# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.141 0.008 0.019 0.026 0.041 0.118 0.011 0.003 0.106 0.439 2 N 0.096 0.263 0.003 0.020 0.044 0.100 0.081 0.013 0.001 0.063 0.316 3 A 0.097 0.168 0.009 0.032 0.047 0.086 0.074 0.011 0.003 0.052 0.420 4 M 0.046 0.118 0.005 0.041 0.128 0.158 0.080 0.006 0.002 0.030 0.387 5 N 0.042 0.087 0.006 0.031 0.078 0.149 0.086 0.006 0.003 0.051 0.460 6 L 0.113 0.029 0.012 0.029 0.087 0.089 0.079 0.010 0.005 0.050 0.499 7 K 0.158 0.045 0.004 0.042 0.055 0.086 0.090 0.008 0.003 0.054 0.455 8 R 0.051 0.045 0.003 0.019 0.026 0.042 0.086 0.004 0.001 0.029 0.693 9 E 0.054 0.150 0.004 0.028 0.027 0.034 0.081 0.012 0.001 0.022 0.587 10 Q 0.027 0.036 0.003 0.040 0.116 0.103 0.088 0.006 0.001 0.119 0.462 11 E 0.011 0.150 0.005 0.067 0.083 0.148 0.066 0.004 0.002 0.093 0.371 12 F 0.086 0.119 0.014 0.080 0.108 0.108 0.064 0.011 0.003 0.083 0.322 13 V 0.039 0.111 0.009 0.141 0.111 0.121 0.071 0.009 0.003 0.064 0.320 14 S 0.063 0.079 0.002 0.069 0.072 0.154 0.076 0.007 0.001 0.059 0.419 15 Q 0.027 0.030 0.006 0.108 0.082 0.121 0.077 0.005 0.002 0.050 0.493 16 Y 0.016 0.043 0.003 0.061 0.143 0.228 0.105 0.004 0.002 0.041 0.355 17 H 0.073 0.045 0.008 0.045 0.130 0.164 0.080 0.004 0.004 0.073 0.374 18 F 0.063 0.029 0.006 0.061 0.113 0.129 0.102 0.009 0.003 0.069 0.417 19 D 0.173 0.070 0.004 0.033 0.058 0.113 0.097 0.011 0.003 0.077 0.361 20 A 0.138 0.040 0.008 0.039 0.031 0.052 0.099 0.004 0.003 0.038 0.547 21 R 0.031 0.021 0.002 0.022 0.054 0.095 0.102 0.010 0.001 0.027 0.635 22 N 0.128 0.056 0.002 0.022 0.035 0.055 0.095 0.005 0.001 0.048 0.553 23 F 0.074 0.024 0.003 0.029 0.054 0.076 0.097 0.009 0.001 0.057 0.576 24 E 0.033 0.050 0.002 0.019 0.048 0.096 0.103 0.003 0.001 0.036 0.609 25 W 0.062 0.063 0.007 0.019 0.082 0.119 0.088 0.004 0.003 0.039 0.515 26 E 0.075 0.048 0.013 0.020 0.046 0.064 0.107 0.009 0.007 0.042 0.569 27 N 0.347 0.027 0.002 0.005 0.024 0.032 0.053 0.025 0.001 0.045 0.438 28 E 0.289 0.004 0.001 0.006 0.007 0.014 0.065 0.002 0.001 0.044 0.568 29 N 0.004 0.002 0.001 0.010 0.013 0.034 0.100 0.001 0.001 0.010 0.825 30 G 0.017 0.004 0.001 0.016 0.027 0.038 0.099 0.001 0.001 0.035 0.761 31 A 0.009 0.005 0.001 0.020 0.229 0.122 0.118 0.006 0.001 0.096 0.393 32 P 0.036 0.007 0.001 0.024 0.074 0.127 0.113 0.004 0.001 0.059 0.554 33 E 0.017 0.006 0.002 0.067 0.111 0.194 0.078 0.001 0.001 0.041 0.481 34 T 0.011 0.004 0.001 0.067 0.174 0.324 0.054 0.002 0.001 0.071 0.292 35 K 0.010 0.003 0.001 0.076 0.125 0.184 0.070 0.002 0.001 0.048 0.482 36 V 0.002 0.001 0.001 0.083 0.349 0.280 0.037 0.001 0.001 0.015 0.231 37 D 0.017 0.006 0.001 0.066 0.211 0.229 0.058 0.001 0.001 0.024 0.385 38 V 0.006 0.003 0.001 0.045 0.285 0.176 0.045 0.004 0.001 0.015 0.419 39 N 0.157 0.136 0.003 0.057 0.098 0.122 0.072 0.012 0.003 0.035 0.305 40 F 0.149 0.067 0.006 0.038 0.056 0.086 0.067 0.013 0.003 0.030 0.485 41 Q 0.045 0.121 0.003 0.033 0.076 0.107 0.066 0.006 0.002 0.021 0.521 42 L 0.086 0.185 0.007 0.023 0.059 0.063 0.071 0.004 0.003 0.017 0.480 43 L 0.051 0.313 0.003 0.015 0.054 0.046 0.054 0.012 0.001 0.016 0.434 44 Q 0.103 0.446 0.003 0.005 0.027 0.032 0.042 0.010 0.002 0.026 0.304 45 H 0.080 0.314 0.028 0.008 0.019 0.026 0.051 0.007 0.009 0.063 0.395 46 D 0.146 0.162 0.020 0.005 0.025 0.040 0.064 0.014 0.009 0.088 0.427 47 Q 0.350 0.077 0.005 0.003 0.015 0.016 0.044 0.011 0.003 0.059 0.417 48 E 0.074 0.013 0.003 0.010 0.007 0.014 0.087 0.002 0.001 0.044 0.745 49 N 0.015 0.007 0.002 0.016 0.026 0.054 0.111 0.002 0.001 0.058 0.709 50 Q 0.017 0.005 0.001 0.026 0.042 0.064 0.143 0.002 0.001 0.065 0.633 51 V 0.006 0.007 0.001 0.046 0.086 0.098 0.133 0.001 0.001 0.051 0.571 52 T 0.002 0.006 0.001 0.139 0.151 0.273 0.071 0.001 0.001 0.101 0.255 53 S 0.001 0.002 0.001 0.165 0.145 0.282 0.044 0.001 0.001 0.125 0.236 54 L 0.001 0.002 0.001 0.245 0.283 0.299 0.018 0.001 0.001 0.054 0.098 55 I 0.001 0.001 0.001 0.244 0.265 0.300 0.018 0.001 0.001 0.062 0.106 56 V 0.001 0.001 0.001 0.194 0.359 0.322 0.010 0.001 0.001 0.058 0.055 57 I 0.008 0.002 0.001 0.225 0.217 0.327 0.033 0.001 0.001 0.056 0.129 58 L 0.010 0.002 0.001 0.124 0.274 0.332 0.045 0.002 0.001 0.031 0.180 59 S 0.007 0.002 0.001 0.106 0.230 0.401 0.042 0.001 0.001 0.034 0.176 60 F 0.007 0.002 0.001 0.102 0.182 0.250 0.073 0.001 0.001 0.037 0.345 61 M 0.007 0.002 0.002 0.103 0.251 0.301 0.073 0.001 0.001 0.046 0.212 62 I 0.053 0.002 0.008 0.084 0.089 0.145 0.097 0.003 0.006 0.070 0.443 63 V 0.296 0.005 0.003 0.031 0.043 0.068 0.079 0.011 0.003 0.083 0.378 64 F 0.092 0.003 0.001 0.013 0.006 0.013 0.094 0.002 0.001 0.041 0.733 65 D 0.008 0.003 0.001 0.024 0.028 0.062 0.148 0.004 0.001 0.038 0.685 66 K 0.009 0.003 0.001 0.049 0.082 0.133 0.130 0.002 0.001 0.074 0.518 67 F 0.005 0.005 0.001 0.090 0.199 0.205 0.079 0.001 0.001 0.061 0.354 68 V 0.010 0.008 0.001 0.095 0.159 0.182 0.068 0.001 0.001 0.124 0.352 69 I 0.011 0.030 0.002 0.083 0.141 0.218 0.071 0.004 0.001 0.082 0.358 70 S 0.057 0.036 0.003 0.076 0.070 0.128 0.066 0.004 0.002 0.275 0.284 71 G 0.022 0.033 0.009 0.071 0.110 0.187 0.084 0.005 0.005 0.181 0.293 72 T 0.111 0.084 0.003 0.037 0.102 0.172 0.087 0.007 0.002 0.077 0.318 73 I 0.056 0.057 0.007 0.075 0.130 0.190 0.077 0.008 0.003 0.126 0.272 74 S 0.020 0.090 0.002 0.042 0.105 0.209 0.099 0.007 0.001 0.071 0.355 75 Q 0.034 0.055 0.004 0.050 0.155 0.284 0.062 0.009 0.001 0.084 0.263 76 V 0.016 0.030 0.004 0.060 0.186 0.267 0.062 0.001 0.001 0.051 0.322 77 N 0.012 0.019 0.010 0.070 0.201 0.318 0.073 0.002 0.005 0.089 0.200 78 H 0.103 0.032 0.022 0.068 0.118 0.168 0.069 0.011 0.014 0.071 0.325 79 I 0.633 0.020 0.002 0.010 0.029 0.036 0.036 0.010 0.002 0.029 0.192 80 D 0.043 0.021 0.001 0.024 0.022 0.051 0.095 0.007 0.001 0.025 0.710 81 G 0.020 0.011 0.004 0.026 0.012 0.042 0.088 0.003 0.001 0.023 0.770 82 R 0.023 0.015 0.001 0.060 0.263 0.257 0.075 0.009 0.001 0.060 0.237 83 I 0.022 0.003 0.001 0.055 0.053 0.076 0.089 0.001 0.001 0.047 0.654 84 V 0.006 0.003 0.001 0.128 0.141 0.112 0.093 0.001 0.001 0.033 0.484 85 N 0.008 0.005 0.001 0.053 0.035 0.063 0.152 0.001 0.001 0.025 0.654 86 E 0.216 0.051 0.003 0.024 0.027 0.029 0.116 0.040 0.003 0.096 0.393 87 P 0.331 0.082 0.003 0.013 0.004 0.005 0.080 0.012 0.002 0.085 0.383 88 S 0.091 0.051 0.001 0.017 0.016 0.038 0.122 0.008 0.001 0.056 0.600 89 E 0.074 0.040 0.002 0.026 0.019 0.043 0.114 0.002 0.001 0.045 0.635 90 L 0.009 0.090 0.002 0.042 0.066 0.043 0.109 0.003 0.001 0.031 0.604 91 N 0.035 0.820 0.001 0.003 0.007 0.008 0.018 0.010 0.001 0.003 0.095 92 Q 0.098 0.762 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 0.016 0.001 0.014 0.090 93 E 0.032 0.238 0.008 0.006 0.004 0.007 0.034 0.004 0.003 0.480 0.185 94 E 0.044 0.569 0.014 0.003 0.004 0.007 0.034 0.009 0.004 0.212 0.101 95 V 0.249 0.297 0.047 0.008 0.007 0.009 0.035 0.053 0.017 0.100 0.178 96 E 0.239 0.257 0.005 0.011 0.005 0.010 0.053 0.011 0.003 0.045 0.359 97 T 0.056 0.045 0.001 0.008 0.004 0.011 0.089 0.001 0.001 0.089 0.696 98 L 0.007 0.141 0.006 0.011 0.003 0.007 0.099 0.006 0.001 0.115 0.604 99 A 0.035 0.759 0.002 0.002 0.001 0.002 0.023 0.005 0.001 0.035 0.136 100 R 0.028 0.788 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.065 0.093 101 P 0.006 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.028 102 C 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 103 L 0.013 0.704 0.002 0.004 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.233 0.030 104 N 0.017 0.672 0.010 0.007 0.002 0.005 0.018 0.003 0.002 0.205 0.060 105 M 0.039 0.773 0.007 0.005 0.002 0.002 0.018 0.007 0.001 0.064 0.081 106 L 0.058 0.198 0.041 0.029 0.007 0.015 0.066 0.008 0.015 0.424 0.139 107 N 0.040 0.343 0.002 0.022 0.014 0.033 0.099 0.004 0.001 0.099 0.342 108 R 0.015 0.055 0.009 0.024 0.014 0.032 0.117 0.003 0.003 0.171 0.558 109 L 0.022 0.105 0.006 0.069 0.079 0.087 0.142 0.005 0.001 0.117 0.367 110 T 0.012 0.017 0.001 0.059 0.033 0.100 0.057 0.001 0.001 0.490 0.230 111 Y 0.008 0.061 0.004 0.083 0.128 0.091 0.057 0.002 0.001 0.112 0.452 112 E 0.047 0.085 0.006 0.205 0.136 0.158 0.063 0.009 0.002 0.101 0.190 113 V 0.031 0.073 0.005 0.126 0.125 0.157 0.059 0.010 0.002 0.082 0.331 114 T 0.046 0.055 0.003 0.166 0.118 0.141 0.066 0.007 0.002 0.095 0.302 115 E 0.048 0.049 0.004 0.169 0.083 0.144 0.090 0.010 0.002 0.086 0.313 116 I 0.020 0.015 0.003 0.247 0.082 0.135 0.094 0.003 0.002 0.056 0.343 117 A 0.051 0.007 0.004 0.145 0.118 0.145 0.099 0.001 0.002 0.085 0.342 118 L 0.006 0.002 0.003 0.111 0.049 0.104 0.133 0.001 0.002 0.041 0.549 119 D 0.281 0.026 0.005 0.052 0.030 0.049 0.111 0.012 0.005 0.078 0.352 120 L 0.271 0.017 0.006 0.029 0.007 0.010 0.122 0.008 0.002 0.106 0.422 121 P 0.020 0.007 0.001 0.028 0.017 0.036 0.143 0.005 0.001 0.043 0.699 122 G 0.029 0.006 0.001 0.078 0.039 0.086 0.131 0.003 0.001 0.078 0.548 123 I 0.017 0.003 0.001 0.155 0.103 0.098 0.107 0.004 0.001 0.084 0.428 124 N 0.050 0.005 0.002 0.177 0.057 0.104 0.106 0.002 0.001 0.077 0.418 125 L 0.031 0.002 0.001 0.117 0.084 0.114 0.101 0.003 0.001 0.064 0.482 126 E 0.021 0.005 0.001 0.099 0.028 0.058 0.151 0.001 0.001 0.038 0.596 127 F 0.030 0.004 0.002 0.062 0.042 0.073 0.175 0.008 0.001 0.043 0.560