# TARGET T0382 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.026 0.039 0.003 0.034 0.005 0.023 0.870 3 K 0.023 0.012 0.029 0.157 0.307 0.098 0.375 4 L 0.038 0.012 0.082 0.225 0.155 0.152 0.336 5 D 0.046 0.008 0.111 0.234 0.130 0.147 0.324 6 L 0.056 0.009 0.201 0.217 0.130 0.136 0.250 7 H 0.094 0.006 0.172 0.178 0.155 0.215 0.179 8 Q 0.183 0.014 0.078 0.164 0.114 0.213 0.235 9 M 0.162 0.066 0.013 0.074 0.184 0.025 0.475 10 T 0.101 0.068 0.003 0.052 0.049 0.011 0.716 11 T 0.004 0.001 0.027 0.905 0.011 0.015 0.037 12 Q 0.001 0.001 0.018 0.963 0.004 0.011 0.003 13 D 0.001 0.001 0.014 0.971 0.002 0.011 0.002 14 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.008 0.002 15 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 16 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 20 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.972 0.003 0.020 0.003 22 T 0.001 0.001 0.002 0.965 0.003 0.026 0.003 23 V 0.002 0.001 0.004 0.945 0.008 0.031 0.010 24 E 0.002 0.001 0.007 0.928 0.008 0.046 0.009 25 Q 0.004 0.001 0.005 0.902 0.020 0.050 0.019 26 D 0.006 0.001 0.010 0.886 0.025 0.035 0.036 27 D 0.009 0.001 0.019 0.909 0.015 0.032 0.016 28 A 0.014 0.002 0.030 0.883 0.011 0.043 0.016 29 L 0.020 0.003 0.039 0.822 0.016 0.075 0.025 30 L 0.025 0.003 0.026 0.734 0.036 0.115 0.060 31 G 0.013 0.003 0.029 0.653 0.065 0.137 0.100 32 N 0.009 0.002 0.031 0.588 0.098 0.175 0.096 33 Q 0.012 0.004 0.042 0.617 0.062 0.144 0.120 34 I 0.009 0.005 0.027 0.784 0.052 0.057 0.066 35 S 0.015 0.003 0.016 0.818 0.037 0.067 0.045 36 R 0.010 0.003 0.014 0.859 0.016 0.069 0.030 37 F 0.009 0.003 0.009 0.883 0.021 0.043 0.032 38 N 0.006 0.001 0.011 0.883 0.023 0.040 0.034 39 R 0.003 0.001 0.011 0.918 0.013 0.029 0.025 40 L 0.001 0.001 0.007 0.955 0.005 0.019 0.013 41 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.006 0.010 0.004 42 G 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.012 0.004 43 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.012 0.003 44 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.002 45 A 0.001 0.001 0.001 0.979 0.002 0.016 0.002 46 E 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.012 0.003 47 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.004 48 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 49 D 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.016 0.003 50 E 0.001 0.001 0.005 0.962 0.002 0.029 0.002 51 L 0.001 0.001 0.009 0.931 0.007 0.042 0.009 52 K 0.001 0.001 0.024 0.804 0.017 0.138 0.015 53 A 0.001 0.002 0.026 0.633 0.067 0.228 0.043 54 R 0.001 0.002 0.028 0.216 0.256 0.161 0.335 55 D 0.001 0.001 0.020 0.093 0.169 0.566 0.150 56 G 0.001 0.001 0.032 0.075 0.132 0.593 0.165 57 D 0.004 0.011 0.080 0.282 0.178 0.147 0.298 58 Q 0.008 0.016 0.067 0.659 0.050 0.067 0.133 59 R 0.005 0.003 0.019 0.857 0.034 0.020 0.062 60 T 0.008 0.003 0.020 0.911 0.007 0.016 0.035 61 A 0.003 0.002 0.010 0.938 0.008 0.024 0.017 62 L 0.003 0.001 0.008 0.956 0.007 0.015 0.009 63 L 0.001 0.001 0.031 0.938 0.005 0.017 0.008 64 S 0.001 0.001 0.029 0.920 0.005 0.042 0.004 65 L 0.001 0.001 0.070 0.835 0.006 0.080 0.009 66 F 0.001 0.002 0.043 0.548 0.039 0.357 0.012 67 E 0.001 0.001 0.027 0.208 0.052 0.655 0.056 68 Y 0.001 0.004 0.010 0.023 0.397 0.052 0.512 69 P 0.001 0.004 0.043 0.048 0.162 0.573 0.169 70 N 0.004 0.003 0.059 0.043 0.187 0.538 0.165 71 M 0.044 0.016 0.069 0.364 0.123 0.048 0.336 72 Q 0.148 0.018 0.013 0.541 0.025 0.029 0.227 73 V 0.068 0.006 0.016 0.778 0.024 0.018 0.091 74 R 0.038 0.004 0.012 0.858 0.014 0.024 0.050 75 L 0.005 0.001 0.005 0.948 0.011 0.016 0.015 76 Q 0.004 0.001 0.003 0.964 0.010 0.010 0.009 77 A 0.002 0.001 0.001 0.978 0.004 0.006 0.008 78 A 0.003 0.001 0.002 0.981 0.003 0.006 0.005 79 K 0.005 0.001 0.004 0.968 0.006 0.013 0.004 80 L 0.002 0.001 0.004 0.973 0.002 0.016 0.003 81 T 0.002 0.001 0.011 0.941 0.005 0.035 0.006 82 L 0.011 0.001 0.031 0.713 0.021 0.208 0.014 83 A 0.023 0.001 0.056 0.366 0.045 0.462 0.047 84 V 0.057 0.091 0.048 0.169 0.214 0.169 0.253 85 A 0.023 0.025 0.004 0.027 0.209 0.016 0.696 86 P 0.008 0.002 0.009 0.151 0.130 0.034 0.667 87 V 0.001 0.001 0.034 0.929 0.007 0.027 0.003 88 K 0.001 0.001 0.030 0.948 0.003 0.016 0.003 89 A 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.007 0.002 90 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.005 0.002 91 E 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.002 93 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.003 94 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.002 0.007 0.002 95 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.013 0.002 96 I 0.001 0.001 0.006 0.970 0.003 0.017 0.003 97 V 0.002 0.002 0.011 0.902 0.009 0.066 0.008 98 S 0.004 0.002 0.021 0.637 0.022 0.288 0.027 99 S 0.007 0.003 0.025 0.396 0.111 0.325 0.134 100 K 0.018 0.007 0.024 0.140 0.179 0.388 0.245 101 W 0.023 0.017 0.017 0.041 0.250 0.131 0.522 102 F 0.038 0.050 0.011 0.019 0.285 0.026 0.571 103 P 0.035 0.027 0.014 0.020 0.186 0.047 0.671 104 Q 0.018 0.021 0.026 0.037 0.162 0.097 0.638 105 A 0.008 0.008 0.096 0.210 0.202 0.218 0.257 106 G 0.006 0.005 0.103 0.306 0.188 0.246 0.146 107 D 0.008 0.008 0.069 0.589 0.092 0.103 0.131 108 A 0.013 0.007 0.028 0.736 0.042 0.063 0.111 109 G 0.028 0.003 0.023 0.780 0.028 0.077 0.061 110 M 0.059 0.003 0.031 0.823 0.022 0.022 0.040 111 C 0.039 0.003 0.029 0.890 0.008 0.010 0.019 112 L 0.048 0.002 0.029 0.883 0.005 0.021 0.012 113 D 0.055 0.002 0.029 0.842 0.006 0.053 0.013 114 L 0.033 0.003 0.035 0.801 0.023 0.082 0.022 115 L 0.042 0.003 0.042 0.702 0.058 0.092 0.062 116 D 0.040 0.004 0.050 0.431 0.099 0.272 0.105 117 D 0.035 0.003 0.034 0.147 0.195 0.480 0.107 118 G 0.069 0.004 0.010 0.020 0.238 0.294 0.365 119 T 0.199 0.020 0.004 0.006 0.165 0.023 0.584 120 F 0.372 0.050 0.002 0.007 0.100 0.007 0.461 121 K 0.160 0.020 0.003 0.006 0.041 0.009 0.761 122 P 0.038 0.010 0.002 0.003 0.003 0.015 0.929 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999