# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.110 0.011 0.068 0.052 0.417 0.342 2 N 0.164 0.005 0.082 0.052 0.406 0.291 3 A 0.431 0.011 0.046 0.066 0.207 0.240 4 M 0.608 0.017 0.015 0.065 0.087 0.207 5 N 0.700 0.010 0.006 0.036 0.058 0.191 6 L 0.662 0.008 0.006 0.030 0.063 0.230 7 K 0.567 0.009 0.010 0.024 0.125 0.266 8 R 0.492 0.016 0.010 0.024 0.166 0.292 9 E 0.302 0.009 0.009 0.031 0.142 0.507 10 Q 0.325 0.005 0.044 0.255 0.161 0.210 11 E 0.485 0.006 0.034 0.199 0.131 0.145 12 F 0.629 0.013 0.024 0.186 0.082 0.067 13 V 0.614 0.007 0.012 0.227 0.073 0.067 14 S 0.533 0.003 0.015 0.232 0.095 0.123 15 Q 0.691 0.002 0.011 0.149 0.055 0.092 16 Y 0.771 0.006 0.004 0.119 0.029 0.071 17 H 0.766 0.010 0.006 0.098 0.035 0.084 18 F 0.602 0.012 0.011 0.077 0.079 0.219 19 D 0.299 0.010 0.013 0.047 0.251 0.380 20 A 0.140 0.014 0.062 0.059 0.513 0.212 21 R 0.101 0.018 0.062 0.054 0.534 0.231 22 N 0.071 0.015 0.053 0.071 0.520 0.270 23 F 0.048 0.011 0.130 0.252 0.356 0.203 24 E 0.103 0.018 0.167 0.269 0.232 0.211 25 W 0.099 0.034 0.214 0.340 0.210 0.104 26 E 0.097 0.029 0.135 0.402 0.191 0.146 27 N 0.088 0.016 0.155 0.316 0.235 0.189 28 E 0.031 0.009 0.215 0.269 0.327 0.149 29 N 0.024 0.007 0.155 0.195 0.366 0.252 30 G 0.020 0.009 0.028 0.015 0.324 0.605 31 A 0.028 0.009 0.007 0.003 0.264 0.690 32 P 0.065 0.011 0.022 0.004 0.247 0.650 33 E 0.243 0.022 0.122 0.021 0.255 0.337 34 T 0.466 0.011 0.052 0.024 0.212 0.236 35 K 0.689 0.002 0.012 0.011 0.086 0.200 36 V 0.791 0.009 0.002 0.011 0.024 0.163 37 D 0.815 0.009 0.001 0.012 0.063 0.100 38 V 0.667 0.009 0.005 0.033 0.126 0.160 39 N 0.419 0.006 0.015 0.038 0.285 0.238 40 F 0.499 0.012 0.042 0.069 0.260 0.118 41 Q 0.495 0.013 0.048 0.117 0.142 0.184 42 L 0.453 0.019 0.081 0.115 0.171 0.160 43 L 0.330 0.017 0.047 0.085 0.217 0.304 44 Q 0.247 0.012 0.055 0.084 0.282 0.321 45 H 0.112 0.013 0.092 0.128 0.352 0.302 46 D 0.070 0.013 0.066 0.093 0.441 0.317 47 Q 0.039 0.006 0.317 0.218 0.328 0.092 48 E 0.061 0.008 0.278 0.266 0.283 0.104 49 N 0.052 0.007 0.237 0.228 0.358 0.119 50 Q 0.123 0.009 0.079 0.093 0.309 0.387 51 V 0.386 0.016 0.024 0.077 0.163 0.334 52 T 0.706 0.006 0.008 0.018 0.087 0.174 53 S 0.937 0.001 0.003 0.004 0.016 0.039 54 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 55 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 56 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 57 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 58 L 0.951 0.001 0.001 0.001 0.010 0.037 59 S 0.958 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 60 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 61 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 62 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 63 V 0.917 0.004 0.001 0.001 0.026 0.052 64 F 0.688 0.011 0.004 0.002 0.262 0.033 65 D 0.314 0.006 0.011 0.003 0.618 0.048 66 K 0.157 0.001 0.026 0.010 0.763 0.043 67 F 0.816 0.006 0.003 0.001 0.149 0.024 68 V 0.965 0.004 0.001 0.001 0.012 0.018 69 I 0.959 0.003 0.001 0.002 0.013 0.023 70 S 0.768 0.002 0.001 0.006 0.071 0.152 71 G 0.769 0.004 0.001 0.007 0.090 0.129 72 T 0.835 0.008 0.004 0.008 0.038 0.106 73 I 0.883 0.005 0.016 0.025 0.032 0.040 74 S 0.841 0.002 0.032 0.019 0.042 0.064 75 Q 0.812 0.002 0.054 0.024 0.049 0.059 76 V 0.873 0.004 0.013 0.029 0.033 0.047 77 N 0.880 0.003 0.008 0.027 0.032 0.051 78 H 0.852 0.010 0.004 0.033 0.039 0.062 79 I 0.655 0.027 0.009 0.078 0.170 0.061 80 D 0.266 0.014 0.009 0.055 0.487 0.168 81 G 0.118 0.005 0.017 0.030 0.628 0.202 82 R 0.300 0.033 0.022 0.021 0.444 0.181 83 I 0.340 0.058 0.030 0.033 0.289 0.250 84 V 0.204 0.057 0.023 0.032 0.402 0.282 85 N 0.072 0.011 0.023 0.018 0.511 0.365 86 E 0.037 0.015 0.025 0.018 0.503 0.402 87 P 0.007 0.006 0.415 0.051 0.379 0.142 88 S 0.008 0.006 0.493 0.062 0.328 0.103 89 E 0.005 0.004 0.665 0.048 0.221 0.056 90 L 0.015 0.023 0.118 0.121 0.392 0.330 91 N 0.021 0.012 0.023 0.146 0.200 0.599 92 Q 0.001 0.001 0.016 0.953 0.015 0.015 93 E 0.001 0.001 0.011 0.974 0.009 0.004 94 E 0.002 0.001 0.013 0.968 0.011 0.005 95 V 0.002 0.001 0.006 0.981 0.005 0.005 96 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.003 97 T 0.001 0.001 0.013 0.972 0.008 0.006 98 L 0.001 0.001 0.010 0.956 0.014 0.019 99 A 0.001 0.001 0.006 0.927 0.018 0.047 100 R 0.001 0.001 0.015 0.879 0.038 0.066 101 P 0.001 0.001 0.019 0.924 0.031 0.025 102 C 0.001 0.001 0.024 0.925 0.026 0.023 103 L 0.001 0.001 0.012 0.964 0.015 0.007 104 N 0.002 0.001 0.012 0.956 0.021 0.009 105 M 0.002 0.001 0.018 0.926 0.033 0.021 106 L 0.012 0.004 0.036 0.818 0.093 0.036 107 N 0.013 0.001 0.035 0.766 0.128 0.057 108 R 0.028 0.003 0.030 0.724 0.089 0.126 109 L 0.052 0.011 0.013 0.536 0.080 0.308 110 T 0.073 0.009 0.007 0.205 0.080 0.626 111 Y 0.137 0.008 0.017 0.300 0.110 0.429 112 E 0.383 0.011 0.020 0.257 0.114 0.215 113 V 0.388 0.007 0.033 0.311 0.136 0.125 114 T 0.376 0.010 0.059 0.255 0.167 0.132 115 E 0.466 0.011 0.082 0.274 0.101 0.066 116 I 0.509 0.014 0.116 0.229 0.062 0.069 117 A 0.326 0.021 0.231 0.243 0.141 0.039 118 L 0.302 0.022 0.199 0.122 0.255 0.101 119 D 0.125 0.022 0.048 0.074 0.511 0.221 120 L 0.061 0.017 0.014 0.012 0.788 0.107 121 P 0.079 0.007 0.014 0.013 0.672 0.215 122 G 0.186 0.019 0.032 0.020 0.536 0.207 123 I 0.415 0.049 0.021 0.018 0.277 0.220 124 N 0.405 0.068 0.008 0.020 0.148 0.351 125 L 0.325 0.024 0.012 0.018 0.201 0.421 126 E 0.243 0.017 0.010 0.016 0.260 0.453 127 F 0.261 0.020 0.020 0.018 0.335 0.346