# TARGET T0383 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0383.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.6274 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.771 0.136 0.048 0.027 0.013 0.004 0.001 2 N 0.589 0.217 0.115 0.056 0.019 0.004 0.001 3 A 0.570 0.241 0.114 0.055 0.016 0.004 0.001 4 M 0.413 0.186 0.150 0.135 0.089 0.026 0.002 5 N 0.422 0.285 0.180 0.079 0.027 0.007 0.001 6 L 0.227 0.186 0.212 0.225 0.122 0.027 0.002 7 K 0.529 0.293 0.117 0.044 0.013 0.003 0.001 8 R 0.464 0.271 0.147 0.081 0.029 0.006 0.001 9 E 0.582 0.230 0.107 0.058 0.020 0.003 0.001 10 Q 0.514 0.272 0.133 0.061 0.017 0.003 0.001 11 E 0.451 0.303 0.145 0.069 0.023 0.007 0.001 12 F 0.201 0.188 0.189 0.220 0.142 0.054 0.006 13 V 0.126 0.118 0.165 0.273 0.225 0.085 0.009 14 S 0.248 0.298 0.221 0.145 0.061 0.023 0.004 15 Q 0.278 0.294 0.211 0.129 0.060 0.025 0.004 16 Y 0.126 0.137 0.187 0.233 0.203 0.103 0.010 17 H 0.195 0.146 0.156 0.198 0.181 0.110 0.013 18 F 0.271 0.189 0.178 0.181 0.127 0.049 0.005 19 D 0.328 0.270 0.189 0.123 0.062 0.024 0.003 20 A 0.297 0.219 0.183 0.162 0.097 0.038 0.005 21 R 0.344 0.237 0.183 0.137 0.073 0.023 0.003 22 N 0.483 0.250 0.132 0.082 0.040 0.012 0.001 23 F 0.335 0.239 0.198 0.142 0.067 0.017 0.001 24 E 0.635 0.250 0.076 0.028 0.009 0.002 0.001 25 W 0.258 0.239 0.229 0.182 0.075 0.016 0.001 26 E 0.465 0.270 0.141 0.082 0.033 0.008 0.001 27 N 0.474 0.278 0.141 0.077 0.025 0.005 0.001 28 E 0.476 0.256 0.147 0.085 0.031 0.006 0.001 29 N 0.486 0.247 0.141 0.083 0.034 0.009 0.001 30 G 0.480 0.290 0.141 0.064 0.020 0.005 0.001 31 A 0.280 0.211 0.203 0.181 0.095 0.027 0.002 32 P 0.459 0.271 0.142 0.085 0.034 0.008 0.001 33 E 0.329 0.275 0.206 0.126 0.050 0.013 0.001 34 T 0.287 0.284 0.220 0.138 0.056 0.014 0.001 35 K 0.192 0.342 0.263 0.138 0.050 0.013 0.001 36 V 0.061 0.071 0.127 0.260 0.313 0.156 0.013 37 D 0.205 0.319 0.244 0.141 0.063 0.025 0.003 38 V 0.078 0.107 0.169 0.284 0.243 0.110 0.010 39 N 0.211 0.265 0.231 0.162 0.087 0.039 0.006 40 F 0.102 0.153 0.229 0.258 0.186 0.066 0.007 41 Q 0.298 0.278 0.202 0.129 0.066 0.024 0.004 42 L 0.072 0.138 0.221 0.277 0.212 0.076 0.005 43 L 0.140 0.206 0.265 0.233 0.122 0.032 0.002 44 Q 0.483 0.347 0.119 0.040 0.009 0.002 0.001 45 H 0.623 0.247 0.089 0.032 0.008 0.001 0.001 46 D 0.714 0.194 0.058 0.024 0.007 0.001 0.001 47 Q 0.638 0.246 0.084 0.026 0.005 0.001 0.001 48 E 0.661 0.225 0.080 0.028 0.005 0.001 0.001 49 N 0.498 0.306 0.134 0.050 0.011 0.001 0.001 50 Q 0.354 0.376 0.184 0.070 0.015 0.002 0.001 51 V 0.121 0.172 0.222 0.281 0.161 0.039 0.003 52 T 0.071 0.158 0.245 0.265 0.185 0.069 0.007 53 S 0.063 0.102 0.176 0.257 0.246 0.137 0.019 54 L 0.036 0.036 0.045 0.084 0.199 0.410 0.190 55 I 0.023 0.050 0.072 0.129 0.213 0.296 0.218 56 V 0.022 0.035 0.058 0.100 0.137 0.267 0.381 57 I 0.015 0.035 0.060 0.108 0.154 0.267 0.361 58 L 0.016 0.023 0.044 0.092 0.142 0.340 0.343 59 S 0.022 0.068 0.124 0.210 0.223 0.229 0.125 60 F 0.020 0.027 0.036 0.086 0.185 0.442 0.204 61 M 0.028 0.092 0.151 0.238 0.240 0.202 0.049 62 I 0.021 0.050 0.083 0.182 0.293 0.322 0.049 63 V 0.072 0.202 0.275 0.273 0.134 0.041 0.003 64 F 0.138 0.241 0.283 0.213 0.105 0.019 0.001 65 D 0.522 0.315 0.120 0.035 0.007 0.001 0.001 66 K 0.509 0.354 0.106 0.026 0.005 0.001 0.001 67 F 0.109 0.122 0.199 0.286 0.223 0.058 0.003 68 V 0.108 0.289 0.299 0.210 0.077 0.015 0.001 69 I 0.034 0.034 0.060 0.183 0.344 0.302 0.044 70 S 0.055 0.160 0.251 0.271 0.166 0.079 0.017 71 G 0.043 0.091 0.137 0.189 0.214 0.238 0.087 72 T 0.048 0.090 0.157 0.226 0.212 0.181 0.086 73 I 0.029 0.051 0.080 0.160 0.242 0.315 0.122 74 S 0.051 0.102 0.150 0.213 0.198 0.199 0.089 75 Q 0.020 0.054 0.087 0.145 0.219 0.358 0.116 76 V 0.013 0.022 0.038 0.104 0.257 0.408 0.159 77 N 0.061 0.171 0.207 0.250 0.191 0.107 0.013 78 H 0.072 0.235 0.278 0.259 0.120 0.034 0.002 79 I 0.061 0.066 0.141 0.301 0.327 0.101 0.003 80 D 0.402 0.313 0.185 0.076 0.021 0.003 0.001 81 G 0.692 0.217 0.063 0.022 0.006 0.001 0.001 82 R 0.366 0.299 0.216 0.095 0.021 0.003 0.001 83 I 0.321 0.224 0.188 0.168 0.080 0.018 0.001 84 V 0.369 0.235 0.181 0.138 0.065 0.012 0.001 85 N 0.632 0.243 0.088 0.028 0.007 0.001 0.001 86 E 0.591 0.259 0.103 0.038 0.008 0.001 0.001 87 P 0.527 0.267 0.137 0.055 0.013 0.002 0.001 88 S 0.748 0.196 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 89 E 0.416 0.290 0.178 0.094 0.020 0.002 0.001 90 L 0.068 0.100 0.193 0.359 0.235 0.043 0.001 91 N 0.471 0.354 0.130 0.036 0.008 0.001 0.001 92 Q 0.524 0.360 0.096 0.017 0.002 0.001 0.001 93 E 0.754 0.172 0.050 0.018 0.005 0.001 0.001 94 E 0.277 0.286 0.220 0.150 0.056 0.011 0.001 95 V 0.067 0.127 0.212 0.360 0.204 0.030 0.001 96 E 0.306 0.456 0.186 0.046 0.006 0.001 0.001 97 T 0.290 0.281 0.220 0.150 0.050 0.009 0.001 98 L 0.083 0.073 0.120 0.201 0.288 0.220 0.015 99 A 0.094 0.084 0.140 0.285 0.278 0.113 0.006 100 R 0.255 0.322 0.235 0.135 0.044 0.009 0.001 101 P 0.282 0.208 0.191 0.176 0.103 0.038 0.002 102 C 0.193 0.102 0.105 0.150 0.206 0.216 0.029 103 L 0.247 0.150 0.153 0.176 0.172 0.094 0.009 104 N 0.391 0.323 0.165 0.084 0.028 0.007 0.001 105 M 0.322 0.156 0.176 0.188 0.104 0.047 0.007 106 L 0.341 0.112 0.073 0.099 0.170 0.183 0.021 107 N 0.480 0.256 0.152 0.085 0.022 0.005 0.001 108 R 0.438 0.289 0.164 0.076 0.027 0.006 0.001 109 L 0.295 0.117 0.136 0.199 0.174 0.072 0.007 110 T 0.193 0.183 0.179 0.214 0.148 0.076 0.007 111 Y 0.141 0.194 0.192 0.214 0.172 0.072 0.016 112 E 0.173 0.206 0.232 0.243 0.104 0.034 0.007 113 V 0.097 0.073 0.088 0.160 0.246 0.265 0.071 114 T 0.082 0.152 0.181 0.231 0.156 0.140 0.058 115 E 0.145 0.218 0.180 0.153 0.128 0.116 0.060 116 I 0.090 0.077 0.082 0.159 0.213 0.238 0.142 117 A 0.112 0.124 0.128 0.229 0.213 0.156 0.037 118 L 0.185 0.188 0.147 0.183 0.171 0.109 0.017 119 D 0.293 0.290 0.207 0.140 0.053 0.015 0.002 120 L 0.188 0.205 0.214 0.191 0.131 0.062 0.010 121 P 0.457 0.283 0.140 0.076 0.031 0.012 0.002 122 G 0.348 0.224 0.175 0.133 0.080 0.034 0.007 123 I 0.262 0.116 0.108 0.164 0.173 0.147 0.031 124 N 0.327 0.241 0.192 0.138 0.068 0.030 0.004 125 L 0.429 0.213 0.121 0.099 0.081 0.051 0.007 126 E 0.445 0.254 0.144 0.093 0.044 0.016 0.003 127 F 0.452 0.190 0.175 0.113 0.052 0.016 0.003