# TARGET T0383 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.129 0.155 0.072 0.034 0.192 0.037 0.058 0.081 0.075 0.106 0.060 2 N 0.127 0.215 0.125 0.037 0.266 0.018 0.018 0.049 0.037 0.064 0.044 3 A 0.230 0.104 0.037 0.014 0.255 0.016 0.029 0.086 0.063 0.077 0.089 4 M 0.179 0.201 0.042 0.011 0.380 0.008 0.006 0.035 0.029 0.054 0.056 5 N 0.191 0.179 0.040 0.009 0.436 0.007 0.009 0.044 0.022 0.024 0.038 6 L 0.291 0.114 0.015 0.004 0.466 0.004 0.005 0.033 0.019 0.015 0.035 7 K 0.133 0.182 0.042 0.016 0.371 0.017 0.037 0.116 0.040 0.020 0.027 8 R 0.210 0.148 0.081 0.018 0.250 0.022 0.032 0.061 0.032 0.081 0.066 9 E 0.077 0.348 0.170 0.030 0.250 0.007 0.012 0.043 0.022 0.018 0.024 10 Q 0.145 0.134 0.053 0.013 0.200 0.013 0.035 0.186 0.128 0.048 0.046 11 E 0.074 0.207 0.066 0.014 0.251 0.019 0.057 0.199 0.071 0.026 0.016 12 F 0.244 0.070 0.013 0.008 0.281 0.017 0.044 0.205 0.050 0.032 0.037 13 V 0.191 0.061 0.017 0.038 0.205 0.055 0.071 0.174 0.071 0.051 0.065 14 S 0.115 0.112 0.049 0.055 0.220 0.034 0.036 0.192 0.081 0.055 0.051 15 Q 0.160 0.091 0.029 0.011 0.240 0.015 0.057 0.196 0.083 0.069 0.049 16 Y 0.148 0.154 0.044 0.039 0.243 0.039 0.047 0.097 0.049 0.075 0.065 17 H 0.180 0.108 0.052 0.037 0.267 0.023 0.032 0.111 0.052 0.062 0.074 18 F 0.107 0.102 0.030 0.017 0.166 0.016 0.022 0.202 0.169 0.112 0.057 19 D 0.119 0.101 0.031 0.019 0.223 0.016 0.037 0.194 0.117 0.087 0.057 20 A 0.108 0.078 0.022 0.007 0.162 0.008 0.028 0.244 0.146 0.145 0.053 21 R 0.085 0.191 0.044 0.014 0.177 0.025 0.083 0.198 0.073 0.081 0.029 22 N 0.150 0.247 0.084 0.017 0.249 0.009 0.014 0.098 0.043 0.049 0.038 23 F 0.027 0.050 0.033 0.023 0.054 0.027 0.051 0.432 0.218 0.068 0.018 24 E 0.039 0.050 0.034 0.021 0.054 0.024 0.069 0.450 0.140 0.092 0.026 25 W 0.051 0.105 0.066 0.021 0.086 0.016 0.024 0.325 0.128 0.143 0.036 26 E 0.053 0.105 0.055 0.022 0.113 0.016 0.032 0.362 0.149 0.063 0.028 27 N 0.056 0.100 0.050 0.013 0.108 0.019 0.059 0.404 0.137 0.040 0.015 28 E 0.062 0.075 0.036 0.025 0.101 0.038 0.135 0.292 0.090 0.124 0.024 29 N 0.059 0.251 0.101 0.060 0.165 0.044 0.068 0.097 0.050 0.080 0.026 30 G 0.135 0.076 0.083 0.067 0.109 0.015 0.013 0.037 0.048 0.273 0.143 31 A 0.050 0.449 0.202 0.017 0.197 0.007 0.012 0.025 0.015 0.014 0.011 32 P 0.161 0.280 0.050 0.004 0.406 0.004 0.012 0.024 0.014 0.015 0.030 33 E 0.353 0.099 0.017 0.008 0.372 0.013 0.012 0.022 0.017 0.018 0.068 34 T 0.101 0.242 0.053 0.025 0.408 0.040 0.036 0.034 0.013 0.027 0.020 35 K 0.510 0.030 0.004 0.003 0.299 0.003 0.003 0.008 0.007 0.027 0.107 36 V 0.070 0.379 0.075 0.031 0.381 0.017 0.008 0.010 0.006 0.011 0.012 37 D 0.363 0.078 0.012 0.001 0.455 0.001 0.002 0.005 0.003 0.008 0.073 38 V 0.244 0.202 0.035 0.009 0.405 0.011 0.008 0.011 0.007 0.013 0.055 39 N 0.135 0.277 0.115 0.032 0.335 0.012 0.012 0.017 0.009 0.016 0.040 40 F 0.168 0.118 0.061 0.039 0.200 0.039 0.029 0.118 0.107 0.067 0.055 41 Q 0.046 0.169 0.097 0.049 0.124 0.033 0.052 0.223 0.107 0.070 0.030 42 L 0.190 0.074 0.024 0.011 0.182 0.013 0.024 0.154 0.081 0.168 0.079 43 L 0.037 0.230 0.119 0.035 0.122 0.028 0.048 0.254 0.073 0.041 0.013 44 Q 0.168 0.178 0.080 0.011 0.192 0.007 0.008 0.155 0.049 0.081 0.072 45 H 0.027 0.064 0.019 0.008 0.074 0.010 0.010 0.542 0.194 0.041 0.012 46 D 0.034 0.046 0.024 0.008 0.036 0.007 0.018 0.649 0.125 0.032 0.020 47 Q 0.023 0.021 0.015 0.008 0.023 0.013 0.044 0.591 0.181 0.069 0.012 48 E 0.030 0.095 0.036 0.046 0.059 0.048 0.069 0.423 0.125 0.055 0.014 49 N 0.023 0.174 0.085 0.117 0.065 0.055 0.036 0.116 0.069 0.223 0.035 50 Q 0.078 0.056 0.037 0.023 0.089 0.023 0.043 0.087 0.062 0.400 0.103 51 V 0.315 0.089 0.015 0.009 0.248 0.008 0.012 0.022 0.026 0.081 0.175 52 T 0.111 0.227 0.046 0.045 0.410 0.031 0.038 0.026 0.013 0.028 0.024 53 S 0.221 0.092 0.008 0.002 0.650 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.013 54 L 0.312 0.030 0.001 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 55 I 0.259 0.041 0.003 0.002 0.642 0.006 0.003 0.001 0.001 0.003 0.040 56 V 0.152 0.143 0.013 0.001 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 57 I 0.459 0.033 0.004 0.002 0.389 0.005 0.006 0.004 0.003 0.011 0.084 58 L 0.148 0.220 0.056 0.021 0.493 0.010 0.004 0.004 0.002 0.010 0.032 59 S 0.300 0.085 0.023 0.007 0.462 0.007 0.009 0.010 0.007 0.019 0.069 60 F 0.252 0.183 0.048 0.007 0.395 0.003 0.004 0.006 0.006 0.029 0.068 61 M 0.069 0.444 0.088 0.003 0.375 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.007 62 I 0.302 0.191 0.042 0.004 0.327 0.006 0.009 0.030 0.012 0.016 0.060 63 V 0.094 0.176 0.123 0.112 0.159 0.087 0.070 0.078 0.038 0.029 0.034 64 F 0.034 0.096 0.121 0.233 0.052 0.072 0.048 0.145 0.118 0.062 0.020 65 D 0.004 0.023 0.026 0.063 0.008 0.141 0.240 0.269 0.193 0.030 0.003 66 K 0.075 0.097 0.023 0.010 0.116 0.006 0.010 0.055 0.167 0.309 0.132 67 F 0.273 0.107 0.007 0.001 0.520 0.001 0.002 0.006 0.011 0.022 0.051 68 V 0.219 0.140 0.028 0.003 0.560 0.004 0.008 0.010 0.005 0.005 0.020 69 I 0.374 0.086 0.031 0.027 0.305 0.016 0.006 0.013 0.007 0.015 0.120 70 S 0.056 0.045 0.027 0.227 0.062 0.136 0.116 0.046 0.062 0.167 0.057 71 G 0.030 0.179 0.349 0.177 0.084 0.015 0.010 0.029 0.025 0.076 0.025 72 T 0.135 0.222 0.055 0.007 0.311 0.008 0.030 0.114 0.045 0.042 0.032 73 I 0.295 0.074 0.020 0.012 0.313 0.017 0.032 0.064 0.024 0.043 0.107 74 S 0.138 0.220 0.057 0.027 0.342 0.020 0.028 0.082 0.020 0.028 0.038 75 Q 0.157 0.167 0.040 0.015 0.315 0.021 0.024 0.153 0.036 0.043 0.030 76 V 0.397 0.042 0.005 0.003 0.397 0.004 0.006 0.064 0.013 0.008 0.061 77 N 0.157 0.154 0.018 0.016 0.451 0.028 0.026 0.104 0.018 0.007 0.021 78 H 0.193 0.173 0.051 0.006 0.364 0.004 0.013 0.096 0.017 0.017 0.066 79 I 0.222 0.058 0.022 0.020 0.137 0.040 0.051 0.240 0.064 0.066 0.080 80 D 0.031 0.093 0.050 0.133 0.061 0.114 0.145 0.198 0.091 0.066 0.020 81 G 0.090 0.095 0.114 0.081 0.090 0.023 0.026 0.096 0.071 0.213 0.101 82 R 0.072 0.204 0.083 0.020 0.186 0.011 0.026 0.163 0.123 0.078 0.032 83 I 0.154 0.124 0.042 0.017 0.219 0.036 0.082 0.162 0.060 0.059 0.045 84 V 0.058 0.138 0.050 0.047 0.126 0.062 0.169 0.201 0.066 0.063 0.021 85 N 0.042 0.059 0.050 0.096 0.050 0.101 0.074 0.081 0.070 0.305 0.071 86 E 0.068 0.294 0.248 0.048 0.141 0.009 0.008 0.032 0.031 0.067 0.053 87 P 0.042 0.071 0.020 0.013 0.095 0.016 0.024 0.226 0.326 0.137 0.031 88 S 0.014 0.048 0.037 0.018 0.030 0.027 0.069 0.389 0.282 0.075 0.010 89 E 0.072 0.058 0.019 0.004 0.068 0.007 0.028 0.147 0.087 0.441 0.070 90 L 0.091 0.339 0.057 0.006 0.223 0.008 0.013 0.104 0.047 0.078 0.034 91 N 0.026 0.540 0.277 0.006 0.070 0.001 0.002 0.047 0.011 0.011 0.009 92 Q 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.002 0.796 0.166 0.013 0.002 93 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.917 0.064 0.002 0.001 94 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.885 0.073 0.029 0.001 95 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.884 0.101 0.010 0.001 96 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.886 0.097 0.002 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.863 0.075 0.010 0.001 98 L 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.035 0.753 0.139 0.049 0.004 99 A 0.006 0.008 0.004 0.003 0.005 0.003 0.011 0.516 0.241 0.191 0.012 100 R 0.001 0.043 0.035 0.007 0.007 0.007 0.014 0.751 0.123 0.010 0.001 101 P 0.001 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.008 0.894 0.076 0.004 0.001 102 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.882 0.099 0.011 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.091 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.050 0.001 0.001 105 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.912 0.076 0.007 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.120 0.007 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.871 0.093 0.005 0.001 108 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.849 0.066 0.027 0.002 109 L 0.014 0.025 0.012 0.003 0.035 0.007 0.045 0.664 0.132 0.053 0.010 110 T 0.018 0.019 0.004 0.002 0.026 0.003 0.020 0.677 0.169 0.051 0.011 111 Y 0.007 0.036 0.015 0.002 0.031 0.002 0.013 0.707 0.167 0.019 0.002 112 E 0.006 0.010 0.003 0.001 0.015 0.002 0.036 0.812 0.100 0.011 0.003 113 V 0.035 0.006 0.001 0.001 0.033 0.003 0.025 0.769 0.106 0.014 0.007 114 T 0.003 0.008 0.002 0.004 0.009 0.014 0.079 0.799 0.073 0.009 0.001 115 E 0.039 0.013 0.003 0.002 0.050 0.007 0.045 0.682 0.132 0.017 0.010 116 I 0.060 0.029 0.007 0.017 0.064 0.039 0.068 0.551 0.121 0.026 0.017 117 A 0.040 0.042 0.014 0.008 0.102 0.018 0.109 0.450 0.137 0.060 0.020 118 L 0.038 0.160 0.039 0.014 0.111 0.012 0.035 0.266 0.209 0.095 0.022 119 D 0.084 0.042 0.026 0.022 0.056 0.026 0.036 0.082 0.185 0.382 0.059 120 L 0.102 0.218 0.152 0.044 0.160 0.024 0.027 0.085 0.077 0.062 0.048 121 P 0.021 0.159 0.074 0.084 0.053 0.080 0.235 0.131 0.097 0.049 0.017 122 G 0.029 0.041 0.076 0.154 0.035 0.032 0.010 0.025 0.059 0.446 0.094 123 I 0.139 0.239 0.032 0.004 0.502 0.003 0.007 0.017 0.016 0.018 0.022 124 N 0.229 0.117 0.041 0.015 0.452 0.010 0.012 0.016 0.014 0.034 0.059 125 L 0.167 0.183 0.043 0.014 0.429 0.011 0.017 0.027 0.020 0.030 0.057 126 E 0.214 0.109 0.043 0.009 0.372 0.011 0.016 0.030 0.025 0.070 0.100 127 F 0.110 0.248 0.136 0.031 0.217 0.013 0.013 0.049 0.041 0.077 0.065