# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.075 0.180 0.008 0.020 0.035 0.053 0.107 0.010 0.003 0.101 0.409 2 N 0.087 0.336 0.003 0.019 0.045 0.093 0.070 0.013 0.001 0.051 0.282 3 A 0.098 0.224 0.011 0.027 0.048 0.080 0.064 0.011 0.004 0.047 0.386 4 M 0.049 0.181 0.006 0.033 0.112 0.144 0.075 0.007 0.003 0.031 0.359 5 N 0.060 0.148 0.011 0.021 0.062 0.117 0.081 0.009 0.006 0.050 0.435 6 L 0.200 0.045 0.017 0.020 0.067 0.071 0.068 0.014 0.007 0.047 0.443 7 K 0.179 0.047 0.003 0.027 0.040 0.065 0.082 0.007 0.002 0.044 0.503 8 R 0.035 0.035 0.002 0.016 0.021 0.036 0.083 0.003 0.001 0.023 0.745 9 E 0.045 0.131 0.004 0.026 0.028 0.032 0.086 0.011 0.001 0.021 0.615 10 Q 0.028 0.027 0.002 0.038 0.132 0.105 0.090 0.006 0.001 0.108 0.463 11 E 0.009 0.100 0.004 0.075 0.086 0.169 0.067 0.004 0.001 0.090 0.393 12 F 0.068 0.079 0.011 0.091 0.121 0.132 0.070 0.009 0.003 0.087 0.329 13 V 0.027 0.071 0.008 0.182 0.130 0.143 0.074 0.007 0.003 0.061 0.295 14 S 0.047 0.041 0.002 0.089 0.092 0.195 0.072 0.006 0.001 0.070 0.384 15 Q 0.020 0.015 0.003 0.116 0.092 0.138 0.073 0.004 0.001 0.047 0.490 16 Y 0.009 0.016 0.002 0.070 0.157 0.285 0.089 0.002 0.001 0.038 0.331 17 H 0.038 0.021 0.007 0.055 0.158 0.199 0.081 0.002 0.003 0.082 0.353 18 F 0.034 0.014 0.005 0.081 0.128 0.145 0.108 0.008 0.003 0.063 0.410 19 D 0.366 0.033 0.002 0.025 0.038 0.064 0.075 0.010 0.002 0.081 0.304 20 A 0.144 0.022 0.003 0.027 0.018 0.030 0.096 0.002 0.001 0.039 0.618 21 R 0.006 0.011 0.001 0.012 0.017 0.044 0.107 0.004 0.001 0.013 0.783 22 N 0.180 0.139 0.004 0.012 0.028 0.034 0.088 0.010 0.002 0.043 0.460 23 F 0.200 0.064 0.003 0.012 0.040 0.041 0.082 0.017 0.001 0.083 0.458 24 E 0.042 0.060 0.002 0.010 0.025 0.056 0.100 0.003 0.001 0.035 0.666 25 W 0.097 0.112 0.012 0.015 0.043 0.089 0.076 0.004 0.004 0.038 0.510 26 E 0.132 0.042 0.015 0.012 0.034 0.047 0.098 0.009 0.008 0.059 0.544 27 N 0.277 0.020 0.002 0.004 0.023 0.033 0.053 0.021 0.001 0.042 0.523 28 E 0.162 0.002 0.001 0.004 0.008 0.015 0.067 0.002 0.001 0.032 0.707 29 N 0.003 0.001 0.001 0.010 0.035 0.072 0.108 0.001 0.001 0.014 0.756 30 G 0.010 0.001 0.001 0.017 0.026 0.047 0.101 0.001 0.001 0.032 0.765 31 A 0.003 0.001 0.001 0.020 0.315 0.149 0.089 0.002 0.001 0.068 0.353 32 P 0.012 0.001 0.001 0.055 0.091 0.172 0.107 0.002 0.001 0.062 0.498 33 E 0.007 0.001 0.001 0.090 0.084 0.122 0.064 0.001 0.001 0.032 0.598 34 T 0.004 0.001 0.001 0.159 0.233 0.226 0.044 0.001 0.001 0.055 0.277 35 K 0.003 0.001 0.001 0.089 0.145 0.202 0.072 0.002 0.001 0.039 0.447 36 V 0.002 0.001 0.001 0.193 0.268 0.160 0.036 0.001 0.001 0.013 0.327 37 D 0.023 0.006 0.001 0.234 0.170 0.142 0.062 0.001 0.001 0.021 0.339 38 V 0.008 0.003 0.001 0.067 0.102 0.086 0.062 0.008 0.001 0.013 0.650 39 N 0.268 0.209 0.002 0.056 0.025 0.032 0.064 0.022 0.002 0.020 0.300 40 F 0.248 0.182 0.006 0.030 0.016 0.028 0.052 0.010 0.002 0.024 0.401 41 Q 0.038 0.228 0.004 0.020 0.057 0.091 0.059 0.004 0.002 0.018 0.478 42 L 0.072 0.316 0.012 0.013 0.067 0.065 0.063 0.006 0.005 0.016 0.365 43 L 0.134 0.444 0.005 0.005 0.039 0.027 0.036 0.018 0.002 0.012 0.278 44 Q 0.179 0.367 0.002 0.003 0.021 0.027 0.037 0.010 0.001 0.018 0.336 45 H 0.038 0.232 0.015 0.008 0.014 0.030 0.049 0.003 0.005 0.036 0.569 46 D 0.085 0.274 0.026 0.007 0.023 0.040 0.053 0.009 0.007 0.079 0.398 47 Q 0.249 0.153 0.008 0.005 0.033 0.025 0.044 0.013 0.003 0.075 0.391 48 E 0.079 0.021 0.003 0.011 0.011 0.017 0.085 0.002 0.001 0.054 0.716 49 N 0.022 0.017 0.002 0.024 0.032 0.056 0.121 0.002 0.001 0.080 0.642 50 Q 0.029 0.014 0.002 0.030 0.032 0.054 0.164 0.004 0.001 0.071 0.599 51 V 0.011 0.018 0.002 0.052 0.076 0.097 0.141 0.003 0.001 0.052 0.547 52 T 0.004 0.015 0.001 0.122 0.136 0.257 0.075 0.001 0.001 0.091 0.297 53 S 0.002 0.005 0.001 0.135 0.157 0.289 0.046 0.001 0.001 0.126 0.238 54 L 0.001 0.005 0.001 0.208 0.282 0.299 0.024 0.001 0.001 0.062 0.118 55 I 0.002 0.002 0.001 0.196 0.259 0.323 0.022 0.001 0.001 0.079 0.116 56 V 0.002 0.001 0.001 0.169 0.342 0.341 0.012 0.001 0.001 0.068 0.064 57 I 0.010 0.002 0.001 0.197 0.212 0.329 0.040 0.001 0.001 0.058 0.149 58 L 0.007 0.002 0.001 0.116 0.285 0.343 0.044 0.002 0.001 0.033 0.169 59 S 0.005 0.002 0.001 0.094 0.236 0.416 0.038 0.001 0.001 0.040 0.166 60 F 0.006 0.001 0.001 0.102 0.227 0.278 0.054 0.001 0.001 0.038 0.292 61 M 0.005 0.001 0.002 0.119 0.271 0.341 0.052 0.001 0.001 0.045 0.163 62 I 0.024 0.001 0.005 0.132 0.133 0.212 0.074 0.002 0.004 0.067 0.346 63 V 0.252 0.003 0.003 0.061 0.076 0.116 0.075 0.008 0.003 0.086 0.317 64 F 0.096 0.003 0.001 0.022 0.008 0.017 0.103 0.003 0.001 0.040 0.705 65 D 0.009 0.002 0.001 0.025 0.025 0.055 0.148 0.005 0.001 0.032 0.699 66 K 0.009 0.003 0.001 0.067 0.076 0.123 0.140 0.002 0.001 0.066 0.513 67 F 0.005 0.006 0.001 0.099 0.182 0.211 0.083 0.001 0.001 0.065 0.346 68 V 0.011 0.008 0.002 0.103 0.164 0.170 0.064 0.001 0.001 0.132 0.344 69 I 0.011 0.035 0.002 0.089 0.132 0.205 0.074 0.004 0.001 0.082 0.366 70 S 0.061 0.040 0.003 0.072 0.069 0.126 0.066 0.004 0.002 0.275 0.282 71 G 0.022 0.037 0.010 0.069 0.100 0.177 0.087 0.005 0.005 0.184 0.303 72 T 0.116 0.098 0.003 0.033 0.096 0.166 0.087 0.008 0.002 0.076 0.315 73 I 0.057 0.061 0.007 0.070 0.129 0.188 0.076 0.008 0.003 0.128 0.274 74 S 0.020 0.098 0.002 0.039 0.104 0.204 0.098 0.008 0.001 0.069 0.356 75 Q 0.036 0.059 0.004 0.047 0.153 0.273 0.062 0.009 0.001 0.084 0.271 76 V 0.018 0.034 0.004 0.056 0.185 0.261 0.063 0.001 0.001 0.051 0.326 77 N 0.013 0.023 0.011 0.066 0.195 0.314 0.075 0.002 0.006 0.086 0.208 78 H 0.109 0.038 0.023 0.061 0.116 0.161 0.068 0.011 0.015 0.067 0.329 79 I 0.624 0.021 0.002 0.010 0.030 0.036 0.037 0.010 0.002 0.028 0.199 80 D 0.040 0.022 0.001 0.023 0.025 0.056 0.094 0.007 0.001 0.023 0.707 81 G 0.021 0.012 0.004 0.028 0.012 0.044 0.086 0.003 0.001 0.023 0.765 82 R 0.023 0.016 0.001 0.058 0.275 0.258 0.070 0.009 0.001 0.059 0.230 83 I 0.022 0.003 0.001 0.052 0.053 0.076 0.087 0.001 0.001 0.046 0.660 84 V 0.006 0.003 0.001 0.128 0.140 0.108 0.091 0.001 0.001 0.032 0.490 85 N 0.008 0.005 0.001 0.053 0.036 0.063 0.150 0.001 0.001 0.024 0.658 86 E 0.192 0.051 0.003 0.024 0.030 0.033 0.120 0.040 0.003 0.092 0.412 87 P 0.315 0.088 0.003 0.013 0.004 0.006 0.080 0.013 0.002 0.087 0.389 88 S 0.095 0.063 0.001 0.016 0.018 0.040 0.119 0.009 0.001 0.058 0.581 89 E 0.081 0.050 0.002 0.026 0.020 0.043 0.109 0.002 0.001 0.044 0.623 90 L 0.010 0.113 0.003 0.041 0.064 0.042 0.104 0.003 0.001 0.029 0.590 91 N 0.038 0.821 0.001 0.003 0.007 0.008 0.017 0.011 0.001 0.003 0.092 92 Q 0.100 0.761 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 0.016 0.001 0.013 0.091 93 E 0.037 0.267 0.009 0.007 0.005 0.008 0.038 0.005 0.004 0.402 0.218 94 E 0.046 0.560 0.015 0.004 0.004 0.008 0.037 0.009 0.005 0.200 0.112 95 V 0.261 0.279 0.045 0.008 0.008 0.010 0.038 0.051 0.017 0.097 0.185 96 E 0.239 0.240 0.005 0.013 0.006 0.011 0.055 0.011 0.003 0.043 0.373 97 T 0.055 0.041 0.001 0.008 0.005 0.013 0.089 0.002 0.001 0.081 0.706 98 L 0.008 0.132 0.006 0.012 0.003 0.008 0.102 0.005 0.001 0.104 0.620 99 A 0.036 0.739 0.002 0.002 0.001 0.002 0.026 0.005 0.001 0.036 0.150 100 R 0.030 0.775 0.003 0.004 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.068 0.099 101 P 0.006 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.023 0.030 102 C 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 103 L 0.013 0.693 0.002 0.005 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.242 0.032 104 N 0.016 0.666 0.011 0.007 0.002 0.005 0.018 0.003 0.003 0.209 0.060 105 M 0.041 0.773 0.007 0.005 0.002 0.002 0.018 0.008 0.001 0.063 0.080 106 L 0.059 0.202 0.044 0.029 0.007 0.016 0.066 0.008 0.017 0.406 0.146 107 N 0.041 0.344 0.002 0.021 0.013 0.032 0.099 0.004 0.001 0.093 0.349 108 R 0.015 0.058 0.009 0.024 0.014 0.032 0.115 0.003 0.003 0.172 0.556 109 L 0.022 0.111 0.006 0.066 0.076 0.086 0.143 0.005 0.001 0.120 0.363 110 T 0.012 0.017 0.001 0.057 0.031 0.097 0.055 0.001 0.001 0.507 0.221 111 Y 0.008 0.067 0.004 0.082 0.124 0.090 0.057 0.002 0.001 0.116 0.448 112 E 0.047 0.092 0.006 0.196 0.133 0.157 0.062 0.009 0.002 0.104 0.191 113 V 0.032 0.081 0.006 0.121 0.123 0.153 0.058 0.010 0.002 0.082 0.331 114 T 0.048 0.062 0.003 0.153 0.115 0.140 0.066 0.008 0.002 0.093 0.310 115 E 0.050 0.056 0.005 0.157 0.082 0.143 0.090 0.011 0.003 0.087 0.317 116 I 0.021 0.017 0.003 0.234 0.082 0.135 0.096 0.003 0.002 0.058 0.347 117 A 0.053 0.007 0.004 0.136 0.116 0.142 0.101 0.001 0.002 0.087 0.349 118 L 0.005 0.002 0.003 0.110 0.048 0.100 0.132 0.001 0.002 0.040 0.555 119 D 0.266 0.023 0.005 0.052 0.030 0.050 0.114 0.012 0.005 0.079 0.362 120 L 0.277 0.017 0.006 0.029 0.006 0.010 0.121 0.008 0.003 0.106 0.418 121 P 0.021 0.007 0.001 0.027 0.015 0.032 0.142 0.004 0.001 0.042 0.708 122 G 0.027 0.006 0.001 0.079 0.038 0.082 0.131 0.003 0.001 0.078 0.554 123 I 0.016 0.003 0.001 0.165 0.100 0.098 0.105 0.004 0.001 0.088 0.421 124 N 0.041 0.005 0.002 0.211 0.060 0.108 0.100 0.002 0.001 0.079 0.390 125 L 0.029 0.002 0.001 0.141 0.092 0.121 0.094 0.003 0.001 0.065 0.453 126 E 0.018 0.004 0.001 0.121 0.033 0.068 0.147 0.001 0.001 0.039 0.567 127 F 0.029 0.004 0.002 0.072 0.042 0.073 0.172 0.007 0.001 0.042 0.555