# TARGET T0382 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 S 0.047 0.020 0.012 0.086 0.008 0.030 0.798 3 K 0.084 0.016 0.047 0.140 0.201 0.106 0.406 4 L 0.156 0.010 0.043 0.098 0.195 0.128 0.370 5 D 0.159 0.011 0.030 0.060 0.120 0.056 0.563 6 L 0.102 0.014 0.172 0.237 0.131 0.110 0.234 7 H 0.107 0.008 0.173 0.246 0.126 0.150 0.189 8 Q 0.209 0.055 0.103 0.114 0.073 0.154 0.293 9 M 0.186 0.038 0.003 0.022 0.082 0.007 0.661 10 T 0.161 0.056 0.003 0.026 0.032 0.008 0.713 11 T 0.009 0.003 0.055 0.855 0.010 0.031 0.038 12 Q 0.001 0.001 0.039 0.924 0.008 0.021 0.007 13 D 0.001 0.001 0.043 0.925 0.005 0.016 0.009 14 L 0.001 0.001 0.015 0.968 0.001 0.009 0.005 15 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 16 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 18 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 20 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.027 0.001 22 T 0.001 0.001 0.004 0.945 0.004 0.038 0.007 23 V 0.001 0.001 0.009 0.908 0.012 0.060 0.009 24 E 0.001 0.001 0.010 0.863 0.014 0.081 0.031 25 Q 0.001 0.001 0.012 0.927 0.010 0.022 0.029 26 D 0.001 0.001 0.027 0.927 0.007 0.028 0.011 27 D 0.001 0.001 0.041 0.882 0.009 0.058 0.009 28 A 0.002 0.002 0.054 0.836 0.015 0.074 0.017 29 L 0.004 0.007 0.030 0.743 0.028 0.153 0.034 30 L 0.004 0.003 0.027 0.556 0.048 0.271 0.090 31 G 0.003 0.002 0.041 0.640 0.072 0.142 0.100 32 N 0.003 0.003 0.047 0.641 0.077 0.121 0.108 33 Q 0.006 0.004 0.061 0.650 0.047 0.091 0.140 34 I 0.009 0.003 0.068 0.782 0.025 0.040 0.073 35 S 0.008 0.001 0.056 0.818 0.028 0.043 0.047 36 R 0.005 0.001 0.027 0.903 0.016 0.035 0.013 37 F 0.006 0.002 0.007 0.937 0.009 0.025 0.013 38 N 0.008 0.001 0.011 0.911 0.011 0.033 0.025 39 R 0.004 0.001 0.018 0.914 0.008 0.042 0.013 40 L 0.002 0.001 0.011 0.933 0.004 0.041 0.008 41 F 0.002 0.001 0.004 0.956 0.005 0.026 0.007 42 G 0.003 0.001 0.003 0.944 0.008 0.032 0.009 43 V 0.004 0.001 0.002 0.970 0.004 0.011 0.009 44 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 45 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 46 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.008 0.002 47 I 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.009 0.003 48 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.002 49 D 0.001 0.001 0.007 0.961 0.002 0.027 0.002 50 E 0.001 0.001 0.011 0.942 0.002 0.040 0.003 51 L 0.004 0.002 0.025 0.884 0.011 0.064 0.011 52 K 0.006 0.004 0.045 0.669 0.018 0.232 0.027 53 A 0.007 0.003 0.038 0.549 0.055 0.259 0.090 54 R 0.011 0.005 0.013 0.148 0.328 0.066 0.430 55 D 0.003 0.003 0.022 0.239 0.124 0.494 0.115 56 G 0.003 0.002 0.016 0.206 0.171 0.527 0.075 57 D 0.013 0.034 0.011 0.306 0.188 0.061 0.387 58 Q 0.014 0.015 0.012 0.778 0.031 0.050 0.100 59 R 0.009 0.002 0.022 0.900 0.011 0.024 0.034 60 T 0.011 0.002 0.044 0.902 0.011 0.014 0.015 61 A 0.011 0.003 0.056 0.870 0.009 0.038 0.013 62 L 0.013 0.004 0.027 0.867 0.006 0.066 0.016 63 L 0.009 0.001 0.085 0.838 0.011 0.037 0.019 64 S 0.011 0.001 0.133 0.782 0.009 0.053 0.011 65 L 0.010 0.001 0.199 0.672 0.009 0.097 0.012 66 F 0.032 0.019 0.115 0.515 0.083 0.194 0.041 67 E 0.037 0.013 0.059 0.306 0.114 0.324 0.147 68 Y 0.022 0.003 0.008 0.053 0.425 0.034 0.455 69 P 0.004 0.002 0.020 0.172 0.083 0.661 0.058 70 N 0.008 0.003 0.013 0.235 0.124 0.555 0.062 71 M 0.047 0.012 0.003 0.678 0.058 0.016 0.185 72 Q 0.061 0.006 0.001 0.824 0.015 0.007 0.087 73 V 0.084 0.008 0.001 0.841 0.013 0.004 0.048 74 R 0.041 0.002 0.002 0.908 0.007 0.004 0.038 75 L 0.007 0.001 0.003 0.977 0.002 0.005 0.005 76 Q 0.006 0.001 0.003 0.974 0.003 0.010 0.004 77 A 0.007 0.001 0.008 0.964 0.003 0.011 0.007 78 A 0.019 0.002 0.009 0.945 0.005 0.014 0.006 79 K 0.015 0.001 0.011 0.932 0.004 0.030 0.006 80 L 0.014 0.001 0.015 0.889 0.009 0.064 0.007 81 T 0.018 0.002 0.021 0.813 0.011 0.119 0.017 82 L 0.055 0.004 0.038 0.613 0.049 0.202 0.040 83 A 0.149 0.007 0.038 0.470 0.060 0.181 0.094 84 V 0.179 0.017 0.022 0.283 0.099 0.111 0.290 85 A 0.090 0.018 0.003 0.059 0.266 0.015 0.549 86 P 0.039 0.012 0.005 0.088 0.121 0.018 0.717 87 V 0.003 0.001 0.036 0.852 0.033 0.044 0.031 88 K 0.002 0.001 0.032 0.904 0.012 0.030 0.017 89 A 0.001 0.001 0.018 0.966 0.001 0.008 0.007 90 R 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.003 0.003 91 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 92 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 94 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 96 I 0.001 0.001 0.003 0.970 0.001 0.021 0.005 97 V 0.001 0.002 0.009 0.905 0.010 0.060 0.014 98 S 0.001 0.001 0.017 0.567 0.024 0.349 0.041 99 S 0.002 0.002 0.049 0.252 0.134 0.405 0.156 100 K 0.005 0.003 0.064 0.092 0.264 0.349 0.222 101 W 0.019 0.016 0.054 0.044 0.307 0.158 0.400 102 F 0.040 0.047 0.022 0.015 0.340 0.046 0.491 103 P 0.025 0.029 0.030 0.014 0.165 0.078 0.660 104 Q 0.035 0.024 0.028 0.018 0.291 0.145 0.460 105 A 0.028 0.024 0.035 0.036 0.177 0.185 0.515 106 G 0.018 0.016 0.018 0.049 0.288 0.083 0.527 107 D 0.020 0.021 0.011 0.073 0.125 0.031 0.718 108 A 0.008 0.005 0.050 0.768 0.027 0.101 0.042 109 G 0.008 0.002 0.053 0.810 0.024 0.084 0.019 110 M 0.019 0.007 0.109 0.747 0.025 0.050 0.043 111 C 0.025 0.010 0.088 0.785 0.015 0.044 0.033 112 L 0.015 0.003 0.232 0.672 0.008 0.053 0.017 113 D 0.019 0.002 0.287 0.480 0.019 0.175 0.019 114 L 0.027 0.004 0.304 0.439 0.025 0.172 0.029 115 L 0.128 0.029 0.138 0.200 0.207 0.128 0.170 116 D 0.092 0.017 0.110 0.086 0.104 0.444 0.147 117 D 0.036 0.004 0.064 0.022 0.073 0.748 0.054 118 G 0.105 0.006 0.039 0.016 0.209 0.396 0.229 119 T 0.322 0.046 0.014 0.008 0.115 0.047 0.448 120 F 0.519 0.086 0.003 0.002 0.062 0.008 0.319 121 K 0.374 0.051 0.003 0.002 0.048 0.010 0.512 122 P 0.133 0.026 0.028 0.012 0.038 0.031 0.733 123 K 0.022 0.003 0.017 0.004 0.028 0.017 0.909