# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.23876 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.049 0.023 0.018 0.017 0.025 0.033 0.007 0.001 0.005 0.673 2 S 0.056 0.018 0.009 0.017 0.022 0.025 0.155 0.005 0.001 0.005 0.689 3 K 0.088 0.007 0.011 0.013 0.008 0.012 0.073 0.002 0.001 0.007 0.778 4 L 0.055 0.017 0.007 0.036 0.023 0.034 0.193 0.002 0.001 0.008 0.626 5 D 0.083 0.019 0.002 0.041 0.026 0.033 0.348 0.002 0.001 0.016 0.429 6 L 0.085 0.047 0.005 0.050 0.021 0.036 0.110 0.002 0.001 0.012 0.632 7 H 0.062 0.088 0.003 0.099 0.091 0.113 0.263 0.003 0.001 0.014 0.263 8 Q 0.168 0.121 0.006 0.068 0.031 0.066 0.178 0.008 0.001 0.018 0.335 9 M 0.120 0.261 0.019 0.217 0.074 0.095 0.048 0.006 0.001 0.005 0.155 10 T 0.041 0.157 0.009 0.092 0.038 0.059 0.170 0.006 0.001 0.003 0.425 11 T 0.025 0.117 0.013 0.059 0.019 0.048 0.059 0.003 0.001 0.002 0.655 12 Q 0.013 0.234 0.003 0.070 0.017 0.048 0.146 0.003 0.001 0.003 0.464 13 D 0.021 0.216 0.001 0.005 0.003 0.006 0.277 0.003 0.001 0.004 0.463 14 L 0.029 0.767 0.001 0.003 0.003 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.166 15 V 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 16 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 17 L 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 18 F 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 19 A 0.014 0.959 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 20 K 0.017 0.897 0.009 0.003 0.003 0.009 0.002 0.029 0.001 0.001 0.030 21 V 0.066 0.825 0.006 0.005 0.008 0.008 0.002 0.030 0.001 0.001 0.050 22 T 0.123 0.695 0.014 0.011 0.011 0.010 0.007 0.022 0.001 0.001 0.107 23 V 0.037 0.512 0.064 0.038 0.039 0.048 0.031 0.016 0.001 0.002 0.214 24 E 0.040 0.351 0.020 0.047 0.047 0.113 0.119 0.013 0.001 0.005 0.245 25 Q 0.150 0.264 0.017 0.035 0.030 0.063 0.120 0.018 0.001 0.014 0.289 26 D 0.168 0.237 0.032 0.030 0.021 0.030 0.088 0.008 0.001 0.011 0.375 27 D 0.050 0.129 0.017 0.030 0.044 0.041 0.166 0.006 0.001 0.008 0.509 28 A 0.098 0.225 0.012 0.041 0.062 0.092 0.131 0.005 0.001 0.011 0.323 29 L 0.071 0.378 0.009 0.054 0.089 0.140 0.080 0.005 0.001 0.005 0.169 30 L 0.046 0.400 0.006 0.028 0.052 0.087 0.066 0.005 0.001 0.003 0.306 31 G 0.104 0.307 0.008 0.029 0.043 0.098 0.070 0.011 0.001 0.006 0.325 32 N 0.067 0.238 0.017 0.022 0.019 0.040 0.111 0.009 0.001 0.006 0.470 33 Q 0.053 0.167 0.012 0.013 0.013 0.016 0.137 0.011 0.001 0.007 0.572 34 I 0.111 0.300 0.022 0.014 0.010 0.021 0.146 0.008 0.001 0.013 0.354 35 S 0.053 0.432 0.005 0.012 0.010 0.015 0.126 0.008 0.001 0.005 0.333 36 R 0.080 0.480 0.005 0.003 0.004 0.005 0.061 0.007 0.001 0.004 0.352 37 F 0.071 0.787 0.010 0.003 0.003 0.006 0.022 0.003 0.001 0.002 0.092 38 N 0.026 0.740 0.002 0.004 0.005 0.006 0.048 0.016 0.001 0.002 0.150 39 R 0.050 0.717 0.005 0.001 0.001 0.002 0.032 0.007 0.001 0.002 0.182 40 L 0.024 0.869 0.006 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.001 0.075 41 F 0.029 0.875 0.003 0.002 0.001 0.003 0.025 0.017 0.001 0.003 0.042 42 G 0.040 0.872 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 0.057 43 V 0.038 0.914 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.036 44 M 0.019 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.028 45 A 0.014 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.078 46 E 0.020 0.900 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.055 47 I 0.033 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.028 48 A 0.012 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 49 D 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.061 50 E 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 51 L 0.030 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.021 52 K 0.087 0.854 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.029 53 A 0.091 0.829 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.033 54 R 0.205 0.481 0.007 0.002 0.002 0.001 0.003 0.093 0.001 0.001 0.205 55 D 0.130 0.142 0.041 0.005 0.002 0.001 0.020 0.040 0.001 0.001 0.617 56 G 0.054 0.025 0.052 0.009 0.002 0.002 0.149 0.018 0.001 0.007 0.682 57 D 0.222 0.016 0.030 0.005 0.001 0.001 0.516 0.002 0.001 0.015 0.191 58 Q 0.093 0.054 0.011 0.015 0.002 0.003 0.258 0.002 0.001 0.012 0.550 59 R 0.049 0.189 0.005 0.032 0.009 0.013 0.306 0.001 0.001 0.014 0.381 60 T 0.037 0.232 0.001 0.011 0.012 0.014 0.274 0.003 0.001 0.009 0.408 61 A 0.059 0.673 0.001 0.012 0.017 0.027 0.055 0.006 0.001 0.004 0.144 62 L 0.050 0.795 0.002 0.006 0.009 0.021 0.021 0.010 0.001 0.003 0.082 63 L 0.049 0.783 0.004 0.007 0.012 0.026 0.013 0.015 0.001 0.002 0.089 64 S 0.060 0.738 0.004 0.008 0.007 0.010 0.010 0.019 0.001 0.001 0.144 65 L 0.148 0.618 0.007 0.008 0.008 0.006 0.008 0.041 0.001 0.001 0.156 66 F 0.134 0.572 0.010 0.027 0.024 0.036 0.038 0.061 0.001 0.003 0.094 67 E 0.216 0.256 0.038 0.019 0.011 0.020 0.044 0.062 0.001 0.004 0.329 68 Y 0.277 0.190 0.089 0.039 0.022 0.042 0.044 0.011 0.001 0.003 0.281 69 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 70 N 0.033 0.003 0.002 0.029 0.011 0.025 0.137 0.002 0.001 0.006 0.753 71 M 0.538 0.011 0.009 0.032 0.004 0.007 0.056 0.001 0.001 0.009 0.333 72 Q 0.081 0.075 0.004 0.112 0.011 0.016 0.187 0.001 0.001 0.003 0.509 73 V 0.036 0.065 0.006 0.121 0.024 0.050 0.159 0.001 0.001 0.003 0.537 74 R 0.019 0.280 0.001 0.171 0.033 0.092 0.128 0.001 0.001 0.002 0.274 75 L 0.012 0.470 0.001 0.036 0.019 0.039 0.064 0.001 0.001 0.002 0.357 76 Q 0.015 0.660 0.001 0.005 0.005 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.279 77 A 0.013 0.836 0.001 0.002 0.003 0.005 0.024 0.002 0.001 0.001 0.113 78 A 0.015 0.922 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.043 79 K 0.018 0.938 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.025 80 L 0.026 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.029 81 T 0.034 0.912 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.033 82 L 0.035 0.855 0.015 0.004 0.004 0.004 0.005 0.028 0.001 0.001 0.050 83 A 0.067 0.765 0.011 0.013 0.005 0.008 0.015 0.062 0.001 0.001 0.053 84 V 0.169 0.597 0.051 0.022 0.004 0.007 0.013 0.047 0.001 0.001 0.088 85 A 0.151 0.264 0.092 0.051 0.014 0.015 0.047 0.020 0.001 0.001 0.345 86 P 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.983 87 V 0.010 0.008 0.002 0.022 0.002 0.007 0.176 0.001 0.001 0.002 0.772 88 K 0.178 0.039 0.001 0.005 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.707 89 A 0.129 0.609 0.001 0.008 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.225 90 R 0.066 0.655 0.001 0.006 0.001 0.005 0.033 0.002 0.001 0.002 0.230 91 E 0.066 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.169 92 Q 0.024 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.056 93 L 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 94 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 95 A 0.021 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 96 I 0.046 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.010 97 V 0.025 0.944 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.016 98 S 0.040 0.823 0.015 0.003 0.004 0.006 0.008 0.028 0.001 0.001 0.071 99 S 0.299 0.400 0.016 0.008 0.005 0.006 0.013 0.075 0.001 0.002 0.176 100 K 0.373 0.133 0.042 0.011 0.006 0.005 0.084 0.060 0.001 0.007 0.280 101 W 0.175 0.056 0.344 0.028 0.009 0.016 0.107 0.017 0.001 0.011 0.237 102 F 0.088 0.035 0.059 0.103 0.047 0.065 0.186 0.006 0.001 0.003 0.408 103 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 104 Q 0.009 0.003 0.001 0.028 0.015 0.041 0.194 0.001 0.001 0.002 0.707 105 A 0.209 0.010 0.001 0.015 0.005 0.009 0.126 0.001 0.001 0.010 0.614 106 G 0.247 0.112 0.001 0.034 0.014 0.015 0.165 0.004 0.001 0.013 0.396 107 D 0.205 0.080 0.010 0.007 0.004 0.007 0.172 0.001 0.001 0.011 0.503 108 A 0.070 0.201 0.004 0.020 0.012 0.020 0.116 0.004 0.001 0.006 0.545 109 G 0.142 0.188 0.005 0.016 0.024 0.036 0.168 0.012 0.001 0.023 0.385 110 M 0.131 0.365 0.033 0.009 0.015 0.023 0.083 0.005 0.001 0.007 0.329 111 C 0.037 0.576 0.004 0.022 0.039 0.057 0.035 0.012 0.001 0.003 0.215 112 L 0.089 0.479 0.006 0.028 0.048 0.093 0.035 0.015 0.001 0.008 0.199 113 D 0.080 0.497 0.007 0.019 0.054 0.062 0.043 0.021 0.001 0.003 0.213 114 L 0.142 0.404 0.015 0.029 0.041 0.049 0.027 0.026 0.001 0.003 0.263 115 L 0.084 0.378 0.012 0.054 0.089 0.121 0.074 0.020 0.001 0.006 0.162 116 D 0.096 0.236 0.009 0.022 0.048 0.066 0.113 0.019 0.001 0.010 0.381 117 D 0.181 0.190 0.018 0.034 0.029 0.041 0.091 0.022 0.001 0.011 0.383 118 G 0.398 0.049 0.019 0.028 0.030 0.028 0.149 0.020 0.001 0.035 0.244 119 T 0.211 0.032 0.111 0.042 0.037 0.042 0.201 0.006 0.001 0.018 0.301 120 F 0.031 0.026 0.038 0.135 0.108 0.176 0.090 0.004 0.001 0.005 0.387 121 K 0.027 0.011 0.005 0.125 0.142 0.246 0.097 0.001 0.001 0.003 0.342 122 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.974 123 K 0.007 0.002 0.001 0.075 0.085 0.271 0.123 0.001 0.001 0.003 0.432