# TARGET T0382 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.855 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.067 0.011 0.014 0.013 2 S 0.001 0.048 0.817 0.001 0.010 0.038 0.001 0.001 0.004 0.026 0.019 0.003 0.033 3 K 0.002 0.024 0.391 0.004 0.080 0.158 0.001 0.001 0.004 0.170 0.128 0.023 0.015 4 L 0.002 0.006 0.248 0.008 0.120 0.151 0.001 0.001 0.004 0.204 0.227 0.007 0.020 5 D 0.003 0.022 0.315 0.006 0.220 0.139 0.001 0.001 0.009 0.108 0.137 0.019 0.021 6 L 0.004 0.015 0.276 0.004 0.298 0.120 0.001 0.001 0.012 0.120 0.094 0.007 0.048 7 H 0.015 0.022 0.194 0.012 0.217 0.095 0.003 0.003 0.045 0.123 0.196 0.040 0.034 8 Q 0.035 0.035 0.214 0.011 0.119 0.069 0.007 0.002 0.070 0.108 0.184 0.032 0.114 9 M 0.011 0.052 0.486 0.001 0.008 0.037 0.002 0.001 0.057 0.192 0.023 0.085 0.046 10 T 0.001 0.062 0.631 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.032 0.100 0.008 0.005 0.124 11 T 0.001 0.002 0.039 0.001 0.006 0.906 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 23 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.001 0.002 26 D 0.001 0.001 0.026 0.001 0.018 0.877 0.001 0.001 0.001 0.020 0.051 0.002 0.001 27 D 0.002 0.001 0.019 0.001 0.030 0.859 0.001 0.001 0.001 0.017 0.065 0.001 0.003 28 A 0.003 0.003 0.030 0.001 0.040 0.835 0.001 0.001 0.003 0.022 0.055 0.002 0.005 29 L 0.003 0.007 0.041 0.001 0.037 0.768 0.001 0.001 0.004 0.026 0.103 0.005 0.004 30 L 0.003 0.003 0.061 0.001 0.027 0.722 0.001 0.001 0.003 0.033 0.136 0.002 0.007 31 G 0.001 0.002 0.038 0.001 0.024 0.803 0.001 0.001 0.001 0.033 0.094 0.002 0.002 32 N 0.002 0.003 0.036 0.001 0.013 0.821 0.001 0.001 0.001 0.038 0.079 0.002 0.003 33 Q 0.001 0.003 0.045 0.001 0.014 0.871 0.001 0.001 0.001 0.019 0.040 0.001 0.003 34 I 0.001 0.002 0.010 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 35 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 36 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 37 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 38 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 39 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 41 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 44 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.001 0.001 52 K 0.001 0.004 0.035 0.001 0.022 0.693 0.001 0.001 0.002 0.022 0.222 0.001 0.001 53 A 0.001 0.004 0.079 0.001 0.022 0.293 0.001 0.001 0.001 0.138 0.462 0.001 0.001 54 R 0.001 0.003 0.620 0.001 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.216 0.099 0.001 0.001 55 D 0.001 0.001 0.048 0.001 0.031 0.093 0.001 0.001 0.001 0.095 0.731 0.001 0.001 56 G 0.001 0.002 0.109 0.001 0.024 0.168 0.001 0.001 0.001 0.120 0.576 0.001 0.001 57 D 0.001 0.010 0.305 0.001 0.032 0.435 0.001 0.001 0.001 0.165 0.047 0.001 0.003 58 Q 0.001 0.007 0.092 0.001 0.014 0.830 0.001 0.001 0.002 0.027 0.021 0.001 0.004 59 R 0.003 0.002 0.016 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.002 0.004 60 T 0.002 0.001 0.009 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 61 A 0.004 0.002 0.009 0.001 0.015 0.939 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.003 0.006 62 L 0.004 0.002 0.008 0.001 0.023 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.006 63 L 0.004 0.001 0.009 0.002 0.045 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.003 0.003 64 S 0.002 0.001 0.008 0.001 0.044 0.882 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.002 0.003 65 L 0.002 0.002 0.013 0.001 0.049 0.818 0.001 0.001 0.001 0.018 0.090 0.001 0.004 66 F 0.001 0.010 0.051 0.001 0.042 0.470 0.001 0.001 0.001 0.070 0.344 0.004 0.006 67 E 0.001 0.012 0.121 0.001 0.018 0.148 0.001 0.001 0.002 0.123 0.570 0.001 0.004 68 Y 0.001 0.003 0.682 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.258 0.031 0.001 0.002 69 P 0.001 0.005 0.144 0.001 0.032 0.099 0.001 0.001 0.001 0.267 0.450 0.001 0.002 70 N 0.001 0.005 0.180 0.001 0.042 0.104 0.001 0.001 0.002 0.234 0.428 0.001 0.004 71 M 0.001 0.005 0.167 0.001 0.058 0.622 0.001 0.001 0.005 0.083 0.050 0.002 0.007 72 Q 0.006 0.006 0.038 0.002 0.030 0.859 0.001 0.001 0.007 0.014 0.028 0.003 0.007 73 V 0.008 0.003 0.018 0.001 0.030 0.880 0.003 0.003 0.017 0.008 0.011 0.006 0.012 74 R 0.007 0.001 0.020 0.003 0.012 0.914 0.004 0.006 0.012 0.003 0.008 0.002 0.007 75 L 0.006 0.001 0.007 0.001 0.007 0.951 0.002 0.001 0.006 0.003 0.005 0.003 0.006 76 Q 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.002 0.003 77 A 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.004 78 A 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.003 79 K 0.002 0.001 0.009 0.001 0.018 0.938 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.003 80 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.021 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.003 0.003 81 T 0.002 0.003 0.004 0.001 0.011 0.928 0.001 0.001 0.002 0.006 0.037 0.001 0.005 82 L 0.004 0.003 0.011 0.004 0.012 0.820 0.003 0.001 0.001 0.013 0.123 0.005 0.002 83 A 0.003 0.002 0.035 0.001 0.004 0.683 0.001 0.001 0.002 0.022 0.242 0.001 0.004 84 V 0.003 0.014 0.336 0.001 0.005 0.335 0.001 0.001 0.005 0.143 0.140 0.004 0.014 85 A 0.001 0.017 0.698 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.006 0.220 0.010 0.008 0.007 86 P 0.001 0.007 0.665 0.001 0.012 0.189 0.001 0.001 0.004 0.080 0.027 0.001 0.017 87 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 97 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.859 0.001 0.001 0.001 0.016 0.101 0.001 0.001 98 S 0.001 0.003 0.057 0.001 0.022 0.516 0.001 0.001 0.001 0.035 0.363 0.001 0.001 99 S 0.001 0.004 0.264 0.001 0.050 0.162 0.001 0.001 0.001 0.161 0.352 0.001 0.004 100 K 0.001 0.009 0.320 0.001 0.068 0.052 0.001 0.001 0.001 0.186 0.353 0.004 0.007 101 W 0.001 0.031 0.350 0.001 0.101 0.049 0.001 0.001 0.002 0.244 0.193 0.006 0.024 102 F 0.001 0.020 0.384 0.001 0.038 0.051 0.001 0.001 0.003 0.386 0.082 0.022 0.014 103 P 0.001 0.019 0.676 0.001 0.027 0.026 0.001 0.001 0.001 0.146 0.084 0.003 0.016 104 Q 0.001 0.016 0.568 0.004 0.043 0.049 0.001 0.001 0.003 0.156 0.145 0.004 0.012 105 A 0.001 0.007 0.192 0.002 0.126 0.108 0.001 0.001 0.001 0.204 0.349 0.004 0.006 106 G 0.001 0.014 0.206 0.002 0.100 0.118 0.001 0.001 0.001 0.244 0.298 0.005 0.010 107 D 0.004 0.018 0.407 0.002 0.067 0.204 0.001 0.001 0.001 0.170 0.094 0.007 0.025 108 A 0.008 0.010 0.152 0.002 0.044 0.566 0.001 0.001 0.001 0.086 0.104 0.008 0.019 109 G 0.014 0.006 0.060 0.004 0.033 0.730 0.001 0.001 0.001 0.046 0.080 0.009 0.014 110 M 0.024 0.005 0.058 0.002 0.022 0.796 0.001 0.001 0.002 0.033 0.028 0.012 0.017 111 C 0.027 0.008 0.039 0.001 0.019 0.823 0.001 0.005 0.005 0.016 0.020 0.008 0.028 112 L 0.033 0.008 0.043 0.011 0.031 0.787 0.003 0.012 0.005 0.017 0.019 0.011 0.020 113 D 0.051 0.004 0.056 0.017 0.058 0.674 0.004 0.013 0.006 0.026 0.039 0.027 0.025 114 L 0.049 0.007 0.057 0.004 0.078 0.582 0.004 0.009 0.006 0.042 0.100 0.020 0.042 115 L 0.044 0.022 0.087 0.005 0.062 0.428 0.004 0.004 0.005 0.072 0.198 0.022 0.048 116 D 0.023 0.020 0.160 0.009 0.052 0.312 0.001 0.002 0.003 0.121 0.230 0.035 0.030 117 D 0.013 0.009 0.154 0.010 0.056 0.192 0.001 0.001 0.002 0.137 0.380 0.008 0.038 118 G 0.038 0.011 0.272 0.007 0.058 0.082 0.003 0.001 0.006 0.166 0.255 0.054 0.047 119 T 0.031 0.024 0.380 0.004 0.037 0.076 0.004 0.001 0.014 0.165 0.074 0.057 0.134 120 F 0.025 0.037 0.351 0.008 0.015 0.065 0.006 0.001 0.026 0.186 0.048 0.087 0.147 121 K 0.007 0.033 0.524 0.002 0.004 0.030 0.003 0.001 0.029 0.105 0.023 0.148 0.091 122 P 0.001 0.014 0.861 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 0.007 0.006 0.006 0.082 123 K 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005