# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.348 0.288 0.067 0.085 0.049 0.022 0.005 0.041 0.003 0.001 2 T 0.108 0.445 0.256 0.063 0.067 0.026 0.008 0.004 0.019 0.005 0.001 3 S 0.144 0.274 0.284 0.073 0.125 0.038 0.015 0.011 0.018 0.017 0.001 4 S 0.284 0.177 0.186 0.182 0.090 0.027 0.010 0.011 0.019 0.014 0.001 5 E 0.088 0.257 0.325 0.012 0.109 0.026 0.026 0.002 0.146 0.009 0.001 6 P 0.354 0.010 0.511 0.023 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 7 A 0.356 0.124 0.187 0.192 0.057 0.024 0.019 0.020 0.015 0.005 0.002 8 H 0.207 0.145 0.304 0.187 0.065 0.016 0.040 0.009 0.016 0.009 0.001 9 G 0.139 0.027 0.145 0.144 0.060 0.011 0.098 0.312 0.007 0.056 0.001 10 A 0.087 0.183 0.534 0.052 0.071 0.023 0.011 0.009 0.013 0.017 0.001 11 T 0.044 0.194 0.590 0.007 0.033 0.026 0.017 0.001 0.081 0.004 0.004 12 P 0.316 0.011 0.593 0.021 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 13 K 0.391 0.163 0.253 0.096 0.034 0.028 0.009 0.005 0.016 0.002 0.001 14 R 0.249 0.160 0.339 0.152 0.020 0.039 0.008 0.002 0.025 0.001 0.003 15 S 0.083 0.105 0.620 0.009 0.044 0.022 0.015 0.002 0.091 0.008 0.001 16 P 0.472 0.006 0.411 0.055 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 17 S 0.239 0.192 0.165 0.186 0.145 0.015 0.010 0.015 0.016 0.018 0.001 18 E 0.205 0.093 0.318 0.247 0.058 0.018 0.021 0.012 0.017 0.011 0.001 19 G 0.159 0.028 0.136 0.070 0.088 0.006 0.039 0.254 0.006 0.214 0.001 20 S 0.385 0.070 0.296 0.126 0.029 0.046 0.014 0.005 0.021 0.008 0.002 21 A 0.651 0.021 0.118 0.089 0.024 0.013 0.027 0.027 0.004 0.025 0.001 22 D 0.755 0.013 0.038 0.130 0.006 0.026 0.015 0.003 0.011 0.002 0.001 23 N 0.850 0.012 0.023 0.098 0.002 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 24 A 0.951 0.006 0.014 0.017 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.975 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.969 0.003 0.004 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 A 0.977 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.962 0.010 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.952 0.016 0.005 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 Y 0.867 0.033 0.010 0.079 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 G 0.810 0.030 0.029 0.068 0.013 0.009 0.019 0.011 0.006 0.004 0.001 40 Y 0.649 0.057 0.056 0.170 0.025 0.010 0.020 0.006 0.005 0.003 0.001 41 G 0.617 0.031 0.061 0.052 0.067 0.012 0.066 0.058 0.007 0.028 0.001 42 I 0.728 0.115 0.062 0.045 0.022 0.016 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 43 V 0.608 0.146 0.079 0.109 0.011 0.020 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 44 S 0.548 0.091 0.120 0.117 0.067 0.007 0.021 0.011 0.007 0.009 0.001 45 A 0.411 0.110 0.125 0.179 0.061 0.026 0.050 0.018 0.015 0.005 0.001 46 L 0.197 0.132 0.317 0.231 0.017 0.058 0.029 0.002 0.014 0.002 0.001 47 S 0.024 0.229 0.608 0.002 0.029 0.011 0.006 0.001 0.086 0.002 0.001 48 P 0.089 0.003 0.850 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.047 49 P 0.278 0.001 0.638 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 50 G 0.154 0.006 0.033 0.067 0.017 0.004 0.058 0.636 0.003 0.022 0.001 51 V 0.618 0.057 0.234 0.052 0.005 0.022 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 52 N 0.768 0.027 0.084 0.085 0.003 0.019 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 53 F 0.890 0.024 0.034 0.024 0.006 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 54 L 0.938 0.011 0.023 0.014 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 55 V 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 Q 0.943 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 H 0.781 0.002 0.003 0.206 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.945 0.005 0.008 0.015 0.001 0.003 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 64 H 0.895 0.009 0.015 0.066 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 R 0.878 0.005 0.017 0.068 0.003 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 66 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.973 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.213 0.001 0.012 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.193 0.781 0.001 0.009 0.001 78 V 0.023 0.132 0.747 0.025 0.018 0.043 0.002 0.001 0.005 0.004 0.001 79 T 0.039 0.294 0.519 0.027 0.041 0.038 0.011 0.001 0.028 0.002 0.001 80 A 0.108 0.090 0.728 0.004 0.020 0.019 0.004 0.001 0.020 0.004 0.002 81 P 0.311 0.032 0.566 0.012 0.002 0.055 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 82 I 0.463 0.159 0.244 0.051 0.014 0.037 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 83 A 0.579 0.057 0.290 0.026 0.013 0.019 0.004 0.002 0.005 0.003 0.001 84 A 0.533 0.096 0.205 0.071 0.042 0.015 0.013 0.004 0.017 0.004 0.001 85 A 0.411 0.055 0.278 0.183 0.031 0.011 0.013 0.007 0.004 0.004 0.003 86 G 0.198 0.092 0.106 0.181 0.113 0.013 0.104 0.148 0.018 0.026 0.001 87 Y 0.113 0.230 0.354 0.096 0.097 0.033 0.025 0.012 0.016 0.023 0.001 88 Q 0.111 0.332 0.264 0.100 0.035 0.077 0.026 0.002 0.049 0.002 0.002 89 L 0.033 0.425 0.297 0.008 0.060 0.030 0.015 0.001 0.130 0.001 0.001 90 P 0.081 0.024 0.747 0.012 0.001 0.076 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 91 M 0.151 0.310 0.296 0.063 0.100 0.033 0.010 0.007 0.025 0.003 0.001 92 Q 0.071 0.259 0.272 0.080 0.050 0.128 0.068 0.015 0.052 0.004 0.001 93 V 0.126 0.255 0.431 0.063 0.028 0.070 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 94 S 0.539 0.020 0.032 0.373 0.020 0.008 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 95 S 0.088 0.181 0.189 0.037 0.407 0.025 0.004 0.002 0.045 0.021 0.001 96 A 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 M 0.820 0.001 0.001 0.176 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.839 0.011 0.078 0.038 0.002 0.017 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 108 N 0.950 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.821 0.018 0.010 0.131 0.010 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 110 G 0.935 0.011 0.011 0.014 0.009 0.001 0.002 0.010 0.001 0.005 0.001 111 A 0.980 0.006 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.975 0.006 0.003 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.965 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 W 0.980 0.005 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 V 0.956 0.008 0.010 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 E 0.976 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 H 0.537 0.006 0.011 0.431 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 121 A 0.398 0.060 0.283 0.161 0.015 0.036 0.023 0.006 0.015 0.002 0.001 122 E 0.283 0.070 0.124 0.429 0.025 0.037 0.015 0.004 0.007 0.004 0.001 123 T 0.055 0.175 0.526 0.059 0.066 0.049 0.004 0.001 0.061 0.004 0.001 124 A 0.948 0.002 0.012 0.023 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 125 D 0.857 0.002 0.006 0.120 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 126 D 0.873 0.009 0.023 0.080 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 127 R 0.930 0.013 0.018 0.031 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.918 0.039 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 F 0.943 0.023 0.011 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.912 0.026 0.013 0.029 0.005 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 131 S 0.949 0.012 0.006 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 T 0.926 0.014 0.011 0.037 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.917 0.006 0.011 0.054 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 134 L 0.856 0.013 0.042 0.066 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 135 T 0.893 0.015 0.027 0.048 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 136 E 0.968 0.006 0.007 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 S 0.980 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 A 0.991 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 V 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 M 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 W 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 N 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 R 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.948 0.005 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 L 0.539 0.011 0.022 0.418 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 149 G 0.132 0.005 0.025 0.065 0.019 0.002 0.153 0.518 0.003 0.078 0.001 150 A 0.221 0.095 0.324 0.216 0.031 0.038 0.039 0.011 0.009 0.015 0.001 151 W 0.056 0.287 0.421 0.007 0.048 0.028 0.019 0.001 0.130 0.002 0.001 152 P 0.228 0.011 0.636 0.021 0.001 0.060 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 153 I 0.142 0.293 0.353 0.049 0.043 0.064 0.008 0.003 0.042 0.001 0.001 154 T 0.320 0.197 0.268 0.119 0.028 0.040 0.005 0.002 0.017 0.002 0.002 155 A 0.194 0.276 0.191 0.132 0.147 0.015 0.014 0.008 0.013 0.007 0.001 156 A 0.138 0.219 0.273 0.194 0.074 0.039 0.017 0.011 0.026 0.007 0.002 157 F 0.015 0.278 0.390 0.003 0.057 0.028 0.017 0.001 0.208 0.002 0.001 158 P 0.126 0.012 0.742 0.021 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 159 G 0.119 0.072 0.328 0.110 0.141 0.014 0.024 0.101 0.009 0.081 0.001 160 G 0.074 0.039 0.184 0.041 0.174 0.007 0.031 0.141 0.006 0.302 0.001 161 D 0.248 0.081 0.302 0.211 0.036 0.051 0.029 0.010 0.023 0.006 0.003 162 E 0.421 0.113 0.175 0.154 0.050 0.017 0.028 0.018 0.009 0.012 0.001