# TARGET T0385 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0385.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.9235 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.231 0.123 0.038 0.010 0.286 0.014 0.029 0.094 0.051 0.051 0.074 2 T 0.124 0.160 0.057 0.026 0.230 0.023 0.051 0.094 0.067 0.099 0.069 3 S 0.132 0.229 0.098 0.017 0.274 0.009 0.018 0.090 0.048 0.048 0.037 4 S 0.063 0.155 0.094 0.031 0.126 0.028 0.047 0.129 0.148 0.135 0.043 5 E 0.067 0.290 0.181 0.031 0.177 0.016 0.042 0.099 0.048 0.025 0.024 6 P 0.062 0.189 0.107 0.024 0.117 0.029 0.050 0.164 0.127 0.087 0.043 7 A 0.069 0.114 0.074 0.037 0.113 0.035 0.068 0.137 0.148 0.164 0.041 8 H 0.027 0.156 0.150 0.097 0.059 0.096 0.136 0.115 0.079 0.062 0.024 9 G 0.036 0.076 0.114 0.123 0.045 0.046 0.034 0.053 0.063 0.315 0.095 10 A 0.107 0.292 0.099 0.011 0.240 0.009 0.023 0.046 0.055 0.068 0.049 11 T 0.021 0.523 0.240 0.007 0.140 0.003 0.005 0.026 0.018 0.012 0.007 12 P 0.062 0.164 0.069 0.007 0.155 0.010 0.034 0.238 0.206 0.036 0.020 13 K 0.043 0.083 0.046 0.013 0.081 0.021 0.085 0.292 0.200 0.105 0.030 14 R 0.074 0.171 0.068 0.015 0.134 0.012 0.052 0.107 0.092 0.214 0.062 15 S 0.042 0.407 0.284 0.010 0.193 0.003 0.006 0.024 0.011 0.009 0.011 16 P 0.043 0.224 0.085 0.014 0.113 0.033 0.099 0.196 0.125 0.049 0.020 17 S 0.057 0.216 0.189 0.026 0.126 0.020 0.049 0.092 0.071 0.110 0.042 18 E 0.048 0.090 0.051 0.045 0.066 0.060 0.105 0.239 0.126 0.121 0.049 19 G 0.025 0.086 0.114 0.103 0.040 0.048 0.031 0.142 0.079 0.282 0.051 20 S 0.066 0.170 0.074 0.023 0.182 0.016 0.020 0.262 0.065 0.081 0.042 21 A 0.022 0.100 0.063 0.010 0.051 0.012 0.014 0.566 0.091 0.057 0.014 22 D 0.052 0.031 0.013 0.002 0.049 0.002 0.008 0.715 0.058 0.047 0.022 23 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.831 0.132 0.023 0.002 24 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.893 0.075 0.011 0.001 25 A 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.044 0.011 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.038 0.002 0.001 27 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.054 0.008 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.056 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.071 0.004 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.046 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.956 0.034 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.935 0.050 0.002 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.899 0.085 0.007 0.001 35 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.823 0.142 0.009 0.001 36 T 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.862 0.097 0.010 0.001 37 I 0.010 0.006 0.002 0.001 0.012 0.005 0.044 0.817 0.086 0.012 0.005 38 Y 0.020 0.024 0.008 0.008 0.024 0.011 0.066 0.616 0.148 0.059 0.017 39 G 0.048 0.042 0.012 0.012 0.059 0.018 0.043 0.521 0.152 0.070 0.022 40 Y 0.009 0.051 0.026 0.034 0.023 0.059 0.130 0.491 0.138 0.030 0.007 41 G 0.058 0.059 0.036 0.034 0.066 0.020 0.044 0.357 0.117 0.160 0.047 42 I 0.136 0.057 0.011 0.006 0.137 0.019 0.055 0.342 0.129 0.062 0.046 43 V 0.107 0.055 0.016 0.018 0.146 0.025 0.060 0.219 0.141 0.134 0.079 44 S 0.068 0.235 0.092 0.039 0.191 0.036 0.049 0.158 0.072 0.039 0.022 45 A 0.053 0.077 0.049 0.027 0.090 0.029 0.106 0.202 0.113 0.199 0.054 46 L 0.089 0.133 0.042 0.012 0.128 0.018 0.089 0.167 0.108 0.144 0.070 47 S 0.032 0.320 0.306 0.060 0.083 0.022 0.024 0.048 0.033 0.040 0.031 48 P 0.020 0.314 0.216 0.038 0.093 0.013 0.015 0.149 0.105 0.024 0.013 49 P 0.003 0.050 0.048 0.017 0.009 0.111 0.176 0.414 0.153 0.014 0.004 50 G 0.021 0.035 0.015 0.009 0.021 0.004 0.015 0.188 0.084 0.523 0.085 51 V 0.032 0.065 0.013 0.002 0.032 0.004 0.007 0.565 0.154 0.113 0.015 52 N 0.002 0.008 0.003 0.002 0.006 0.002 0.004 0.880 0.082 0.010 0.002 53 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.958 0.032 0.002 0.001 54 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.019 0.005 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.003 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.023 0.005 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.046 0.002 0.001 61 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.932 0.036 0.009 0.001 62 H 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.861 0.080 0.037 0.002 63 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.805 0.132 0.030 0.004 64 H 0.002 0.020 0.009 0.003 0.008 0.006 0.034 0.826 0.071 0.019 0.002 65 R 0.005 0.023 0.014 0.002 0.008 0.001 0.007 0.816 0.056 0.063 0.005 66 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.918 0.072 0.004 0.001 67 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.973 0.021 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 69 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.002 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.852 0.139 0.002 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.884 0.066 0.006 0.001 76 R 0.001 0.708 0.260 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 77 G 0.082 0.003 0.003 0.003 0.007 0.001 0.002 0.004 0.005 0.389 0.500 78 V 0.080 0.439 0.102 0.003 0.319 0.003 0.004 0.017 0.008 0.009 0.017 79 T 0.042 0.370 0.189 0.018 0.219 0.008 0.018 0.055 0.029 0.029 0.023 80 A 0.057 0.370 0.246 0.012 0.183 0.005 0.013 0.067 0.029 0.007 0.011 81 P 0.051 0.335 0.130 0.008 0.198 0.010 0.024 0.122 0.063 0.030 0.031 82 I 0.048 0.307 0.132 0.013 0.174 0.010 0.033 0.128 0.065 0.066 0.024 83 A 0.029 0.250 0.193 0.028 0.069 0.024 0.048 0.185 0.095 0.059 0.019 84 A 0.035 0.195 0.123 0.038 0.089 0.026 0.054 0.166 0.138 0.113 0.025 85 A 0.027 0.329 0.143 0.030 0.106 0.038 0.078 0.129 0.073 0.032 0.015 86 G 0.069 0.050 0.019 0.022 0.064 0.025 0.041 0.059 0.087 0.407 0.157 87 Y 0.165 0.220 0.055 0.008 0.422 0.005 0.009 0.015 0.016 0.040 0.046 88 Q 0.209 0.126 0.035 0.009 0.382 0.018 0.047 0.037 0.031 0.044 0.061 89 L 0.089 0.368 0.153 0.010 0.322 0.003 0.007 0.015 0.008 0.008 0.017 90 P 0.247 0.141 0.030 0.009 0.340 0.009 0.026 0.037 0.034 0.040 0.087 91 M 0.090 0.246 0.067 0.019 0.264 0.022 0.034 0.071 0.091 0.063 0.033 92 Q 0.154 0.202 0.040 0.004 0.376 0.005 0.012 0.067 0.031 0.055 0.053 93 V 0.284 0.129 0.029 0.007 0.237 0.014 0.020 0.051 0.029 0.083 0.117 94 S 0.077 0.110 0.065 0.069 0.159 0.079 0.099 0.100 0.045 0.127 0.070 95 S 0.026 0.475 0.342 0.004 0.060 0.001 0.001 0.049 0.011 0.025 0.007 96 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.109 0.005 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.004 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.002 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.002 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.068 0.003 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.894 0.096 0.002 0.001 105 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.891 0.052 0.010 0.001 106 M 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.036 0.787 0.110 0.053 0.002 107 E 0.007 0.021 0.005 0.006 0.010 0.013 0.045 0.717 0.152 0.019 0.005 108 N 0.003 0.007 0.004 0.012 0.004 0.036 0.098 0.678 0.109 0.044 0.005 109 D 0.012 0.081 0.091 0.028 0.038 0.020 0.056 0.430 0.116 0.114 0.014 110 G 0.039 0.022 0.006 0.007 0.038 0.005 0.010 0.634 0.129 0.082 0.027 111 A 0.013 0.017 0.002 0.002 0.031 0.008 0.026 0.743 0.128 0.021 0.009 112 T 0.012 0.015 0.004 0.002 0.023 0.002 0.021 0.822 0.080 0.010 0.009 113 A 0.011 0.015 0.009 0.005 0.013 0.004 0.015 0.810 0.092 0.021 0.005 114 W 0.009 0.036 0.007 0.003 0.022 0.003 0.012 0.705 0.170 0.029 0.005 115 R 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.014 0.043 0.740 0.178 0.005 0.002 116 A 0.004 0.008 0.005 0.011 0.006 0.008 0.080 0.627 0.155 0.091 0.005 117 V 0.014 0.014 0.004 0.004 0.011 0.010 0.045 0.495 0.222 0.171 0.010 118 V 0.015 0.072 0.018 0.005 0.045 0.006 0.010 0.528 0.270 0.019 0.011 119 E 0.004 0.015 0.006 0.003 0.011 0.011 0.078 0.723 0.139 0.008 0.002 120 H 0.022 0.015 0.007 0.003 0.030 0.005 0.061 0.281 0.166 0.386 0.025 121 A 0.112 0.132 0.028 0.002 0.148 0.004 0.021 0.235 0.130 0.125 0.062 122 E 0.030 0.061 0.027 0.016 0.066 0.044 0.137 0.233 0.115 0.235 0.036 123 T 0.035 0.402 0.312 0.007 0.146 0.001 0.002 0.027 0.012 0.042 0.015 124 A 0.003 0.011 0.007 0.003 0.009 0.007 0.014 0.724 0.195 0.024 0.004 125 D 0.012 0.049 0.016 0.002 0.029 0.003 0.012 0.745 0.074 0.049 0.010 126 D 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.811 0.094 0.077 0.004 127 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.920 0.064 0.008 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.948 0.037 0.003 0.001 129 F 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.958 0.026 0.007 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.050 0.013 0.001 131 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.892 0.094 0.006 0.001 132 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.894 0.075 0.008 0.001 133 A 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.003 0.026 0.822 0.095 0.039 0.001 134 L 0.008 0.018 0.007 0.004 0.009 0.004 0.017 0.691 0.127 0.106 0.009 135 T 0.003 0.251 0.080 0.008 0.018 0.008 0.011 0.530 0.066 0.023 0.002 136 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.856 0.119 0.013 0.002 137 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.923 0.046 0.013 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.053 0.009 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 140 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.031 0.006 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.039 0.006 0.001 142 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.033 0.001 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.034 0.011 0.001 144 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.926 0.059 0.007 0.001 145 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.880 0.095 0.004 0.001 146 R 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.045 0.824 0.109 0.009 0.001 147 V 0.003 0.005 0.007 0.006 0.005 0.023 0.186 0.652 0.082 0.030 0.002 148 L 0.017 0.547 0.125 0.028 0.081 0.018 0.034 0.071 0.030 0.041 0.010 149 G 0.020 0.022 0.039 0.166 0.013 0.069 0.037 0.092 0.062 0.389 0.090 150 A 0.062 0.108 0.075 0.049 0.108 0.051 0.087 0.101 0.094 0.213 0.054 151 W 0.059 0.347 0.179 0.025 0.221 0.008 0.019 0.068 0.032 0.018 0.025 152 P 0.101 0.282 0.098 0.011 0.222 0.013 0.034 0.085 0.066 0.055 0.034 153 I 0.069 0.350 0.116 0.010 0.248 0.007 0.024 0.067 0.049 0.040 0.021 154 T 0.152 0.148 0.058 0.017 0.226 0.024 0.048 0.139 0.084 0.054 0.052 155 A 0.077 0.198 0.089 0.036 0.217 0.037 0.051 0.126 0.085 0.062 0.024 156 A 0.140 0.149 0.047 0.024 0.266 0.023 0.055 0.070 0.053 0.103 0.069 157 F 0.092 0.290 0.275 0.034 0.181 0.012 0.019 0.038 0.011 0.015 0.032 158 P 0.065 0.269 0.120 0.035 0.155 0.038 0.066 0.094 0.048 0.071 0.039 159 G 0.045 0.235 0.153 0.087 0.105 0.056 0.045 0.047 0.056 0.131 0.040 160 G 0.050 0.090 0.154 0.117 0.069 0.051 0.029 0.061 0.072 0.224 0.083 161 D 0.051 0.103 0.095 0.040 0.099 0.023 0.041 0.192 0.172 0.146 0.037 162 E 0.043 0.104 0.053 0.018 0.081 0.021 0.060 0.288 0.187 0.114 0.030