# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.061 0.016 0.010 0.024 0.019 0.034 0.056 0.002 0.001 0.006 0.772 2 N 0.053 0.013 0.004 0.034 0.040 0.043 0.185 0.002 0.001 0.007 0.619 3 A 0.227 0.028 0.009 0.042 0.032 0.056 0.135 0.002 0.001 0.018 0.452 4 M 0.057 0.068 0.007 0.124 0.115 0.144 0.151 0.001 0.001 0.006 0.326 5 N 0.028 0.052 0.002 0.067 0.076 0.121 0.180 0.001 0.001 0.005 0.467 6 L 0.095 0.131 0.006 0.106 0.110 0.200 0.077 0.002 0.001 0.007 0.266 7 K 0.030 0.155 0.003 0.106 0.123 0.232 0.099 0.003 0.001 0.004 0.245 8 R 0.036 0.090 0.004 0.040 0.074 0.144 0.069 0.004 0.001 0.005 0.533 9 E 0.076 0.175 0.010 0.040 0.056 0.132 0.062 0.005 0.001 0.006 0.437 10 Q 0.072 0.173 0.008 0.030 0.034 0.093 0.049 0.008 0.001 0.007 0.526 11 E 0.080 0.184 0.008 0.027 0.046 0.063 0.065 0.007 0.001 0.005 0.515 12 F 0.127 0.298 0.007 0.031 0.064 0.062 0.048 0.007 0.001 0.003 0.353 13 V 0.037 0.490 0.005 0.048 0.063 0.142 0.035 0.003 0.001 0.002 0.175 14 S 0.023 0.468 0.003 0.052 0.092 0.153 0.032 0.006 0.001 0.002 0.169 15 Q 0.124 0.461 0.005 0.019 0.034 0.085 0.049 0.013 0.001 0.005 0.204 16 Y 0.190 0.365 0.016 0.041 0.083 0.100 0.045 0.039 0.001 0.005 0.117 17 H 0.148 0.175 0.050 0.044 0.065 0.080 0.065 0.022 0.001 0.010 0.342 18 F 0.023 0.065 0.085 0.088 0.113 0.174 0.066 0.006 0.001 0.005 0.374 19 D 0.036 0.030 0.004 0.076 0.115 0.134 0.141 0.008 0.001 0.004 0.452 20 A 0.087 0.024 0.015 0.054 0.032 0.048 0.046 0.002 0.001 0.007 0.684 21 R 0.036 0.029 0.005 0.078 0.064 0.133 0.282 0.003 0.001 0.012 0.358 22 N 0.194 0.022 0.009 0.041 0.036 0.062 0.164 0.003 0.001 0.025 0.443 23 F 0.096 0.050 0.009 0.060 0.046 0.072 0.070 0.003 0.001 0.008 0.588 24 E 0.047 0.023 0.005 0.045 0.069 0.107 0.150 0.003 0.001 0.010 0.541 25 W 0.119 0.032 0.009 0.033 0.077 0.103 0.083 0.002 0.001 0.007 0.532 26 E 0.035 0.040 0.003 0.036 0.100 0.172 0.066 0.002 0.001 0.003 0.543 27 N 0.045 0.043 0.002 0.035 0.101 0.149 0.089 0.002 0.001 0.005 0.529 28 E 0.109 0.061 0.002 0.022 0.052 0.085 0.127 0.004 0.001 0.009 0.528 29 N 0.122 0.049 0.004 0.015 0.024 0.037 0.156 0.007 0.001 0.010 0.576 30 G 0.342 0.027 0.011 0.019 0.021 0.024 0.118 0.010 0.001 0.026 0.401 31 A 0.231 0.020 0.051 0.022 0.036 0.039 0.207 0.002 0.001 0.015 0.377 32 P 0.002 0.001 0.003 0.005 0.006 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.959 33 E 0.015 0.003 0.001 0.062 0.103 0.260 0.151 0.001 0.001 0.006 0.398 34 T 0.116 0.012 0.002 0.085 0.121 0.175 0.107 0.001 0.001 0.012 0.369 35 K 0.046 0.024 0.003 0.129 0.151 0.218 0.051 0.001 0.001 0.005 0.372 36 V 0.017 0.010 0.003 0.227 0.202 0.319 0.057 0.001 0.001 0.004 0.161 37 D 0.025 0.013 0.002 0.266 0.129 0.205 0.075 0.002 0.001 0.005 0.280 38 V 0.017 0.017 0.006 0.292 0.177 0.263 0.054 0.002 0.001 0.005 0.168 39 N 0.017 0.018 0.003 0.186 0.142 0.232 0.161 0.002 0.001 0.006 0.235 40 F 0.023 0.014 0.004 0.106 0.071 0.106 0.078 0.001 0.001 0.008 0.588 41 Q 0.031 0.021 0.003 0.081 0.077 0.132 0.267 0.001 0.001 0.012 0.374 42 L 0.072 0.026 0.005 0.029 0.029 0.055 0.181 0.002 0.001 0.016 0.584 43 L 0.087 0.099 0.007 0.055 0.041 0.087 0.156 0.004 0.001 0.012 0.452 44 Q 0.137 0.062 0.007 0.015 0.023 0.038 0.153 0.005 0.001 0.011 0.550 45 H 0.128 0.077 0.011 0.011 0.012 0.023 0.071 0.003 0.001 0.004 0.660 46 D 0.045 0.061 0.003 0.011 0.024 0.033 0.095 0.004 0.001 0.003 0.721 47 Q 0.073 0.094 0.003 0.003 0.010 0.010 0.095 0.002 0.001 0.004 0.706 48 E 0.118 0.269 0.002 0.005 0.015 0.024 0.169 0.009 0.001 0.012 0.378 49 N 0.220 0.275 0.004 0.006 0.018 0.019 0.151 0.021 0.001 0.020 0.267 50 Q 0.382 0.227 0.012 0.006 0.015 0.013 0.085 0.017 0.001 0.017 0.227 51 V 0.198 0.206 0.102 0.020 0.031 0.044 0.043 0.011 0.001 0.012 0.334 52 T 0.050 0.057 0.022 0.124 0.190 0.139 0.058 0.010 0.001 0.004 0.345 53 S 0.031 0.018 0.017 0.146 0.169 0.242 0.064 0.003 0.001 0.005 0.304 54 L 0.007 0.007 0.003 0.344 0.254 0.331 0.017 0.001 0.001 0.001 0.036 55 I 0.004 0.007 0.002 0.419 0.175 0.283 0.022 0.001 0.001 0.001 0.086 56 V 0.001 0.002 0.001 0.361 0.293 0.307 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 57 I 0.001 0.003 0.001 0.364 0.153 0.329 0.020 0.001 0.001 0.001 0.127 58 L 0.002 0.002 0.001 0.292 0.228 0.396 0.018 0.001 0.001 0.001 0.061 59 S 0.004 0.003 0.001 0.174 0.173 0.355 0.042 0.001 0.001 0.004 0.243 60 F 0.010 0.005 0.002 0.102 0.217 0.332 0.050 0.001 0.001 0.006 0.275 61 M 0.031 0.009 0.003 0.086 0.229 0.304 0.052 0.002 0.001 0.006 0.277 62 I 0.020 0.010 0.003 0.052 0.203 0.258 0.055 0.001 0.001 0.004 0.392 63 V 0.015 0.009 0.002 0.043 0.196 0.321 0.056 0.001 0.001 0.004 0.352 64 F 0.019 0.011 0.002 0.033 0.130 0.267 0.073 0.001 0.001 0.005 0.459 65 D 0.033 0.012 0.001 0.024 0.092 0.137 0.110 0.002 0.001 0.008 0.581 66 K 0.128 0.011 0.004 0.020 0.040 0.068 0.120 0.002 0.001 0.020 0.587 67 F 0.243 0.016 0.013 0.044 0.102 0.092 0.135 0.003 0.001 0.018 0.334 68 V 0.052 0.016 0.016 0.080 0.167 0.190 0.148 0.001 0.001 0.007 0.322 69 I 0.006 0.009 0.004 0.065 0.182 0.305 0.065 0.001 0.001 0.002 0.363 70 S 0.008 0.010 0.001 0.090 0.164 0.386 0.068 0.001 0.001 0.002 0.271 71 G 0.028 0.011 0.002 0.043 0.110 0.158 0.071 0.001 0.001 0.006 0.569 72 T 0.032 0.021 0.004 0.055 0.115 0.175 0.182 0.001 0.001 0.011 0.405 73 I 0.022 0.032 0.003 0.092 0.119 0.269 0.137 0.001 0.001 0.009 0.315 74 S 0.030 0.085 0.002 0.098 0.163 0.263 0.081 0.002 0.001 0.010 0.266 75 Q 0.041 0.123 0.003 0.059 0.171 0.232 0.102 0.003 0.001 0.011 0.254 76 V 0.089 0.220 0.013 0.040 0.099 0.201 0.065 0.005 0.001 0.008 0.260 77 N 0.028 0.170 0.006 0.124 0.243 0.309 0.036 0.006 0.001 0.003 0.077 78 H 0.020 0.198 0.008 0.082 0.125 0.192 0.050 0.007 0.001 0.004 0.314 79 I 0.046 0.162 0.017 0.080 0.197 0.280 0.055 0.005 0.001 0.003 0.155 80 D 0.011 0.074 0.005 0.052 0.061 0.132 0.060 0.003 0.001 0.002 0.600 81 G 0.033 0.035 0.002 0.034 0.060 0.089 0.124 0.008 0.001 0.014 0.601 82 R 0.397 0.077 0.048 0.015 0.018 0.026 0.143 0.003 0.001 0.027 0.246 83 I 0.115 0.167 0.009 0.046 0.048 0.053 0.104 0.013 0.001 0.006 0.438 84 V 0.113 0.099 0.011 0.080 0.049 0.094 0.064 0.010 0.001 0.009 0.469 85 N 0.134 0.076 0.014 0.042 0.040 0.076 0.079 0.012 0.001 0.006 0.521 86 E 0.139 0.028 0.013 0.018 0.020 0.030 0.062 0.006 0.001 0.003 0.681 87 P 0.004 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.973 88 S 0.012 0.003 0.001 0.015 0.014 0.026 0.312 0.001 0.001 0.004 0.612 89 E 0.381 0.023 0.001 0.012 0.005 0.009 0.163 0.002 0.001 0.012 0.392 90 L 0.303 0.211 0.005 0.045 0.015 0.022 0.088 0.003 0.001 0.007 0.299 91 N 0.184 0.138 0.006 0.012 0.007 0.016 0.203 0.002 0.001 0.008 0.424 92 Q 0.080 0.178 0.004 0.014 0.005 0.013 0.074 0.004 0.001 0.004 0.624 93 E 0.032 0.210 0.002 0.003 0.004 0.003 0.055 0.002 0.001 0.001 0.687 94 E 0.051 0.285 0.002 0.006 0.012 0.017 0.380 0.009 0.001 0.007 0.232 95 V 0.063 0.675 0.003 0.009 0.010 0.020 0.029 0.008 0.001 0.002 0.181 96 E 0.034 0.896 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.052 97 T 0.045 0.838 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.104 98 L 0.132 0.788 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.061 99 A 0.271 0.581 0.033 0.002 0.001 0.004 0.009 0.019 0.001 0.002 0.078 100 R 0.101 0.519 0.084 0.012 0.002 0.031 0.016 0.012 0.001 0.001 0.223 101 P 0.004 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.963 102 C 0.118 0.484 0.002 0.011 0.004 0.007 0.028 0.004 0.001 0.001 0.340 103 L 0.040 0.714 0.002 0.006 0.007 0.016 0.026 0.005 0.001 0.001 0.182 104 N 0.023 0.880 0.001 0.004 0.003 0.005 0.015 0.002 0.001 0.001 0.067 105 M 0.052 0.887 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 106 L 0.024 0.918 0.001 0.003 0.009 0.012 0.005 0.006 0.001 0.001 0.021 107 N 0.040 0.870 0.005 0.007 0.009 0.016 0.004 0.017 0.001 0.001 0.031 108 R 0.096 0.641 0.024 0.010 0.011 0.027 0.007 0.057 0.001 0.001 0.125 109 L 0.214 0.409 0.033 0.037 0.078 0.036 0.013 0.057 0.001 0.001 0.123 110 T 0.142 0.181 0.095 0.079 0.060 0.090 0.079 0.015 0.001 0.007 0.252 111 Y 0.012 0.071 0.110 0.179 0.192 0.221 0.051 0.003 0.001 0.002 0.159 112 E 0.008 0.047 0.003 0.291 0.180 0.269 0.069 0.001 0.001 0.002 0.132 113 V 0.009 0.041 0.003 0.187 0.147 0.349 0.072 0.001 0.001 0.005 0.185 114 T 0.008 0.045 0.003 0.361 0.193 0.320 0.023 0.001 0.001 0.003 0.044 115 E 0.009 0.041 0.002 0.222 0.188 0.278 0.046 0.002 0.001 0.003 0.208 116 I 0.014 0.036 0.002 0.231 0.248 0.284 0.033 0.002 0.001 0.003 0.146 117 A 0.038 0.052 0.007 0.190 0.197 0.281 0.046 0.004 0.001 0.004 0.181 118 L 0.014 0.059 0.003 0.196 0.181 0.348 0.056 0.006 0.001 0.003 0.133 119 D 0.079 0.044 0.008 0.113 0.117 0.210 0.083 0.016 0.001 0.010 0.320 120 L 0.074 0.018 0.025 0.045 0.071 0.094 0.138 0.004 0.001 0.007 0.523 121 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.971 122 G 0.054 0.001 0.004 0.038 0.030 0.036 0.235 0.001 0.001 0.020 0.581 123 I 0.477 0.005 0.014 0.054 0.023 0.028 0.078 0.001 0.001 0.024 0.296 124 N 0.019 0.010 0.003 0.140 0.083 0.113 0.111 0.001 0.001 0.002 0.517 125 L 0.012 0.005 0.001 0.251 0.101 0.164 0.053 0.001 0.001 0.002 0.410 126 E 0.021 0.012 0.001 0.149 0.064 0.131 0.104 0.001 0.001 0.004 0.513 127 F 0.056 0.025 0.004 0.122 0.110 0.178 0.103 0.002 0.001 0.011 0.389