# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.26074 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.020 0.027 0.022 0.039 0.103 0.007 0.748 2 N 0.054 0.041 0.023 0.031 0.046 0.159 0.012 0.634 3 A 0.185 0.051 0.022 0.023 0.074 0.220 0.010 0.415 4 M 0.159 0.176 0.035 0.102 0.117 0.159 0.016 0.238 5 N 0.220 0.170 0.034 0.117 0.120 0.124 0.022 0.192 6 L 0.118 0.170 0.038 0.088 0.137 0.042 0.009 0.398 7 K 0.069 0.149 0.031 0.152 0.287 0.077 0.010 0.226 8 R 0.044 0.185 0.032 0.133 0.154 0.064 0.017 0.370 9 E 0.056 0.183 0.040 0.068 0.146 0.073 0.023 0.411 10 Q 0.035 0.060 0.020 0.027 0.036 0.058 0.010 0.755 11 E 0.074 0.110 0.030 0.055 0.055 0.135 0.018 0.522 12 F 0.092 0.182 0.080 0.068 0.109 0.115 0.018 0.336 13 V 0.052 0.278 0.098 0.124 0.174 0.049 0.011 0.214 14 S 0.022 0.285 0.078 0.107 0.145 0.056 0.014 0.292 15 Q 0.090 0.165 0.068 0.075 0.115 0.056 0.031 0.399 16 Y 0.112 0.142 0.100 0.110 0.101 0.072 0.031 0.333 17 H 0.081 0.041 0.077 0.110 0.134 0.092 0.026 0.439 18 F 0.036 0.042 0.122 0.117 0.152 0.057 0.007 0.468 19 D 0.032 0.052 0.051 0.138 0.219 0.124 0.010 0.373 20 A 0.080 0.039 0.060 0.057 0.161 0.084 0.008 0.511 21 R 0.071 0.101 0.047 0.126 0.147 0.190 0.016 0.302 22 N 0.116 0.058 0.030 0.056 0.080 0.124 0.026 0.508 23 F 0.102 0.092 0.033 0.059 0.082 0.059 0.012 0.560 24 E 0.046 0.045 0.021 0.038 0.077 0.256 0.011 0.505 25 W 0.078 0.065 0.020 0.046 0.074 0.102 0.010 0.605 26 E 0.108 0.163 0.023 0.057 0.104 0.113 0.010 0.421 27 N 0.046 0.155 0.024 0.058 0.085 0.081 0.014 0.537 28 E 0.093 0.257 0.030 0.049 0.065 0.077 0.018 0.411 29 N 0.088 0.210 0.021 0.054 0.057 0.119 0.055 0.396 30 G 0.494 0.043 0.013 0.020 0.021 0.022 0.181 0.205 31 A 0.365 0.011 0.069 0.034 0.045 0.171 0.011 0.293 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 E 0.007 0.002 0.018 0.052 0.182 0.086 0.002 0.651 34 T 0.231 0.006 0.070 0.127 0.155 0.097 0.011 0.303 35 K 0.091 0.009 0.048 0.138 0.169 0.050 0.004 0.492 36 V 0.036 0.007 0.124 0.248 0.313 0.038 0.003 0.232 37 D 0.011 0.005 0.052 0.111 0.148 0.054 0.002 0.616 38 V 0.028 0.011 0.077 0.165 0.348 0.058 0.005 0.309 39 N 0.026 0.019 0.070 0.152 0.270 0.136 0.005 0.322 40 F 0.036 0.021 0.044 0.087 0.159 0.066 0.006 0.581 41 Q 0.055 0.065 0.057 0.108 0.175 0.157 0.009 0.374 42 L 0.077 0.072 0.030 0.050 0.110 0.130 0.011 0.520 43 L 0.120 0.215 0.041 0.070 0.114 0.116 0.015 0.310 44 Q 0.118 0.147 0.022 0.039 0.061 0.139 0.022 0.452 45 H 0.116 0.136 0.024 0.023 0.052 0.055 0.011 0.583 46 D 0.048 0.197 0.009 0.017 0.044 0.097 0.010 0.579 47 Q 0.112 0.227 0.010 0.012 0.031 0.109 0.021 0.478 48 E 0.111 0.406 0.008 0.009 0.015 0.151 0.025 0.276 49 N 0.279 0.310 0.009 0.015 0.012 0.048 0.061 0.266 50 Q 0.429 0.138 0.023 0.019 0.014 0.051 0.060 0.266 51 V 0.195 0.070 0.110 0.054 0.088 0.133 0.028 0.323 52 T 0.044 0.040 0.112 0.242 0.249 0.085 0.013 0.215 53 S 0.024 0.013 0.126 0.167 0.247 0.069 0.007 0.347 54 L 0.012 0.007 0.334 0.270 0.273 0.028 0.004 0.074 55 I 0.005 0.004 0.361 0.307 0.254 0.014 0.002 0.052 56 V 0.002 0.002 0.325 0.297 0.287 0.011 0.002 0.074 57 I 0.002 0.001 0.313 0.205 0.341 0.025 0.002 0.112 58 L 0.003 0.002 0.206 0.262 0.423 0.030 0.001 0.072 59 S 0.006 0.002 0.168 0.220 0.412 0.054 0.004 0.134 60 F 0.021 0.001 0.118 0.132 0.266 0.068 0.006 0.387 61 M 0.020 0.002 0.205 0.356 0.277 0.029 0.004 0.108 62 I 0.005 0.002 0.058 0.166 0.194 0.031 0.003 0.541 63 V 0.007 0.004 0.148 0.204 0.449 0.029 0.004 0.156 64 F 0.012 0.007 0.092 0.123 0.251 0.097 0.005 0.413 65 D 0.026 0.010 0.061 0.090 0.141 0.146 0.014 0.512 66 K 0.146 0.009 0.062 0.054 0.074 0.158 0.019 0.479 67 F 0.240 0.012 0.097 0.102 0.095 0.117 0.022 0.316 68 V 0.024 0.008 0.264 0.167 0.148 0.064 0.009 0.317 69 I 0.006 0.014 0.136 0.182 0.239 0.053 0.003 0.367 70 S 0.005 0.019 0.141 0.126 0.257 0.050 0.004 0.399 71 G 0.024 0.024 0.120 0.113 0.155 0.121 0.014 0.427 72 T 0.077 0.017 0.069 0.048 0.062 0.218 0.011 0.498 73 I 0.045 0.043 0.104 0.115 0.172 0.168 0.011 0.343 74 S 0.046 0.096 0.044 0.133 0.218 0.175 0.008 0.280 75 Q 0.033 0.129 0.069 0.210 0.234 0.096 0.012 0.217 76 V 0.059 0.158 0.031 0.164 0.320 0.070 0.008 0.189 77 N 0.042 0.127 0.056 0.331 0.321 0.028 0.011 0.084 78 H 0.028 0.155 0.036 0.259 0.300 0.032 0.012 0.177 79 I 0.024 0.178 0.084 0.203 0.341 0.029 0.014 0.126 80 D 0.017 0.103 0.044 0.113 0.174 0.072 0.022 0.454 81 G 0.117 0.080 0.034 0.065 0.067 0.049 0.103 0.485 82 R 0.718 0.008 0.045 0.021 0.025 0.091 0.021 0.072 83 I 0.029 0.011 0.033 0.044 0.037 0.070 0.006 0.768 84 V 0.036 0.019 0.106 0.151 0.306 0.051 0.009 0.322 85 N 0.033 0.013 0.066 0.071 0.119 0.111 0.015 0.572 86 E 0.087 0.010 0.037 0.042 0.083 0.125 0.006 0.610 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 S 0.007 0.003 0.007 0.012 0.038 0.250 0.003 0.679 89 E 0.230 0.012 0.006 0.004 0.008 0.165 0.009 0.566 90 L 0.438 0.108 0.011 0.008 0.023 0.092 0.004 0.316 91 N 0.150 0.108 0.010 0.008 0.017 0.351 0.009 0.348 92 Q 0.124 0.213 0.013 0.005 0.013 0.037 0.007 0.589 93 E 0.041 0.244 0.006 0.004 0.008 0.130 0.007 0.559 94 E 0.066 0.441 0.004 0.004 0.008 0.148 0.011 0.317 95 V 0.022 0.887 0.005 0.003 0.006 0.007 0.003 0.069 96 E 0.009 0.899 0.004 0.004 0.007 0.010 0.003 0.064 97 T 0.028 0.817 0.006 0.005 0.005 0.008 0.010 0.120 98 L 0.077 0.844 0.006 0.004 0.005 0.006 0.012 0.046 99 A 0.043 0.811 0.019 0.007 0.009 0.017 0.021 0.074 100 R 0.090 0.534 0.017 0.011 0.010 0.026 0.015 0.296 101 P 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.962 102 C 0.047 0.481 0.016 0.016 0.024 0.085 0.012 0.319 103 L 0.017 0.798 0.025 0.007 0.011 0.014 0.004 0.124 104 N 0.010 0.844 0.006 0.011 0.014 0.021 0.004 0.090 105 M 0.031 0.855 0.007 0.005 0.007 0.010 0.005 0.080 106 L 0.029 0.895 0.007 0.007 0.009 0.007 0.008 0.038 107 N 0.034 0.855 0.016 0.014 0.012 0.009 0.015 0.046 108 R 0.057 0.676 0.027 0.020 0.018 0.012 0.039 0.150 109 L 0.140 0.464 0.089 0.059 0.053 0.026 0.040 0.129 110 T 0.024 0.161 0.062 0.063 0.052 0.040 0.018 0.580 111 Y 0.023 0.115 0.207 0.159 0.135 0.045 0.019 0.297 112 E 0.039 0.037 0.097 0.077 0.082 0.134 0.010 0.523 113 V 0.024 0.048 0.101 0.099 0.120 0.085 0.007 0.516 114 T 0.026 0.091 0.141 0.202 0.261 0.072 0.006 0.201 115 E 0.026 0.041 0.090 0.138 0.226 0.071 0.008 0.402 116 I 0.033 0.113 0.065 0.156 0.239 0.070 0.006 0.318 117 A 0.063 0.122 0.083 0.193 0.285 0.094 0.019 0.143 118 L 0.104 0.165 0.055 0.131 0.153 0.044 0.026 0.321 119 D 0.079 0.123 0.098 0.080 0.161 0.061 0.061 0.338 120 L 0.089 0.055 0.088 0.072 0.084 0.115 0.026 0.473 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 122 G 0.122 0.007 0.081 0.061 0.110 0.174 0.040 0.406 123 I 0.213 0.020 0.344 0.098 0.055 0.045 0.011 0.214 124 N 0.007 0.006 0.158 0.078 0.110 0.034 0.004 0.604 125 L 0.033 0.006 0.194 0.130 0.278 0.057 0.003 0.299 126 E 0.032 0.006 0.210 0.104 0.179 0.167 0.007 0.295 127 F 0.045 0.009 0.107 0.087 0.136 0.112 0.008 0.497