# TARGET T0383 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.389 0.173 0.069 0.111 0.076 0.057 0.052 0.029 0.023 0.013 0.008 2 N 0.245 0.197 0.079 0.164 0.110 0.081 0.065 0.028 0.017 0.009 0.004 3 A 0.207 0.172 0.091 0.195 0.136 0.086 0.060 0.026 0.016 0.008 0.004 4 M 0.053 0.035 0.031 0.047 0.054 0.080 0.179 0.151 0.184 0.117 0.069 5 N 0.054 0.193 0.178 0.334 0.143 0.057 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 6 L 0.055 0.054 0.045 0.073 0.070 0.084 0.158 0.130 0.150 0.109 0.073 7 K 0.288 0.208 0.134 0.177 0.099 0.050 0.030 0.009 0.004 0.001 0.001 8 R 0.171 0.147 0.144 0.174 0.112 0.095 0.090 0.033 0.021 0.010 0.004 9 E 0.093 0.180 0.111 0.158 0.114 0.103 0.121 0.053 0.037 0.020 0.011 10 Q 0.174 0.115 0.123 0.209 0.157 0.113 0.071 0.020 0.012 0.005 0.002 11 E 0.279 0.173 0.203 0.149 0.078 0.050 0.040 0.014 0.009 0.004 0.002 12 F 0.023 0.047 0.073 0.150 0.149 0.167 0.199 0.091 0.061 0.029 0.012 13 V 0.008 0.019 0.040 0.048 0.046 0.067 0.171 0.163 0.193 0.152 0.094 14 S 0.039 0.081 0.197 0.267 0.205 0.113 0.063 0.020 0.010 0.004 0.001 15 Q 0.028 0.085 0.225 0.250 0.173 0.118 0.075 0.024 0.013 0.005 0.002 16 Y 0.019 0.020 0.025 0.044 0.053 0.085 0.202 0.188 0.190 0.123 0.051 17 H 0.025 0.046 0.065 0.119 0.113 0.138 0.212 0.120 0.092 0.049 0.021 18 F 0.018 0.043 0.093 0.084 0.091 0.102 0.161 0.132 0.137 0.095 0.043 19 D 0.029 0.070 0.100 0.268 0.195 0.132 0.107 0.047 0.032 0.014 0.005 20 A 0.053 0.043 0.033 0.066 0.083 0.121 0.199 0.153 0.134 0.082 0.033 21 R 0.140 0.124 0.109 0.204 0.147 0.109 0.086 0.038 0.026 0.013 0.005 22 N 0.148 0.237 0.114 0.133 0.089 0.076 0.086 0.048 0.039 0.021 0.010 23 F 0.201 0.116 0.074 0.135 0.111 0.107 0.112 0.059 0.046 0.027 0.012 24 E 0.401 0.249 0.083 0.125 0.062 0.032 0.026 0.010 0.007 0.003 0.002 25 W 0.064 0.051 0.054 0.099 0.098 0.110 0.160 0.120 0.115 0.079 0.050 26 E 0.177 0.189 0.115 0.211 0.129 0.075 0.052 0.022 0.017 0.009 0.005 27 N 0.142 0.176 0.140 0.191 0.143 0.101 0.062 0.022 0.013 0.006 0.002 28 E 0.177 0.095 0.088 0.130 0.105 0.102 0.116 0.068 0.057 0.038 0.024 29 N 0.260 0.139 0.050 0.104 0.085 0.087 0.112 0.067 0.051 0.030 0.015 30 G 0.393 0.181 0.060 0.128 0.088 0.060 0.045 0.018 0.014 0.008 0.005 31 A 0.082 0.058 0.022 0.059 0.056 0.061 0.101 0.105 0.160 0.158 0.137 32 P 0.262 0.186 0.072 0.167 0.111 0.076 0.058 0.028 0.020 0.012 0.009 33 E 0.194 0.143 0.064 0.195 0.152 0.105 0.078 0.035 0.021 0.010 0.005 34 T 0.072 0.086 0.053 0.131 0.138 0.140 0.167 0.094 0.065 0.035 0.019 35 K 0.110 0.187 0.124 0.324 0.161 0.060 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 36 V 0.006 0.005 0.004 0.010 0.017 0.033 0.108 0.141 0.238 0.229 0.209 37 D 0.093 0.261 0.183 0.305 0.105 0.033 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 38 V 0.010 0.013 0.007 0.022 0.035 0.065 0.184 0.174 0.201 0.174 0.115 39 N 0.163 0.389 0.126 0.197 0.073 0.028 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 40 F 0.128 0.071 0.046 0.123 0.127 0.137 0.177 0.081 0.061 0.035 0.014 41 Q 0.340 0.184 0.123 0.163 0.076 0.042 0.036 0.015 0.011 0.006 0.004 42 L 0.019 0.025 0.037 0.077 0.094 0.145 0.230 0.149 0.118 0.069 0.038 43 L 0.022 0.035 0.057 0.094 0.111 0.140 0.200 0.123 0.107 0.071 0.040 44 Q 0.087 0.160 0.319 0.208 0.115 0.059 0.033 0.010 0.006 0.002 0.001 45 H 0.150 0.119 0.222 0.186 0.115 0.085 0.069 0.024 0.017 0.009 0.004 46 D 0.217 0.138 0.081 0.127 0.088 0.081 0.098 0.059 0.053 0.035 0.022 47 Q 0.133 0.123 0.141 0.173 0.135 0.115 0.104 0.038 0.022 0.010 0.005 48 E 0.144 0.122 0.248 0.193 0.113 0.075 0.058 0.022 0.014 0.007 0.004 49 N 0.131 0.138 0.214 0.199 0.123 0.085 0.065 0.022 0.014 0.007 0.003 50 Q 0.103 0.179 0.126 0.229 0.147 0.103 0.069 0.022 0.013 0.006 0.003 51 V 0.023 0.028 0.034 0.079 0.115 0.148 0.206 0.132 0.118 0.074 0.043 52 T 0.029 0.069 0.105 0.165 0.177 0.166 0.168 0.061 0.037 0.016 0.007 53 S 0.018 0.041 0.051 0.178 0.190 0.185 0.187 0.075 0.046 0.021 0.008 54 L 0.009 0.007 0.009 0.021 0.019 0.028 0.111 0.143 0.237 0.240 0.175 55 I 0.012 0.019 0.047 0.115 0.136 0.152 0.193 0.119 0.106 0.066 0.034 56 V 0.003 0.010 0.032 0.036 0.041 0.062 0.165 0.171 0.209 0.169 0.102 57 I 0.003 0.011 0.033 0.074 0.071 0.093 0.205 0.165 0.166 0.118 0.061 58 L 0.003 0.006 0.016 0.015 0.011 0.016 0.075 0.135 0.252 0.275 0.198 59 S 0.016 0.041 0.079 0.182 0.190 0.167 0.160 0.075 0.052 0.025 0.013 60 F 0.004 0.012 0.023 0.023 0.018 0.028 0.113 0.154 0.247 0.228 0.150 61 M 0.018 0.037 0.049 0.133 0.127 0.128 0.198 0.121 0.100 0.059 0.029 62 I 0.014 0.016 0.017 0.020 0.022 0.039 0.106 0.132 0.211 0.219 0.204 63 V 0.030 0.074 0.064 0.190 0.162 0.138 0.148 0.076 0.059 0.034 0.025 64 F 0.038 0.045 0.028 0.093 0.104 0.134 0.190 0.132 0.119 0.075 0.044 65 D 0.206 0.145 0.083 0.208 0.138 0.092 0.072 0.028 0.016 0.008 0.004 66 K 0.359 0.252 0.110 0.173 0.068 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 67 F 0.019 0.022 0.016 0.045 0.048 0.074 0.155 0.140 0.190 0.161 0.131 68 V 0.045 0.146 0.090 0.295 0.213 0.112 0.064 0.019 0.010 0.004 0.003 69 I 0.005 0.006 0.007 0.013 0.014 0.023 0.078 0.108 0.220 0.245 0.279 70 S 0.036 0.108 0.093 0.285 0.217 0.125 0.084 0.027 0.013 0.007 0.005 71 G 0.119 0.084 0.039 0.116 0.102 0.109 0.165 0.096 0.083 0.054 0.032 72 T 0.065 0.102 0.057 0.197 0.194 0.151 0.129 0.051 0.030 0.015 0.008 73 I 0.012 0.012 0.012 0.028 0.023 0.033 0.094 0.104 0.201 0.240 0.241 74 S 0.024 0.073 0.078 0.182 0.158 0.130 0.143 0.078 0.064 0.041 0.029 75 Q 0.020 0.060 0.066 0.184 0.143 0.123 0.158 0.100 0.081 0.045 0.020 76 V 0.015 0.021 0.036 0.057 0.044 0.052 0.115 0.125 0.183 0.187 0.167 77 N 0.024 0.034 0.072 0.124 0.146 0.164 0.187 0.099 0.078 0.047 0.025 78 H 0.015 0.049 0.099 0.189 0.166 0.143 0.161 0.082 0.057 0.027 0.013 79 I 0.009 0.023 0.048 0.048 0.032 0.036 0.093 0.114 0.203 0.212 0.182 80 D 0.060 0.109 0.101 0.217 0.190 0.150 0.110 0.034 0.018 0.007 0.003 81 G 0.432 0.202 0.123 0.111 0.050 0.030 0.025 0.011 0.008 0.004 0.003 82 R 0.118 0.118 0.074 0.170 0.134 0.110 0.126 0.064 0.048 0.025 0.013 83 I 0.113 0.126 0.061 0.118 0.118 0.127 0.147 0.071 0.060 0.037 0.022 84 V 0.043 0.043 0.023 0.061 0.066 0.089 0.172 0.143 0.153 0.109 0.097 85 N 0.275 0.198 0.103 0.161 0.105 0.067 0.051 0.019 0.011 0.006 0.003 86 E 0.180 0.464 0.109 0.153 0.053 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 87 P 0.218 0.099 0.041 0.132 0.162 0.140 0.113 0.047 0.029 0.013 0.006 88 S 0.615 0.220 0.054 0.062 0.026 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 89 E 0.127 0.142 0.198 0.295 0.130 0.062 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 90 L 0.022 0.015 0.012 0.018 0.026 0.052 0.142 0.151 0.194 0.194 0.174 91 N 0.033 0.377 0.204 0.204 0.088 0.052 0.027 0.007 0.004 0.002 0.001 92 Q 0.233 0.121 0.217 0.223 0.113 0.057 0.027 0.005 0.003 0.001 0.001 93 E 0.826 0.077 0.061 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.013 0.027 0.071 0.110 0.127 0.217 0.279 0.092 0.043 0.015 0.006 95 V 0.007 0.012 0.081 0.054 0.065 0.128 0.296 0.151 0.111 0.066 0.029 96 E 0.009 0.035 0.732 0.116 0.064 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 97 T 0.019 0.049 0.638 0.139 0.073 0.049 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 98 L 0.006 0.018 0.051 0.047 0.033 0.051 0.179 0.138 0.200 0.166 0.112 99 A 0.008 0.015 0.059 0.039 0.050 0.100 0.308 0.182 0.134 0.078 0.028 100 R 0.030 0.064 0.494 0.262 0.102 0.033 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 101 P 0.015 0.042 0.160 0.083 0.114 0.176 0.256 0.086 0.044 0.018 0.006 102 C 0.005 0.016 0.066 0.058 0.034 0.037 0.139 0.130 0.215 0.187 0.113 103 L 0.010 0.028 0.114 0.064 0.063 0.129 0.280 0.120 0.092 0.063 0.036 104 N 0.042 0.069 0.608 0.179 0.066 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 105 M 0.006 0.020 0.068 0.058 0.064 0.128 0.357 0.144 0.095 0.043 0.015 106 L 0.006 0.014 0.064 0.045 0.022 0.024 0.083 0.111 0.211 0.240 0.180 107 N 0.034 0.064 0.193 0.213 0.203 0.151 0.095 0.026 0.012 0.005 0.003 108 R 0.018 0.082 0.312 0.245 0.149 0.102 0.060 0.018 0.009 0.004 0.001 109 L 0.011 0.016 0.032 0.038 0.032 0.047 0.161 0.156 0.214 0.182 0.110 110 T 0.039 0.093 0.084 0.181 0.163 0.156 0.160 0.057 0.035 0.020 0.013 111 Y 0.025 0.052 0.108 0.108 0.110 0.124 0.160 0.109 0.101 0.067 0.036 112 E 0.076 0.109 0.099 0.278 0.188 0.112 0.083 0.028 0.016 0.007 0.004 113 V 0.009 0.012 0.010 0.019 0.019 0.030 0.091 0.132 0.221 0.243 0.214 114 T 0.024 0.076 0.084 0.196 0.155 0.131 0.140 0.075 0.065 0.034 0.020 115 E 0.043 0.083 0.079 0.211 0.178 0.155 0.130 0.056 0.038 0.019 0.008 116 I 0.022 0.026 0.036 0.060 0.050 0.061 0.135 0.149 0.193 0.166 0.103 117 A 0.055 0.071 0.056 0.117 0.097 0.093 0.137 0.108 0.110 0.085 0.072 118 L 0.047 0.055 0.042 0.070 0.067 0.081 0.132 0.123 0.153 0.134 0.096 119 D 0.041 0.104 0.075 0.229 0.198 0.143 0.106 0.049 0.033 0.016 0.008 120 L 0.160 0.125 0.062 0.141 0.122 0.116 0.113 0.062 0.051 0.031 0.018 121 P 0.336 0.143 0.056 0.134 0.098 0.076 0.070 0.036 0.027 0.015 0.008 122 G 0.313 0.133 0.046 0.121 0.099 0.079 0.075 0.046 0.040 0.028 0.019 123 I 0.043 0.051 0.025 0.065 0.067 0.083 0.143 0.130 0.162 0.133 0.099 124 N 0.108 0.260 0.103 0.257 0.137 0.068 0.037 0.014 0.008 0.004 0.003 125 L 0.056 0.030 0.019 0.045 0.050 0.067 0.129 0.133 0.181 0.159 0.130 126 E 0.227 0.254 0.093 0.194 0.107 0.052 0.035 0.015 0.011 0.006 0.005 127 F 0.091 0.082 0.039 0.106 0.089 0.093 0.135 0.104 0.110 0.088 0.063