# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.320 0.198 0.189 0.117 0.083 0.019 0.032 0.016 0.013 0.011 0.001 2 N 0.171 0.236 0.158 0.142 0.101 0.035 0.108 0.009 0.034 0.004 0.001 3 A 0.186 0.407 0.226 0.080 0.052 0.026 0.005 0.001 0.013 0.001 0.002 4 M 0.047 0.654 0.146 0.028 0.075 0.017 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 5 N 0.025 0.328 0.330 0.017 0.017 0.163 0.023 0.001 0.095 0.001 0.001 6 L 0.081 0.449 0.372 0.020 0.022 0.039 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 7 K 0.131 0.492 0.210 0.055 0.034 0.039 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 8 R 0.108 0.304 0.439 0.033 0.050 0.027 0.016 0.003 0.017 0.002 0.001 9 E 0.093 0.330 0.351 0.024 0.084 0.035 0.027 0.005 0.040 0.009 0.001 10 Q 0.341 0.203 0.333 0.026 0.032 0.029 0.011 0.007 0.011 0.004 0.003 11 E 0.473 0.257 0.170 0.033 0.030 0.013 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 12 F 0.462 0.175 0.255 0.027 0.021 0.038 0.003 0.002 0.012 0.002 0.002 13 V 0.613 0.167 0.095 0.038 0.016 0.043 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 14 S 0.858 0.036 0.019 0.065 0.011 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 Q 0.240 0.424 0.042 0.086 0.176 0.008 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 16 Y 0.155 0.437 0.119 0.134 0.068 0.022 0.015 0.006 0.040 0.002 0.001 17 H 0.089 0.410 0.114 0.050 0.053 0.106 0.051 0.003 0.119 0.003 0.001 18 F 0.165 0.339 0.129 0.098 0.110 0.067 0.024 0.004 0.049 0.014 0.001 19 D 0.202 0.108 0.314 0.105 0.043 0.132 0.035 0.005 0.046 0.007 0.003 20 A 0.561 0.084 0.115 0.123 0.038 0.024 0.030 0.008 0.009 0.004 0.003 21 R 0.513 0.110 0.122 0.202 0.016 0.015 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 22 N 0.120 0.076 0.168 0.241 0.038 0.128 0.122 0.011 0.091 0.005 0.001 23 F 0.574 0.085 0.150 0.109 0.018 0.016 0.025 0.005 0.015 0.002 0.001 24 E 0.705 0.041 0.172 0.051 0.006 0.011 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 25 W 0.579 0.128 0.117 0.127 0.017 0.014 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 26 E 0.544 0.138 0.190 0.067 0.018 0.017 0.007 0.002 0.012 0.004 0.001 27 N 0.424 0.093 0.283 0.074 0.037 0.042 0.019 0.008 0.014 0.005 0.001 28 E 0.736 0.069 0.041 0.116 0.006 0.014 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 29 N 0.117 0.026 0.067 0.666 0.005 0.007 0.095 0.002 0.013 0.001 0.001 30 G 0.007 0.001 0.008 0.012 0.006 0.001 0.186 0.738 0.001 0.040 0.001 31 A 0.025 0.320 0.587 0.003 0.018 0.008 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 32 P 0.103 0.012 0.820 0.007 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 33 E 0.145 0.377 0.257 0.085 0.074 0.035 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 34 T 0.060 0.551 0.131 0.066 0.153 0.009 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 35 K 0.039 0.218 0.408 0.042 0.044 0.147 0.045 0.003 0.046 0.001 0.005 36 V 0.016 0.680 0.205 0.015 0.036 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 37 D 0.015 0.251 0.474 0.011 0.022 0.180 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 38 V 0.282 0.431 0.103 0.081 0.044 0.025 0.006 0.002 0.025 0.002 0.001 39 N 0.287 0.226 0.208 0.119 0.033 0.049 0.029 0.005 0.038 0.005 0.001 40 F 0.496 0.090 0.095 0.159 0.052 0.018 0.050 0.020 0.015 0.005 0.001 41 Q 0.487 0.192 0.183 0.040 0.021 0.025 0.019 0.002 0.029 0.002 0.001 42 L 0.569 0.068 0.254 0.040 0.004 0.042 0.004 0.001 0.015 0.001 0.004 43 L 0.522 0.163 0.162 0.079 0.025 0.024 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 44 Q 0.336 0.141 0.287 0.093 0.021 0.063 0.025 0.004 0.025 0.003 0.002 45 H 0.351 0.192 0.208 0.117 0.061 0.015 0.027 0.007 0.015 0.008 0.001 46 D 0.214 0.056 0.206 0.108 0.042 0.141 0.163 0.020 0.042 0.006 0.002 47 Q 0.708 0.060 0.046 0.140 0.007 0.014 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 48 E 0.645 0.045 0.116 0.138 0.005 0.017 0.022 0.003 0.007 0.004 0.001 49 N 0.336 0.030 0.050 0.291 0.023 0.015 0.210 0.031 0.012 0.003 0.001 50 Q 0.256 0.107 0.135 0.243 0.044 0.036 0.135 0.021 0.019 0.003 0.001 51 V 0.132 0.415 0.306 0.057 0.029 0.041 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 52 T 0.243 0.363 0.103 0.197 0.068 0.010 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 53 S 0.022 0.623 0.126 0.012 0.192 0.009 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 54 L 0.012 0.771 0.155 0.004 0.027 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 I 0.010 0.825 0.091 0.005 0.037 0.011 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 56 V 0.003 0.791 0.082 0.001 0.099 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 57 I 0.005 0.626 0.299 0.002 0.008 0.041 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 58 L 0.005 0.744 0.135 0.003 0.069 0.016 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 59 S 0.018 0.500 0.366 0.010 0.028 0.058 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 60 F 0.005 0.790 0.087 0.005 0.089 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 M 0.004 0.770 0.124 0.001 0.015 0.027 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 62 I 0.015 0.283 0.599 0.002 0.002 0.081 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 63 V 0.044 0.552 0.187 0.028 0.029 0.082 0.006 0.001 0.068 0.001 0.001 64 F 0.154 0.178 0.405 0.045 0.055 0.080 0.024 0.004 0.037 0.016 0.002 65 D 0.406 0.048 0.041 0.385 0.044 0.016 0.040 0.007 0.006 0.005 0.002 66 K 0.047 0.363 0.059 0.247 0.174 0.012 0.065 0.008 0.022 0.002 0.001 67 F 0.006 0.542 0.282 0.012 0.107 0.020 0.007 0.003 0.018 0.002 0.001 68 V 0.005 0.868 0.069 0.002 0.031 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 69 I 0.016 0.621 0.187 0.011 0.020 0.082 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 70 S 0.027 0.357 0.357 0.032 0.133 0.030 0.026 0.005 0.020 0.012 0.001 71 G 0.039 0.055 0.045 0.017 0.453 0.004 0.114 0.201 0.003 0.068 0.001 72 T 0.073 0.646 0.152 0.024 0.072 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 73 I 0.067 0.582 0.256 0.007 0.016 0.051 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 74 S 0.723 0.124 0.050 0.079 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 Q 0.107 0.578 0.103 0.015 0.155 0.017 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 76 V 0.207 0.642 0.095 0.008 0.008 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 77 N 0.280 0.523 0.083 0.030 0.033 0.020 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 78 H 0.324 0.282 0.248 0.027 0.020 0.066 0.009 0.001 0.021 0.001 0.001 79 I 0.467 0.287 0.090 0.078 0.009 0.031 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 80 D 0.203 0.042 0.232 0.229 0.006 0.027 0.214 0.002 0.032 0.012 0.001 81 G 0.013 0.001 0.005 0.012 0.006 0.001 0.231 0.722 0.001 0.008 0.001 82 R 0.242 0.333 0.287 0.069 0.031 0.019 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 83 I 0.080 0.264 0.513 0.035 0.006 0.074 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 84 V 0.231 0.308 0.291 0.068 0.021 0.055 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 85 N 0.199 0.054 0.121 0.470 0.052 0.054 0.025 0.008 0.013 0.004 0.001 86 E 0.024 0.363 0.321 0.009 0.048 0.027 0.007 0.001 0.199 0.001 0.001 87 P 0.586 0.005 0.360 0.023 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 88 S 0.821 0.025 0.058 0.054 0.017 0.003 0.007 0.008 0.004 0.004 0.001 89 E 0.635 0.030 0.080 0.204 0.020 0.008 0.007 0.006 0.005 0.005 0.002 90 L 0.356 0.086 0.344 0.149 0.018 0.029 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 91 N 0.087 0.100 0.551 0.041 0.052 0.108 0.011 0.002 0.039 0.007 0.001 92 Q 0.961 0.003 0.008 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.988 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.981 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 V 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 T 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.941 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.923 0.002 0.010 0.057 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 100 R 0.947 0.003 0.014 0.006 0.003 0.001 0.007 0.008 0.002 0.008 0.001 101 P 0.986 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 C 0.953 0.001 0.002 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.985 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 M 0.955 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.935 0.010 0.018 0.030 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 N 0.972 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 R 0.808 0.049 0.014 0.110 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 109 L 0.744 0.079 0.103 0.043 0.007 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 110 T 0.764 0.124 0.047 0.031 0.019 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Y 0.760 0.106 0.058 0.027 0.024 0.009 0.005 0.003 0.007 0.002 0.001 112 E 0.800 0.052 0.097 0.017 0.002 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 V 0.705 0.171 0.064 0.023 0.012 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 114 T 0.905 0.036 0.009 0.037 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 115 E 0.607 0.247 0.048 0.019 0.063 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 116 I 0.541 0.263 0.060 0.083 0.017 0.011 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 117 A 0.362 0.251 0.198 0.043 0.030 0.035 0.007 0.004 0.068 0.002 0.001 118 L 0.264 0.244 0.174 0.207 0.036 0.045 0.010 0.003 0.012 0.004 0.001 119 D 0.136 0.115 0.234 0.219 0.036 0.131 0.069 0.008 0.043 0.008 0.001 120 L 0.033 0.360 0.251 0.003 0.064 0.018 0.044 0.001 0.223 0.002 0.001 121 P 0.101 0.004 0.805 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 122 G 0.032 0.010 0.058 0.036 0.050 0.006 0.079 0.682 0.007 0.039 0.001 123 I 0.035 0.497 0.346 0.019 0.024 0.044 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 124 N 0.022 0.273 0.328 0.041 0.009 0.214 0.027 0.001 0.083 0.001 0.002 125 L 0.065 0.560 0.228 0.044 0.047 0.030 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 126 E 0.035 0.424 0.257 0.031 0.028 0.127 0.012 0.001 0.083 0.001 0.001 127 F 0.072 0.304 0.327 0.062 0.112 0.050 0.015 0.010 0.031 0.014 0.001