# TARGET T0385 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.019 0.009 0.028 0.019 0.022 0.040 0.003 0.001 0.003 0.761 2 T 0.049 0.008 0.006 0.028 0.024 0.032 0.105 0.002 0.001 0.004 0.741 3 S 0.077 0.006 0.008 0.043 0.027 0.046 0.102 0.001 0.001 0.006 0.684 4 S 0.064 0.010 0.003 0.067 0.028 0.057 0.176 0.001 0.001 0.005 0.589 5 E 0.106 0.008 0.004 0.073 0.032 0.044 0.126 0.001 0.001 0.004 0.603 6 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.975 7 A 0.028 0.007 0.001 0.075 0.046 0.132 0.237 0.001 0.001 0.009 0.465 8 H 0.335 0.022 0.001 0.022 0.007 0.019 0.101 0.002 0.001 0.006 0.484 9 G 0.253 0.050 0.001 0.026 0.014 0.009 0.024 0.007 0.001 0.002 0.614 10 A 0.279 0.040 0.036 0.022 0.006 0.022 0.089 0.001 0.001 0.012 0.493 11 T 0.044 0.018 0.004 0.056 0.055 0.051 0.204 0.003 0.001 0.001 0.563 12 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 13 K 0.015 0.003 0.001 0.019 0.015 0.052 0.453 0.001 0.001 0.006 0.436 14 R 0.711 0.008 0.001 0.019 0.004 0.011 0.065 0.004 0.001 0.018 0.159 15 S 0.497 0.080 0.005 0.054 0.013 0.015 0.047 0.007 0.001 0.002 0.279 16 P 0.006 0.002 0.002 0.010 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.971 17 S 0.048 0.002 0.001 0.033 0.007 0.016 0.183 0.001 0.001 0.003 0.705 18 E 0.301 0.003 0.007 0.014 0.002 0.004 0.074 0.001 0.001 0.008 0.585 19 G 0.119 0.010 0.003 0.021 0.003 0.006 0.244 0.002 0.001 0.008 0.584 20 S 0.191 0.006 0.006 0.017 0.002 0.003 0.267 0.001 0.001 0.015 0.493 21 A 0.065 0.013 0.005 0.024 0.003 0.004 0.200 0.001 0.001 0.007 0.679 22 D 0.031 0.020 0.001 0.010 0.003 0.005 0.559 0.001 0.001 0.008 0.361 23 N 0.052 0.115 0.001 0.011 0.003 0.003 0.234 0.002 0.001 0.012 0.566 24 A 0.023 0.401 0.002 0.001 0.001 0.001 0.248 0.001 0.001 0.008 0.315 25 A 0.011 0.519 0.001 0.002 0.004 0.011 0.357 0.006 0.001 0.008 0.081 26 L 0.020 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.019 27 C 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 28 D 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 29 A 0.032 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.005 30 L 0.007 0.974 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 31 A 0.016 0.934 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.032 32 V 0.030 0.929 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.018 33 E 0.044 0.819 0.012 0.009 0.004 0.014 0.013 0.039 0.001 0.003 0.043 34 H 0.056 0.720 0.072 0.015 0.009 0.014 0.013 0.029 0.001 0.001 0.070 35 A 0.034 0.501 0.011 0.029 0.012 0.012 0.007 0.019 0.001 0.001 0.375 36 T 0.062 0.433 0.012 0.033 0.022 0.028 0.049 0.020 0.001 0.003 0.339 37 I 0.097 0.450 0.015 0.077 0.039 0.050 0.050 0.017 0.001 0.004 0.202 38 Y 0.029 0.700 0.011 0.048 0.022 0.046 0.033 0.005 0.001 0.002 0.104 39 G 0.056 0.606 0.008 0.034 0.031 0.063 0.035 0.005 0.001 0.002 0.159 40 Y 0.036 0.518 0.003 0.039 0.031 0.056 0.040 0.008 0.001 0.002 0.266 41 G 0.098 0.261 0.010 0.015 0.015 0.017 0.061 0.013 0.001 0.005 0.506 42 I 0.090 0.381 0.072 0.013 0.013 0.025 0.086 0.003 0.001 0.004 0.312 43 V 0.030 0.374 0.004 0.042 0.040 0.087 0.062 0.010 0.001 0.003 0.348 44 S 0.113 0.373 0.004 0.012 0.014 0.021 0.031 0.005 0.001 0.002 0.425 45 A 0.244 0.411 0.002 0.005 0.006 0.007 0.015 0.017 0.001 0.001 0.291 46 L 0.445 0.229 0.028 0.005 0.003 0.007 0.021 0.013 0.001 0.003 0.245 47 S 0.141 0.114 0.051 0.016 0.009 0.018 0.061 0.017 0.001 0.003 0.571 48 P 0.055 0.017 0.009 0.008 0.003 0.008 0.027 0.004 0.001 0.001 0.869 49 P 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.986 50 G 0.040 0.004 0.001 0.007 0.002 0.003 0.222 0.002 0.001 0.002 0.718 51 V 0.493 0.045 0.008 0.009 0.001 0.003 0.082 0.001 0.001 0.006 0.349 52 N 0.039 0.442 0.001 0.024 0.004 0.009 0.122 0.002 0.001 0.001 0.355 53 F 0.043 0.419 0.001 0.006 0.002 0.003 0.073 0.001 0.001 0.003 0.451 54 L 0.034 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.181 55 V 0.013 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.027 56 A 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 57 D 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 58 A 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 59 L 0.026 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.009 60 K 0.026 0.919 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 61 Q 0.022 0.890 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.064 62 H 0.050 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.076 63 R 0.045 0.846 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.079 64 H 0.026 0.871 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.074 65 R 0.182 0.651 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.115 66 R 0.082 0.830 0.035 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.044 67 D 0.004 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.281 68 D 0.025 0.805 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 0.147 69 V 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 70 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 71 V 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 M 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 75 A 0.043 0.933 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 76 R 0.110 0.507 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.360 0.001 0.001 0.018 77 G 0.702 0.038 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.167 0.001 0.002 0.053 78 V 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 79 T 0.002 0.001 0.003 0.078 0.008 0.015 0.082 0.001 0.001 0.001 0.810 80 A 0.020 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.939 81 P 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.952 82 I 0.097 0.003 0.001 0.201 0.022 0.083 0.198 0.001 0.001 0.013 0.382 83 A 0.122 0.016 0.001 0.090 0.012 0.031 0.042 0.001 0.001 0.002 0.684 84 A 0.117 0.079 0.001 0.067 0.055 0.073 0.059 0.002 0.001 0.004 0.544 85 A 0.244 0.064 0.001 0.014 0.014 0.020 0.051 0.003 0.001 0.004 0.585 86 G 0.299 0.064 0.007 0.021 0.044 0.047 0.075 0.011 0.001 0.009 0.423 87 Y 0.251 0.043 0.044 0.037 0.055 0.085 0.128 0.005 0.001 0.010 0.342 88 Q 0.033 0.013 0.020 0.047 0.067 0.104 0.073 0.003 0.001 0.003 0.636 89 L 0.026 0.006 0.008 0.161 0.168 0.250 0.059 0.001 0.001 0.002 0.319 90 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 91 M 0.011 0.001 0.001 0.143 0.094 0.229 0.079 0.001 0.001 0.003 0.438 92 Q 0.048 0.002 0.001 0.031 0.014 0.033 0.089 0.001 0.001 0.004 0.777 93 V 0.105 0.008 0.002 0.078 0.014 0.032 0.088 0.001 0.001 0.008 0.665 94 S 0.052 0.004 0.003 0.048 0.009 0.019 0.254 0.001 0.001 0.008 0.601 95 S 0.078 0.004 0.002 0.006 0.001 0.002 0.277 0.001 0.001 0.005 0.624 96 A 0.025 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.148 0.001 0.001 0.003 0.804 97 A 0.012 0.028 0.001 0.002 0.002 0.002 0.585 0.001 0.001 0.012 0.356 98 D 0.017 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.748 0.001 0.001 0.007 0.139 99 A 0.010 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.084 100 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 101 R 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.009 102 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 103 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 104 V 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 105 R 0.091 0.841 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.027 106 M 0.088 0.833 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.031 107 E 0.040 0.469 0.025 0.017 0.007 0.016 0.013 0.028 0.001 0.002 0.383 108 N 0.049 0.175 0.067 0.019 0.007 0.016 0.090 0.024 0.001 0.004 0.550 109 D 0.334 0.211 0.018 0.044 0.012 0.014 0.052 0.024 0.001 0.007 0.284 110 G 0.171 0.385 0.036 0.065 0.018 0.019 0.059 0.006 0.001 0.004 0.237 111 A 0.017 0.422 0.014 0.106 0.040 0.059 0.076 0.002 0.001 0.002 0.264 112 T 0.013 0.486 0.001 0.098 0.048 0.086 0.062 0.002 0.001 0.002 0.201 113 A 0.038 0.694 0.004 0.019 0.017 0.034 0.048 0.002 0.001 0.002 0.141 114 W 0.016 0.803 0.003 0.019 0.021 0.049 0.034 0.002 0.001 0.001 0.052 115 R 0.015 0.742 0.002 0.015 0.014 0.023 0.018 0.007 0.001 0.002 0.162 116 A 0.041 0.738 0.006 0.002 0.004 0.006 0.025 0.004 0.001 0.002 0.172 117 V 0.053 0.812 0.008 0.002 0.004 0.011 0.019 0.011 0.001 0.002 0.077 118 V 0.031 0.874 0.009 0.005 0.005 0.012 0.004 0.012 0.001 0.001 0.047 119 E 0.030 0.820 0.005 0.002 0.003 0.006 0.003 0.008 0.001 0.001 0.122 120 H 0.123 0.715 0.003 0.002 0.003 0.003 0.003 0.032 0.001 0.001 0.116 121 A 0.260 0.509 0.014 0.005 0.005 0.006 0.006 0.062 0.001 0.001 0.133 122 E 0.173 0.340 0.088 0.015 0.012 0.020 0.074 0.074 0.001 0.004 0.201 123 T 0.267 0.114 0.058 0.013 0.006 0.010 0.129 0.044 0.001 0.004 0.354 124 A 0.026 0.011 0.024 0.006 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.899 125 D 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.777 0.001 0.001 0.008 0.199 126 D 0.134 0.029 0.014 0.006 0.001 0.001 0.477 0.003 0.001 0.040 0.295 127 R 0.029 0.378 0.001 0.004 0.001 0.002 0.335 0.002 0.001 0.011 0.237 128 V 0.014 0.340 0.001 0.002 0.003 0.005 0.468 0.004 0.001 0.017 0.147 129 F 0.018 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.047 130 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.011 131 S 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 132 T 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 133 A 0.038 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.007 134 L 0.139 0.791 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.019 135 T 0.028 0.722 0.113 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.001 0.001 0.087 136 E 0.014 0.645 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.315 137 S 0.026 0.634 0.005 0.001 0.001 0.001 0.140 0.015 0.001 0.009 0.170 138 A 0.021 0.810 0.004 0.001 0.001 0.001 0.102 0.014 0.001 0.002 0.044 139 V 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.010 140 M 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 141 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 142 T 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 143 R 0.010 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.010 144 W 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 145 N 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.017 146 R 0.025 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.016 147 V 0.036 0.923 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.019 148 L 0.059 0.834 0.010 0.002 0.002 0.002 0.002 0.046 0.001 0.001 0.044 149 G 0.235 0.383 0.026 0.002 0.002 0.003 0.007 0.093 0.001 0.002 0.245 150 A 0.383 0.130 0.162 0.010 0.003 0.005 0.007 0.068 0.001 0.002 0.230 151 W 0.166 0.022 0.049 0.045 0.028 0.017 0.039 0.038 0.001 0.001 0.595 152 P 0.002 0.001 0.009 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.977 153 I 0.009 0.001 0.002 0.217 0.067 0.160 0.146 0.001 0.001 0.002 0.398 154 T 0.091 0.001 0.001 0.069 0.016 0.030 0.047 0.001 0.001 0.005 0.740 155 A 0.055 0.004 0.001 0.237 0.083 0.110 0.079 0.001 0.001 0.004 0.425 156 A 0.035 0.002 0.003 0.167 0.043 0.082 0.100 0.001 0.001 0.006 0.561 157 F 0.039 0.002 0.001 0.295 0.145 0.148 0.109 0.001 0.001 0.004 0.255 158 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.965 159 G 0.010 0.001 0.001 0.068 0.064 0.177 0.139 0.001 0.001 0.005 0.536 160 G 0.083 0.001 0.001 0.014 0.010 0.020 0.101 0.001 0.001 0.011 0.759 161 D 0.058 0.004 0.001 0.016 0.016 0.021 0.102 0.001 0.001 0.005 0.777 162 E 0.027 0.005 0.001 0.016 0.013 0.022 0.155 0.001 0.001 0.005 0.756