# TARGET T0385 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.054 0.051 0.012 0.021 0.007 0.032 0.824 3 S 0.060 0.031 0.027 0.022 0.102 0.060 0.698 4 S 0.068 0.014 0.051 0.032 0.182 0.090 0.563 5 E 0.051 0.008 0.053 0.060 0.378 0.049 0.401 6 P 0.035 0.014 0.068 0.082 0.103 0.165 0.533 7 A 0.020 0.025 0.131 0.059 0.104 0.152 0.508 8 H 0.022 0.024 0.110 0.066 0.240 0.191 0.346 9 G 0.033 0.018 0.094 0.046 0.169 0.266 0.374 10 A 0.033 0.030 0.034 0.033 0.202 0.053 0.614 11 T 0.041 0.022 0.018 0.016 0.121 0.029 0.753 12 P 0.040 0.022 0.090 0.047 0.148 0.159 0.493 13 K 0.048 0.021 0.098 0.044 0.191 0.193 0.404 14 R 0.044 0.035 0.050 0.033 0.257 0.078 0.503 15 S 0.021 0.031 0.008 0.007 0.135 0.021 0.777 16 P 0.013 0.016 0.015 0.011 0.153 0.210 0.582 17 S 0.009 0.022 0.019 0.014 0.252 0.360 0.325 18 E 0.007 0.011 0.026 0.039 0.326 0.349 0.242 19 G 0.006 0.006 0.020 0.072 0.285 0.230 0.382 20 S 0.007 0.014 0.027 0.352 0.241 0.071 0.289 21 A 0.009 0.029 0.024 0.627 0.079 0.067 0.165 22 D 0.004 0.005 0.015 0.884 0.012 0.027 0.053 23 N 0.001 0.001 0.006 0.975 0.003 0.005 0.010 24 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.002 0.004 0.002 25 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 37 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 38 Y 0.003 0.001 0.003 0.964 0.002 0.027 0.002 39 G 0.005 0.001 0.004 0.923 0.004 0.060 0.004 40 Y 0.011 0.001 0.007 0.852 0.010 0.104 0.015 41 G 0.050 0.004 0.022 0.594 0.049 0.209 0.071 42 I 0.095 0.007 0.060 0.557 0.042 0.120 0.119 43 V 0.103 0.016 0.108 0.495 0.043 0.135 0.100 44 S 0.089 0.009 0.156 0.297 0.056 0.272 0.119 45 A 0.072 0.010 0.134 0.124 0.121 0.378 0.161 46 L 0.063 0.029 0.072 0.060 0.267 0.179 0.330 47 S 0.027 0.015 0.017 0.019 0.430 0.068 0.423 48 P 0.009 0.007 0.033 0.034 0.264 0.064 0.589 49 P 0.003 0.003 0.084 0.144 0.150 0.508 0.107 50 G 0.006 0.009 0.081 0.229 0.089 0.441 0.145 51 V 0.005 0.007 0.034 0.749 0.030 0.036 0.140 52 N 0.003 0.002 0.010 0.893 0.010 0.015 0.068 53 F 0.003 0.001 0.006 0.961 0.010 0.009 0.012 54 L 0.003 0.001 0.004 0.973 0.004 0.006 0.008 55 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.003 56 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 57 D 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.002 58 A 0.001 0.001 0.006 0.959 0.002 0.028 0.005 59 L 0.001 0.001 0.009 0.945 0.007 0.027 0.011 60 K 0.001 0.001 0.014 0.919 0.005 0.055 0.006 61 Q 0.001 0.001 0.019 0.857 0.009 0.103 0.012 62 H 0.001 0.001 0.019 0.839 0.014 0.094 0.033 63 R 0.001 0.001 0.020 0.914 0.008 0.050 0.008 64 H 0.001 0.001 0.028 0.852 0.007 0.099 0.012 65 R 0.001 0.001 0.014 0.911 0.004 0.057 0.013 66 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.005 0.005 67 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 75 A 0.001 0.001 0.003 0.942 0.004 0.049 0.002 76 R 0.001 0.001 0.003 0.337 0.005 0.651 0.003 77 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.924 0.039 78 V 0.008 0.006 0.001 0.001 0.045 0.003 0.937 79 T 0.130 0.055 0.002 0.002 0.049 0.003 0.758 80 A 0.204 0.027 0.011 0.021 0.143 0.009 0.585 81 P 0.229 0.028 0.019 0.025 0.078 0.020 0.600 82 I 0.231 0.039 0.060 0.043 0.089 0.036 0.502 83 A 0.161 0.022 0.111 0.063 0.094 0.108 0.441 84 A 0.108 0.011 0.284 0.065 0.141 0.128 0.263 85 A 0.107 0.008 0.237 0.042 0.139 0.296 0.171 86 G 0.171 0.011 0.107 0.018 0.133 0.431 0.129 87 Y 0.523 0.037 0.026 0.009 0.087 0.058 0.260 88 Q 0.633 0.035 0.010 0.007 0.049 0.026 0.240 89 L 0.548 0.033 0.005 0.006 0.093 0.013 0.302 90 P 0.362 0.030 0.006 0.005 0.060 0.027 0.509 91 M 0.242 0.026 0.010 0.005 0.208 0.073 0.434 92 Q 0.197 0.022 0.013 0.005 0.144 0.096 0.523 93 V 0.053 0.017 0.010 0.008 0.122 0.043 0.748 94 S 0.032 0.034 0.004 0.012 0.415 0.046 0.457 95 S 0.014 0.033 0.001 0.011 0.618 0.004 0.320 96 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.002 97 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.003 0.001 98 D 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.003 0.002 99 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.022 0.001 106 M 0.001 0.001 0.003 0.955 0.001 0.037 0.003 107 E 0.001 0.001 0.005 0.957 0.005 0.025 0.007 108 N 0.001 0.001 0.005 0.912 0.011 0.069 0.003 109 D 0.001 0.001 0.002 0.930 0.010 0.051 0.006 110 G 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.008 0.004 111 A 0.002 0.001 0.001 0.989 0.002 0.002 0.004 112 T 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 113 A 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.004 0.002 114 W 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.007 0.004 115 R 0.007 0.001 0.015 0.951 0.005 0.017 0.005 116 A 0.007 0.001 0.031 0.883 0.006 0.065 0.007 117 V 0.011 0.002 0.034 0.827 0.009 0.098 0.019 118 V 0.008 0.004 0.068 0.833 0.027 0.037 0.024 119 E 0.007 0.002 0.116 0.721 0.016 0.108 0.029 120 H 0.005 0.002 0.090 0.670 0.014 0.194 0.025 121 A 0.010 0.012 0.069 0.419 0.092 0.152 0.246 122 E 0.008 0.007 0.048 0.272 0.139 0.288 0.238 123 T 0.005 0.002 0.008 0.099 0.442 0.074 0.370 124 A 0.002 0.001 0.015 0.569 0.143 0.201 0.068 125 D 0.002 0.002 0.011 0.715 0.075 0.142 0.052 126 D 0.004 0.003 0.006 0.930 0.011 0.013 0.033 127 R 0.003 0.001 0.002 0.974 0.003 0.003 0.013 128 V 0.003 0.001 0.002 0.983 0.003 0.004 0.005 129 F 0.002 0.001 0.005 0.979 0.002 0.009 0.003 130 A 0.002 0.001 0.007 0.975 0.002 0.012 0.003 131 S 0.001 0.001 0.020 0.962 0.002 0.012 0.002 132 T 0.001 0.001 0.026 0.928 0.002 0.042 0.002 133 A 0.001 0.001 0.034 0.842 0.003 0.118 0.003 134 L 0.001 0.002 0.012 0.789 0.070 0.075 0.051 135 T 0.001 0.001 0.014 0.868 0.020 0.039 0.057 136 E 0.001 0.001 0.010 0.947 0.007 0.030 0.006 137 S 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.013 0.003 138 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 139 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 142 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.014 0.003 144 W 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.013 0.003 145 N 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.014 0.003 146 R 0.001 0.001 0.016 0.955 0.002 0.022 0.004 147 V 0.002 0.001 0.035 0.886 0.005 0.064 0.007 148 L 0.003 0.003 0.078 0.570 0.017 0.315 0.014 149 G 0.004 0.002 0.042 0.171 0.070 0.656 0.055 150 A 0.017 0.006 0.050 0.073 0.351 0.223 0.281 151 W 0.045 0.017 0.006 0.013 0.495 0.022 0.403 152 P 0.106 0.042 0.006 0.007 0.111 0.037 0.691 153 I 0.251 0.047 0.021 0.013 0.146 0.050 0.473 154 T 0.299 0.019 0.035 0.022 0.168 0.043 0.415 155 A 0.374 0.018 0.073 0.036 0.152 0.072 0.275 156 A 0.390 0.054 0.040 0.035 0.096 0.072 0.313 157 F 0.251 0.053 0.028 0.020 0.153 0.072 0.424 158 P 0.129 0.031 0.017 0.014 0.129 0.229 0.450 159 G 0.042 0.019 0.017 0.007 0.275 0.177 0.463 160 G 0.024 0.014 0.018 0.009 0.269 0.125 0.540 161 D 0.021 0.019 0.038 0.023 0.119 0.141 0.640 162 E 0.010 0.005 0.019 0.013 0.051 0.023 0.878