# TARGET T0382 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0382.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.40194 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.216 0.106 0.054 0.095 0.076 0.077 0.098 0.088 0.085 0.066 0.039 2 S 0.243 0.209 0.068 0.121 0.089 0.071 0.074 0.046 0.036 0.028 0.015 3 K 0.304 0.166 0.089 0.173 0.112 0.065 0.046 0.022 0.014 0.007 0.003 4 L 0.235 0.113 0.058 0.104 0.108 0.095 0.110 0.070 0.056 0.033 0.017 5 D 0.164 0.178 0.162 0.220 0.114 0.062 0.049 0.023 0.015 0.008 0.005 6 L 0.089 0.050 0.043 0.105 0.126 0.125 0.172 0.112 0.094 0.057 0.028 7 H 0.174 0.112 0.163 0.163 0.108 0.096 0.093 0.044 0.026 0.014 0.007 8 Q 0.058 0.095 0.118 0.253 0.158 0.118 0.117 0.043 0.025 0.011 0.005 9 M 0.009 0.007 0.010 0.014 0.022 0.040 0.117 0.165 0.233 0.216 0.166 10 T 0.030 0.328 0.137 0.208 0.133 0.084 0.048 0.016 0.009 0.005 0.003 11 T 0.005 0.013 0.012 0.045 0.089 0.137 0.248 0.175 0.150 0.086 0.041 12 Q 0.404 0.186 0.076 0.152 0.111 0.048 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 13 D 0.032 0.078 0.087 0.364 0.218 0.124 0.076 0.016 0.004 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.047 0.115 0.239 0.303 0.274 15 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.044 0.229 0.237 0.205 0.158 0.100 16 A 0.001 0.011 0.446 0.256 0.163 0.078 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 17 L 0.001 0.003 0.018 0.042 0.085 0.236 0.409 0.126 0.047 0.024 0.010 18 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.021 0.097 0.264 0.349 0.261 19 A 0.001 0.001 0.016 0.013 0.022 0.066 0.285 0.186 0.159 0.141 0.109 20 K 0.002 0.010 0.579 0.193 0.122 0.051 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 21 V 0.001 0.003 0.013 0.014 0.029 0.102 0.337 0.200 0.147 0.104 0.051 22 T 0.003 0.005 0.015 0.015 0.014 0.022 0.090 0.140 0.251 0.252 0.194 23 V 0.070 0.039 0.129 0.099 0.106 0.134 0.222 0.094 0.056 0.033 0.020 24 E 0.013 0.039 0.210 0.229 0.207 0.148 0.103 0.031 0.012 0.006 0.003 25 Q 0.002 0.007 0.046 0.019 0.019 0.034 0.129 0.147 0.220 0.214 0.163 26 D 0.058 0.026 0.081 0.146 0.147 0.149 0.184 0.098 0.063 0.032 0.016 27 D 0.056 0.084 0.505 0.184 0.087 0.048 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 28 A 0.020 0.024 0.107 0.068 0.075 0.119 0.232 0.130 0.108 0.074 0.043 29 L 0.023 0.013 0.047 0.027 0.023 0.040 0.129 0.139 0.182 0.199 0.178 30 L 0.019 0.065 0.201 0.147 0.142 0.134 0.130 0.069 0.047 0.032 0.016 31 G 0.094 0.114 0.288 0.143 0.100 0.081 0.077 0.039 0.032 0.020 0.011 32 N 0.282 0.099 0.128 0.100 0.094 0.076 0.093 0.047 0.039 0.026 0.017 33 Q 0.087 0.111 0.164 0.127 0.087 0.090 0.129 0.069 0.061 0.044 0.030 34 I 0.063 0.055 0.149 0.122 0.100 0.114 0.141 0.084 0.079 0.058 0.033 35 S 0.221 0.103 0.291 0.136 0.085 0.062 0.060 0.022 0.013 0.006 0.003 36 R 0.050 0.069 0.266 0.177 0.127 0.114 0.112 0.042 0.025 0.012 0.005 37 F 0.027 0.025 0.088 0.057 0.053 0.078 0.168 0.129 0.153 0.133 0.089 38 N 0.029 0.031 0.166 0.134 0.121 0.134 0.162 0.093 0.067 0.043 0.021 39 R 0.021 0.059 0.350 0.175 0.151 0.098 0.077 0.034 0.020 0.010 0.005 40 L 0.009 0.028 0.125 0.065 0.055 0.075 0.173 0.137 0.151 0.116 0.066 41 F 0.019 0.025 0.135 0.096 0.110 0.129 0.226 0.105 0.090 0.046 0.020 42 G 0.110 0.084 0.493 0.148 0.073 0.039 0.033 0.011 0.006 0.002 0.001 43 V 0.005 0.036 0.224 0.121 0.092 0.127 0.181 0.095 0.066 0.038 0.015 44 M 0.002 0.004 0.052 0.018 0.025 0.053 0.225 0.189 0.203 0.147 0.083 45 A 0.047 0.050 0.460 0.198 0.106 0.068 0.050 0.013 0.005 0.002 0.001 46 E 0.005 0.024 0.268 0.248 0.227 0.133 0.069 0.017 0.006 0.002 0.001 47 I 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.006 0.048 0.095 0.235 0.315 0.288 48 A 0.001 0.001 0.018 0.042 0.106 0.229 0.378 0.125 0.063 0.026 0.011 49 D 0.013 0.026 0.809 0.107 0.033 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.005 0.021 0.044 0.113 0.258 0.399 0.107 0.035 0.012 0.004 51 L 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.035 0.085 0.250 0.336 0.278 52 K 0.003 0.012 0.066 0.162 0.280 0.234 0.167 0.049 0.018 0.007 0.003 53 A 0.060 0.094 0.567 0.164 0.067 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 54 R 0.011 0.024 0.020 0.052 0.104 0.198 0.340 0.147 0.059 0.033 0.011 55 D 0.416 0.432 0.042 0.061 0.020 0.011 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 56 G 0.424 0.115 0.046 0.112 0.113 0.088 0.057 0.022 0.014 0.007 0.003 57 D 0.295 0.224 0.067 0.125 0.084 0.066 0.074 0.031 0.020 0.009 0.005 58 Q 0.003 0.024 0.035 0.096 0.107 0.150 0.241 0.142 0.108 0.057 0.036 59 R 0.013 0.007 0.012 0.025 0.043 0.092 0.210 0.195 0.181 0.134 0.088 60 T 0.026 0.039 0.150 0.317 0.227 0.138 0.062 0.023 0.011 0.005 0.002 61 A 0.002 0.011 0.050 0.103 0.113 0.138 0.246 0.147 0.103 0.060 0.025 62 L 0.001 0.001 0.009 0.007 0.007 0.010 0.048 0.088 0.187 0.289 0.354 63 L 0.001 0.002 0.035 0.040 0.065 0.118 0.290 0.187 0.141 0.086 0.035 64 S 0.002 0.013 0.258 0.195 0.182 0.142 0.115 0.050 0.025 0.013 0.006 65 L 0.001 0.002 0.011 0.008 0.013 0.032 0.151 0.163 0.240 0.224 0.156 66 F 0.003 0.004 0.011 0.024 0.032 0.047 0.167 0.208 0.241 0.173 0.091 67 E 0.074 0.166 0.175 0.242 0.154 0.096 0.059 0.019 0.009 0.004 0.002 68 Y 0.013 0.036 0.050 0.078 0.094 0.128 0.226 0.162 0.123 0.066 0.024 69 P 0.591 0.243 0.069 0.064 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 70 N 0.055 0.076 0.035 0.115 0.154 0.174 0.216 0.083 0.051 0.026 0.014 71 M 0.151 0.109 0.064 0.107 0.103 0.117 0.155 0.085 0.064 0.031 0.016 72 Q 0.058 0.081 0.073 0.348 0.229 0.127 0.057 0.016 0.007 0.003 0.001 73 V 0.004 0.006 0.021 0.014 0.016 0.026 0.094 0.152 0.227 0.242 0.198 74 R 0.002 0.005 0.024 0.076 0.107 0.164 0.226 0.155 0.125 0.073 0.043 75 L 0.012 0.023 0.186 0.121 0.133 0.147 0.190 0.078 0.060 0.034 0.016 76 Q 0.009 0.022 0.140 0.210 0.185 0.181 0.156 0.053 0.026 0.012 0.006 77 A 0.004 0.008 0.047 0.023 0.019 0.025 0.113 0.142 0.236 0.223 0.160 78 A 0.004 0.002 0.025 0.022 0.024 0.042 0.131 0.151 0.193 0.210 0.196 79 K 0.007 0.016 0.266 0.189 0.191 0.154 0.106 0.038 0.021 0.009 0.004 80 L 0.003 0.010 0.116 0.053 0.069 0.121 0.246 0.147 0.116 0.077 0.041 81 T 0.006 0.008 0.022 0.021 0.022 0.038 0.115 0.143 0.222 0.224 0.180 82 L 0.006 0.006 0.020 0.013 0.011 0.022 0.096 0.150 0.227 0.262 0.188 83 A 0.011 0.025 0.104 0.104 0.118 0.120 0.177 0.125 0.105 0.066 0.046 84 V 0.009 0.010 0.029 0.017 0.020 0.032 0.117 0.134 0.214 0.232 0.186 85 A 0.014 0.045 0.037 0.084 0.087 0.104 0.162 0.135 0.141 0.114 0.077 86 P 0.047 0.165 0.099 0.156 0.139 0.147 0.137 0.052 0.034 0.016 0.007 87 V 0.655 0.104 0.099 0.066 0.034 0.018 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 88 K 0.370 0.229 0.126 0.168 0.066 0.024 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 89 A 0.006 0.007 0.016 0.015 0.016 0.052 0.198 0.199 0.216 0.176 0.098 90 R 0.010 0.017 0.095 0.196 0.226 0.247 0.160 0.035 0.011 0.003 0.001 91 E 0.036 0.051 0.792 0.089 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Q 0.002 0.007 0.066 0.123 0.162 0.235 0.248 0.086 0.042 0.021 0.007 93 L 0.001 0.001 0.031 0.004 0.005 0.011 0.098 0.150 0.249 0.258 0.194 94 E 0.001 0.005 0.406 0.248 0.196 0.092 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 95 A 0.002 0.020 0.625 0.147 0.115 0.059 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 96 I 0.001 0.003 0.032 0.014 0.022 0.049 0.203 0.185 0.231 0.166 0.094 97 V 0.005 0.006 0.029 0.020 0.040 0.074 0.311 0.207 0.164 0.097 0.047 98 S 0.043 0.129 0.560 0.166 0.065 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 99 S 0.060 0.080 0.151 0.144 0.154 0.160 0.137 0.054 0.032 0.019 0.008 100 K 0.395 0.193 0.084 0.104 0.069 0.041 0.045 0.026 0.019 0.013 0.011 101 W 0.141 0.102 0.064 0.106 0.115 0.120 0.161 0.079 0.056 0.035 0.021 102 F 0.045 0.053 0.040 0.098 0.094 0.111 0.173 0.124 0.110 0.088 0.063 103 P 0.062 0.057 0.041 0.097 0.111 0.115 0.144 0.113 0.108 0.087 0.065 104 Q 0.184 0.203 0.127 0.167 0.101 0.070 0.061 0.032 0.027 0.017 0.011 105 A 0.178 0.086 0.050 0.117 0.104 0.107 0.139 0.081 0.066 0.044 0.029 106 G 0.251 0.106 0.036 0.098 0.093 0.099 0.095 0.070 0.068 0.048 0.035 107 D 0.024 0.178 0.071 0.214 0.165 0.127 0.101 0.051 0.036 0.020 0.012 108 A 0.028 0.010 0.010 0.022 0.029 0.042 0.107 0.130 0.203 0.210 0.210 109 G 0.217 0.091 0.065 0.175 0.161 0.129 0.092 0.034 0.021 0.010 0.005 110 M 0.011 0.041 0.064 0.205 0.170 0.153 0.154 0.085 0.060 0.034 0.021 111 C 0.005 0.007 0.014 0.022 0.023 0.033 0.085 0.117 0.191 0.237 0.266 112 L 0.004 0.005 0.018 0.026 0.037 0.063 0.170 0.180 0.203 0.170 0.126 113 D 0.017 0.044 0.261 0.244 0.180 0.111 0.073 0.033 0.020 0.011 0.005 114 L 0.003 0.013 0.017 0.049 0.086 0.162 0.287 0.151 0.105 0.075 0.051 115 L 0.005 0.004 0.009 0.013 0.015 0.021 0.072 0.126 0.245 0.269 0.221 116 D 0.093 0.077 0.073 0.150 0.156 0.158 0.160 0.065 0.037 0.018 0.013 117 D 0.178 0.224 0.165 0.224 0.106 0.055 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 118 G 0.145 0.062 0.029 0.066 0.079 0.101 0.163 0.124 0.099 0.084 0.047 119 T 0.177 0.242 0.096 0.242 0.121 0.055 0.040 0.013 0.007 0.004 0.002 120 F 0.009 0.010 0.007 0.017 0.030 0.047 0.126 0.165 0.235 0.213 0.142 121 K 0.127 0.285 0.099 0.283 0.119 0.049 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 122 P 0.092 0.045 0.021 0.063 0.091 0.117 0.176 0.140 0.125 0.085 0.044 123 K 0.408 0.273 0.065 0.137 0.063 0.026 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001