# TARGET T0382 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.286 0.094 0.058 0.102 0.079 0.073 0.090 0.070 0.071 0.049 0.028 2 S 0.202 0.316 0.068 0.119 0.082 0.066 0.062 0.034 0.027 0.015 0.008 3 K 0.342 0.175 0.098 0.175 0.098 0.053 0.031 0.013 0.009 0.004 0.002 4 L 0.213 0.145 0.047 0.102 0.091 0.088 0.117 0.072 0.069 0.036 0.020 5 D 0.123 0.203 0.199 0.245 0.113 0.057 0.034 0.014 0.008 0.003 0.002 6 L 0.109 0.056 0.031 0.103 0.103 0.116 0.160 0.109 0.107 0.067 0.039 7 H 0.245 0.149 0.140 0.154 0.110 0.084 0.066 0.025 0.016 0.008 0.003 8 Q 0.059 0.102 0.101 0.301 0.170 0.115 0.093 0.031 0.018 0.007 0.003 9 M 0.010 0.007 0.006 0.013 0.020 0.037 0.120 0.172 0.232 0.213 0.171 10 T 0.023 0.406 0.147 0.209 0.112 0.055 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 11 T 0.014 0.022 0.014 0.062 0.117 0.157 0.225 0.156 0.131 0.071 0.029 12 Q 0.536 0.151 0.056 0.124 0.079 0.035 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 13 D 0.020 0.096 0.105 0.389 0.215 0.107 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.016 0.068 0.121 0.257 0.264 0.254 15 V 0.001 0.001 0.006 0.012 0.023 0.064 0.239 0.223 0.213 0.148 0.071 16 A 0.003 0.015 0.380 0.240 0.185 0.102 0.050 0.012 0.008 0.004 0.001 17 L 0.001 0.004 0.021 0.049 0.097 0.210 0.337 0.137 0.075 0.045 0.024 18 F 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.005 0.033 0.087 0.250 0.333 0.279 19 A 0.001 0.002 0.026 0.016 0.020 0.052 0.200 0.179 0.202 0.179 0.124 20 K 0.004 0.019 0.515 0.232 0.134 0.058 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 21 V 0.001 0.006 0.020 0.024 0.040 0.102 0.304 0.177 0.158 0.113 0.057 22 T 0.006 0.010 0.022 0.029 0.026 0.041 0.138 0.152 0.227 0.208 0.141 23 V 0.090 0.060 0.135 0.099 0.095 0.130 0.184 0.087 0.059 0.038 0.024 24 E 0.024 0.075 0.249 0.198 0.169 0.130 0.092 0.031 0.018 0.009 0.005 25 Q 0.006 0.016 0.039 0.040 0.036 0.059 0.161 0.139 0.192 0.173 0.138 26 D 0.114 0.072 0.094 0.155 0.128 0.121 0.139 0.070 0.056 0.034 0.017 27 D 0.083 0.128 0.337 0.191 0.113 0.074 0.044 0.015 0.009 0.004 0.002 28 A 0.039 0.032 0.137 0.076 0.056 0.066 0.149 0.109 0.134 0.111 0.091 29 L 0.025 0.019 0.052 0.043 0.038 0.059 0.137 0.120 0.166 0.174 0.166 30 L 0.013 0.057 0.210 0.146 0.131 0.134 0.136 0.064 0.056 0.036 0.019 31 G 0.060 0.084 0.236 0.154 0.121 0.115 0.110 0.048 0.036 0.022 0.013 32 N 0.289 0.109 0.128 0.100 0.073 0.069 0.098 0.050 0.042 0.026 0.016 33 Q 0.081 0.120 0.128 0.122 0.081 0.090 0.132 0.076 0.076 0.055 0.039 34 I 0.055 0.057 0.126 0.113 0.103 0.120 0.149 0.086 0.088 0.064 0.038 35 S 0.173 0.117 0.347 0.147 0.085 0.053 0.043 0.016 0.011 0.005 0.003 36 R 0.057 0.097 0.245 0.181 0.132 0.110 0.102 0.036 0.023 0.011 0.005 37 F 0.044 0.046 0.080 0.081 0.059 0.074 0.154 0.112 0.143 0.122 0.085 38 N 0.068 0.051 0.155 0.109 0.109 0.132 0.170 0.080 0.063 0.040 0.022 39 R 0.033 0.063 0.364 0.167 0.124 0.091 0.081 0.033 0.024 0.013 0.007 40 L 0.012 0.043 0.120 0.082 0.053 0.068 0.175 0.123 0.148 0.115 0.061 41 F 0.034 0.052 0.156 0.127 0.090 0.106 0.176 0.093 0.086 0.055 0.025 42 G 0.170 0.120 0.395 0.121 0.073 0.050 0.042 0.015 0.008 0.004 0.002 43 V 0.011 0.044 0.205 0.131 0.103 0.117 0.187 0.090 0.069 0.032 0.012 44 M 0.003 0.006 0.044 0.029 0.036 0.071 0.245 0.177 0.189 0.134 0.066 45 A 0.064 0.072 0.416 0.201 0.113 0.071 0.046 0.010 0.005 0.002 0.001 46 E 0.011 0.042 0.331 0.257 0.174 0.105 0.058 0.014 0.006 0.002 0.001 47 I 0.001 0.002 0.014 0.007 0.007 0.013 0.075 0.117 0.257 0.273 0.234 48 A 0.001 0.003 0.026 0.050 0.115 0.220 0.334 0.126 0.076 0.037 0.013 49 D 0.020 0.042 0.768 0.117 0.033 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.002 0.010 0.041 0.078 0.155 0.256 0.330 0.083 0.031 0.011 0.004 51 L 0.001 0.002 0.009 0.005 0.004 0.008 0.051 0.090 0.233 0.301 0.297 52 K 0.008 0.032 0.108 0.237 0.285 0.190 0.099 0.025 0.011 0.004 0.002 53 A 0.061 0.132 0.476 0.178 0.077 0.043 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 54 R 0.015 0.030 0.027 0.064 0.117 0.207 0.333 0.114 0.058 0.027 0.010 55 D 0.460 0.351 0.047 0.078 0.028 0.016 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 56 G 0.478 0.125 0.048 0.108 0.090 0.068 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 57 D 0.247 0.332 0.084 0.135 0.075 0.049 0.040 0.018 0.013 0.005 0.003 58 Q 0.008 0.056 0.036 0.135 0.163 0.205 0.197 0.099 0.061 0.028 0.013 59 R 0.032 0.018 0.020 0.048 0.074 0.126 0.243 0.156 0.137 0.087 0.059 60 T 0.079 0.088 0.234 0.340 0.153 0.064 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 61 A 0.003 0.017 0.069 0.126 0.127 0.156 0.244 0.114 0.085 0.043 0.016 62 L 0.001 0.001 0.012 0.010 0.011 0.016 0.079 0.124 0.241 0.264 0.241 63 L 0.001 0.004 0.087 0.068 0.097 0.192 0.291 0.121 0.079 0.046 0.015 64 S 0.001 0.012 0.277 0.207 0.187 0.151 0.098 0.033 0.020 0.010 0.003 65 L 0.001 0.005 0.031 0.020 0.016 0.031 0.171 0.157 0.236 0.206 0.126 66 F 0.002 0.007 0.020 0.019 0.021 0.035 0.131 0.179 0.254 0.213 0.119 67 E 0.065 0.156 0.278 0.260 0.135 0.060 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 68 Y 0.015 0.040 0.064 0.081 0.101 0.145 0.270 0.151 0.087 0.036 0.011 69 P 0.520 0.230 0.096 0.085 0.033 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 70 N 0.245 0.164 0.060 0.116 0.117 0.114 0.108 0.036 0.022 0.012 0.007 71 M 0.135 0.093 0.054 0.119 0.118 0.140 0.152 0.084 0.061 0.031 0.013 72 Q 0.121 0.146 0.079 0.329 0.177 0.084 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 73 V 0.003 0.013 0.016 0.023 0.029 0.052 0.138 0.171 0.223 0.185 0.147 74 R 0.003 0.011 0.031 0.092 0.122 0.153 0.200 0.137 0.132 0.078 0.041 75 L 0.021 0.032 0.130 0.119 0.134 0.166 0.218 0.083 0.061 0.025 0.010 76 Q 0.007 0.024 0.125 0.243 0.209 0.178 0.139 0.043 0.020 0.009 0.003 77 A 0.001 0.007 0.064 0.032 0.020 0.025 0.102 0.117 0.218 0.215 0.197 78 A 0.001 0.002 0.023 0.015 0.017 0.035 0.131 0.150 0.214 0.230 0.181 79 K 0.002 0.008 0.212 0.231 0.227 0.160 0.102 0.031 0.018 0.007 0.002 80 L 0.001 0.005 0.062 0.035 0.066 0.140 0.286 0.162 0.125 0.076 0.042 81 T 0.002 0.003 0.011 0.015 0.013 0.024 0.101 0.130 0.239 0.261 0.200 82 L 0.002 0.007 0.020 0.013 0.008 0.019 0.114 0.146 0.242 0.251 0.177 83 A 0.010 0.031 0.145 0.097 0.094 0.096 0.149 0.115 0.113 0.082 0.065 84 V 0.010 0.011 0.023 0.015 0.019 0.037 0.135 0.138 0.213 0.213 0.187 85 A 0.016 0.056 0.045 0.096 0.080 0.089 0.165 0.124 0.142 0.116 0.072 86 P 0.040 0.148 0.101 0.159 0.147 0.171 0.140 0.047 0.028 0.012 0.005 87 V 0.579 0.124 0.122 0.078 0.042 0.024 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 88 K 0.378 0.208 0.134 0.168 0.064 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 89 A 0.004 0.004 0.009 0.013 0.023 0.070 0.225 0.200 0.210 0.155 0.089 90 R 0.012 0.020 0.092 0.189 0.241 0.232 0.160 0.034 0.014 0.004 0.001 91 E 0.046 0.076 0.761 0.087 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.002 0.006 0.050 0.090 0.154 0.250 0.290 0.088 0.048 0.018 0.006 93 L 0.001 0.001 0.018 0.004 0.004 0.008 0.067 0.122 0.238 0.283 0.257 94 E 0.001 0.006 0.341 0.257 0.223 0.112 0.047 0.008 0.003 0.001 0.001 95 A 0.003 0.032 0.597 0.184 0.097 0.054 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 96 I 0.001 0.003 0.017 0.013 0.020 0.048 0.233 0.191 0.224 0.163 0.086 97 V 0.005 0.007 0.024 0.015 0.026 0.067 0.248 0.204 0.196 0.133 0.075 98 S 0.046 0.155 0.480 0.197 0.073 0.030 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 99 S 0.064 0.097 0.160 0.175 0.147 0.145 0.123 0.043 0.027 0.014 0.006 100 K 0.394 0.229 0.083 0.105 0.059 0.041 0.041 0.018 0.014 0.009 0.006 101 W 0.117 0.102 0.052 0.111 0.116 0.126 0.152 0.083 0.070 0.044 0.028 102 F 0.052 0.054 0.043 0.104 0.099 0.106 0.140 0.112 0.125 0.095 0.070 103 P 0.106 0.087 0.041 0.106 0.109 0.108 0.138 0.097 0.094 0.066 0.048 104 Q 0.263 0.232 0.093 0.161 0.094 0.062 0.046 0.021 0.015 0.009 0.005 105 A 0.216 0.095 0.038 0.111 0.111 0.113 0.120 0.076 0.059 0.037 0.024 106 G 0.243 0.135 0.053 0.106 0.085 0.075 0.095 0.065 0.065 0.045 0.033 107 D 0.029 0.168 0.091 0.235 0.179 0.128 0.092 0.037 0.024 0.012 0.006 108 A 0.022 0.011 0.011 0.021 0.027 0.043 0.107 0.140 0.215 0.216 0.189 109 G 0.194 0.107 0.097 0.212 0.171 0.110 0.069 0.021 0.012 0.005 0.002 110 M 0.020 0.064 0.129 0.240 0.173 0.142 0.128 0.049 0.032 0.015 0.007 111 C 0.005 0.006 0.015 0.023 0.026 0.038 0.107 0.129 0.214 0.221 0.215 112 L 0.004 0.006 0.027 0.031 0.039 0.082 0.213 0.168 0.183 0.149 0.097 113 D 0.021 0.055 0.429 0.209 0.129 0.074 0.045 0.017 0.012 0.007 0.003 114 L 0.006 0.018 0.045 0.064 0.087 0.154 0.276 0.130 0.105 0.068 0.045 115 L 0.005 0.008 0.018 0.018 0.012 0.015 0.058 0.093 0.202 0.274 0.296 116 D 0.086 0.104 0.137 0.166 0.150 0.133 0.119 0.047 0.031 0.017 0.010 117 D 0.115 0.186 0.286 0.239 0.095 0.045 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 118 G 0.094 0.056 0.048 0.082 0.094 0.120 0.191 0.109 0.096 0.069 0.042 119 T 0.113 0.217 0.119 0.266 0.142 0.070 0.043 0.013 0.008 0.005 0.004 120 F 0.017 0.016 0.016 0.026 0.038 0.064 0.146 0.150 0.203 0.182 0.141 121 K 0.086 0.267 0.128 0.315 0.125 0.047 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 122 P 0.111 0.054 0.024 0.066 0.079 0.095 0.152 0.125 0.129 0.101 0.064 123 K 0.377 0.267 0.071 0.159 0.070 0.030 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001