 0.025 0.038 0.062 0.163 0.164 0.202 0.172 0.148 88 Q 0.075 0.143 0.089 0.279 0.193 0.100 0.066 0.025 0.015 0.008 0.006 89 L 0.008 0.008 0.004 0.015 0.023 0.036 0.101 0.149 0.224 0.225 0.206 90 P 0.099 0.093 0.053 0.159 0.145 0.138 0.135 0.072 0.052 0.030 0.022 91 M 0.052 0.031 0.013 0.045 0.064 0.080 0.158 0.145 0.167 0.142 0.103 92 Q 0.142 0.178 0.070 0.204 0.138 0.096 0.086 0.038 0.024 0.014 0.009 93 V 0.044 0.021 0.013 0.036 0.043 0.058 0.127 0.134 0.180 0.181 0.164 94 S 0.261 0.243 0.085 0.174 0.105 0.053 0.037 0.018 0.012 0.007 0.004 95 S 0.023 0.159 0.046 0.113 0.104 0.119 0.143 0.103 0.087 0.064 0.038 96 A 0.037 0.033 0.026 0.092 0.148 0.194 0.188 0.107 0.089 0.051 0.034 97 A 0.289 0.113 0.061 0.138 0.132 0.106 0.089 0.033 0.024 0.010 0.005 98 D 0.002 0.025 0.054 0.228 0.180 0.156 0.156 0.094 0.063 0.026 0.016 99 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.042 0.095 0.203 0.270 0.376 100 A 0.003 0.002 0.034 0.036 0.063 0.162 0.305 0.157 0.120 0.073 0.047 101 R 0.001 0.006 0.131 0.335 0.256 0.153 0.081 0.024 0.009 0.004 0.001 102 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.017 0.089 0.131 0.204 0.242 0.303 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.095 0.231 0.307 0.324 104 V 0.001 0.003 0.126 0.126 0.179 0.225 0.212 0.066 0.039 0.017 0.007 105 R 0.001 0.003 0.032 0.086 0.180 0.321 0.273 0.070 0.020 0.009 0.004 106 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.070 0.197 0.313 0.383 107 E 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.033 0.167 0.220 0.213 0.187 0.157 108 N 0.039 0.055 0.412 0.236 0.151 0.069 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 109 D 0.007 0.019 0.032 0.056 0.110 0.232 0.351 0.108 0.048 0.025 0.013 110 G 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.007 0.040 0.090 0.232 0.297 0.319 111 A 0.009 0.006 0.015 0.016 0.023 0.066 0.223 0.159 0.173 0.166 0.145 112 T 0.016 0.038 0.255 0.244 0.175 0.114 0.074 0.038 0.023 0.013 0.009 113 A 0.001 0.003 0.014 0.012 0.016 0.032 0.127 0.153 0.198 0.219 0.226 114 W 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.008 0.043 0.094 0.208 0.286 0.344 115 R 0.004 0.008 0.108 0.100 0.141 0.195 0.236 0.085 0.063 0.038 0.021 116 A 0.003 0.011 0.118 0.161 0.187 0.195 0.178 0.069 0.039 0.023 0.016 117 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.052 0.099 0.226 0.310 0.296 118 V 0.001 0.001 0.006 0.011 0.018 0.045 0.171 0.191 0.241 0.181 0.133 119 E 0.030 0.049 0.383 0.208 0.133 0.092 0.055 0.024 0.013 0.008 0.006 120 H 0.003 0.013 0.019 0.046 0.095 0.182 0.336 0.147 0.085 0.050 0.024 121 A 0.011 0.005 0.006 0.007 0.006 0.011 0.044 0.089 0.203 0.304 0.315 122 E 0.213 0.135 0.063 0.131 0.129 0.119 0.102 0.044 0.029 0.019 0.014 123 T 0.082 0.221 0.097 0.170 0.104 0.095 0.095 0.058 0.041 0.025 0.011 124 A 0.358 0.115 0.057 0.103 0.109 0.089 0.077 0.038 0.027 0.017 0.010 125 D 0.543 0.156 0.070 0.105 0.049 0.028 0.022 0.009 0.008 0.005 0.005 126 D 0.018 0.043 0.026 0.071 0.091 0.122 0.175 0.139 0.144 0.104 0.068 127 R 0.025 0.019 0.023 0.063 0.087 0.145 0.223 0.158 0.134 0.077 0.046 128 V 0.056 0.062 0.183 0.184 0.162 0.149 0.110 0.044 0.027 0.014 0.008 129 F 0.006 0.021 0.087 0.112 0.114 0.124 0.165 0.122 0.111 0.079 0.060 130 A 0.002 0.002 0.005 0.007 0.009 0.014 0.055 0.099 0.204 0.273 0.330 131 S 0.011 0.008 0.035 0.047 0.064 0.127 0.235 0.149 0.152 0.104 0.066 132 T 0.009 0.027 0.205 0.185 0.177 0.144 0.120 0.056 0.042 0.023 0.013 133 A 0.001 0.003 0.007 0.008 0.013 0.033 0.132 0.155 0.189 0.219 0.241 134 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.018 0.075 0.124 0.235 0.283 0.243 135 T 0.012 0.023 0.112 0.099 0.147 0.194 0.239 0.087 0.052 0.024 0.012 136 E 0.029 0.051 0.147 0.271 0.183 0.148 0.114 0.035 0.014 0.006 0.003 137 S 0.001 0.002 0.012 0.010 0.012 0.021 0.100 0.143 0.265 0.257 0.178 138 A 0.001 0.001 0.010 0.008 0.008 0.017 0.090 0.135 0.209 0.253 0.269 139 V 0.001 0.003 0.136 0.111 0.185 0.213 0.191 0.081 0.048 0.023 0.009 140 M 0.001 0.003 0.034 0.026 0.042 0.116 0.303 0.183 0.144 0.104 0.045 141 A 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.026 0.117 0.162 0.246 0.248 0.176 142 T 0.008 0.006 0.050 0.020 0.018 0.031 0.121 0.139 0.193 0.218 0.196 143 R 0.002 0.006 0.103 0.122 0.130 0.129 0.185 0.129 0.097 0.064 0.034 144 W 0.001 0.003 0.083 0.016 0.011 0.015 0.061 0.094 0.213 0.254 0.249 145 N 0.002 0.002 0.026 0.042 0.076 0.151 0.275 0.168 0.142 0.078 0.037 146 R 0.007 0.019 0.195 0.100 0.102 0.143 0.185 0.102 0.082 0.043 0.023 147 V 0.002 0.004 0.011 0.016 0.025 0.065 0.198 0.186 0.200 0.169 0.125 148 L 0.013 0.012 0.013 0.025 0.029 0.052 0.158 0.183 0.217 0.179 0.119 149 G 0.133 0.147 0.133 0.153 0.114 0.094 0.091 0.051 0.040 0.025 0.018 150 A 0.221 0.149 0.095 0.162 0.112 0.086 0.069 0.041 0.031 0.021 0.012 151 W 0.028 0.043 0.015 0.061 0.092 0.110 0.180 0.155 0.139 0.107 0.069 152 P 0.071 0.069 0.029 0.083 0.089 0.100 0.139 0.116 0.127 0.095 0.081 153 I 0.031 0.020 0.012 0.037 0.056 0.081 0.158 0.146 0.166 0.147 0.146 154 T 0.155 0.130 0.072 0.170 0.121 0.096 0.098 0.061 0.047 0.030 0.020 155 A 0.132 0.085 0.048 0.121 0.116 0.125 0.136 0.088 0.071 0.049 0.029 156 A 0.045 0.035 0.018 0.049 0.051 0.063 0.136 0.144 0.167 0.163 0.131 157 F 0.015 0.017 0.012 0.033 0.045 0.066 0.150 0.163 0.194 0.180 0.126 158 P 0.056 0.091 0.055 0.136 0.120 0.103 0.139 0.099 0.089 0.066 0.046 159 G 0.104 0.069 0.036 0.095 0.099 0.101 0.141 0.116 0.101 0.082 0.057 160 G 0.279 0.170 0.061 0.141 0.107 0.076 0.069 0.040 0.028 0.018 0.010 161 D 0.430 0.188 0.063 0.121 0.071 0.046 0.035 0.018 0.014 0.009 0.004 162 E 0.522 0.163 0.047 0.082 0.051 0.037 0.037 0.022 0.018 0.013 0.008