# TARGET T0384 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0384.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1530 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.002 0.001 0.001 0.084 0.897 2 L 0.180 0.009 0.005 0.006 0.102 0.700 3 K 0.639 0.015 0.005 0.004 0.065 0.273 4 L 0.922 0.004 0.002 0.002 0.013 0.058 5 G 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 6 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 7 I 0.936 0.002 0.001 0.004 0.010 0.047 8 G 0.672 0.011 0.002 0.012 0.056 0.247 9 T 0.180 0.009 0.021 0.063 0.204 0.523 10 G 0.021 0.004 0.047 0.102 0.223 0.604 11 A 0.003 0.002 0.194 0.670 0.081 0.051 12 I 0.001 0.001 0.194 0.749 0.044 0.010 13 S 0.001 0.001 0.072 0.897 0.024 0.006 14 H 0.002 0.001 0.045 0.921 0.026 0.006 15 H 0.001 0.001 0.036 0.925 0.028 0.010 16 F 0.003 0.005 0.023 0.923 0.025 0.020 17 I 0.005 0.002 0.032 0.904 0.031 0.026 18 E 0.006 0.002 0.076 0.889 0.020 0.008 19 A 0.002 0.001 0.129 0.854 0.011 0.003 20 A 0.001 0.001 0.131 0.847 0.017 0.003 21 H 0.004 0.002 0.103 0.845 0.035 0.012 22 T 0.005 0.004 0.037 0.713 0.135 0.106 23 S 0.005 0.009 0.016 0.072 0.844 0.054 24 G 0.002 0.001 0.005 0.004 0.921 0.066 25 E 0.008 0.001 0.007 0.001 0.945 0.038 26 Y 0.409 0.008 0.002 0.001 0.529 0.051 27 Q 0.881 0.007 0.001 0.001 0.029 0.083 28 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 29 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 30 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 31 I 0.945 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 32 Y 0.852 0.005 0.001 0.001 0.025 0.118 33 S 0.287 0.024 0.002 0.001 0.274 0.413 34 R 0.019 0.021 0.005 0.003 0.419 0.533 35 K 0.006 0.004 0.002 0.006 0.222 0.760 36 L 0.001 0.001 0.074 0.792 0.111 0.022 37 E 0.001 0.001 0.022 0.909 0.052 0.017 38 T 0.001 0.001 0.021 0.954 0.018 0.005 39 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 40 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.004 41 T 0.001 0.001 0.003 0.983 0.010 0.003 42 F 0.001 0.001 0.004 0.980 0.012 0.003 43 A 0.001 0.001 0.010 0.965 0.020 0.004 44 S 0.001 0.001 0.015 0.948 0.026 0.011 45 R 0.001 0.001 0.011 0.926 0.032 0.030 46 Y 0.004 0.004 0.011 0.694 0.083 0.204 47 Q 0.003 0.001 0.008 0.037 0.172 0.778 48 N 0.022 0.005 0.029 0.029 0.290 0.626 49 I 0.106 0.011 0.043 0.031 0.319 0.490 50 Q 0.188 0.015 0.035 0.027 0.250 0.485 51 L 0.325 0.012 0.025 0.022 0.155 0.461 52 F 0.323 0.037 0.030 0.039 0.179 0.393 53 D 0.158 0.024 0.027 0.068 0.241 0.483 54 Q 0.049 0.008 0.018 0.098 0.282 0.545 55 L 0.008 0.002 0.305 0.506 0.137 0.041 56 E 0.004 0.002 0.534 0.310 0.130 0.021 57 V 0.001 0.001 0.655 0.239 0.097 0.008 58 F 0.005 0.004 0.296 0.432 0.198 0.066 59 F 0.007 0.011 0.110 0.366 0.274 0.232 60 K 0.010 0.003 0.097 0.049 0.520 0.322 61 S 0.017 0.002 0.113 0.015 0.492 0.361 62 S 0.067 0.006 0.088 0.005 0.515 0.319 63 F 0.363 0.009 0.015 0.002 0.359 0.252 64 D 0.482 0.003 0.003 0.001 0.170 0.343 65 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 66 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 67 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 68 I 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 69 A 0.625 0.009 0.001 0.001 0.056 0.308 70 S 0.164 0.010 0.006 0.002 0.318 0.501 71 P 0.041 0.007 0.027 0.004 0.525 0.396 72 N 0.013 0.008 0.095 0.017 0.626 0.241 73 S 0.006 0.009 0.244 0.092 0.586 0.064 74 L 0.004 0.006 0.173 0.261 0.444 0.110 75 H 0.005 0.015 0.059 0.475 0.248 0.198 76 F 0.001 0.001 0.010 0.951 0.026 0.012 77 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 84 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 85 A 0.001 0.001 0.005 0.921 0.022 0.052 86 G 0.002 0.001 0.001 0.013 0.102 0.881 87 K 0.031 0.003 0.002 0.001 0.146 0.817 88 H 0.449 0.010 0.002 0.001 0.143 0.396 89 V 0.937 0.006 0.001 0.001 0.016 0.041 90 I 0.972 0.003 0.001 0.001 0.004 0.021 91 L 0.950 0.005 0.001 0.001 0.010 0.035 92 E 0.808 0.004 0.001 0.001 0.036 0.150 93 K 0.164 0.004 0.003 0.001 0.213 0.615 94 P 0.063 0.009 0.026 0.003 0.541 0.357 95 A 0.042 0.010 0.113 0.006 0.566 0.262 96 V 0.044 0.044 0.138 0.013 0.462 0.299 97 S 0.016 0.072 0.024 0.011 0.345 0.532 98 Q 0.004 0.004 0.004 0.020 0.139 0.829 99 P 0.001 0.001 0.012 0.960 0.017 0.010 100 Q 0.001 0.001 0.010 0.976 0.012 0.002 101 E 0.001 0.001 0.012 0.979 0.008 0.001 102 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 104 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 105 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 106 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 108 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.002 110 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.003 111 K 0.001 0.001 0.005 0.965 0.018 0.011 112 N 0.001 0.001 0.005 0.833 0.055 0.105 113 N 0.002 0.001 0.001 0.011 0.082 0.904 114 C 0.113 0.002 0.001 0.008 0.111 0.765 115 F 0.818 0.009 0.001 0.005 0.041 0.126 116 I 0.945 0.005 0.001 0.005 0.012 0.032 117 F 0.942 0.002 0.001 0.006 0.012 0.036 118 E 0.835 0.005 0.005 0.031 0.033 0.092 119 A 0.509 0.003 0.024 0.160 0.135 0.169 120 A 0.370 0.007 0.049 0.193 0.227 0.154 121 R 0.221 0.013 0.106 0.247 0.285 0.127 122 N 0.164 0.010 0.179 0.213 0.349 0.085 123 Y 0.085 0.012 0.136 0.234 0.397 0.137 124 H 0.042 0.016 0.031 0.355 0.252 0.305 125 E 0.011 0.003 0.004 0.204 0.213 0.565 126 K 0.001 0.001 0.004 0.967 0.016 0.012 127 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.008 0.002 128 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 130 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 131 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 132 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 133 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 134 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 135 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 136 A 0.002 0.001 0.003 0.983 0.007 0.005 137 D 0.002 0.001 0.004 0.881 0.038 0.074 138 K 0.005 0.001 0.001 0.016 0.169 0.809 139 Q 0.102 0.010 0.004 0.006 0.301 0.576 140 V 0.271 0.044 0.004 0.003 0.353 0.325 141 L 0.134 0.005 0.010 0.003 0.484 0.363 142 G 0.560 0.011 0.007 0.002 0.177 0.243 143 A 0.853 0.005 0.002 0.002 0.041 0.096 144 D 0.957 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 145 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 146 N 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 147 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 148 A 0.950 0.002 0.001 0.002 0.015 0.029 149 K 0.881 0.005 0.003 0.006 0.050 0.055 150 Y 0.681 0.009 0.009 0.013 0.145 0.142 151 S 0.448 0.016 0.011 0.016 0.259 0.250 152 S 0.327 0.026 0.014 0.022 0.323 0.289 153 K 0.207 0.024 0.022 0.030 0.373 0.345 154 M 0.146 0.025 0.041 0.040 0.377 0.372 155 P 0.082 0.019 0.070 0.056 0.400 0.373 156 D 0.053 0.021 0.101 0.092 0.401 0.333 157 L 0.040 0.018 0.105 0.120 0.391 0.325 158 L 0.035 0.020 0.115 0.159 0.406 0.266 159 A 0.034 0.013 0.090 0.148 0.423 0.291 160 G 0.030 0.010 0.068 0.141 0.414 0.337 161 Q 0.028 0.012 0.095 0.180 0.424 0.261 162 T 0.031 0.012 0.114 0.211 0.395 0.237 163 P 0.049 0.015 0.141 0.218 0.356 0.222 164 N 0.078 0.018 0.134 0.262 0.291 0.217 165 V 0.103 0.026 0.101 0.231 0.282 0.257 166 F 0.097 0.026 0.076 0.192 0.312 0.297 167 S 0.072 0.023 0.076 0.133 0.401 0.295 168 D 0.043 0.010 0.221 0.132 0.423 0.172 169 R 0.035 0.008 0.246 0.098 0.484 0.129 170 F 0.047 0.009 0.145 0.060 0.551 0.188 171 A 0.055 0.012 0.037 0.030 0.513 0.353 172 G 0.088 0.010 0.018 0.026 0.369 0.489 173 G 0.249 0.011 0.011 0.036 0.237 0.456 174 A 0.506 0.029 0.021 0.089 0.151 0.205 175 L 0.491 0.030 0.048 0.182 0.132 0.116 176 M 0.330 0.007 0.108 0.238 0.188 0.129 177 D 0.232 0.010 0.085 0.248 0.244 0.181 178 L 0.070 0.009 0.060 0.364 0.242 0.254 179 G 0.040 0.014 0.014 0.165 0.222 0.544 180 I 0.034 0.013 0.035 0.416 0.170 0.332 181 Y 0.032 0.034 0.020 0.391 0.110 0.413 182 P 0.001 0.001 0.005 0.985 0.004 0.004 183 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 184 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 186 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 188 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.002 189 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.014 0.009 190 F 0.001 0.004 0.005 0.856 0.047 0.088 191 G 0.002 0.002 0.002 0.039 0.152 0.802 192 K 0.022 0.004 0.007 0.015 0.209 0.744 193 A 0.095 0.012 0.011 0.019 0.196 0.667 194 N 0.239 0.008 0.016 0.046 0.167 0.524 195 D 0.516 0.008 0.019 0.050 0.103 0.304 196 A 0.770 0.008 0.016 0.055 0.051 0.099 197 T 0.877 0.005 0.011 0.034 0.028 0.046 198 Y 0.882 0.003 0.010 0.033 0.028 0.044 199 H 0.881 0.003 0.009 0.029 0.034 0.044 200 A 0.830 0.004 0.010 0.036 0.052 0.069 201 Q 0.735 0.009 0.009 0.033 0.099 0.115 202 Q 0.557 0.012 0.009 0.025 0.185 0.212 203 L 0.339 0.015 0.012 0.022 0.309 0.303 204 D 0.196 0.016 0.020 0.021 0.422 0.325 205 N 0.117 0.015 0.021 0.014 0.489 0.344 206 S 0.104 0.016 0.020 0.006 0.467 0.387 207 I 0.165 0.023 0.049 0.006 0.471 0.286 208 D 0.202 0.008 0.069 0.005 0.489 0.226 209 L 0.384 0.008 0.067 0.005 0.351 0.185 210 N 0.758 0.008 0.012 0.002 0.118 0.102 211 G 0.917 0.002 0.002 0.001 0.031 0.048 212 D 0.974 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 213 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 214 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 215 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 216 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 217 Y 0.887 0.008 0.001 0.001 0.095 0.010 218 P 0.125 0.002 0.007 0.002 0.852 0.012 219 D 0.018 0.001 0.007 0.001 0.967 0.006 220 Y 0.084 0.003 0.008 0.004 0.884 0.017 221 Q 0.829 0.007 0.001 0.003 0.073 0.088 222 V 0.979 0.004 0.001 0.001 0.003 0.013 223 H 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 224 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 225 K 0.973 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 226 A 0.957 0.001 0.001 0.003 0.014 0.023 227 G 0.890 0.003 0.006 0.008 0.039 0.053 228 K 0.777 0.007 0.015 0.015 0.101 0.084 229 N 0.678 0.014 0.032 0.020 0.164 0.092 230 I 0.565 0.019 0.031 0.021 0.233 0.130 231 T 0.297 0.022 0.025 0.022 0.525 0.110 232 S 0.099 0.009 0.024 0.017 0.683 0.168 233 N 0.094 0.005 0.012 0.005 0.684 0.200 234 L 0.368 0.010 0.006 0.003 0.404 0.210 235 P 0.814 0.005 0.001 0.001 0.054 0.125 236 C 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 237 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 238 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 239 Y 0.932 0.002 0.001 0.001 0.019 0.046 240 T 0.632 0.006 0.004 0.002 0.190 0.166 241 T 0.188 0.009 0.011 0.004 0.637 0.151 242 D 0.154 0.012 0.011 0.002 0.664 0.158 243 G 0.237 0.007 0.010 0.004 0.568 0.172 244 T 0.735 0.011 0.003 0.003 0.118 0.130 245 L 0.929 0.013 0.001 0.003 0.018 0.037 246 T 0.918 0.007 0.002 0.005 0.025 0.043 247 L 0.818 0.009 0.004 0.007 0.065 0.096 248 N 0.316 0.007 0.012 0.013 0.306 0.347 249 T 0.113 0.012 0.024 0.023 0.532 0.296 250 I 0.065 0.016 0.051 0.054 0.551 0.263 251 E 0.072 0.016 0.065 0.073 0.542 0.232 252 H 0.083 0.014 0.075 0.115 0.454 0.258 253 I 0.141 0.015 0.066 0.143 0.342 0.293 254 R 0.247 0.019 0.074 0.178 0.252 0.230 255 S 0.352 0.021 0.059 0.165 0.186 0.218 256 A 0.462 0.020 0.052 0.142 0.144 0.181 257 I 0.450 0.017 0.049 0.147 0.153 0.183 258 F 0.394 0.013 0.047 0.144 0.193 0.208 259 T 0.299 0.015 0.046 0.135 0.239 0.267 260 D 0.213 0.017 0.039 0.098 0.312 0.321 261 H 0.158 0.016 0.038 0.069 0.363 0.357 262 Q 0.129 0.016 0.029 0.048 0.362 0.416 263 G 0.127 0.015 0.025 0.042 0.325 0.466 264 N 0.156 0.018 0.018 0.035 0.249 0.525 265 Q 0.212 0.019 0.020 0.037 0.201 0.511 266 V 0.285 0.024 0.023 0.045 0.168 0.455 267 Q 0.299 0.022 0.029 0.056 0.155 0.438 268 L 0.277 0.021 0.028 0.059 0.160 0.455 269 P 0.190 0.016 0.031 0.069 0.194 0.500 270 I 0.108 0.015 0.030 0.082 0.236 0.529 271 Q 0.055 0.010 0.039 0.121 0.297 0.477 272 Q 0.028 0.009 0.044 0.122 0.367 0.429 273 A 0.016 0.009 0.048 0.218 0.351 0.358 274 P 0.010 0.005 0.042 0.348 0.302 0.292 275 H 0.007 0.006 0.028 0.475 0.222 0.262 276 T 0.005 0.009 0.025 0.704 0.103 0.153 277 M 0.005 0.004 0.009 0.883 0.025 0.074 278 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 279 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 280 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 281 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 282 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 283 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 284 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 285 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 286 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 287 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 288 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 289 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 290 Q 0.001 0.001 0.004 0.900 0.031 0.063 291 P 0.003 0.001 0.002 0.041 0.142 0.811 292 D 0.017 0.008 0.004 0.011 0.158 0.802 293 L 0.044 0.032 0.008 0.010 0.232 0.673 294 N 0.028 0.010 0.014 0.012 0.217 0.719 295 L 0.038 0.016 0.012 0.012 0.183 0.739 296 Y 0.044 0.028 0.009 0.020 0.203 0.697 297 Q 0.020 0.011 0.004 0.022 0.111 0.833 298 T 0.001 0.001 0.026 0.889 0.050 0.033 299 W 0.001 0.001 0.021 0.934 0.036 0.008 300 L 0.001 0.001 0.014 0.948 0.032 0.005 301 Y 0.001 0.001 0.004 0.971 0.015 0.008 302 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.006 0.006 303 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.006 304 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 305 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 306 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 307 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 308 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 309 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 310 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 311 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 312 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 313 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 314 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 315 Q 0.002 0.001 0.005 0.975 0.011 0.008 316 T 0.002 0.001 0.008 0.959 0.019 0.012 317 A 0.003 0.001 0.009 0.854 0.053 0.081 318 G 0.003 0.001 0.001 0.008 0.126 0.862 319 I 0.084 0.003 0.002 0.004 0.129 0.778 320 R 0.650 0.020 0.002 0.003 0.081 0.244 321 F 0.788 0.012 0.003 0.003 0.051 0.144 322 E 0.764 0.017 0.004 0.002 0.038 0.176 323 A 0.416 0.020 0.003 0.002 0.055 0.505 324 E 0.061 0.005 0.003 0.004 0.092 0.837 325 K 0.003 0.002 0.031 0.079 0.202 0.683