# TARGET T0383 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.076 0.024 0.011 0.026 0.020 0.037 0.059 0.003 0.001 0.007 0.737 2 N 0.064 0.021 0.005 0.039 0.047 0.050 0.162 0.003 0.001 0.007 0.601 3 A 0.186 0.041 0.010 0.044 0.036 0.062 0.132 0.002 0.001 0.013 0.474 4 M 0.048 0.085 0.006 0.118 0.113 0.149 0.130 0.001 0.001 0.005 0.344 5 N 0.029 0.073 0.002 0.062 0.072 0.114 0.172 0.001 0.001 0.005 0.470 6 L 0.110 0.181 0.007 0.081 0.093 0.166 0.082 0.002 0.001 0.007 0.270 7 K 0.041 0.227 0.003 0.083 0.097 0.194 0.099 0.004 0.001 0.005 0.246 8 R 0.049 0.115 0.005 0.032 0.059 0.110 0.070 0.007 0.001 0.006 0.547 9 E 0.115 0.199 0.015 0.029 0.044 0.098 0.059 0.007 0.001 0.007 0.427 10 Q 0.084 0.177 0.011 0.027 0.030 0.073 0.043 0.010 0.001 0.006 0.538 11 E 0.083 0.164 0.009 0.027 0.047 0.059 0.058 0.008 0.001 0.004 0.539 12 F 0.132 0.241 0.008 0.035 0.073 0.074 0.052 0.006 0.001 0.003 0.376 13 V 0.039 0.384 0.006 0.062 0.077 0.178 0.043 0.004 0.001 0.002 0.206 14 S 0.025 0.364 0.003 0.074 0.115 0.197 0.039 0.006 0.001 0.002 0.176 15 Q 0.116 0.371 0.005 0.030 0.047 0.115 0.059 0.013 0.001 0.006 0.236 16 Y 0.188 0.281 0.015 0.059 0.108 0.131 0.052 0.035 0.001 0.007 0.124 17 H 0.139 0.128 0.042 0.053 0.082 0.100 0.071 0.021 0.001 0.010 0.354 18 F 0.022 0.041 0.069 0.095 0.134 0.196 0.063 0.005 0.001 0.005 0.368 19 D 0.034 0.019 0.003 0.074 0.116 0.137 0.161 0.006 0.001 0.004 0.446 20 A 0.064 0.012 0.013 0.046 0.024 0.036 0.041 0.002 0.001 0.007 0.756 21 R 0.027 0.014 0.003 0.054 0.043 0.092 0.394 0.002 0.001 0.012 0.359 22 N 0.249 0.014 0.007 0.030 0.018 0.033 0.192 0.003 0.001 0.038 0.416 23 F 0.147 0.051 0.012 0.051 0.031 0.046 0.098 0.002 0.001 0.013 0.547 24 E 0.033 0.019 0.005 0.029 0.046 0.055 0.213 0.001 0.001 0.008 0.591 25 W 0.081 0.037 0.006 0.030 0.063 0.096 0.111 0.001 0.001 0.007 0.569 26 E 0.034 0.084 0.002 0.044 0.130 0.265 0.093 0.002 0.001 0.004 0.344 27 N 0.058 0.122 0.001 0.023 0.078 0.097 0.080 0.002 0.001 0.005 0.531 28 E 0.270 0.182 0.003 0.014 0.041 0.066 0.095 0.009 0.001 0.013 0.307 29 N 0.234 0.105 0.008 0.011 0.024 0.030 0.139 0.020 0.001 0.012 0.416 30 G 0.368 0.035 0.027 0.018 0.020 0.023 0.102 0.022 0.001 0.027 0.358 31 A 0.189 0.014 0.213 0.035 0.050 0.058 0.141 0.003 0.001 0.013 0.284 32 P 0.001 0.001 0.003 0.008 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.966 33 E 0.005 0.001 0.001 0.094 0.102 0.287 0.115 0.001 0.001 0.003 0.392 34 T 0.079 0.003 0.001 0.165 0.119 0.196 0.088 0.001 0.001 0.010 0.338 35 K 0.031 0.007 0.001 0.205 0.115 0.142 0.056 0.001 0.001 0.004 0.438 36 V 0.012 0.003 0.002 0.321 0.136 0.240 0.063 0.001 0.001 0.004 0.220 37 D 0.017 0.004 0.001 0.371 0.115 0.188 0.082 0.001 0.001 0.004 0.217 38 V 0.013 0.007 0.003 0.247 0.114 0.182 0.072 0.001 0.001 0.006 0.354 39 N 0.017 0.008 0.002 0.122 0.094 0.164 0.249 0.001 0.001 0.008 0.335 40 F 0.036 0.008 0.003 0.064 0.035 0.050 0.101 0.001 0.001 0.012 0.689 41 Q 0.034 0.021 0.002 0.039 0.039 0.060 0.351 0.001 0.001 0.014 0.439 42 L 0.093 0.033 0.003 0.021 0.027 0.047 0.242 0.002 0.001 0.020 0.512 43 L 0.127 0.170 0.005 0.043 0.040 0.086 0.139 0.004 0.001 0.011 0.374 44 Q 0.148 0.128 0.007 0.012 0.023 0.045 0.120 0.005 0.001 0.009 0.504 45 H 0.134 0.128 0.008 0.008 0.011 0.024 0.054 0.005 0.001 0.003 0.624 46 D 0.089 0.094 0.003 0.008 0.018 0.021 0.071 0.010 0.001 0.003 0.683 47 Q 0.112 0.124 0.007 0.003 0.007 0.006 0.094 0.003 0.001 0.005 0.637 48 E 0.089 0.272 0.004 0.005 0.013 0.022 0.170 0.008 0.001 0.008 0.407 49 N 0.168 0.283 0.005 0.009 0.018 0.022 0.143 0.015 0.001 0.014 0.323 50 Q 0.296 0.263 0.008 0.005 0.014 0.014 0.093 0.012 0.001 0.014 0.281 51 V 0.188 0.315 0.057 0.014 0.023 0.038 0.040 0.009 0.001 0.009 0.305 52 T 0.067 0.128 0.016 0.073 0.123 0.099 0.053 0.016 0.001 0.005 0.421 53 S 0.055 0.050 0.018 0.095 0.143 0.187 0.073 0.006 0.001 0.008 0.365 54 L 0.021 0.031 0.007 0.242 0.241 0.329 0.036 0.003 0.001 0.002 0.089 55 I 0.011 0.025 0.004 0.355 0.186 0.304 0.029 0.001 0.001 0.002 0.082 56 V 0.003 0.011 0.001 0.308 0.299 0.324 0.012 0.001 0.001 0.001 0.039 57 I 0.004 0.012 0.001 0.301 0.171 0.367 0.021 0.001 0.001 0.001 0.122 58 L 0.003 0.007 0.001 0.268 0.247 0.403 0.017 0.001 0.001 0.001 0.051 59 S 0.005 0.006 0.002 0.175 0.164 0.329 0.035 0.001 0.001 0.003 0.280 60 F 0.009 0.006 0.003 0.117 0.240 0.361 0.045 0.001 0.001 0.005 0.214 61 M 0.034 0.010 0.004 0.103 0.238 0.308 0.049 0.002 0.001 0.006 0.247 62 I 0.019 0.011 0.004 0.073 0.234 0.280 0.053 0.002 0.001 0.004 0.321 63 V 0.012 0.007 0.002 0.062 0.226 0.352 0.054 0.001 0.001 0.003 0.281 64 F 0.013 0.008 0.002 0.044 0.141 0.285 0.073 0.001 0.001 0.004 0.429 65 D 0.022 0.008 0.001 0.032 0.099 0.159 0.113 0.001 0.001 0.008 0.557 66 K 0.091 0.007 0.003 0.021 0.036 0.061 0.127 0.002 0.001 0.020 0.632 67 F 0.241 0.012 0.010 0.047 0.091 0.081 0.144 0.003 0.001 0.021 0.350 68 V 0.062 0.015 0.014 0.079 0.150 0.166 0.164 0.001 0.001 0.009 0.340 69 I 0.007 0.009 0.004 0.065 0.175 0.289 0.072 0.001 0.001 0.002 0.376 70 S 0.008 0.010 0.001 0.087 0.159 0.387 0.070 0.001 0.001 0.002 0.274 71 G 0.028 0.012 0.002 0.041 0.112 0.158 0.071 0.001 0.001 0.006 0.569 72 T 0.031 0.022 0.003 0.047 0.112 0.176 0.183 0.001 0.001 0.011 0.414 73 I 0.021 0.035 0.003 0.083 0.120 0.279 0.137 0.001 0.001 0.009 0.312 74 S 0.030 0.096 0.002 0.094 0.155 0.253 0.083 0.002 0.001 0.010 0.274 75 Q 0.044 0.144 0.003 0.053 0.158 0.216 0.104 0.003 0.001 0.012 0.262 76 V 0.093 0.254 0.013 0.036 0.090 0.184 0.063 0.006 0.001 0.008 0.253 77 N 0.031 0.208 0.006 0.111 0.228 0.287 0.036 0.007 0.001 0.003 0.082 78 H 0.023 0.234 0.009 0.074 0.118 0.179 0.047 0.008 0.001 0.004 0.304 79 I 0.050 0.192 0.019 0.072 0.182 0.263 0.053 0.006 0.001 0.003 0.159 80 D 0.012 0.088 0.005 0.053 0.063 0.133 0.060 0.004 0.001 0.002 0.580 81 G 0.035 0.040 0.003 0.033 0.057 0.085 0.119 0.009 0.001 0.013 0.606 82 R 0.390 0.083 0.049 0.015 0.018 0.026 0.142 0.003 0.001 0.026 0.250 83 I 0.119 0.169 0.010 0.045 0.046 0.051 0.104 0.013 0.001 0.006 0.437 84 V 0.113 0.103 0.012 0.078 0.048 0.091 0.064 0.009 0.001 0.009 0.472 85 N 0.128 0.077 0.014 0.042 0.040 0.077 0.077 0.012 0.001 0.006 0.527 86 E 0.137 0.029 0.013 0.018 0.020 0.030 0.060 0.006 0.001 0.003 0.685 87 P 0.004 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972 88 S 0.013 0.004 0.001 0.015 0.015 0.028 0.294 0.001 0.001 0.004 0.626 89 E 0.368 0.026 0.001 0.012 0.005 0.010 0.161 0.002 0.001 0.012 0.403 90 L 0.304 0.217 0.005 0.045 0.016 0.023 0.088 0.003 0.001 0.007 0.291 91 N 0.189 0.143 0.006 0.012 0.007 0.016 0.202 0.002 0.001 0.008 0.414 92 Q 0.079 0.176 0.005 0.013 0.005 0.012 0.071 0.004 0.001 0.004 0.630 93 E 0.032 0.199 0.002 0.003 0.003 0.003 0.058 0.002 0.001 0.001 0.696 94 E 0.057 0.261 0.002 0.006 0.011 0.017 0.399 0.011 0.001 0.008 0.229 95 V 0.069 0.658 0.003 0.010 0.009 0.019 0.031 0.008 0.001 0.003 0.190 96 E 0.035 0.884 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.060 97 T 0.051 0.818 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.117 98 L 0.139 0.778 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.064 99 A 0.266 0.582 0.033 0.002 0.001 0.005 0.010 0.020 0.001 0.003 0.080 100 R 0.103 0.509 0.079 0.013 0.002 0.032 0.017 0.012 0.001 0.001 0.232 101 P 0.004 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.962 102 C 0.121 0.465 0.002 0.011 0.004 0.008 0.031 0.004 0.001 0.002 0.352 103 L 0.044 0.699 0.002 0.007 0.008 0.018 0.027 0.006 0.001 0.001 0.189 104 N 0.024 0.871 0.001 0.004 0.003 0.005 0.016 0.002 0.001 0.001 0.073 105 M 0.053 0.881 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.051 106 L 0.025 0.912 0.001 0.004 0.010 0.014 0.006 0.006 0.001 0.001 0.022 107 N 0.038 0.868 0.005 0.007 0.010 0.018 0.005 0.017 0.001 0.001 0.032 108 R 0.095 0.653 0.022 0.010 0.011 0.027 0.007 0.054 0.001 0.001 0.121 109 L 0.206 0.424 0.032 0.035 0.078 0.036 0.012 0.056 0.001 0.001 0.119 110 T 0.137 0.189 0.093 0.077 0.061 0.093 0.077 0.015 0.001 0.007 0.250 111 Y 0.013 0.074 0.108 0.175 0.196 0.224 0.050 0.003 0.001 0.002 0.155 112 E 0.008 0.049 0.003 0.286 0.181 0.271 0.067 0.001 0.001 0.002 0.132 113 V 0.009 0.041 0.003 0.186 0.152 0.352 0.071 0.001 0.001 0.005 0.179 114 T 0.008 0.041 0.003 0.353 0.201 0.324 0.023 0.001 0.001 0.002 0.043 115 E 0.009 0.037 0.002 0.219 0.191 0.279 0.046 0.002 0.001 0.003 0.211 116 I 0.014 0.031 0.002 0.234 0.255 0.281 0.034 0.002 0.001 0.003 0.143 117 A 0.038 0.043 0.008 0.190 0.195 0.282 0.048 0.004 0.001 0.004 0.187 118 L 0.013 0.047 0.003 0.196 0.183 0.346 0.060 0.006 0.001 0.003 0.142 119 D 0.073 0.034 0.007 0.116 0.120 0.218 0.088 0.015 0.001 0.011 0.318 120 L 0.073 0.015 0.024 0.046 0.070 0.091 0.141 0.004 0.001 0.008 0.529 121 P 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.970 122 G 0.047 0.001 0.005 0.043 0.034 0.045 0.241 0.001 0.001 0.020 0.564 123 I 0.402 0.005 0.011 0.069 0.034 0.041 0.089 0.001 0.001 0.024 0.325 124 N 0.020 0.012 0.002 0.154 0.097 0.139 0.109 0.001 0.001 0.002 0.464 125 L 0.012 0.006 0.001 0.261 0.123 0.194 0.053 0.001 0.001 0.002 0.346 126 E 0.022 0.015 0.001 0.155 0.072 0.149 0.102 0.001 0.001 0.005 0.480 127 F 0.051 0.029 0.004 0.120 0.125 0.200 0.098 0.002 0.001 0.010 0.361