# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.026 0.012 0.015 0.016 0.024 0.027 0.005 0.001 0.003 0.784 2 S 0.059 0.013 0.006 0.019 0.021 0.028 0.113 0.005 0.001 0.004 0.733 3 K 0.110 0.006 0.008 0.013 0.010 0.013 0.081 0.002 0.001 0.007 0.749 4 L 0.048 0.010 0.006 0.026 0.017 0.025 0.170 0.001 0.001 0.006 0.690 5 D 0.067 0.012 0.002 0.029 0.018 0.024 0.364 0.001 0.001 0.011 0.472 6 L 0.086 0.028 0.004 0.033 0.012 0.019 0.114 0.001 0.001 0.013 0.691 7 H 0.065 0.066 0.003 0.046 0.046 0.060 0.376 0.002 0.001 0.018 0.319 8 Q 0.241 0.085 0.006 0.041 0.018 0.038 0.222 0.008 0.001 0.025 0.318 9 M 0.198 0.244 0.026 0.153 0.047 0.060 0.056 0.006 0.001 0.008 0.201 10 T 0.046 0.129 0.009 0.075 0.038 0.053 0.241 0.006 0.001 0.004 0.397 11 T 0.022 0.104 0.014 0.040 0.014 0.032 0.058 0.002 0.001 0.002 0.713 12 Q 0.010 0.268 0.002 0.070 0.016 0.038 0.141 0.002 0.001 0.003 0.449 13 D 0.014 0.184 0.001 0.004 0.002 0.005 0.391 0.003 0.001 0.005 0.392 14 L 0.028 0.796 0.001 0.004 0.002 0.002 0.029 0.003 0.001 0.001 0.135 15 V 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 16 A 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 17 L 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 F 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 19 A 0.008 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 20 K 0.007 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 21 V 0.032 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.020 22 T 0.050 0.898 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.035 23 V 0.021 0.865 0.021 0.005 0.004 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.061 24 E 0.040 0.755 0.018 0.006 0.007 0.015 0.035 0.017 0.001 0.002 0.104 25 Q 0.122 0.644 0.013 0.009 0.007 0.016 0.045 0.028 0.001 0.005 0.112 26 D 0.097 0.516 0.035 0.007 0.004 0.006 0.025 0.011 0.001 0.003 0.296 27 D 0.038 0.416 0.015 0.013 0.019 0.016 0.112 0.013 0.001 0.004 0.353 28 A 0.102 0.553 0.011 0.014 0.018 0.029 0.064 0.011 0.001 0.006 0.192 29 L 0.049 0.773 0.008 0.018 0.020 0.032 0.024 0.006 0.001 0.002 0.069 30 L 0.037 0.726 0.005 0.009 0.013 0.022 0.022 0.006 0.001 0.001 0.158 31 G 0.118 0.581 0.008 0.013 0.017 0.036 0.027 0.016 0.001 0.003 0.181 32 N 0.073 0.486 0.022 0.015 0.011 0.020 0.051 0.018 0.001 0.003 0.302 33 Q 0.057 0.292 0.018 0.010 0.008 0.010 0.086 0.018 0.001 0.005 0.496 34 I 0.113 0.366 0.033 0.010 0.007 0.015 0.113 0.011 0.001 0.010 0.322 35 S 0.057 0.416 0.006 0.009 0.007 0.009 0.128 0.011 0.001 0.004 0.353 36 R 0.098 0.465 0.008 0.003 0.003 0.003 0.066 0.008 0.001 0.004 0.342 37 F 0.064 0.778 0.013 0.003 0.002 0.004 0.027 0.003 0.001 0.003 0.102 38 N 0.029 0.706 0.002 0.004 0.005 0.005 0.067 0.018 0.001 0.003 0.160 39 R 0.052 0.736 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.001 0.002 0.167 40 L 0.019 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.067 41 F 0.028 0.886 0.002 0.002 0.001 0.003 0.022 0.017 0.001 0.002 0.036 42 G 0.041 0.878 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.001 0.052 43 V 0.033 0.926 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 44 M 0.015 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.025 45 A 0.013 0.896 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.073 46 E 0.023 0.901 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.054 47 I 0.036 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.027 48 A 0.012 0.953 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.021 49 D 0.008 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.072 50 E 0.022 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 51 L 0.039 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.027 52 K 0.079 0.835 0.014 0.001 0.001 0.004 0.004 0.016 0.001 0.001 0.045 53 A 0.095 0.782 0.013 0.002 0.003 0.007 0.003 0.033 0.001 0.001 0.061 54 R 0.186 0.466 0.009 0.004 0.006 0.003 0.005 0.061 0.001 0.001 0.259 55 D 0.133 0.202 0.027 0.012 0.007 0.006 0.038 0.047 0.001 0.002 0.527 56 G 0.089 0.043 0.053 0.013 0.004 0.005 0.125 0.017 0.001 0.010 0.641 57 D 0.186 0.022 0.025 0.007 0.002 0.003 0.510 0.003 0.001 0.015 0.228 58 Q 0.156 0.041 0.015 0.017 0.004 0.005 0.254 0.003 0.001 0.019 0.487 59 R 0.077 0.136 0.012 0.029 0.010 0.015 0.333 0.001 0.001 0.017 0.368 60 T 0.031 0.144 0.002 0.016 0.024 0.027 0.282 0.002 0.001 0.009 0.462 61 A 0.066 0.430 0.002 0.026 0.042 0.067 0.096 0.006 0.001 0.006 0.258 62 L 0.073 0.574 0.003 0.012 0.027 0.059 0.049 0.010 0.001 0.005 0.186 63 L 0.060 0.572 0.006 0.016 0.035 0.075 0.028 0.012 0.001 0.004 0.192 64 S 0.074 0.511 0.005 0.020 0.023 0.033 0.030 0.020 0.001 0.002 0.282 65 L 0.237 0.446 0.009 0.019 0.016 0.015 0.016 0.037 0.001 0.002 0.203 66 F 0.150 0.459 0.012 0.054 0.042 0.061 0.048 0.052 0.001 0.003 0.118 67 E 0.177 0.190 0.034 0.029 0.016 0.029 0.059 0.039 0.001 0.004 0.423 68 Y 0.214 0.124 0.070 0.056 0.029 0.057 0.063 0.008 0.001 0.003 0.374 69 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 70 N 0.029 0.003 0.002 0.025 0.008 0.023 0.191 0.001 0.001 0.007 0.710 71 M 0.519 0.017 0.006 0.022 0.003 0.005 0.071 0.001 0.001 0.009 0.347 72 Q 0.079 0.147 0.002 0.063 0.008 0.010 0.177 0.001 0.001 0.002 0.511 73 V 0.038 0.169 0.004 0.043 0.011 0.025 0.128 0.001 0.001 0.002 0.579 74 R 0.021 0.574 0.001 0.055 0.020 0.058 0.083 0.001 0.001 0.002 0.185 75 L 0.013 0.720 0.001 0.009 0.008 0.023 0.033 0.002 0.001 0.001 0.191 76 Q 0.016 0.833 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.132 77 A 0.013 0.924 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.049 78 A 0.013 0.939 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.032 79 K 0.019 0.936 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.021 80 L 0.031 0.925 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.025 81 T 0.040 0.874 0.011 0.002 0.002 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.051 82 L 0.051 0.755 0.022 0.008 0.008 0.006 0.010 0.034 0.001 0.001 0.105 83 A 0.093 0.655 0.019 0.020 0.009 0.016 0.035 0.054 0.001 0.004 0.095 84 V 0.166 0.517 0.063 0.030 0.008 0.015 0.024 0.043 0.001 0.003 0.131 85 A 0.143 0.285 0.061 0.068 0.021 0.027 0.045 0.017 0.001 0.001 0.331 86 P 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 87 V 0.019 0.015 0.003 0.034 0.004 0.017 0.162 0.001 0.001 0.002 0.741 88 K 0.181 0.052 0.001 0.008 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.002 0.685 89 A 0.126 0.544 0.001 0.012 0.002 0.004 0.028 0.002 0.001 0.001 0.279 90 R 0.078 0.568 0.001 0.009 0.003 0.010 0.046 0.002 0.001 0.003 0.281 91 E 0.083 0.657 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.002 0.001 0.001 0.228 92 Q 0.034 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.077 93 L 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 94 E 0.006 0.954 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 95 A 0.028 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 96 I 0.055 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 97 V 0.031 0.928 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 98 S 0.040 0.796 0.014 0.004 0.006 0.009 0.011 0.027 0.001 0.001 0.092 99 S 0.266 0.434 0.012 0.008 0.005 0.006 0.015 0.061 0.001 0.002 0.190 100 K 0.363 0.153 0.032 0.010 0.006 0.005 0.099 0.057 0.001 0.008 0.267 101 W 0.208 0.082 0.290 0.025 0.009 0.017 0.125 0.020 0.001 0.012 0.211 102 F 0.107 0.060 0.063 0.102 0.043 0.064 0.172 0.007 0.001 0.003 0.378 103 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 104 Q 0.012 0.003 0.001 0.027 0.018 0.042 0.163 0.001 0.001 0.002 0.732 105 A 0.245 0.013 0.001 0.015 0.004 0.009 0.096 0.001 0.001 0.008 0.608 106 G 0.206 0.101 0.001 0.036 0.013 0.015 0.167 0.004 0.001 0.010 0.448 107 D 0.198 0.053 0.011 0.007 0.003 0.006 0.165 0.001 0.001 0.008 0.548 108 A 0.065 0.162 0.005 0.025 0.011 0.022 0.107 0.003 0.001 0.005 0.594 109 G 0.100 0.210 0.003 0.021 0.019 0.040 0.178 0.008 0.001 0.018 0.402 110 M 0.105 0.359 0.009 0.005 0.007 0.010 0.062 0.004 0.001 0.004 0.436 111 C 0.043 0.761 0.002 0.008 0.013 0.017 0.016 0.007 0.001 0.001 0.131 112 L 0.073 0.698 0.003 0.010 0.017 0.041 0.026 0.012 0.001 0.006 0.114 113 D 0.045 0.785 0.005 0.007 0.017 0.029 0.015 0.012 0.001 0.001 0.084 114 L 0.107 0.700 0.004 0.007 0.014 0.016 0.008 0.030 0.001 0.001 0.113 115 L 0.114 0.681 0.011 0.016 0.034 0.043 0.016 0.024 0.001 0.002 0.060 116 D 0.073 0.405 0.022 0.014 0.034 0.050 0.061 0.025 0.001 0.004 0.312 117 D 0.093 0.241 0.030 0.030 0.034 0.046 0.076 0.025 0.001 0.005 0.420 118 G 0.385 0.072 0.016 0.025 0.028 0.032 0.101 0.024 0.001 0.025 0.292 119 T 0.245 0.053 0.112 0.035 0.035 0.042 0.171 0.008 0.001 0.015 0.283 120 F 0.038 0.039 0.039 0.116 0.089 0.130 0.074 0.006 0.001 0.005 0.465 121 K 0.039 0.016 0.007 0.110 0.116 0.207 0.099 0.002 0.001 0.004 0.399 122 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.974 123 K 0.010 0.003 0.001 0.077 0.085 0.254 0.136 0.001 0.001 0.004 0.429