# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.280 0.153 0.162 0.138 0.114 0.063 0.040 0.022 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 S 0.326 0.141 0.127 0.130 0.110 0.078 0.042 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.385 0.181 0.142 0.114 0.090 0.039 0.022 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 L 0.266 0.125 0.122 0.152 0.124 0.091 0.052 0.036 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 5 D 0.444 0.200 0.118 0.092 0.068 0.035 0.019 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.127 0.087 0.110 0.148 0.168 0.124 0.090 0.074 0.037 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 7 H 0.208 0.111 0.104 0.143 0.143 0.118 0.076 0.047 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 8 Q 0.187 0.136 0.179 0.149 0.143 0.089 0.054 0.027 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 9 M 0.189 0.064 0.067 0.116 0.142 0.150 0.099 0.074 0.044 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 10 T 0.116 0.153 0.148 0.211 0.152 0.100 0.063 0.029 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 11 T 0.030 0.025 0.040 0.092 0.148 0.224 0.166 0.114 0.102 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 12 Q 0.202 0.229 0.215 0.149 0.107 0.055 0.026 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.298 0.317 0.190 0.097 0.054 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.011 0.014 0.028 0.085 0.155 0.231 0.225 0.189 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 15 V 0.008 0.014 0.041 0.105 0.177 0.199 0.240 0.132 0.059 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 16 A 0.293 0.332 0.220 0.073 0.044 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.061 0.148 0.206 0.216 0.175 0.106 0.056 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.004 0.005 0.015 0.045 0.096 0.158 0.347 0.267 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 19 A 0.010 0.022 0.050 0.087 0.171 0.237 0.230 0.116 0.053 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 20 K 0.195 0.277 0.220 0.136 0.100 0.040 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.034 0.057 0.115 0.197 0.215 0.180 0.112 0.060 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 22 T 0.012 0.013 0.029 0.101 0.180 0.206 0.217 0.138 0.077 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 23 V 0.060 0.085 0.121 0.203 0.191 0.156 0.098 0.049 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.332 0.249 0.175 0.115 0.065 0.032 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.057 0.051 0.086 0.156 0.193 0.198 0.124 0.067 0.040 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 26 D 0.131 0.137 0.155 0.165 0.185 0.112 0.057 0.029 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 27 D 0.236 0.177 0.146 0.154 0.133 0.070 0.036 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 28 A 0.068 0.045 0.062 0.134 0.167 0.168 0.150 0.109 0.054 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 29 L 0.058 0.044 0.071 0.115 0.166 0.182 0.146 0.091 0.065 0.033 0.017 0.008 0.003 0.001 30 L 0.204 0.152 0.130 0.169 0.135 0.089 0.056 0.031 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 31 G 0.206 0.119 0.116 0.146 0.136 0.111 0.073 0.035 0.032 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 32 N 0.257 0.144 0.152 0.150 0.123 0.084 0.045 0.020 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.403 0.209 0.147 0.103 0.070 0.033 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.218 0.121 0.142 0.153 0.141 0.102 0.063 0.031 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 35 S 0.472 0.202 0.130 0.081 0.057 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.333 0.197 0.165 0.116 0.095 0.045 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 37 F 0.081 0.055 0.073 0.133 0.198 0.188 0.123 0.077 0.043 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 38 N 0.193 0.141 0.134 0.162 0.150 0.090 0.057 0.038 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 39 R 0.333 0.197 0.152 0.121 0.078 0.052 0.030 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 40 L 0.063 0.043 0.060 0.124 0.186 0.199 0.127 0.085 0.067 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 41 F 0.063 0.066 0.110 0.179 0.187 0.157 0.119 0.056 0.037 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 42 G 0.531 0.242 0.109 0.056 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.163 0.194 0.179 0.169 0.130 0.082 0.046 0.020 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 44 M 0.040 0.048 0.082 0.144 0.215 0.197 0.139 0.073 0.044 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 45 A 0.331 0.223 0.175 0.113 0.083 0.040 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.358 0.227 0.184 0.108 0.068 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.025 0.022 0.042 0.109 0.201 0.230 0.164 0.113 0.060 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 48 A 0.045 0.069 0.124 0.226 0.236 0.136 0.082 0.041 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 49 D 0.655 0.208 0.071 0.034 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.114 0.163 0.173 0.211 0.177 0.085 0.045 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 L 0.037 0.029 0.065 0.125 0.198 0.197 0.166 0.117 0.044 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 52 K 0.301 0.194 0.206 0.138 0.088 0.042 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.622 0.135 0.087 0.069 0.046 0.023 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.248 0.175 0.136 0.204 0.143 0.052 0.021 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.598 0.218 0.104 0.043 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 G 0.503 0.198 0.133 0.076 0.051 0.023 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.318 0.176 0.148 0.142 0.103 0.061 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 Q 0.181 0.132 0.121 0.134 0.164 0.117 0.070 0.046 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 59 R 0.082 0.086 0.104 0.157 0.178 0.167 0.113 0.072 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 60 T 0.161 0.164 0.157 0.140 0.154 0.101 0.059 0.033 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 61 A 0.023 0.022 0.045 0.090 0.137 0.188 0.198 0.168 0.067 0.036 0.014 0.007 0.003 0.001 62 L 0.014 0.012 0.027 0.060 0.121 0.176 0.216 0.180 0.115 0.050 0.016 0.009 0.003 0.001 63 L 0.055 0.071 0.091 0.129 0.161 0.152 0.114 0.096 0.063 0.035 0.017 0.010 0.004 0.001 64 S 0.085 0.100 0.114 0.178 0.163 0.133 0.094 0.069 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 65 L 0.021 0.019 0.037 0.103 0.158 0.180 0.192 0.132 0.097 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 66 F 0.043 0.045 0.082 0.150 0.182 0.204 0.145 0.074 0.045 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 67 E 0.350 0.231 0.156 0.111 0.075 0.037 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.122 0.098 0.121 0.197 0.181 0.124 0.076 0.040 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 69 P 0.341 0.181 0.153 0.111 0.090 0.061 0.032 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 70 N 0.255 0.163 0.155 0.140 0.139 0.068 0.036 0.020 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 M 0.228 0.095 0.101 0.137 0.134 0.117 0.083 0.048 0.025 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 72 Q 0.237 0.154 0.140 0.133 0.130 0.083 0.053 0.027 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 73 V 0.067 0.030 0.043 0.080 0.104 0.138 0.141 0.158 0.100 0.070 0.034 0.021 0.011 0.003 74 R 0.055 0.057 0.072 0.126 0.157 0.140 0.134 0.120 0.077 0.032 0.016 0.009 0.004 0.002 75 L 0.054 0.041 0.053 0.081 0.099 0.140 0.134 0.122 0.091 0.083 0.055 0.028 0.014 0.005 76 Q 0.112 0.111 0.129 0.152 0.150 0.122 0.097 0.054 0.036 0.017 0.010 0.005 0.002 0.002 77 A 0.023 0.021 0.038 0.081 0.134 0.167 0.187 0.158 0.087 0.052 0.028 0.014 0.006 0.004 78 A 0.023 0.019 0.038 0.060 0.096 0.197 0.224 0.161 0.090 0.049 0.021 0.012 0.007 0.002 79 K 0.060 0.088 0.107 0.163 0.213 0.122 0.101 0.073 0.036 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 80 L 0.046 0.038 0.057 0.098 0.108 0.160 0.161 0.123 0.089 0.059 0.034 0.016 0.006 0.003 81 T 0.036 0.028 0.041 0.103 0.171 0.173 0.151 0.112 0.097 0.057 0.015 0.010 0.004 0.003 82 L 0.049 0.025 0.034 0.047 0.063 0.099 0.145 0.179 0.144 0.087 0.061 0.037 0.023 0.007 83 A 0.055 0.047 0.072 0.117 0.154 0.162 0.139 0.107 0.065 0.041 0.019 0.012 0.006 0.004 84 V 0.087 0.042 0.049 0.071 0.102 0.138 0.127 0.090 0.101 0.078 0.065 0.031 0.013 0.006 85 A 0.053 0.050 0.071 0.163 0.196 0.164 0.126 0.064 0.059 0.028 0.015 0.007 0.002 0.002 86 P 0.068 0.070 0.083 0.123 0.155 0.159 0.128 0.088 0.074 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 87 V 0.319 0.195 0.140 0.124 0.094 0.060 0.031 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 88 K 0.280 0.255 0.199 0.125 0.072 0.033 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.029 0.022 0.046 0.098 0.189 0.243 0.162 0.098 0.081 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 90 R 0.096 0.133 0.204 0.234 0.186 0.084 0.036 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.669 0.215 0.075 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.040 0.082 0.109 0.249 0.242 0.141 0.078 0.044 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.011 0.013 0.031 0.088 0.161 0.200 0.225 0.140 0.103 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 94 E 0.293 0.314 0.179 0.121 0.052 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.532 0.280 0.135 0.031 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.030 0.029 0.066 0.154 0.299 0.200 0.118 0.070 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 V 0.057 0.070 0.127 0.194 0.229 0.144 0.108 0.043 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 98 S 0.606 0.203 0.086 0.051 0.027 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 S 0.392 0.230 0.147 0.119 0.061 0.027 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 K 0.375 0.191 0.161 0.100 0.078 0.049 0.023 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 101 W 0.172 0.101 0.111 0.129 0.183 0.138 0.074 0.050 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 102 F 0.161 0.100 0.108 0.152 0.150 0.115 0.086 0.064 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 103 P 0.150 0.083 0.089 0.122 0.135 0.130 0.096 0.070 0.056 0.040 0.016 0.010 0.003 0.001 104 Q 0.149 0.109 0.111 0.139 0.134 0.103 0.077 0.070 0.047 0.028 0.017 0.009 0.003 0.002 105 A 0.113 0.076 0.088 0.108 0.123 0.141 0.116 0.079 0.063 0.039 0.026 0.017 0.007 0.003 106 G 0.124 0.083 0.091 0.124 0.122 0.139 0.118 0.071 0.050 0.036 0.023 0.011 0.006 0.003 107 D 0.080 0.084 0.106 0.133 0.163 0.145 0.111 0.073 0.049 0.024 0.017 0.008 0.004 0.003 108 A 0.032 0.022 0.037 0.065 0.097 0.150 0.170 0.119 0.113 0.089 0.055 0.030 0.015 0.006 109 G 0.056 0.081 0.095 0.139 0.155 0.141 0.139 0.081 0.053 0.027 0.018 0.009 0.004 0.002 110 M 0.042 0.041 0.059 0.095 0.109 0.146 0.128 0.114 0.100 0.072 0.051 0.023 0.013 0.007 111 C 0.013 0.012 0.022 0.057 0.102 0.135 0.197 0.216 0.121 0.065 0.030 0.018 0.007 0.005 112 L 0.017 0.015 0.027 0.034 0.062 0.121 0.151 0.185 0.143 0.102 0.072 0.038 0.026 0.005 113 D 0.083 0.116 0.139 0.194 0.182 0.102 0.074 0.053 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 114 L 0.054 0.067 0.084 0.152 0.155 0.152 0.144 0.084 0.052 0.029 0.017 0.006 0.002 0.001 115 L 0.022 0.025 0.048 0.095 0.152 0.202 0.194 0.143 0.075 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 116 D 0.192 0.188 0.187 0.150 0.111 0.065 0.052 0.031 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 117 D 0.268 0.173 0.191 0.121 0.109 0.063 0.034 0.017 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 118 G 0.245 0.127 0.107 0.135 0.138 0.105 0.057 0.034 0.024 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 119 T 0.176 0.132 0.131 0.145 0.151 0.098 0.074 0.042 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 120 F 0.114 0.045 0.050 0.092 0.127 0.170 0.128 0.114 0.066 0.053 0.023 0.011 0.006 0.001 121 K 0.223 0.151 0.150 0.148 0.125 0.074 0.054 0.030 0.022 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 122 P 0.182 0.069 0.083 0.107 0.121 0.132 0.095 0.066 0.053 0.053 0.023 0.011 0.004 0.002 123 K 0.290 0.166 0.140 0.125 0.110 0.063 0.042 0.025 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001