# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.316 0.195 0.088 0.130 0.088 0.061 0.051 0.029 0.022 0.012 0.007 2 N 0.206 0.142 0.077 0.166 0.120 0.099 0.090 0.048 0.029 0.017 0.007 3 A 0.162 0.137 0.093 0.202 0.148 0.101 0.082 0.037 0.022 0.011 0.005 4 M 0.038 0.028 0.030 0.044 0.056 0.085 0.199 0.181 0.174 0.110 0.055 5 N 0.080 0.163 0.200 0.321 0.144 0.053 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 6 L 0.029 0.035 0.045 0.055 0.059 0.076 0.170 0.151 0.169 0.127 0.083 7 K 0.202 0.154 0.195 0.200 0.122 0.062 0.043 0.013 0.006 0.002 0.001 8 R 0.101 0.128 0.141 0.168 0.138 0.113 0.123 0.047 0.024 0.012 0.006 9 E 0.091 0.214 0.162 0.204 0.119 0.085 0.071 0.028 0.015 0.008 0.003 10 Q 0.238 0.117 0.172 0.191 0.126 0.078 0.049 0.015 0.008 0.003 0.001 11 E 0.331 0.185 0.204 0.140 0.064 0.033 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 12 F 0.018 0.044 0.099 0.143 0.139 0.161 0.207 0.096 0.055 0.026 0.010 13 V 0.006 0.012 0.045 0.044 0.060 0.086 0.211 0.181 0.170 0.122 0.063 14 S 0.030 0.055 0.280 0.250 0.168 0.108 0.069 0.024 0.010 0.004 0.001 15 Q 0.023 0.066 0.238 0.266 0.184 0.110 0.067 0.026 0.012 0.006 0.002 16 Y 0.016 0.020 0.030 0.049 0.061 0.092 0.201 0.187 0.179 0.117 0.048 17 H 0.019 0.051 0.087 0.153 0.149 0.151 0.186 0.095 0.064 0.031 0.014 18 F 0.018 0.036 0.121 0.081 0.089 0.086 0.157 0.136 0.136 0.099 0.042 19 D 0.034 0.079 0.098 0.253 0.192 0.132 0.116 0.051 0.027 0.013 0.005 20 A 0.064 0.062 0.067 0.086 0.090 0.100 0.176 0.129 0.121 0.073 0.032 21 R 0.163 0.117 0.098 0.189 0.142 0.113 0.083 0.044 0.029 0.016 0.007 22 N 0.144 0.234 0.099 0.146 0.097 0.079 0.087 0.049 0.036 0.021 0.009 23 F 0.198 0.104 0.072 0.118 0.115 0.108 0.115 0.071 0.055 0.031 0.013 24 E 0.380 0.259 0.104 0.129 0.061 0.028 0.021 0.009 0.005 0.003 0.002 25 W 0.037 0.044 0.059 0.101 0.109 0.115 0.171 0.129 0.114 0.078 0.042 26 E 0.189 0.151 0.088 0.180 0.136 0.092 0.075 0.040 0.028 0.014 0.006 27 N 0.225 0.213 0.182 0.166 0.096 0.056 0.035 0.014 0.008 0.003 0.002 28 E 0.184 0.083 0.067 0.108 0.096 0.100 0.130 0.088 0.066 0.048 0.029 29 N 0.253 0.142 0.052 0.109 0.093 0.080 0.108 0.064 0.051 0.033 0.016 30 G 0.473 0.175 0.052 0.105 0.069 0.049 0.038 0.016 0.011 0.006 0.004 31 A 0.058 0.058 0.025 0.062 0.063 0.068 0.119 0.126 0.150 0.153 0.119 32 P 0.272 0.164 0.060 0.148 0.117 0.083 0.072 0.037 0.025 0.014 0.009 33 E 0.265 0.123 0.066 0.185 0.145 0.088 0.066 0.032 0.018 0.008 0.004 34 T 0.078 0.090 0.061 0.124 0.127 0.129 0.160 0.102 0.067 0.038 0.023 35 K 0.121 0.170 0.149 0.295 0.159 0.065 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 36 V 0.010 0.007 0.006 0.013 0.021 0.040 0.121 0.158 0.227 0.225 0.172 37 D 0.150 0.273 0.198 0.240 0.088 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 38 V 0.017 0.019 0.011 0.027 0.048 0.079 0.184 0.167 0.174 0.159 0.115 39 N 0.143 0.464 0.108 0.175 0.063 0.024 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 40 F 0.174 0.062 0.043 0.124 0.141 0.131 0.158 0.069 0.057 0.029 0.012 41 Q 0.398 0.191 0.146 0.150 0.056 0.025 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 42 L 0.015 0.031 0.055 0.097 0.104 0.152 0.244 0.134 0.094 0.052 0.023 43 L 0.022 0.027 0.057 0.095 0.114 0.150 0.196 0.133 0.105 0.067 0.033 44 Q 0.098 0.158 0.408 0.155 0.085 0.047 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 45 H 0.127 0.133 0.259 0.225 0.117 0.069 0.044 0.014 0.008 0.004 0.001 46 D 0.290 0.126 0.072 0.098 0.085 0.081 0.094 0.055 0.046 0.033 0.019 47 Q 0.174 0.135 0.148 0.170 0.110 0.103 0.092 0.035 0.020 0.009 0.005 48 E 0.173 0.120 0.232 0.165 0.106 0.075 0.070 0.028 0.016 0.008 0.004 49 N 0.158 0.133 0.158 0.172 0.118 0.098 0.087 0.035 0.022 0.011 0.006 50 Q 0.140 0.173 0.142 0.217 0.130 0.088 0.066 0.023 0.013 0.006 0.003 51 V 0.023 0.034 0.040 0.084 0.122 0.148 0.200 0.123 0.112 0.070 0.044 52 T 0.023 0.045 0.073 0.145 0.163 0.171 0.202 0.089 0.053 0.025 0.012 53 S 0.016 0.037 0.049 0.152 0.189 0.210 0.199 0.075 0.044 0.020 0.009 54 L 0.003 0.002 0.004 0.008 0.008 0.013 0.073 0.143 0.240 0.288 0.217 55 I 0.003 0.006 0.016 0.062 0.102 0.154 0.200 0.159 0.142 0.097 0.060 56 V 0.002 0.005 0.022 0.022 0.021 0.033 0.138 0.180 0.239 0.207 0.133 57 I 0.002 0.006 0.018 0.056 0.073 0.105 0.196 0.195 0.163 0.121 0.065 58 L 0.002 0.003 0.010 0.009 0.009 0.014 0.076 0.146 0.262 0.284 0.185 59 S 0.013 0.028 0.067 0.192 0.206 0.169 0.154 0.082 0.054 0.023 0.012 60 F 0.002 0.006 0.013 0.015 0.014 0.028 0.117 0.161 0.259 0.246 0.137 61 M 0.009 0.026 0.037 0.140 0.147 0.138 0.181 0.132 0.100 0.057 0.032 62 I 0.005 0.008 0.009 0.014 0.016 0.031 0.110 0.144 0.234 0.233 0.195 63 V 0.024 0.049 0.037 0.173 0.189 0.151 0.158 0.095 0.066 0.036 0.022 64 F 0.032 0.054 0.027 0.108 0.122 0.136 0.185 0.134 0.114 0.059 0.030 65 D 0.191 0.103 0.060 0.208 0.174 0.113 0.085 0.036 0.019 0.007 0.003 66 K 0.324 0.276 0.105 0.195 0.064 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 67 F 0.009 0.010 0.007 0.026 0.038 0.072 0.155 0.175 0.206 0.175 0.127 68 V 0.052 0.150 0.085 0.292 0.206 0.123 0.061 0.018 0.008 0.003 0.002 69 I 0.004 0.005 0.005 0.011 0.014 0.021 0.077 0.127 0.242 0.244 0.249 70 S 0.028 0.104 0.078 0.268 0.213 0.126 0.100 0.045 0.023 0.010 0.006 71 G 0.162 0.105 0.029 0.121 0.122 0.131 0.150 0.079 0.052 0.030 0.018 72 T 0.035 0.068 0.059 0.165 0.177 0.162 0.171 0.071 0.048 0.029 0.015 73 I 0.009 0.007 0.009 0.021 0.021 0.030 0.098 0.127 0.203 0.235 0.239 74 S 0.013 0.029 0.048 0.131 0.132 0.142 0.187 0.119 0.098 0.062 0.039 75 Q 0.012 0.046 0.062 0.153 0.128 0.127 0.184 0.120 0.088 0.054 0.025 76 V 0.005 0.006 0.020 0.025 0.025 0.034 0.084 0.127 0.199 0.235 0.242 77 N 0.008 0.016 0.047 0.089 0.123 0.142 0.204 0.133 0.125 0.073 0.040 78 H 0.009 0.034 0.060 0.144 0.156 0.143 0.208 0.118 0.073 0.039 0.017 79 I 0.006 0.011 0.026 0.031 0.037 0.045 0.112 0.137 0.210 0.204 0.180 80 D 0.076 0.112 0.109 0.227 0.184 0.125 0.102 0.036 0.019 0.007 0.003 81 G 0.365 0.171 0.098 0.137 0.083 0.054 0.047 0.021 0.014 0.007 0.003 82 R 0.127 0.130 0.067 0.147 0.132 0.106 0.128 0.073 0.050 0.029 0.012 83 I 0.094 0.090 0.043 0.103 0.103 0.110 0.183 0.104 0.084 0.056 0.030 84 V 0.035 0.030 0.021 0.054 0.078 0.103 0.213 0.163 0.162 0.087 0.055 85 N 0.285 0.219 0.106 0.147 0.092 0.062 0.048 0.021 0.010 0.006 0.003 86 E 0.201 0.492 0.092 0.123 0.052 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 87 P 0.391 0.120 0.041 0.122 0.122 0.090 0.066 0.027 0.014 0.005 0.001 88 S 0.736 0.170 0.044 0.035 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.085 0.104 0.240 0.236 0.129 0.093 0.082 0.021 0.007 0.002 0.001 90 L 0.030 0.015 0.022 0.032 0.065 0.130 0.213 0.178 0.136 0.116 0.062 91 N 0.024 0.255 0.375 0.184 0.079 0.044 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 92 Q 0.075 0.083 0.359 0.284 0.126 0.048 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 93 E 0.765 0.075 0.117 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.006 0.014 0.151 0.117 0.098 0.164 0.293 0.090 0.043 0.018 0.006 95 V 0.005 0.010 0.201 0.055 0.073 0.120 0.252 0.142 0.081 0.045 0.017 96 E 0.007 0.023 0.794 0.105 0.042 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 T 0.021 0.039 0.588 0.137 0.106 0.068 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 98 L 0.003 0.007 0.052 0.023 0.026 0.041 0.149 0.130 0.202 0.205 0.162 99 A 0.008 0.012 0.072 0.046 0.078 0.125 0.314 0.167 0.107 0.050 0.021 100 R 0.040 0.073 0.551 0.196 0.090 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 101 P 0.013 0.029 0.121 0.073 0.115 0.168 0.273 0.108 0.058 0.030 0.012 102 C 0.010 0.018 0.060 0.037 0.025 0.025 0.096 0.121 0.208 0.216 0.185 103 L 0.013 0.017 0.076 0.046 0.058 0.087 0.208 0.138 0.145 0.123 0.089 104 N 0.056 0.080 0.445 0.210 0.097 0.052 0.034 0.013 0.007 0.003 0.002 105 M 0.018 0.032 0.103 0.073 0.085 0.138 0.274 0.132 0.081 0.044 0.020 106 L 0.013 0.009 0.072 0.033 0.021 0.020 0.074 0.105 0.204 0.241 0.207 107 N 0.039 0.044 0.168 0.184 0.177 0.157 0.151 0.045 0.022 0.009 0.005 108 R 0.034 0.075 0.302 0.222 0.153 0.105 0.067 0.023 0.012 0.006 0.002 109 L 0.012 0.016 0.029 0.036 0.043 0.057 0.154 0.167 0.192 0.180 0.113 110 T 0.044 0.131 0.149 0.214 0.150 0.118 0.113 0.038 0.023 0.012 0.008 111 Y 0.048 0.049 0.116 0.081 0.091 0.091 0.174 0.116 0.111 0.078 0.043 112 E 0.112 0.122 0.119 0.275 0.165 0.092 0.070 0.024 0.012 0.006 0.003 113 V 0.010 0.018 0.030 0.037 0.036 0.042 0.124 0.140 0.212 0.202 0.149 114 T 0.020 0.023 0.046 0.091 0.103 0.126 0.205 0.147 0.126 0.071 0.042 115 E 0.023 0.052 0.098 0.189 0.160 0.174 0.152 0.074 0.043 0.024 0.011 116 I 0.007 0.015 0.041 0.042 0.042 0.053 0.135 0.178 0.210 0.180 0.096 117 A 0.023 0.028 0.037 0.078 0.077 0.083 0.153 0.138 0.157 0.123 0.104 118 L 0.021 0.031 0.043 0.052 0.052 0.062 0.140 0.141 0.188 0.157 0.112 119 D 0.027 0.070 0.047 0.175 0.189 0.153 0.142 0.094 0.062 0.028 0.015 120 L 0.193 0.155 0.065 0.129 0.119 0.098 0.089 0.060 0.047 0.029 0.015 121 P 0.302 0.119 0.046 0.130 0.123 0.087 0.089 0.049 0.032 0.016 0.006 122 G 0.357 0.119 0.040 0.116 0.087 0.072 0.084 0.049 0.039 0.024 0.014 123 I 0.033 0.047 0.023 0.065 0.071 0.094 0.158 0.150 0.147 0.131 0.080 124 N 0.131 0.280 0.107 0.219 0.115 0.069 0.041 0.019 0.011 0.006 0.003 125 L 0.089 0.025 0.014 0.033 0.041 0.065 0.121 0.147 0.178 0.166 0.122 126 E 0.243 0.258 0.064 0.164 0.117 0.059 0.047 0.021 0.014 0.007 0.004 127 F 0.084 0.082 0.032 0.104 0.103 0.083 0.113 0.106 0.118 0.096 0.080