# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.036 0.003 0.017 0.066 0.193 0.686 2 N 0.098 0.004 0.025 0.050 0.228 0.595 3 A 0.324 0.012 0.023 0.064 0.162 0.415 4 M 0.554 0.012 0.014 0.069 0.086 0.265 5 N 0.661 0.006 0.009 0.065 0.060 0.199 6 L 0.692 0.006 0.009 0.075 0.060 0.158 7 K 0.628 0.007 0.009 0.065 0.090 0.200 8 R 0.516 0.009 0.010 0.066 0.131 0.266 9 E 0.353 0.009 0.011 0.062 0.162 0.403 10 Q 0.289 0.005 0.039 0.273 0.178 0.216 11 E 0.380 0.005 0.037 0.233 0.167 0.179 12 F 0.587 0.016 0.028 0.178 0.109 0.082 13 V 0.549 0.009 0.016 0.217 0.122 0.086 14 S 0.456 0.005 0.022 0.225 0.152 0.139 15 Q 0.591 0.005 0.015 0.159 0.104 0.125 16 Y 0.586 0.011 0.009 0.132 0.089 0.174 17 H 0.591 0.022 0.011 0.098 0.113 0.165 18 F 0.467 0.020 0.017 0.057 0.155 0.285 19 D 0.201 0.010 0.025 0.043 0.364 0.357 20 A 0.092 0.010 0.121 0.068 0.537 0.173 21 R 0.077 0.018 0.089 0.088 0.474 0.254 22 N 0.054 0.015 0.069 0.100 0.517 0.245 23 F 0.041 0.011 0.075 0.181 0.410 0.281 24 E 0.109 0.032 0.096 0.201 0.232 0.331 25 W 0.102 0.036 0.188 0.220 0.271 0.184 26 E 0.092 0.027 0.146 0.210 0.285 0.241 27 N 0.098 0.035 0.124 0.162 0.304 0.278 28 E 0.041 0.014 0.168 0.157 0.465 0.156 29 N 0.026 0.006 0.091 0.096 0.520 0.260 30 G 0.019 0.009 0.024 0.010 0.497 0.441 31 A 0.041 0.013 0.008 0.002 0.424 0.512 32 P 0.083 0.017 0.020 0.003 0.289 0.587 33 E 0.266 0.033 0.086 0.012 0.282 0.321 34 T 0.487 0.008 0.059 0.016 0.201 0.229 35 K 0.645 0.005 0.025 0.013 0.110 0.201 36 V 0.684 0.015 0.004 0.014 0.045 0.239 37 D 0.665 0.011 0.003 0.015 0.094 0.212 38 V 0.518 0.009 0.008 0.053 0.119 0.292 39 N 0.333 0.008 0.015 0.096 0.189 0.359 40 F 0.342 0.009 0.064 0.227 0.185 0.173 41 Q 0.330 0.008 0.058 0.325 0.108 0.171 42 L 0.341 0.013 0.083 0.331 0.109 0.123 43 L 0.242 0.010 0.046 0.323 0.147 0.231 44 Q 0.218 0.012 0.041 0.281 0.195 0.254 45 H 0.086 0.007 0.066 0.313 0.288 0.240 46 D 0.062 0.008 0.081 0.279 0.345 0.225 47 Q 0.045 0.005 0.185 0.309 0.339 0.118 48 E 0.047 0.010 0.186 0.329 0.305 0.124 49 N 0.034 0.003 0.125 0.275 0.363 0.199 50 Q 0.090 0.006 0.052 0.097 0.310 0.444 51 V 0.315 0.013 0.018 0.085 0.185 0.384 52 T 0.658 0.004 0.009 0.026 0.099 0.204 53 S 0.905 0.002 0.003 0.009 0.021 0.061 54 L 0.980 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 55 I 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 56 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 57 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 58 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 59 S 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 60 F 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 61 M 0.974 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 62 I 0.970 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 63 V 0.916 0.002 0.001 0.002 0.030 0.049 64 F 0.680 0.006 0.020 0.005 0.239 0.051 65 D 0.333 0.007 0.041 0.007 0.547 0.065 66 K 0.241 0.001 0.072 0.018 0.589 0.079 67 F 0.793 0.006 0.006 0.002 0.136 0.057 68 V 0.966 0.005 0.001 0.001 0.009 0.018 69 I 0.964 0.003 0.001 0.001 0.012 0.019 70 S 0.897 0.001 0.001 0.003 0.036 0.062 71 G 0.886 0.002 0.002 0.006 0.042 0.062 72 T 0.863 0.004 0.005 0.009 0.026 0.092 73 I 0.870 0.005 0.021 0.026 0.040 0.038 74 S 0.812 0.002 0.033 0.018 0.070 0.065 75 Q 0.860 0.003 0.032 0.027 0.048 0.031 76 V 0.886 0.004 0.010 0.030 0.037 0.031 77 N 0.884 0.002 0.009 0.035 0.037 0.033 78 H 0.859 0.007 0.007 0.044 0.036 0.047 79 I 0.565 0.029 0.021 0.126 0.185 0.074 80 D 0.210 0.008 0.024 0.117 0.496 0.145 81 G 0.091 0.004 0.042 0.097 0.594 0.172 82 R 0.314 0.051 0.032 0.060 0.393 0.149 83 I 0.377 0.056 0.025 0.062 0.281 0.199 84 V 0.210 0.043 0.027 0.065 0.361 0.295 85 N 0.086 0.017 0.023 0.034 0.460 0.381 86 E 0.044 0.020 0.030 0.028 0.526 0.351 87 P 0.012 0.006 0.293 0.047 0.454 0.186 88 S 0.016 0.006 0.374 0.045 0.401 0.159 89 E 0.018 0.014 0.453 0.063 0.327 0.125 90 L 0.021 0.025 0.088 0.109 0.401 0.356 91 N 0.020 0.010 0.021 0.153 0.230 0.567 92 Q 0.001 0.001 0.041 0.906 0.034 0.017 93 E 0.002 0.001 0.033 0.909 0.043 0.013 94 E 0.004 0.002 0.048 0.888 0.046 0.013 95 V 0.003 0.002 0.024 0.934 0.023 0.015 96 E 0.002 0.001 0.027 0.943 0.015 0.012 97 T 0.002 0.001 0.038 0.921 0.023 0.016 98 L 0.001 0.001 0.025 0.927 0.021 0.025 99 A 0.001 0.001 0.008 0.931 0.022 0.036 100 R 0.001 0.001 0.024 0.887 0.044 0.044 101 P 0.001 0.001 0.022 0.879 0.059 0.039 102 C 0.001 0.001 0.030 0.927 0.027 0.014 103 L 0.003 0.001 0.033 0.924 0.033 0.007 104 N 0.004 0.001 0.031 0.905 0.049 0.010 105 M 0.005 0.001 0.028 0.910 0.044 0.013 106 L 0.008 0.002 0.019 0.917 0.039 0.014 107 N 0.007 0.001 0.029 0.896 0.053 0.014 108 R 0.014 0.001 0.023 0.868 0.055 0.040 109 L 0.028 0.002 0.014 0.815 0.053 0.087 110 T 0.083 0.005 0.010 0.668 0.069 0.165 111 Y 0.199 0.005 0.015 0.568 0.077 0.136 112 E 0.430 0.009 0.010 0.407 0.049 0.095 113 V 0.250 0.002 0.015 0.568 0.072 0.092 114 T 0.286 0.007 0.038 0.464 0.098 0.108 115 E 0.438 0.004 0.061 0.394 0.065 0.039 116 I 0.379 0.009 0.067 0.433 0.068 0.044 117 A 0.301 0.014 0.106 0.391 0.162 0.026 118 L 0.268 0.017 0.055 0.196 0.340 0.124 119 D 0.051 0.011 0.034 0.073 0.542 0.290 120 L 0.048 0.016 0.017 0.008 0.743 0.168 121 P 0.077 0.005 0.017 0.007 0.602 0.294 122 G 0.193 0.021 0.022 0.009 0.449 0.307 123 I 0.447 0.029 0.008 0.009 0.222 0.284 124 N 0.587 0.017 0.005 0.009 0.084 0.297 125 L 0.667 0.007 0.005 0.007 0.045 0.269 126 E 0.655 0.014 0.003 0.007 0.037 0.283 127 F 0.297 0.008 0.002 0.004 0.060 0.629