# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 804.578 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.016 0.166 0.057 0.078 0.112 0.019 0.452 2 T 0.123 0.007 0.096 0.045 0.074 0.149 0.014 0.491 3 A 0.050 0.022 0.251 0.104 0.143 0.062 0.007 0.360 4 T 0.035 0.011 0.047 0.039 0.101 0.353 0.011 0.403 5 E 0.117 0.008 0.034 0.032 0.050 0.276 0.008 0.475 6 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.981 7 T 0.018 0.014 0.014 0.022 0.054 0.245 0.006 0.627 8 E 0.074 0.034 0.011 0.009 0.020 0.140 0.008 0.704 9 K 0.116 0.068 0.005 0.010 0.028 0.205 0.012 0.555 10 I 0.344 0.099 0.009 0.009 0.017 0.190 0.027 0.305 11 L 0.233 0.202 0.019 0.021 0.024 0.053 0.014 0.433 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 S 0.031 0.012 0.007 0.016 0.036 0.085 0.004 0.810 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 D 0.031 0.009 0.006 0.010 0.017 0.334 0.003 0.590 16 Y 0.468 0.017 0.011 0.003 0.004 0.108 0.006 0.382 17 V 0.125 0.317 0.052 0.015 0.023 0.084 0.003 0.381 18 Q 0.027 0.299 0.034 0.017 0.027 0.142 0.003 0.452 19 S 0.029 0.447 0.009 0.006 0.012 0.068 0.004 0.425 20 L 0.031 0.800 0.005 0.003 0.011 0.025 0.004 0.121 21 A 0.010 0.910 0.002 0.001 0.002 0.022 0.003 0.050 22 R 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.030 23 G 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 24 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 25 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 26 V 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 27 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 C 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 F 0.047 0.906 0.005 0.002 0.002 0.001 0.019 0.019 31 D 0.098 0.803 0.007 0.004 0.005 0.004 0.021 0.058 32 H 0.080 0.596 0.038 0.007 0.011 0.012 0.042 0.213 33 R 0.191 0.321 0.029 0.006 0.009 0.079 0.077 0.288 34 N 0.208 0.208 0.033 0.006 0.005 0.065 0.064 0.411 35 Q 0.199 0.122 0.115 0.010 0.009 0.106 0.040 0.398 36 R 0.108 0.041 0.064 0.006 0.008 0.116 0.016 0.642 37 R 0.205 0.040 0.115 0.016 0.024 0.177 0.014 0.409 38 T 0.053 0.036 0.030 0.011 0.017 0.344 0.006 0.502 39 L 0.060 0.090 0.081 0.015 0.067 0.086 0.006 0.596 40 S 0.013 0.051 0.013 0.005 0.020 0.294 0.003 0.601 41 D 0.034 0.081 0.003 0.002 0.006 0.414 0.004 0.456 42 V 0.023 0.851 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.109 43 A 0.005 0.946 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.038 44 R 0.016 0.951 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.024 45 A 0.140 0.804 0.004 0.001 0.002 0.001 0.025 0.023 46 T 0.252 0.600 0.014 0.006 0.003 0.002 0.088 0.035 47 D 0.405 0.133 0.069 0.009 0.005 0.011 0.133 0.237 48 L 0.097 0.050 0.498 0.011 0.013 0.067 0.012 0.252 49 T 0.018 0.041 0.043 0.007 0.011 0.271 0.005 0.604 50 R 0.029 0.084 0.060 0.005 0.011 0.081 0.004 0.726 51 A 0.016 0.139 0.025 0.003 0.004 0.330 0.003 0.480 52 T 0.048 0.142 0.007 0.002 0.003 0.519 0.007 0.273 53 A 0.022 0.899 0.003 0.001 0.002 0.013 0.001 0.060 54 R 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 55 R 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 56 F 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 57 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 58 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 T 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 L 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 61 V 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 62 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 63 L 0.011 0.955 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.010 64 G 0.386 0.359 0.009 0.024 0.009 0.005 0.140 0.067 65 Y 0.083 0.220 0.252 0.093 0.083 0.044 0.016 0.209 66 V 0.040 0.139 0.046 0.267 0.315 0.053 0.014 0.128 67 A 0.108 0.082 0.093 0.210 0.259 0.049 0.010 0.190 68 T 0.028 0.064 0.060 0.322 0.242 0.053 0.011 0.220 69 D 0.025 0.032 0.090 0.091 0.140 0.063 0.015 0.544 70 G 0.029 0.015 0.018 0.036 0.059 0.080 0.021 0.740 71 S 0.054 0.008 0.015 0.019 0.025 0.359 0.021 0.497 72 A 0.106 0.008 0.017 0.020 0.025 0.165 0.014 0.645 73 F 0.160 0.030 0.054 0.063 0.105 0.197 0.009 0.381 74 W 0.064 0.015 0.044 0.073 0.133 0.157 0.008 0.507 75 L 0.051 0.043 0.041 0.094 0.145 0.087 0.007 0.533 76 T 0.045 0.035 0.021 0.061 0.148 0.123 0.005 0.561 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 78 R 0.008 0.073 0.005 0.017 0.042 0.266 0.002 0.586 79 V 0.100 0.459 0.009 0.009 0.019 0.085 0.007 0.313 80 L 0.010 0.946 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.028 81 E 0.009 0.968 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.012 82 L 0.018 0.955 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.015 83 G 0.074 0.865 0.005 0.003 0.005 0.004 0.017 0.027 84 Y 0.031 0.889 0.017 0.004 0.006 0.006 0.009 0.037 85 S 0.019 0.904 0.007 0.003 0.004 0.007 0.008 0.048 86 Y 0.054 0.833 0.012 0.003 0.007 0.008 0.015 0.068 87 L 0.037 0.877 0.010 0.003 0.006 0.007 0.008 0.052 88 S 0.116 0.695 0.016 0.005 0.006 0.015 0.036 0.111 89 S 0.435 0.285 0.018 0.004 0.004 0.011 0.097 0.147 90 L 0.524 0.154 0.046 0.007 0.006 0.020 0.078 0.165 91 S 0.104 0.076 0.090 0.011 0.011 0.158 0.066 0.485 92 L 0.118 0.046 0.084 0.015 0.020 0.067 0.010 0.641 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 94 E 0.006 0.018 0.018 0.007 0.016 0.161 0.002 0.772 95 V 0.106 0.246 0.029 0.008 0.011 0.080 0.006 0.513 96 A 0.087 0.605 0.018 0.010 0.018 0.042 0.010 0.210 97 Q 0.163 0.491 0.016 0.011 0.016 0.032 0.007 0.264 98 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 99 H 0.027 0.524 0.003 0.007 0.014 0.081 0.006 0.337 100 L 0.036 0.837 0.006 0.002 0.005 0.007 0.007 0.101 101 E 0.010 0.902 0.003 0.002 0.004 0.008 0.003 0.070 102 K 0.016 0.924 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 103 L 0.035 0.875 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.077 104 S 0.015 0.935 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.039 105 H 0.045 0.840 0.003 0.002 0.002 0.004 0.017 0.087 106 K 0.157 0.650 0.011 0.003 0.002 0.012 0.051 0.113 107 V 0.054 0.773 0.020 0.006 0.006 0.010 0.028 0.103 108 H 0.033 0.577 0.056 0.034 0.023 0.029 0.035 0.213 109 E 0.097 0.148 0.097 0.041 0.044 0.118 0.035 0.420 110 S 0.065 0.154 0.118 0.084 0.076 0.091 0.022 0.390 111 S 0.084 0.100 0.141 0.186 0.191 0.082 0.020 0.196 112 S 0.038 0.036 0.127 0.251 0.246 0.097 0.010 0.194 113 V 0.031 0.012 0.066 0.334 0.465 0.033 0.003 0.057 114 S 0.018 0.014 0.040 0.383 0.450 0.025 0.002 0.067 115 I 0.010 0.008 0.050 0.376 0.450 0.018 0.004 0.084 116 L 0.014 0.010 0.050 0.349 0.427 0.045 0.005 0.100 117 D 0.013 0.007 0.025 0.185 0.335 0.078 0.012 0.346 118 G 0.050 0.007 0.027 0.090 0.163 0.094 0.047 0.523 119 A 0.218 0.002 0.016 0.030 0.048 0.452 0.024 0.210 120 D 0.081 0.002 0.043 0.173 0.094 0.241 0.024 0.342 121 I 0.082 0.002 0.068 0.200 0.439 0.098 0.005 0.106 122 V 0.005 0.001 0.140 0.440 0.388 0.011 0.001 0.015 123 Y 0.001 0.001 0.083 0.369 0.459 0.010 0.001 0.078 124 V 0.001 0.001 0.096 0.281 0.598 0.005 0.001 0.020 125 A 0.001 0.001 0.124 0.379 0.478 0.005 0.001 0.012 126 R 0.003 0.001 0.073 0.151 0.488 0.019 0.002 0.264 127 V 0.007 0.001 0.249 0.256 0.376 0.022 0.002 0.089 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 129 V 0.002 0.001 0.025 0.042 0.230 0.053 0.001 0.645 130 S 0.047 0.002 0.019 0.024 0.037 0.109 0.007 0.755 131 R 0.253 0.006 0.026 0.039 0.047 0.144 0.016 0.468 132 I 0.145 0.010 0.052 0.035 0.042 0.101 0.006 0.608 133 M 0.077 0.026 0.215 0.174 0.184 0.095 0.012 0.219 134 T 0.036 0.020 0.131 0.144 0.182 0.082 0.008 0.399 135 V 0.022 0.017 0.203 0.185 0.306 0.038 0.006 0.222 136 G 0.021 0.016 0.129 0.147 0.209 0.062 0.007 0.408 137 I 0.024 0.013 0.236 0.140 0.187 0.049 0.010 0.342 138 T 0.016 0.014 0.129 0.117 0.149 0.117 0.006 0.452 139 I 0.022 0.010 0.077 0.051 0.102 0.082 0.006 0.649 140 G 0.039 0.040 0.130 0.120 0.137 0.130 0.014 0.390 141 T 0.134 0.022 0.101 0.066 0.100 0.125 0.029 0.424 142 R 0.036 0.028 0.083 0.047 0.062 0.062 0.017 0.664 143 L 0.093 0.017 0.107 0.108 0.152 0.106 0.011 0.406 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 145 A 0.012 0.013 0.063 0.057 0.189 0.117 0.004 0.545 146 Y 0.131 0.081 0.063 0.078 0.096 0.080 0.008 0.464 147 A 0.153 0.147 0.057 0.081 0.149 0.076 0.010 0.327 148 T 0.130 0.188 0.042 0.059 0.078 0.090 0.011 0.401 149 S 0.131 0.317 0.042 0.031 0.046 0.092 0.016 0.326 150 M 0.076 0.404 0.022 0.019 0.029 0.124 0.019 0.306 151 G 0.147 0.366 0.019 0.015 0.024 0.082 0.037 0.309 152 R 0.047 0.721 0.039 0.013 0.014 0.031 0.008 0.127 153 V 0.009 0.847 0.021 0.012 0.022 0.014 0.005 0.071 154 L 0.019 0.836 0.018 0.012 0.039 0.015 0.007 0.053 155 L 0.026 0.911 0.007 0.007 0.015 0.006 0.005 0.024 156 A 0.185 0.684 0.013 0.009 0.008 0.006 0.056 0.039 157 G 0.687 0.056 0.011 0.005 0.002 0.004 0.190 0.044 158 L 0.446 0.060 0.227 0.024 0.022 0.032 0.033 0.156 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 160 D 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.019 0.001 0.962 161 D 0.018 0.007 0.006 0.001 0.001 0.091 0.002 0.874 162 E 0.044 0.027 0.001 0.001 0.001 0.669 0.002 0.255 163 L 0.091 0.632 0.007 0.001 0.004 0.024 0.002 0.238 164 D 0.004 0.893 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.090 165 A 0.016 0.894 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.074 166 Y 0.031 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 167 L 0.016 0.940 0.005 0.002 0.006 0.002 0.004 0.025 168 E 0.052 0.831 0.005 0.003 0.004 0.011 0.018 0.076 169 K 0.303 0.525 0.014 0.002 0.002 0.006 0.065 0.083 170 L 0.247 0.539 0.056 0.006 0.004 0.008 0.048 0.092 171 D 0.081 0.190 0.084 0.012 0.013 0.063 0.046 0.511 172 I 0.090 0.105 0.124 0.017 0.028 0.066 0.016 0.554 173 Q 0.102 0.125 0.104 0.023 0.031 0.211 0.019 0.385 174 R 0.126 0.100 0.095 0.016 0.017 0.119 0.022 0.506 175 L 0.116 0.170 0.223 0.024 0.028 0.088 0.016 0.335 176 T 0.062 0.123 0.095 0.026 0.041 0.182 0.015 0.456 177 E 0.037 0.085 0.071 0.014 0.026 0.062 0.010 0.696 178 R 0.074 0.118 0.061 0.017 0.027 0.343 0.016 0.345 179 T 0.356 0.047 0.025 0.007 0.014 0.247 0.027 0.277 180 I 0.119 0.296 0.091 0.026 0.028 0.060 0.010 0.370 181 T 0.029 0.138 0.054 0.026 0.034 0.309 0.011 0.400 182 A 0.135 0.084 0.021 0.010 0.024 0.325 0.012 0.389 183 R 0.090 0.165 0.014 0.004 0.028 0.115 0.006 0.578 184 D 0.017 0.100 0.004 0.002 0.005 0.188 0.003 0.680 185 E 0.023 0.305 0.001 0.001 0.001 0.304 0.004 0.361 186 L 0.019 0.897 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.066 187 K 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 188 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 189 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 190 I 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 191 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 192 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 193 V 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 194 R 0.007 0.968 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.014 195 A 0.017 0.897 0.006 0.003 0.003 0.005 0.020 0.048 196 D 0.090 0.670 0.021 0.008 0.003 0.007 0.126 0.075 197 G 0.535 0.123 0.037 0.017 0.004 0.005 0.197 0.081 198 I 0.075 0.020 0.604 0.044 0.047 0.053 0.011 0.146 199 C 0.019 0.010 0.165 0.171 0.240 0.068 0.005 0.325 200 V 0.035 0.011 0.250 0.217 0.278 0.051 0.003 0.153 201 L 0.012 0.018 0.135 0.211 0.229 0.070 0.003 0.321 202 D 0.011 0.015 0.089 0.071 0.195 0.050 0.004 0.565 203 Q 0.031 0.011 0.017 0.035 0.097 0.231 0.007 0.571 204 E 0.104 0.014 0.005 0.014 0.029 0.536 0.012 0.285 205 L 0.199 0.161 0.018 0.035 0.057 0.149 0.019 0.362 206 E 0.051 0.358 0.030 0.043 0.077 0.098 0.011 0.332 207 A 0.015 0.163 0.015 0.025 0.033 0.043 0.009 0.698 208 G 0.174 0.209 0.028 0.057 0.073 0.060 0.052 0.348 209 L 0.332 0.145 0.089 0.074 0.086 0.054 0.031 0.189 210 R 0.045 0.097 0.277 0.215 0.166 0.049 0.021 0.130 211 S 0.043 0.036 0.136 0.151 0.190 0.069 0.012 0.364 212 M 0.025 0.025 0.376 0.199 0.259 0.031 0.009 0.076 213 A 0.018 0.035 0.241 0.168 0.309 0.050 0.013 0.166 214 A 0.021 0.005 0.292 0.257 0.221 0.030 0.009 0.165 215 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.994 216 I 0.009 0.002 0.110 0.168 0.435 0.075 0.003 0.198 217 R 0.042 0.009 0.072 0.153 0.156 0.065 0.004 0.498 218 G 0.031 0.008 0.030 0.105 0.275 0.057 0.011 0.483 219 A 0.104 0.006 0.029 0.033 0.057 0.121 0.008 0.642 220 S 0.024 0.005 0.011 0.019 0.017 0.155 0.018 0.751 221 G 0.230 0.010 0.022 0.051 0.030 0.101 0.113 0.443 222 L 0.337 0.003 0.095 0.046 0.067 0.285 0.013 0.154 223 T 0.017 0.002 0.076 0.187 0.228 0.137 0.004 0.349 224 V 0.008 0.002 0.104 0.285 0.504 0.040 0.001 0.055 225 A 0.003 0.002 0.199 0.375 0.367 0.016 0.001 0.037 226 A 0.003 0.002 0.140 0.310 0.493 0.013 0.001 0.039 227 V 0.002 0.001 0.203 0.299 0.469 0.009 0.001 0.016 228 N 0.003 0.003 0.139 0.351 0.412 0.021 0.001 0.070 229 I 0.004 0.004 0.174 0.254 0.455 0.017 0.003 0.088 230 S 0.012 0.007 0.119 0.119 0.341 0.087 0.009 0.307 231 T 0.074 0.006 0.081 0.165 0.238 0.114 0.013 0.310 232 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 233 A 0.011 0.009 0.038 0.052 0.156 0.140 0.005 0.589 234 A 0.235 0.055 0.035 0.031 0.052 0.138 0.016 0.438 235 R 0.363 0.082 0.033 0.039 0.053 0.067 0.026 0.337 236 Y 0.454 0.053 0.084 0.037 0.037 0.074 0.011 0.250 237 S 0.097 0.053 0.050 0.029 0.049 0.209 0.012 0.501 238 L 0.020 0.023 0.014 0.005 0.041 0.021 0.003 0.873 239 E 0.015 0.025 0.006 0.003 0.011 0.284 0.003 0.653 240 D 0.030 0.021 0.001 0.001 0.001 0.784 0.004 0.160 241 L 0.087 0.784 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.113 242 H 0.012 0.855 0.004 0.002 0.005 0.013 0.002 0.107 243 S 0.035 0.719 0.005 0.003 0.004 0.013 0.011 0.210 244 D 0.238 0.556 0.002 0.001 0.002 0.010 0.031 0.160 245 L 0.195 0.642 0.012 0.003 0.004 0.011 0.035 0.098 246 I 0.041 0.606 0.032 0.006 0.007 0.036 0.009 0.262 247 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 248 S 0.017 0.552 0.008 0.005 0.009 0.071 0.004 0.334 249 L 0.027 0.873 0.009 0.002 0.002 0.010 0.004 0.075 250 R 0.009 0.949 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.029 251 V 0.010 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 252 T 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.027 253 A 0.023 0.933 0.004 0.001 0.002 0.002 0.006 0.030 254 T 0.022 0.905 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.056 255 D 0.018 0.882 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.083 256 I 0.019 0.854 0.004 0.002 0.004 0.006 0.007 0.104 257 E 0.020 0.810 0.006 0.003 0.007 0.014 0.007 0.133 258 Q 0.030 0.798 0.005 0.002 0.003 0.014 0.009 0.137 259 D 0.062 0.796 0.007 0.002 0.002 0.013 0.020 0.096 260 L 0.071 0.805 0.011 0.005 0.004 0.006 0.021 0.077 261 A 0.155 0.511 0.059 0.021 0.017 0.040 0.048 0.148 262 T 0.142 0.319 0.138 0.040 0.032 0.053 0.036 0.240 263 V 0.102 0.244 0.132 0.040 0.046 0.056 0.019 0.361 264 N 0.026 0.184 0.104 0.047 0.051 0.125 0.014 0.448 265 R 0.060 0.132 0.097 0.038 0.056 0.097 0.018 0.502