# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.60968 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.341 0.197 0.161 0.102 0.083 0.046 0.030 0.017 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 2 N 0.219 0.126 0.129 0.151 0.138 0.096 0.060 0.035 0.021 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 3 A 0.135 0.102 0.119 0.137 0.170 0.115 0.093 0.055 0.041 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 4 M 0.107 0.050 0.059 0.113 0.136 0.168 0.125 0.093 0.050 0.053 0.028 0.010 0.007 0.002 5 N 0.304 0.208 0.159 0.133 0.094 0.041 0.031 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 6 L 0.065 0.033 0.060 0.109 0.148 0.186 0.142 0.107 0.061 0.055 0.021 0.008 0.004 0.001 7 K 0.238 0.148 0.145 0.158 0.148 0.075 0.041 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 R 0.298 0.141 0.136 0.158 0.117 0.064 0.034 0.023 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 9 E 0.360 0.184 0.126 0.127 0.100 0.054 0.023 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.284 0.202 0.167 0.150 0.105 0.046 0.020 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 11 E 0.278 0.164 0.150 0.149 0.117 0.066 0.036 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 F 0.114 0.075 0.089 0.138 0.181 0.162 0.098 0.071 0.039 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 13 V 0.079 0.061 0.072 0.133 0.179 0.159 0.122 0.085 0.054 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 14 S 0.318 0.190 0.131 0.131 0.078 0.054 0.041 0.022 0.013 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 15 Q 0.261 0.165 0.169 0.105 0.097 0.073 0.052 0.024 0.027 0.011 0.012 0.004 0.001 0.001 16 Y 0.055 0.034 0.051 0.088 0.138 0.163 0.126 0.142 0.081 0.059 0.039 0.013 0.008 0.002 17 H 0.098 0.094 0.099 0.142 0.160 0.123 0.110 0.068 0.051 0.025 0.015 0.009 0.003 0.002 18 F 0.091 0.051 0.061 0.106 0.129 0.150 0.114 0.103 0.078 0.067 0.032 0.012 0.005 0.001 19 D 0.213 0.178 0.148 0.148 0.124 0.072 0.050 0.026 0.023 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 20 A 0.155 0.095 0.122 0.137 0.143 0.119 0.088 0.056 0.040 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 21 R 0.263 0.168 0.159 0.138 0.114 0.071 0.042 0.021 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 22 N 0.312 0.152 0.151 0.125 0.117 0.061 0.034 0.020 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 23 F 0.230 0.112 0.111 0.171 0.160 0.094 0.053 0.035 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 24 E 0.419 0.213 0.136 0.104 0.067 0.028 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 W 0.154 0.083 0.110 0.170 0.176 0.127 0.076 0.055 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 26 E 0.330 0.167 0.141 0.134 0.106 0.057 0.030 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 N 0.459 0.163 0.111 0.104 0.075 0.041 0.020 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.310 0.158 0.138 0.141 0.119 0.061 0.033 0.017 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 29 N 0.225 0.115 0.124 0.155 0.141 0.104 0.057 0.038 0.020 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 30 G 0.387 0.179 0.141 0.105 0.080 0.047 0.029 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 31 A 0.118 0.070 0.089 0.138 0.170 0.141 0.101 0.081 0.045 0.030 0.011 0.004 0.002 0.001 32 P 0.155 0.114 0.106 0.148 0.147 0.112 0.084 0.058 0.035 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 33 E 0.145 0.120 0.140 0.132 0.134 0.101 0.081 0.064 0.037 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 34 T 0.159 0.071 0.074 0.110 0.124 0.135 0.101 0.076 0.054 0.049 0.028 0.011 0.005 0.002 35 K 0.089 0.087 0.122 0.155 0.187 0.114 0.093 0.056 0.045 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 36 V 0.047 0.019 0.027 0.055 0.086 0.152 0.135 0.151 0.100 0.127 0.054 0.027 0.016 0.004 37 D 0.141 0.123 0.145 0.181 0.165 0.081 0.066 0.040 0.029 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 38 V 0.063 0.033 0.045 0.097 0.107 0.157 0.127 0.119 0.084 0.098 0.044 0.017 0.007 0.002 39 N 0.136 0.123 0.115 0.152 0.172 0.112 0.072 0.045 0.044 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 40 F 0.178 0.119 0.119 0.165 0.121 0.096 0.070 0.059 0.029 0.024 0.016 0.003 0.001 0.001 41 Q 0.408 0.227 0.153 0.087 0.057 0.034 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.136 0.089 0.125 0.156 0.192 0.125 0.072 0.057 0.029 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 43 L 0.180 0.129 0.144 0.201 0.166 0.085 0.050 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.633 0.201 0.095 0.040 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 H 0.541 0.186 0.108 0.090 0.049 0.016 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 D 0.659 0.201 0.073 0.043 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.647 0.210 0.087 0.035 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.589 0.188 0.107 0.064 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.527 0.221 0.120 0.071 0.037 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.442 0.246 0.142 0.077 0.050 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.072 0.072 0.087 0.166 0.237 0.154 0.097 0.067 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 52 T 0.042 0.045 0.062 0.112 0.138 0.174 0.170 0.125 0.060 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 53 S 0.035 0.036 0.055 0.090 0.142 0.166 0.152 0.117 0.085 0.053 0.035 0.022 0.008 0.005 54 L 0.011 0.008 0.014 0.027 0.044 0.082 0.097 0.104 0.149 0.147 0.139 0.102 0.056 0.021 55 I 0.012 0.010 0.017 0.039 0.065 0.093 0.135 0.124 0.159 0.125 0.085 0.083 0.031 0.024 56 V 0.007 0.005 0.008 0.014 0.019 0.043 0.065 0.122 0.158 0.185 0.188 0.096 0.062 0.027 57 I 0.010 0.009 0.012 0.028 0.054 0.074 0.111 0.149 0.156 0.132 0.097 0.087 0.044 0.038 58 L 0.007 0.005 0.008 0.012 0.019 0.040 0.074 0.120 0.152 0.185 0.168 0.104 0.070 0.034 59 S 0.011 0.016 0.027 0.055 0.114 0.117 0.148 0.145 0.135 0.104 0.049 0.039 0.020 0.021 60 F 0.009 0.008 0.012 0.021 0.035 0.069 0.097 0.124 0.135 0.166 0.160 0.084 0.051 0.030 61 M 0.019 0.022 0.036 0.087 0.142 0.147 0.152 0.117 0.118 0.081 0.036 0.023 0.010 0.011 62 I 0.025 0.021 0.029 0.057 0.078 0.104 0.129 0.156 0.138 0.103 0.082 0.048 0.021 0.008 63 V 0.037 0.041 0.053 0.109 0.133 0.155 0.143 0.143 0.098 0.046 0.023 0.012 0.006 0.002 64 F 0.069 0.077 0.085 0.130 0.149 0.140 0.110 0.090 0.068 0.042 0.024 0.010 0.004 0.002 65 D 0.237 0.160 0.164 0.135 0.118 0.072 0.047 0.028 0.018 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 66 K 0.211 0.173 0.159 0.144 0.130 0.076 0.042 0.024 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 67 F 0.078 0.049 0.066 0.117 0.150 0.159 0.132 0.101 0.066 0.045 0.020 0.009 0.005 0.002 68 V 0.141 0.118 0.121 0.135 0.134 0.106 0.098 0.072 0.039 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 69 I 0.056 0.031 0.046 0.073 0.117 0.152 0.117 0.122 0.096 0.090 0.052 0.028 0.015 0.005 70 S 0.107 0.078 0.089 0.125 0.154 0.112 0.102 0.069 0.064 0.042 0.024 0.020 0.008 0.005 71 G 0.055 0.034 0.044 0.076 0.090 0.110 0.121 0.123 0.116 0.109 0.061 0.035 0.017 0.008 72 T 0.041 0.036 0.050 0.088 0.117 0.140 0.133 0.121 0.108 0.070 0.050 0.027 0.011 0.008 73 I 0.029 0.023 0.030 0.052 0.080 0.109 0.120 0.110 0.121 0.117 0.103 0.061 0.030 0.015 74 S 0.048 0.039 0.052 0.080 0.086 0.109 0.152 0.135 0.117 0.075 0.053 0.031 0.014 0.009 75 Q 0.026 0.033 0.053 0.082 0.119 0.130 0.131 0.133 0.106 0.076 0.064 0.026 0.012 0.010 76 V 0.015 0.013 0.019 0.034 0.069 0.096 0.119 0.153 0.148 0.127 0.093 0.062 0.037 0.015 77 N 0.043 0.037 0.051 0.098 0.103 0.122 0.156 0.123 0.097 0.076 0.046 0.026 0.014 0.008 78 H 0.063 0.056 0.081 0.113 0.150 0.130 0.123 0.102 0.082 0.044 0.031 0.015 0.005 0.004 79 I 0.038 0.020 0.030 0.055 0.090 0.160 0.131 0.135 0.121 0.097 0.062 0.034 0.021 0.005 80 D 0.115 0.133 0.138 0.201 0.170 0.095 0.067 0.033 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 81 G 0.243 0.160 0.154 0.140 0.117 0.069 0.051 0.029 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 82 R 0.231 0.208 0.178 0.144 0.102 0.065 0.036 0.020 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 83 I 0.105 0.105 0.134 0.148 0.172 0.146 0.092 0.058 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 84 V 0.115 0.077 0.098 0.146 0.210 0.154 0.092 0.060 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 85 N 0.426 0.226 0.142 0.106 0.054 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 E 0.441 0.224 0.141 0.091 0.055 0.027 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.282 0.190 0.174 0.166 0.102 0.044 0.021 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 88 S 0.722 0.189 0.060 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.633 0.214 0.101 0.028 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 L 0.131 0.083 0.110 0.231 0.233 0.114 0.059 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 N 0.502 0.288 0.114 0.057 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.678 0.207 0.076 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.687 0.231 0.062 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.344 0.237 0.182 0.096 0.091 0.036 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.072 0.054 0.068 0.188 0.267 0.167 0.097 0.055 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.409 0.271 0.159 0.084 0.040 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.263 0.269 0.205 0.118 0.081 0.038 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.012 0.012 0.028 0.080 0.146 0.205 0.245 0.213 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 99 A 0.013 0.020 0.048 0.085 0.175 0.241 0.233 0.114 0.047 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 100 R 0.194 0.248 0.193 0.135 0.113 0.058 0.029 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 P 0.047 0.069 0.130 0.188 0.178 0.175 0.123 0.060 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 102 C 0.007 0.007 0.018 0.059 0.125 0.179 0.270 0.188 0.107 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 103 L 0.032 0.056 0.087 0.140 0.185 0.229 0.147 0.067 0.038 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 104 N 0.242 0.266 0.219 0.126 0.088 0.032 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 M 0.049 0.045 0.085 0.160 0.170 0.188 0.162 0.095 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 106 L 0.032 0.024 0.046 0.097 0.187 0.236 0.181 0.100 0.066 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 107 N 0.294 0.211 0.158 0.141 0.093 0.043 0.031 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.280 0.188 0.172 0.125 0.095 0.064 0.038 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 109 L 0.058 0.036 0.066 0.119 0.168 0.192 0.151 0.101 0.059 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 110 T 0.072 0.067 0.085 0.135 0.204 0.163 0.129 0.063 0.046 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 111 Y 0.102 0.074 0.077 0.124 0.127 0.134 0.112 0.098 0.069 0.042 0.024 0.010 0.006 0.002 112 E 0.108 0.086 0.114 0.139 0.132 0.132 0.118 0.060 0.048 0.027 0.020 0.010 0.004 0.003 113 V 0.037 0.024 0.036 0.057 0.111 0.127 0.126 0.120 0.128 0.092 0.076 0.039 0.017 0.009 114 T 0.050 0.029 0.042 0.067 0.079 0.111 0.143 0.125 0.110 0.084 0.067 0.048 0.031 0.014 115 E 0.052 0.035 0.053 0.076 0.107 0.102 0.132 0.120 0.102 0.084 0.057 0.041 0.021 0.018 116 I 0.022 0.009 0.014 0.022 0.041 0.064 0.072 0.125 0.144 0.163 0.138 0.096 0.065 0.024 117 A 0.034 0.022 0.028 0.071 0.095 0.108 0.126 0.101 0.124 0.109 0.065 0.063 0.031 0.022 118 L 0.025 0.020 0.023 0.056 0.068 0.099 0.143 0.144 0.147 0.108 0.089 0.050 0.018 0.008 119 D 0.043 0.046 0.065 0.099 0.117 0.156 0.138 0.119 0.092 0.050 0.045 0.018 0.008 0.004 120 L 0.066 0.070 0.084 0.109 0.146 0.132 0.118 0.096 0.076 0.048 0.030 0.015 0.007 0.004 121 P 0.104 0.069 0.090 0.108 0.143 0.125 0.099 0.085 0.071 0.054 0.027 0.014 0.006 0.003 122 G 0.102 0.081 0.089 0.118 0.153 0.121 0.107 0.084 0.069 0.039 0.019 0.011 0.005 0.003 123 I 0.075 0.035 0.046 0.081 0.102 0.139 0.132 0.110 0.091 0.089 0.051 0.026 0.015 0.006 124 N 0.126 0.103 0.117 0.144 0.160 0.105 0.089 0.056 0.046 0.025 0.015 0.008 0.003 0.003 125 L 0.093 0.031 0.040 0.062 0.081 0.125 0.116 0.099 0.100 0.111 0.072 0.041 0.023 0.008 126 E 0.109 0.091 0.100 0.161 0.165 0.109 0.098 0.066 0.048 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 127 F 0.067 0.036 0.044 0.069 0.085 0.133 0.130 0.126 0.101 0.095 0.063 0.032 0.014 0.005