# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0383/T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.057 0.094 0.106 0.118 0.006 0.126 0.015 0.040 0.010 0.006 0.083 0.123 0.158 0.005 0.038 0.015 2 N 0.026 0.164 0.120 0.117 0.002 0.096 0.009 0.010 0.027 0.011 0.073 0.115 0.157 0.004 0.011 0.059 3 A 0.089 0.105 0.239 0.302 0.001 0.017 0.004 0.004 0.008 0.001 0.035 0.044 0.107 0.002 0.007 0.034 4 M 0.018 0.013 0.574 0.280 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.065 0.001 0.002 0.009 5 N 0.013 0.022 0.171 0.508 0.010 0.112 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.008 0.125 0.002 0.001 0.007 6 L 0.004 0.039 0.023 0.349 0.031 0.310 0.012 0.004 0.001 0.001 0.074 0.019 0.125 0.005 0.001 0.003 7 K 0.003 0.256 0.044 0.342 0.021 0.067 0.010 0.024 0.004 0.002 0.046 0.065 0.096 0.004 0.009 0.009 8 R 0.014 0.083 0.077 0.351 0.010 0.087 0.013 0.022 0.017 0.013 0.033 0.046 0.171 0.005 0.012 0.046 9 E 0.035 0.077 0.176 0.108 0.004 0.203 0.008 0.011 0.006 0.008 0.065 0.043 0.225 0.001 0.011 0.020 10 Q 0.028 0.036 0.066 0.069 0.003 0.137 0.006 0.006 0.005 0.004 0.356 0.053 0.210 0.004 0.003 0.013 11 E 0.014 0.148 0.054 0.152 0.001 0.032 0.003 0.004 0.003 0.001 0.068 0.306 0.203 0.001 0.004 0.005 12 F 0.007 0.033 0.064 0.148 0.005 0.094 0.013 0.001 0.006 0.001 0.020 0.076 0.497 0.004 0.002 0.029 13 V 0.004 0.049 0.093 0.106 0.003 0.079 0.022 0.002 0.001 0.001 0.028 0.032 0.570 0.002 0.004 0.004 14 S 0.002 0.129 0.053 0.205 0.002 0.053 0.007 0.007 0.003 0.001 0.027 0.056 0.427 0.003 0.008 0.017 15 Q 0.020 0.022 0.095 0.472 0.007 0.015 0.008 0.006 0.007 0.002 0.037 0.011 0.217 0.021 0.010 0.049 16 Y 0.027 0.021 0.376 0.223 0.007 0.032 0.013 0.006 0.002 0.002 0.009 0.017 0.222 0.005 0.017 0.022 17 H 0.012 0.064 0.119 0.367 0.026 0.104 0.023 0.006 0.004 0.003 0.024 0.010 0.179 0.015 0.004 0.041 18 F 0.029 0.068 0.059 0.444 0.017 0.126 0.011 0.026 0.004 0.002 0.038 0.027 0.122 0.004 0.011 0.011 19 D 0.010 0.134 0.059 0.165 0.014 0.300 0.010 0.015 0.015 0.016 0.046 0.064 0.121 0.004 0.006 0.020 20 A 0.030 0.078 0.055 0.149 0.037 0.092 0.032 0.014 0.008 0.003 0.267 0.056 0.129 0.022 0.008 0.019 21 R 0.014 0.181 0.222 0.160 0.004 0.031 0.012 0.039 0.006 0.002 0.027 0.134 0.093 0.006 0.050 0.017 22 N 0.023 0.039 0.170 0.190 0.007 0.110 0.020 0.008 0.022 0.019 0.023 0.031 0.214 0.006 0.015 0.104 23 F 0.076 0.047 0.153 0.151 0.008 0.114 0.016 0.009 0.004 0.004 0.173 0.033 0.181 0.004 0.006 0.021 24 E 0.017 0.240 0.139 0.247 0.004 0.057 0.006 0.012 0.005 0.002 0.035 0.117 0.097 0.003 0.005 0.014 25 W 0.015 0.042 0.093 0.283 0.013 0.230 0.017 0.005 0.010 0.004 0.035 0.048 0.176 0.006 0.004 0.017 26 E 0.010 0.119 0.165 0.203 0.010 0.096 0.018 0.011 0.003 0.001 0.088 0.041 0.208 0.004 0.012 0.012 27 N 0.011 0.043 0.053 0.109 0.030 0.157 0.012 0.015 0.008 0.007 0.111 0.116 0.294 0.007 0.007 0.021 28 E 0.005 0.007 0.009 0.008 0.124 0.007 0.121 0.003 0.001 0.001 0.028 0.009 0.021 0.649 0.002 0.005 29 N 0.001 0.017 0.019 0.012 0.001 0.002 0.004 0.141 0.002 0.001 0.002 0.007 0.013 0.001 0.774 0.004 30 G 0.005 0.008 0.034 0.022 0.001 0.002 0.003 0.001 0.139 0.056 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.714 31 A 0.911 0.004 0.029 0.032 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 32 P 0.013 0.100 0.384 0.154 0.005 0.253 0.002 0.009 0.002 0.002 0.037 0.014 0.019 0.001 0.001 0.003 33 E 0.008 0.168 0.045 0.610 0.011 0.066 0.003 0.005 0.006 0.001 0.038 0.021 0.012 0.002 0.001 0.004 34 T 0.009 0.089 0.140 0.636 0.002 0.045 0.002 0.011 0.003 0.001 0.015 0.023 0.017 0.001 0.004 0.002 35 K 0.008 0.054 0.293 0.566 0.003 0.019 0.003 0.003 0.006 0.002 0.007 0.004 0.013 0.001 0.001 0.017 36 V 0.019 0.015 0.108 0.833 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 37 D 0.003 0.011 0.116 0.839 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 38 V 0.004 0.010 0.021 0.945 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.021 0.018 0.602 0.027 0.314 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 40 F 0.002 0.032 0.008 0.462 0.018 0.150 0.001 0.031 0.001 0.001 0.274 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.003 0.209 0.015 0.295 0.014 0.101 0.003 0.011 0.017 0.006 0.037 0.255 0.028 0.002 0.002 0.003 42 L 0.024 0.044 0.054 0.258 0.049 0.135 0.034 0.017 0.010 0.005 0.084 0.050 0.189 0.015 0.010 0.022 43 L 0.009 0.116 0.254 0.163 0.014 0.071 0.019 0.051 0.005 0.004 0.059 0.058 0.126 0.006 0.026 0.018 44 Q 0.022 0.056 0.076 0.129 0.031 0.186 0.034 0.029 0.022 0.026 0.053 0.054 0.176 0.031 0.014 0.061 45 H 0.041 0.074 0.100 0.132 0.005 0.064 0.013 0.044 0.010 0.006 0.194 0.048 0.194 0.007 0.042 0.025 46 D 0.017 0.044 0.052 0.049 0.005 0.152 0.009 0.009 0.013 0.012 0.078 0.193 0.317 0.004 0.010 0.035 47 Q 0.041 0.027 0.033 0.016 0.024 0.054 0.035 0.007 0.004 0.002 0.260 0.087 0.339 0.047 0.005 0.021 48 E 0.014 0.063 0.101 0.023 0.015 0.027 0.073 0.042 0.004 0.001 0.064 0.156 0.203 0.083 0.118 0.014 49 N 0.008 0.043 0.136 0.040 0.002 0.019 0.021 0.037 0.018 0.008 0.017 0.031 0.258 0.003 0.215 0.144 50 Q 0.112 0.058 0.135 0.083 0.001 0.015 0.007 0.003 0.042 0.008 0.016 0.011 0.097 0.002 0.004 0.406 51 V 0.292 0.035 0.365 0.121 0.001 0.099 0.006 0.001 0.003 0.001 0.006 0.012 0.047 0.001 0.001 0.008 52 T 0.006 0.387 0.377 0.192 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 53 S 0.002 0.010 0.061 0.919 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.002 0.002 0.298 0.692 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.001 0.002 0.017 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.017 0.004 0.958 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.009 0.001 0.976 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 S 0.001 0.018 0.012 0.961 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.001 0.003 0.010 0.979 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 M 0.001 0.005 0.024 0.953 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.001 0.011 0.005 0.770 0.071 0.136 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.081 0.004 0.312 0.194 0.330 0.002 0.036 0.002 0.004 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 64 F 0.004 0.245 0.006 0.162 0.059 0.180 0.008 0.104 0.026 0.017 0.141 0.032 0.005 0.005 0.004 0.002 65 D 0.018 0.227 0.052 0.132 0.004 0.088 0.007 0.105 0.081 0.033 0.083 0.101 0.016 0.001 0.041 0.011 66 K 0.080 0.187 0.235 0.171 0.001 0.004 0.003 0.003 0.114 0.005 0.012 0.022 0.012 0.001 0.006 0.145 67 F 0.233 0.004 0.492 0.206 0.003 0.018 0.005 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.012 0.001 0.001 0.009 68 V 0.010 0.036 0.544 0.313 0.025 0.045 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 69 I 0.002 0.025 0.008 0.531 0.265 0.111 0.015 0.008 0.001 0.002 0.014 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 70 S 0.004 0.122 0.039 0.430 0.010 0.040 0.002 0.271 0.020 0.004 0.017 0.009 0.009 0.001 0.021 0.003 71 G 0.021 0.025 0.043 0.447 0.006 0.045 0.002 0.011 0.152 0.129 0.053 0.016 0.017 0.001 0.001 0.033 72 T 0.239 0.083 0.125 0.341 0.027 0.069 0.007 0.004 0.004 0.002 0.029 0.046 0.018 0.001 0.001 0.004 73 I 0.007 0.041 0.138 0.482 0.012 0.204 0.005 0.019 0.002 0.001 0.036 0.017 0.027 0.002 0.003 0.002 74 S 0.003 0.415 0.050 0.415 0.001 0.050 0.001 0.005 0.006 0.002 0.006 0.025 0.015 0.001 0.002 0.003 75 Q 0.010 0.029 0.030 0.853 0.001 0.022 0.001 0.002 0.003 0.001 0.026 0.003 0.015 0.001 0.001 0.004 76 V 0.016 0.011 0.451 0.445 0.010 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.021 0.002 0.001 0.002 77 N 0.001 0.021 0.094 0.841 0.005 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 78 H 0.002 0.013 0.018 0.789 0.044 0.100 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 79 I 0.007 0.026 0.017 0.200 0.571 0.083 0.046 0.008 0.001 0.002 0.017 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 80 D 0.001 0.101 0.009 0.097 0.008 0.122 0.001 0.582 0.007 0.005 0.020 0.015 0.005 0.001 0.025 0.001 81 G 0.008 0.072 0.016 0.122 0.005 0.053 0.004 0.014 0.299 0.124 0.152 0.035 0.029 0.002 0.005 0.057 82 R 0.387 0.093 0.074 0.091 0.005 0.030 0.008 0.005 0.009 0.003 0.053 0.163 0.055 0.003 0.009 0.013 83 I 0.034 0.023 0.284 0.047 0.054 0.109 0.120 0.007 0.004 0.005 0.047 0.069 0.065 0.096 0.007 0.029 84 V 0.014 0.188 0.149 0.118 0.015 0.086 0.031 0.075 0.007 0.002 0.057 0.042 0.076 0.005 0.117 0.019 85 N 0.011 0.300 0.130 0.256 0.001 0.007 0.004 0.009 0.050 0.019 0.007 0.020 0.024 0.001 0.005 0.156 86 E 0.135 0.007 0.079 0.073 0.003 0.588 0.006 0.002 0.003 0.009 0.006 0.027 0.055 0.001 0.001 0.005 87 P 0.003 0.014 0.040 0.009 0.002 0.152 0.002 0.003 0.001 0.001 0.721 0.008 0.042 0.001 0.001 0.001 88 S 0.001 0.122 0.003 0.026 0.001 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.035 0.779 0.019 0.001 0.002 0.001 89 E 0.015 0.026 0.086 0.075 0.009 0.043 0.035 0.002 0.018 0.002 0.017 0.074 0.469 0.023 0.010 0.095 90 L 0.008 0.031 0.692 0.044 0.001 0.004 0.017 0.005 0.001 0.001 0.011 0.009 0.141 0.001 0.019 0.015 91 N 0.005 0.006 0.023 0.014 0.001 0.632 0.001 0.007 0.002 0.012 0.008 0.031 0.241 0.001 0.004 0.012 92 Q 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.821 0.006 0.135 0.001 0.001 0.001 93 E 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.886 0.077 0.001 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.967 0.001 0.001 0.002 95 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.975 0.001 0.001 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 102 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.001 0.006 106 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.003 0.001 107 N 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.001 0.004 0.011 108 R 0.018 0.008 0.025 0.043 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.633 0.031 0.016 0.201 109 L 0.023 0.007 0.254 0.026 0.002 0.017 0.049 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.533 0.013 0.019 0.044 110 T 0.017 0.188 0.206 0.182 0.002 0.031 0.013 0.003 0.002 0.001 0.012 0.007 0.258 0.004 0.009 0.065 111 Y 0.041 0.048 0.117 0.586 0.002 0.031 0.005 0.002 0.002 0.002 0.010 0.016 0.103 0.001 0.003 0.029 112 E 0.016 0.069 0.262 0.361 0.006 0.175 0.004 0.002 0.002 0.002 0.014 0.010 0.064 0.001 0.001 0.010 113 V 0.006 0.016 0.023 0.236 0.002 0.440 0.001 0.004 0.001 0.001 0.173 0.014 0.082 0.001 0.001 0.001 114 T 0.001 0.727 0.010 0.047 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.170 0.021 0.001 0.001 0.001 115 E 0.003 0.002 0.023 0.604 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.204 0.005 0.128 0.002 0.001 0.002 116 I 0.001 0.029 0.411 0.139 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.360 0.001 0.002 0.002 117 A 0.002 0.007 0.012 0.713 0.022 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.164 0.020 0.001 0.016 118 L 0.005 0.055 0.037 0.406 0.033 0.178 0.022 0.012 0.001 0.001 0.005 0.009 0.212 0.004 0.014 0.006 119 D 0.005 0.198 0.059 0.362 0.024 0.093 0.011 0.019 0.017 0.019 0.014 0.008 0.076 0.006 0.007 0.082 120 L 0.044 0.025 0.043 0.123 0.322 0.073 0.150 0.009 0.007 0.007 0.046 0.011 0.022 0.101 0.005 0.012 121 P 0.019 0.115 0.151 0.080 0.002 0.023 0.006 0.310 0.004 0.003 0.035 0.015 0.024 0.002 0.201 0.010 122 G 0.016 0.058 0.042 0.173 0.002 0.020 0.005 0.002 0.355 0.055 0.008 0.019 0.016 0.002 0.002 0.226 123 I 0.613 0.032 0.103 0.209 0.001 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.010 0.001 0.001 0.004 124 N 0.009 0.029 0.412 0.298 0.010 0.203 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.004 125 L 0.007 0.040 0.054 0.663 0.043 0.054 0.003 0.008 0.002 0.002 0.103 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 126 E 0.007 0.100 0.038 0.374 0.213 0.115 0.017 0.011 0.009 0.005 0.015 0.069 0.010 0.012 0.002 0.003 127 F 0.009 0.046 0.066 0.231 0.134 0.118 0.031 0.146 0.010 0.010 0.082 0.017 0.048 0.010 0.033 0.009