# TARGET T0382 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.038 0.022 0.046 0.060 0.110 0.060 0.626 2 S 0.104 0.130 0.017 0.031 0.043 0.103 0.060 0.512 3 K 0.134 0.151 0.015 0.019 0.026 0.091 0.049 0.516 4 L 0.047 0.094 0.024 0.023 0.025 0.099 0.044 0.644 5 D 0.262 0.189 0.017 0.018 0.029 0.063 0.088 0.334 6 L 0.119 0.031 0.015 0.012 0.017 0.095 0.203 0.507 7 H 0.015 0.032 0.022 0.022 0.035 0.077 0.431 0.366 8 Q 0.017 0.093 0.014 0.013 0.034 0.114 0.084 0.631 9 M 0.014 0.099 0.028 0.042 0.042 0.164 0.057 0.554 10 T 0.025 0.777 0.007 0.006 0.008 0.022 0.047 0.109 11 T 0.018 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 12 Q 0.005 0.921 0.003 0.001 0.001 0.005 0.044 0.019 13 D 0.004 0.887 0.002 0.001 0.001 0.004 0.091 0.009 14 L 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 15 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 16 A 0.002 0.951 0.004 0.001 0.001 0.002 0.026 0.013 17 L 0.005 0.925 0.003 0.002 0.002 0.005 0.044 0.014 18 F 0.011 0.224 0.017 0.002 0.003 0.009 0.721 0.012 19 A 0.009 0.785 0.005 0.005 0.004 0.010 0.153 0.029 20 K 0.022 0.705 0.020 0.005 0.012 0.022 0.070 0.144 21 V 0.021 0.555 0.040 0.020 0.017 0.054 0.148 0.146 22 T 0.070 0.381 0.046 0.011 0.014 0.046 0.326 0.107 23 V 0.118 0.329 0.032 0.011 0.010 0.072 0.180 0.248 24 E 0.021 0.505 0.018 0.006 0.010 0.073 0.069 0.299 25 Q 0.027 0.727 0.009 0.003 0.004 0.029 0.056 0.146 26 D 0.024 0.868 0.007 0.003 0.003 0.013 0.039 0.043 27 D 0.037 0.800 0.016 0.004 0.005 0.016 0.050 0.074 28 A 0.068 0.418 0.045 0.009 0.010 0.053 0.264 0.132 29 L 0.089 0.460 0.054 0.012 0.011 0.049 0.189 0.137 30 L 0.094 0.484 0.019 0.004 0.009 0.044 0.069 0.277 31 G 0.032 0.294 0.034 0.007 0.011 0.072 0.212 0.339 32 N 0.023 0.446 0.021 0.012 0.013 0.066 0.173 0.244 33 Q 0.059 0.733 0.008 0.003 0.005 0.026 0.043 0.123 34 I 0.044 0.492 0.018 0.007 0.008 0.044 0.224 0.162 35 S 0.029 0.699 0.015 0.006 0.006 0.033 0.091 0.121 36 R 0.035 0.783 0.008 0.003 0.004 0.020 0.049 0.099 37 F 0.020 0.790 0.011 0.003 0.004 0.018 0.074 0.079 38 N 0.025 0.771 0.011 0.004 0.005 0.017 0.108 0.059 39 R 0.020 0.851 0.006 0.003 0.003 0.015 0.036 0.066 40 L 0.017 0.906 0.005 0.001 0.002 0.007 0.032 0.030 41 F 0.016 0.883 0.005 0.002 0.002 0.010 0.039 0.043 42 G 0.012 0.830 0.006 0.004 0.003 0.011 0.074 0.059 43 V 0.009 0.928 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 0.022 44 M 0.014 0.892 0.003 0.001 0.001 0.004 0.069 0.016 45 A 0.006 0.903 0.003 0.003 0.002 0.005 0.049 0.028 46 E 0.010 0.883 0.007 0.002 0.002 0.011 0.035 0.050 47 I 0.010 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.022 0.012 48 A 0.020 0.945 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 49 D 0.016 0.891 0.007 0.002 0.002 0.007 0.021 0.055 50 E 0.045 0.744 0.025 0.006 0.006 0.019 0.058 0.097 51 L 0.314 0.191 0.054 0.013 0.010 0.043 0.220 0.156 52 K 0.087 0.058 0.040 0.016 0.011 0.079 0.140 0.568 53 A 0.076 0.015 0.010 0.002 0.003 0.061 0.014 0.819 54 R 0.254 0.031 0.007 0.004 0.003 0.088 0.023 0.590 55 D 0.061 0.053 0.003 0.001 0.003 0.083 0.008 0.788 56 G 0.019 0.052 0.007 0.002 0.006 0.091 0.049 0.773 57 D 0.023 0.485 0.011 0.030 0.019 0.074 0.131 0.227 58 Q 0.020 0.816 0.006 0.007 0.010 0.012 0.053 0.074 59 R 0.019 0.853 0.008 0.015 0.018 0.010 0.028 0.049 60 T 0.015 0.226 0.039 0.050 0.066 0.023 0.488 0.093 61 A 0.014 0.543 0.025 0.047 0.042 0.027 0.235 0.068 62 L 0.080 0.440 0.048 0.042 0.097 0.039 0.147 0.108 63 L 0.237 0.159 0.029 0.100 0.093 0.051 0.081 0.249 64 S 0.120 0.052 0.032 0.055 0.146 0.068 0.071 0.456 65 L 0.054 0.018 0.023 0.022 0.050 0.144 0.068 0.620 66 F 0.007 0.005 0.066 0.110 0.118 0.151 0.068 0.475 67 E 0.027 0.003 0.008 0.005 0.008 0.075 0.015 0.859 68 Y 0.639 0.026 0.013 0.009 0.006 0.043 0.098 0.166 69 P 0.065 0.043 0.014 0.005 0.011 0.115 0.012 0.734 70 N 0.024 0.061 0.014 0.004 0.019 0.065 0.022 0.792 71 M 0.017 0.410 0.037 0.065 0.046 0.069 0.047 0.308 72 Q 0.020 0.511 0.050 0.063 0.064 0.042 0.075 0.175 73 V 0.020 0.785 0.024 0.031 0.023 0.010 0.046 0.060 74 R 0.021 0.888 0.011 0.009 0.011 0.005 0.034 0.022 75 L 0.009 0.899 0.010 0.011 0.009 0.004 0.026 0.032 76 Q 0.009 0.845 0.006 0.017 0.029 0.007 0.043 0.044 77 A 0.016 0.124 0.026 0.014 0.020 0.019 0.745 0.035 78 A 0.022 0.493 0.011 0.040 0.031 0.020 0.338 0.046 79 K 0.075 0.351 0.021 0.023 0.065 0.035 0.092 0.339 80 L 0.046 0.115 0.045 0.081 0.134 0.104 0.140 0.335 81 T 0.088 0.051 0.055 0.102 0.177 0.082 0.114 0.331 82 L 0.082 0.013 0.037 0.067 0.078 0.101 0.047 0.575 83 A 0.008 0.010 0.052 0.079 0.131 0.142 0.041 0.538 84 V 0.012 0.011 0.033 0.033 0.052 0.106 0.024 0.729 85 A 0.110 0.131 0.035 0.067 0.045 0.108 0.071 0.434 86 P 0.089 0.390 0.015 0.008 0.009 0.047 0.043 0.398 87 V 0.066 0.637 0.010 0.006 0.006 0.039 0.033 0.204 88 K 0.030 0.820 0.005 0.003 0.002 0.012 0.049 0.078 89 A 0.020 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.013 90 R 0.008 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.011 91 E 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 92 Q 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 93 L 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 94 E 0.028 0.653 0.015 0.003 0.002 0.007 0.247 0.044 95 A 0.026 0.196 0.026 0.003 0.003 0.022 0.643 0.080 96 I 0.133 0.229 0.063 0.008 0.007 0.062 0.333 0.167 97 V 0.240 0.062 0.033 0.006 0.007 0.068 0.055 0.529 98 S 0.080 0.024 0.004 0.002 0.003 0.054 0.020 0.815 99 S 0.046 0.021 0.006 0.002 0.003 0.091 0.022 0.810 100 K 0.020 0.023 0.031 0.012 0.015 0.230 0.035 0.633 101 W 0.052 0.024 0.031 0.008 0.012 0.135 0.039 0.700 102 F 0.174 0.044 0.069 0.020 0.016 0.129 0.079 0.469 103 P 0.199 0.047 0.051 0.006 0.008 0.095 0.052 0.541 104 Q 0.261 0.121 0.015 0.005 0.007 0.072 0.065 0.454 105 A 0.019 0.091 0.022 0.004 0.007 0.109 0.022 0.726 106 G 0.045 0.296 0.025 0.010 0.015 0.114 0.052 0.443 107 D 0.080 0.788 0.006 0.005 0.005 0.018 0.036 0.063 108 A 0.029 0.800 0.007 0.003 0.007 0.021 0.056 0.076 109 G 0.015 0.778 0.015 0.011 0.019 0.015 0.075 0.072 110 M 0.019 0.772 0.017 0.026 0.034 0.018 0.059 0.055 111 C 0.028 0.776 0.033 0.014 0.022 0.017 0.059 0.053 112 L 0.066 0.427 0.069 0.069 0.064 0.030 0.158 0.118 113 D 0.046 0.165 0.082 0.078 0.073 0.060 0.205 0.291 114 L 0.129 0.060 0.079 0.031 0.052 0.090 0.177 0.384 115 L 0.463 0.007 0.030 0.021 0.022 0.070 0.109 0.276 116 D 0.088 0.003 0.005 0.007 0.010 0.054 0.034 0.799 117 D 0.007 0.001 0.008 0.004 0.018 0.075 0.006 0.882 118 G 0.014 0.001 0.040 0.078 0.169 0.135 0.025 0.538 119 T 0.004 0.001 0.039 0.172 0.182 0.079 0.027 0.497 120 F 0.004 0.001 0.047 0.088 0.113 0.061 0.015 0.672 121 K 0.044 0.001 0.041 0.194 0.121 0.080 0.051 0.468 122 P 0.045 0.002 0.019 0.034 0.030 0.070 0.030 0.771 123 K 0.052 0.004 0.024 0.024 0.046 0.090 0.025 0.734