# TARGET T0383 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.014 0.706 0.004 0.028 0.075 0.001 0.001 0.001 0.075 0.064 0.006 0.027 2 N 0.004 0.040 0.560 0.016 0.060 0.084 0.001 0.001 0.003 0.096 0.086 0.023 0.026 3 A 0.012 0.012 0.326 0.011 0.117 0.149 0.001 0.001 0.004 0.154 0.111 0.016 0.085 4 M 0.034 0.012 0.209 0.022 0.093 0.247 0.007 0.002 0.018 0.101 0.100 0.072 0.084 5 N 0.072 0.025 0.266 0.008 0.030 0.123 0.014 0.002 0.023 0.047 0.028 0.161 0.200 6 L 0.040 0.029 0.209 0.024 0.028 0.188 0.008 0.002 0.022 0.033 0.036 0.046 0.336 7 K 0.044 0.030 0.188 0.204 0.011 0.080 0.007 0.001 0.009 0.104 0.057 0.168 0.095 8 R 0.030 0.015 0.224 0.028 0.008 0.092 0.012 0.001 0.008 0.131 0.049 0.075 0.327 9 E 0.010 0.003 0.539 0.010 0.003 0.047 0.004 0.001 0.009 0.113 0.007 0.163 0.091 10 Q 0.011 0.017 0.268 0.021 0.024 0.111 0.016 0.001 0.035 0.033 0.024 0.023 0.418 11 E 0.051 0.010 0.127 0.209 0.019 0.144 0.019 0.004 0.032 0.065 0.027 0.234 0.060 12 F 0.145 0.016 0.086 0.013 0.014 0.079 0.039 0.007 0.070 0.030 0.031 0.149 0.323 13 V 0.108 0.013 0.174 0.049 0.012 0.075 0.047 0.004 0.040 0.051 0.010 0.106 0.311 14 S 0.053 0.005 0.241 0.101 0.027 0.139 0.011 0.003 0.028 0.097 0.026 0.156 0.113 15 Q 0.033 0.009 0.160 0.020 0.092 0.216 0.011 0.002 0.033 0.108 0.099 0.033 0.183 16 Y 0.051 0.019 0.169 0.015 0.061 0.207 0.024 0.004 0.058 0.081 0.159 0.078 0.074 17 H 0.059 0.028 0.240 0.010 0.052 0.175 0.027 0.004 0.033 0.086 0.114 0.070 0.103 18 F 0.031 0.013 0.229 0.008 0.060 0.305 0.007 0.002 0.027 0.136 0.086 0.043 0.053 19 D 0.036 0.014 0.254 0.010 0.069 0.273 0.007 0.002 0.016 0.099 0.106 0.046 0.068 20 A 0.016 0.025 0.184 0.009 0.095 0.263 0.006 0.001 0.009 0.133 0.192 0.012 0.056 21 R 0.015 0.030 0.261 0.006 0.038 0.223 0.005 0.001 0.011 0.207 0.113 0.048 0.040 22 N 0.002 0.018 0.572 0.003 0.027 0.128 0.001 0.001 0.007 0.150 0.037 0.010 0.046 23 F 0.001 0.005 0.190 0.003 0.133 0.369 0.001 0.001 0.003 0.080 0.199 0.004 0.014 24 E 0.002 0.009 0.127 0.006 0.175 0.367 0.001 0.001 0.003 0.083 0.207 0.009 0.011 25 W 0.005 0.012 0.192 0.008 0.202 0.319 0.001 0.001 0.007 0.090 0.116 0.012 0.035 26 E 0.017 0.023 0.261 0.004 0.071 0.340 0.002 0.001 0.010 0.082 0.075 0.044 0.071 27 N 0.035 0.039 0.203 0.017 0.048 0.214 0.004 0.001 0.011 0.094 0.161 0.049 0.123 28 E 0.029 0.026 0.248 0.004 0.038 0.123 0.003 0.001 0.009 0.120 0.191 0.075 0.132 29 N 0.004 0.014 0.257 0.019 0.018 0.054 0.001 0.001 0.004 0.225 0.337 0.024 0.044 30 G 0.001 0.007 0.302 0.018 0.009 0.014 0.001 0.001 0.002 0.389 0.217 0.013 0.028 31 A 0.002 0.010 0.454 0.010 0.008 0.017 0.001 0.001 0.004 0.294 0.045 0.096 0.060 32 P 0.004 0.020 0.625 0.009 0.007 0.010 0.003 0.001 0.019 0.050 0.023 0.035 0.194 33 E 0.037 0.020 0.376 0.031 0.009 0.019 0.011 0.005 0.055 0.048 0.015 0.129 0.246 34 T 0.067 0.017 0.190 0.041 0.005 0.014 0.021 0.009 0.122 0.044 0.010 0.235 0.226 35 K 0.073 0.011 0.158 0.047 0.007 0.012 0.034 0.007 0.118 0.032 0.013 0.083 0.407 36 V 0.060 0.007 0.141 0.104 0.003 0.008 0.034 0.005 0.091 0.034 0.008 0.356 0.149 37 D 0.053 0.010 0.167 0.021 0.003 0.005 0.036 0.005 0.103 0.023 0.009 0.153 0.411 38 V 0.059 0.023 0.224 0.013 0.004 0.007 0.042 0.010 0.118 0.041 0.006 0.183 0.271 39 N 0.021 0.015 0.415 0.019 0.007 0.012 0.019 0.003 0.084 0.056 0.012 0.159 0.179 40 F 0.019 0.014 0.283 0.022 0.065 0.059 0.012 0.002 0.036 0.122 0.132 0.035 0.199 41 Q 0.019 0.018 0.291 0.017 0.059 0.104 0.010 0.001 0.020 0.131 0.157 0.083 0.090 42 L 0.008 0.040 0.391 0.006 0.074 0.113 0.003 0.001 0.013 0.135 0.093 0.019 0.104 43 L 0.007 0.028 0.366 0.003 0.028 0.164 0.001 0.001 0.008 0.229 0.060 0.070 0.036 44 Q 0.002 0.020 0.519 0.002 0.032 0.187 0.001 0.001 0.003 0.104 0.054 0.006 0.070 45 H 0.001 0.004 0.089 0.003 0.103 0.597 0.001 0.001 0.001 0.063 0.128 0.005 0.007 46 D 0.002 0.006 0.073 0.001 0.137 0.554 0.001 0.001 0.001 0.039 0.175 0.005 0.009 47 Q 0.001 0.007 0.069 0.002 0.197 0.559 0.001 0.001 0.001 0.057 0.087 0.003 0.016 48 E 0.002 0.005 0.061 0.001 0.107 0.407 0.001 0.001 0.001 0.048 0.351 0.007 0.009 49 N 0.001 0.004 0.053 0.003 0.029 0.052 0.001 0.001 0.001 0.092 0.754 0.003 0.008 50 Q 0.005 0.006 0.359 0.010 0.016 0.013 0.001 0.001 0.003 0.261 0.278 0.029 0.018 51 V 0.034 0.023 0.365 0.005 0.005 0.003 0.009 0.001 0.046 0.103 0.025 0.074 0.307 52 T 0.149 0.009 0.205 0.019 0.001 0.001 0.014 0.005 0.060 0.046 0.005 0.358 0.127 53 S 0.411 0.002 0.064 0.037 0.001 0.001 0.028 0.006 0.037 0.030 0.002 0.072 0.310 54 L 0.687 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.073 0.019 0.039 0.001 0.001 0.115 0.052 55 I 0.769 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.070 0.020 0.016 0.001 0.001 0.008 0.106 56 V 0.558 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.068 0.015 0.040 0.001 0.001 0.287 0.016 57 I 0.471 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.047 0.003 0.030 0.002 0.001 0.008 0.422 58 L 0.411 0.001 0.037 0.104 0.001 0.001 0.025 0.001 0.010 0.007 0.001 0.372 0.030 59 S 0.343 0.001 0.110 0.011 0.001 0.001 0.022 0.002 0.053 0.032 0.007 0.114 0.305 60 F 0.302 0.009 0.127 0.012 0.003 0.001 0.016 0.002 0.020 0.030 0.006 0.061 0.413 61 M 0.078 0.003 0.072 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.010 0.008 0.001 0.766 0.045 62 I 0.031 0.007 0.052 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.005 0.002 0.003 0.887 63 V 0.023 0.041 0.254 0.104 0.004 0.003 0.003 0.001 0.006 0.057 0.010 0.459 0.034 64 F 0.003 0.005 0.225 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.421 0.153 0.025 0.083 65 D 0.001 0.001 0.115 0.015 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.315 0.495 0.004 0.011 66 K 0.049 0.009 0.180 0.003 0.046 0.018 0.006 0.001 0.004 0.129 0.308 0.149 0.097 67 F 0.387 0.013 0.125 0.001 0.012 0.026 0.041 0.006 0.015 0.027 0.016 0.070 0.261 68 V 0.554 0.016 0.050 0.006 0.003 0.027 0.070 0.010 0.021 0.009 0.008 0.127 0.097 69 I 0.489 0.008 0.085 0.038 0.007 0.071 0.038 0.005 0.019 0.011 0.012 0.062 0.155 70 S 0.388 0.003 0.113 0.062 0.012 0.097 0.016 0.003 0.010 0.043 0.026 0.154 0.072 71 G 0.208 0.009 0.098 0.005 0.033 0.201 0.022 0.003 0.026 0.080 0.068 0.052 0.193 72 T 0.191 0.012 0.089 0.008 0.036 0.285 0.049 0.010 0.061 0.041 0.032 0.056 0.131 73 I 0.150 0.010 0.031 0.006 0.016 0.567 0.042 0.016 0.026 0.009 0.028 0.028 0.069 74 S 0.148 0.004 0.053 0.028 0.011 0.615 0.009 0.002 0.014 0.017 0.040 0.034 0.027 75 Q 0.206 0.004 0.028 0.007 0.007 0.514 0.015 0.003 0.013 0.018 0.020 0.042 0.124 76 V 0.189 0.003 0.012 0.030 0.007 0.665 0.012 0.004 0.004 0.007 0.009 0.007 0.051 77 N 0.141 0.001 0.010 0.002 0.010 0.742 0.012 0.002 0.007 0.005 0.010 0.040 0.018 78 H 0.141 0.002 0.010 0.002 0.007 0.751 0.010 0.002 0.005 0.003 0.022 0.006 0.039 79 I 0.061 0.004 0.015 0.002 0.010 0.785 0.007 0.002 0.004 0.008 0.044 0.022 0.038 80 D 0.015 0.006 0.024 0.011 0.010 0.533 0.003 0.001 0.004 0.025 0.348 0.010 0.008 81 G 0.004 0.001 0.086 0.012 0.017 0.245 0.001 0.001 0.002 0.114 0.505 0.003 0.009 82 R 0.004 0.014 0.446 0.001 0.042 0.151 0.001 0.001 0.005 0.150 0.134 0.029 0.023 83 I 0.005 0.231 0.242 0.001 0.056 0.123 0.004 0.002 0.011 0.075 0.126 0.010 0.116 84 V 0.003 0.031 0.347 0.006 0.040 0.076 0.002 0.001 0.005 0.182 0.257 0.030 0.020 85 N 0.001 0.013 0.247 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.001 0.443 0.247 0.003 0.006 86 E 0.001 0.014 0.653 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.256 0.046 0.001 0.005 87 P 0.001 0.005 0.091 0.001 0.295 0.118 0.001 0.001 0.001 0.071 0.416 0.001 0.003 88 S 0.001 0.004 0.096 0.001 0.280 0.071 0.001 0.001 0.001 0.099 0.443 0.002 0.002 89 E 0.001 0.016 0.259 0.001 0.321 0.094 0.001 0.001 0.001 0.154 0.144 0.001 0.009 90 L 0.001 0.045 0.369 0.001 0.046 0.217 0.001 0.001 0.001 0.227 0.083 0.005 0.007 91 N 0.001 0.009 0.721 0.001 0.011 0.178 0.001 0.001 0.001 0.061 0.015 0.001 0.005 92 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.029 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 95 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.024 0.904 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.001 0.001 98 L 0.001 0.002 0.027 0.001 0.019 0.832 0.001 0.001 0.001 0.029 0.088 0.001 0.002 99 A 0.001 0.003 0.074 0.001 0.014 0.789 0.001 0.001 0.001 0.052 0.066 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.076 0.001 0.024 0.753 0.001 0.001 0.001 0.092 0.052 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.060 0.001 0.032 0.813 0.001 0.001 0.001 0.029 0.063 0.001 0.001 102 C 0.001 0.003 0.018 0.001 0.011 0.926 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.917 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 107 N 0.001 0.001 0.012 0.008 0.011 0.923 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.003 0.001 108 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.905 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.001 0.003 109 L 0.004 0.002 0.022 0.001 0.010 0.845 0.001 0.001 0.002 0.020 0.084 0.002 0.007 110 T 0.014 0.004 0.050 0.001 0.009 0.802 0.006 0.002 0.004 0.017 0.062 0.014 0.015 111 Y 0.029 0.004 0.063 0.003 0.007 0.784 0.008 0.003 0.007 0.022 0.026 0.021 0.023 112 E 0.056 0.018 0.098 0.006 0.012 0.539 0.012 0.003 0.020 0.054 0.039 0.031 0.112 113 V 0.088 0.010 0.083 0.026 0.041 0.504 0.013 0.002 0.007 0.035 0.045 0.039 0.108 114 T 0.150 0.005 0.127 0.036 0.054 0.255 0.011 0.001 0.007 0.081 0.038 0.148 0.088 115 E 0.062 0.009 0.094 0.030 0.110 0.222 0.014 0.001 0.009 0.065 0.060 0.058 0.266 116 I 0.079 0.008 0.097 0.089 0.117 0.160 0.020 0.001 0.008 0.062 0.053 0.067 0.240 117 A 0.125 0.019 0.093 0.011 0.098 0.095 0.029 0.001 0.007 0.045 0.104 0.267 0.104 118 L 0.051 0.032 0.199 0.013 0.042 0.061 0.017 0.001 0.009 0.120 0.138 0.017 0.300 119 D 0.001 0.021 0.619 0.002 0.016 0.011 0.001 0.001 0.002 0.208 0.056 0.032 0.032 120 L 0.001 0.004 0.206 0.004 0.034 0.011 0.001 0.001 0.001 0.464 0.269 0.003 0.005 121 P 0.001 0.001 0.071 0.005 0.057 0.007 0.001 0.001 0.001 0.217 0.641 0.001 0.002 122 G 0.004 0.010 0.260 0.008 0.085 0.019 0.001 0.001 0.007 0.237 0.314 0.016 0.039 123 I 0.037 0.032 0.557 0.001 0.025 0.016 0.008 0.003 0.030 0.081 0.014 0.078 0.119 124 N 0.092 0.062 0.272 0.015 0.017 0.024 0.039 0.006 0.062 0.075 0.020 0.083 0.234 125 L 0.049 0.040 0.393 0.004 0.013 0.037 0.025 0.004 0.067 0.063 0.067 0.112 0.126 126 E 0.007 0.021 0.654 0.002 0.006 0.030 0.008 0.002 0.055 0.026 0.070 0.028 0.091 127 F 0.001 0.002 0.960 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.010 0.002 0.005 0.009