# TARGET T0383 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.860 0.115 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 2 N 0.829 0.127 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 3 A 0.706 0.188 0.066 0.029 0.009 0.001 0.001 4 M 0.634 0.204 0.089 0.050 0.019 0.004 0.001 5 N 0.549 0.278 0.116 0.044 0.010 0.002 0.001 6 L 0.406 0.243 0.162 0.119 0.057 0.012 0.001 7 K 0.463 0.318 0.147 0.055 0.015 0.002 0.001 8 R 0.553 0.273 0.118 0.048 0.008 0.001 0.001 9 E 0.663 0.258 0.060 0.017 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.785 0.181 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 11 E 0.522 0.325 0.119 0.029 0.004 0.001 0.001 12 F 0.269 0.266 0.202 0.184 0.071 0.007 0.001 13 V 0.209 0.234 0.232 0.224 0.088 0.011 0.001 14 S 0.279 0.388 0.211 0.097 0.021 0.004 0.001 15 Q 0.133 0.282 0.313 0.194 0.065 0.011 0.001 16 Y 0.060 0.074 0.111 0.239 0.312 0.186 0.018 17 H 0.070 0.130 0.175 0.267 0.240 0.107 0.010 18 F 0.208 0.250 0.204 0.179 0.108 0.045 0.007 19 D 0.241 0.319 0.235 0.133 0.052 0.017 0.002 20 A 0.179 0.202 0.203 0.224 0.146 0.043 0.003 21 R 0.430 0.275 0.152 0.103 0.035 0.007 0.001 22 N 0.567 0.279 0.101 0.039 0.011 0.002 0.001 23 F 0.539 0.248 0.129 0.064 0.017 0.003 0.001 24 E 0.629 0.247 0.079 0.032 0.010 0.002 0.001 25 W 0.451 0.246 0.164 0.099 0.034 0.006 0.001 26 E 0.421 0.276 0.151 0.102 0.041 0.009 0.001 27 N 0.411 0.284 0.168 0.095 0.035 0.008 0.001 28 E 0.426 0.270 0.158 0.099 0.038 0.008 0.001 29 N 0.458 0.259 0.141 0.090 0.040 0.011 0.001 30 G 0.476 0.297 0.135 0.065 0.021 0.006 0.001 31 A 0.184 0.169 0.187 0.241 0.165 0.050 0.004 32 P 0.428 0.311 0.158 0.077 0.022 0.004 0.001 33 E 0.409 0.262 0.159 0.109 0.048 0.012 0.001 34 T 0.393 0.303 0.171 0.095 0.031 0.007 0.001 35 K 0.302 0.298 0.208 0.130 0.052 0.010 0.001 36 V 0.133 0.173 0.215 0.273 0.160 0.043 0.003 37 D 0.316 0.374 0.202 0.079 0.023 0.006 0.001 38 V 0.057 0.076 0.153 0.326 0.295 0.087 0.006 39 N 0.267 0.349 0.221 0.111 0.043 0.009 0.001 40 F 0.190 0.206 0.228 0.224 0.123 0.028 0.001 41 Q 0.389 0.318 0.162 0.089 0.033 0.008 0.001 42 L 0.295 0.261 0.214 0.149 0.067 0.014 0.001 43 L 0.367 0.278 0.194 0.113 0.040 0.007 0.001 44 Q 0.536 0.259 0.116 0.064 0.021 0.004 0.001 45 H 0.624 0.229 0.092 0.041 0.011 0.002 0.001 46 D 0.745 0.186 0.049 0.017 0.003 0.001 0.001 47 Q 0.753 0.185 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 48 E 0.646 0.220 0.083 0.039 0.010 0.001 0.001 49 N 0.632 0.253 0.078 0.030 0.007 0.001 0.001 50 Q 0.518 0.364 0.095 0.020 0.002 0.001 0.001 51 V 0.090 0.281 0.278 0.248 0.090 0.013 0.001 52 T 0.034 0.136 0.230 0.327 0.226 0.044 0.002 53 S 0.016 0.123 0.199 0.317 0.236 0.102 0.008 54 L 0.003 0.006 0.018 0.071 0.247 0.516 0.139 55 I 0.003 0.024 0.089 0.243 0.324 0.251 0.066 56 V 0.001 0.006 0.017 0.041 0.149 0.494 0.291 57 I 0.001 0.017 0.107 0.303 0.276 0.201 0.094 58 L 0.001 0.005 0.013 0.047 0.204 0.537 0.193 59 S 0.004 0.046 0.166 0.315 0.285 0.153 0.031 60 F 0.007 0.023 0.040 0.101 0.233 0.487 0.108 61 M 0.024 0.111 0.216 0.285 0.212 0.137 0.014 62 I 0.074 0.152 0.167 0.257 0.232 0.109 0.008 63 V 0.121 0.200 0.241 0.257 0.149 0.031 0.001 64 F 0.336 0.365 0.177 0.094 0.024 0.003 0.001 65 D 0.617 0.280 0.074 0.022 0.005 0.001 0.001 66 K 0.469 0.349 0.131 0.041 0.008 0.001 0.001 67 F 0.059 0.090 0.144 0.284 0.316 0.101 0.007 68 V 0.061 0.193 0.256 0.266 0.162 0.056 0.006 69 I 0.026 0.032 0.049 0.122 0.277 0.406 0.089 70 S 0.023 0.069 0.134 0.233 0.266 0.217 0.057 71 G 0.016 0.046 0.069 0.137 0.194 0.320 0.219 72 T 0.013 0.033 0.069 0.151 0.228 0.302 0.204 73 I 0.012 0.020 0.036 0.071 0.197 0.402 0.262 74 S 0.030 0.059 0.091 0.164 0.193 0.284 0.180 75 Q 0.032 0.061 0.074 0.151 0.173 0.291 0.218 76 V 0.044 0.041 0.049 0.098 0.180 0.409 0.179 77 N 0.148 0.158 0.129 0.194 0.208 0.133 0.029 78 H 0.108 0.138 0.176 0.215 0.215 0.125 0.022 79 I 0.057 0.056 0.080 0.178 0.276 0.301 0.051 80 D 0.155 0.214 0.206 0.237 0.143 0.041 0.004 81 G 0.335 0.333 0.185 0.095 0.039 0.011 0.002 82 R 0.208 0.221 0.272 0.187 0.087 0.024 0.002 83 I 0.285 0.206 0.151 0.173 0.126 0.055 0.003 84 V 0.296 0.222 0.228 0.168 0.068 0.016 0.001 85 N 0.664 0.222 0.075 0.028 0.009 0.002 0.001 86 E 0.475 0.268 0.141 0.081 0.029 0.006 0.001 87 P 0.370 0.201 0.183 0.159 0.069 0.017 0.001 88 S 0.676 0.223 0.068 0.026 0.005 0.001 0.001 89 E 0.612 0.263 0.084 0.030 0.009 0.002 0.001 90 L 0.153 0.125 0.198 0.279 0.202 0.041 0.001 91 N 0.489 0.287 0.134 0.070 0.018 0.003 0.001 92 Q 0.801 0.161 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 93 E 0.760 0.179 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 94 E 0.454 0.221 0.143 0.117 0.054 0.009 0.001 95 V 0.373 0.224 0.195 0.142 0.056 0.009 0.001 96 E 0.565 0.298 0.095 0.034 0.007 0.001 0.001 97 T 0.483 0.288 0.144 0.063 0.019 0.003 0.001 98 L 0.223 0.140 0.146 0.195 0.193 0.096 0.007 99 A 0.239 0.158 0.149 0.201 0.155 0.089 0.009 100 R 0.263 0.288 0.224 0.139 0.065 0.019 0.002 101 P 0.175 0.214 0.214 0.235 0.121 0.038 0.004 102 C 0.160 0.108 0.084 0.164 0.230 0.221 0.032 103 L 0.143 0.127 0.165 0.243 0.215 0.097 0.011 104 N 0.283 0.326 0.205 0.127 0.048 0.010 0.001 105 M 0.064 0.102 0.184 0.317 0.230 0.097 0.007 106 L 0.018 0.025 0.035 0.111 0.282 0.442 0.087 107 N 0.053 0.153 0.197 0.244 0.225 0.107 0.020 108 R 0.053 0.173 0.238 0.246 0.179 0.093 0.020 109 L 0.007 0.021 0.043 0.125 0.270 0.425 0.110 110 T 0.011 0.037 0.072 0.169 0.298 0.312 0.101 111 Y 0.017 0.037 0.048 0.096 0.240 0.385 0.177 112 E 0.011 0.045 0.096 0.215 0.252 0.232 0.149 113 V 0.008 0.013 0.019 0.055 0.103 0.319 0.484 114 T 0.017 0.040 0.053 0.121 0.180 0.300 0.290 115 E 0.034 0.044 0.061 0.110 0.191 0.310 0.250 116 I 0.015 0.019 0.030 0.069 0.156 0.388 0.323 117 A 0.031 0.048 0.073 0.133 0.195 0.327 0.193 118 L 0.090 0.075 0.086 0.137 0.217 0.276 0.118 119 D 0.128 0.183 0.192 0.213 0.169 0.092 0.023 120 L 0.198 0.180 0.206 0.195 0.135 0.068 0.017 121 P 0.310 0.234 0.195 0.153 0.069 0.032 0.007 122 G 0.399 0.223 0.159 0.115 0.077 0.024 0.003 123 I 0.180 0.146 0.178 0.236 0.173 0.075 0.012 124 N 0.456 0.258 0.140 0.083 0.044 0.018 0.002 125 L 0.280 0.150 0.172 0.190 0.130 0.065 0.012 126 E 0.492 0.276 0.136 0.070 0.020 0.005 0.001 127 F 0.446 0.220 0.150 0.108 0.060 0.016 0.001